genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22697872--22697968	48	2.0	48	100	0	194	30	12	20	36	1.90
22701994--22702040	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
22705820--22705858	19	2.1	19	100	0	78	56	15	15	12	1.68
22708876--22708913	18	2.2	16	90	9	58	21	7	0	71	1.11
22713026--22713072	18	2.8	17	80	6	51	59	8	2	29	1.39
22713253--22713279	13	2.1	13	100	0	54	62	7	7	22	1.46
22713483--22713607	3	42.0	3	67	10	69	58	2	9	29	1.43
22713715--22713743	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
22713821--22713876	26	2.1	28	78	18	57	60	7	0	32	1.24
22713576--22714432	143	6.1	141	81	12	899	61	5	3	29	1.37
22713969--22714030	21	2.9	22	80	17	69	62	6	0	30	1.20
22714001--22714467	3	151.7	3	65	21	81	61	4	3	30	1.33
22714167--22714223	25	2.2	25	78	9	62	71	3	1	22	1.10
22714113--22714287	62	2.8	63	73	14	182	61	6	2	30	1.33
22714385--22714429	22	2.0	22	87	8	65	62	6	0	31	1.21
22713905--22714459	266	2.0	267	83	13	690	61	5	3	30	1.34
22728272--22728541	88	3.1	88	83	5	314	37	19	15	27	1.92
22728149--22728703	250	2.2	249	82	6	674	36	19	15	27	1.92
22728359--22728702	162	2.1	163	86	3	482	37	19	16	27	1.93
22736938--22736982	22	2.0	22	95	0	81	46	4	20	28	1.69
22739777--22739811	16	2.2	16	90	5	54	74	11	0	14	1.08
22740606--22740652	18	2.8	17	80	6	51	59	8	2	29	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22740833--22740859	13	2.1	13	100	0	54	62	7	7	22	1.46
22741063--22741199	3	46.0	3	71	7	100	59	2	8	29	1.38
22741306--22742013	143	5.1	139	78	15	672	60	5	3	29	1.36
22741689--22741735	23	2.1	22	88	7	69	59	8	0	31	1.27
22741632--22741855	119	1.8	117	86	7	297	61	5	3	30	1.34
22741742--22741798	25	2.2	25	78	9	62	71	3	1	22	1.10
22741602--22742004	125	3.1	125	78	17	419	60	5	3	30	1.36
22741846--22742048	3	67.0	3	69	20	88	62	4	3	30	1.32
22741697--22742043	119	2.9	117	74	16	266	61	4	3	30	1.32
22743840--22743864	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
22747254--22747319	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
22747338--22747374	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
22747415--22747447	16	2.1	16	94	5	59	42	0	0	57	0.98
22747976--22748019	23	2.0	23	90	4	72	43	9	2	45	1.48
22749145--22749186	10	4.3	10	81	3	50	61	2	0	35	1.09
22749156--22749200	17	2.4	19	85	10	58	53	2	0	44	1.13
22752852--22752888	19	2.0	19	89	5	58	37	0	8	54	1.30
22774811--22774924	33	3.5	33	77	7	106	31	23	11	33	1.90
22776722--22776770	20	2.5	20	86	0	62	12	32	34	20	1.90
22777674--22777704	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
22781321--22781504	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	24	2.00
22781321--22781504	80	2.3	80	87	5	257	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22784822--22784855	17	2.0	17	100	0	68	17	41	11	29	1.85
22787063--22787246	40	4.6	40	83	6	196	23	21	26	28	1.99
22787063--22787243	80	2.3	81	83	9	221	23	21	27	27	1.99
22789764--22789855	33	2.8	33	75	8	98	31	22	11	33	1.91
22793781--22793833	25	2.1	25	96	0	97	43	9	15	32	1.78
22795022--22795097	25	3.0	26	71	11	77	25	27	19	27	1.99
22814337--22814478	40	3.6	40	81	6	146	28	23	24	23	2.00
22823377--22823479	49	2.1	49	94	0	179	30	25	20	24	1.99
22836739--22836834	48	2.0	49	89	2	149	22	20	30	26	1.99
22836975--22837012	20	1.9	20	100	0	76	21	34	28	15	1.94
22836975--22837026	20	2.6	20	87	0	59	21	32	28	17	1.96
22839879--22839927	24	2.0	24	96	0	89	40	18	8	32	1.80
22842568--22842630	29	2.2	29	83	13	78	61	1	6	30	1.30
22843764--22843901	69	2.0	69	98	0	267	41	10	10	37	1.74
22859541--22859685	43	3.4	43	94	4	249	37	22	11	28	1.89
22861823--22861949	49	2.6	48	83	3	157	29	19	27	23	1.98
22861682--22861994	141	2.2	145	80	8	351	27	17	28	27	1.97
22863934--22863972	20	1.9	21	94	5	71	30	15	7	46	1.74
22865747--22865842	47	2.0	47	95	0	174	37	5	31	26	1.78
22879086--22879215	48	2.7	48	92	0	206	19	15	27	37	1.92
22880829--22880872	22	2.0	23	86	4	63	29	4	20	45	1.71
22885649--22885777	48	2.7	48	91	0	204	19	16	28	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22890215--22890258	22	2.0	23	86	4	63	29	4	20	45	1.71
22891941--22891995	26	2.1	26	93	0	92	43	27	12	16	1.84
22899401--22899532	47	2.8	48	83	1	176	32	25	16	25	1.96
22899408--22899532	48	2.6	47	83	1	169	32	26	16	24	1.96
22909464--22909514	26	2.0	26	96	0	93	19	15	29	35	1.93
22913633--22913859	43	5.2	44	89	4	207	30	31	24	13	1.93
22913693--22913859	43	3.9	43	95	0	307	31	33	25	9	1.88
22919007--22919125	39	3.1	39	93	0	193	26	21	21	30	1.98
22932164--22932199	11	3.2	11	92	4	54	61	8	2	27	1.39
22951710--22951769	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
22956575--22956813	49	4.8	49	77	5	237	28	25	18	26	1.98
22956624--22956818	100	1.9	101	86	3	277	29	25	17	27	1.98
22957468--22957527	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
22958399--22958444	17	2.8	17	84	15	62	28	0	0	71	0.86
22958406--22958444	6	6.7	6	91	5	62	28	0	0	71	0.86
22959602--22959727	39	3.2	40	77	5	130	21	25	18	34	1.96
22962398--22962951	47	11.7	47	96	1	1000	31	8	29	29	1.88
22963069--22963147	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22967509--22967579	37	1.9	37	85	5	99	28	30	16	23	1.97
22967706--22968071	47	7.7	47	92	1	581	29	30	8	31	1.87
22967757--22967834	25	3.2	25	64	10	72	33	28	5	33	1.79
22967706--22968071	143	2.6	141	92	1	581	29	30	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22971724--22971973	40	6.2	40	88	3	344	26	27	22	24	2.00
22972283--22972361	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
22974268--22974346	37	2.1	37	86	4	106	25	30	17	26	1.97
22974465--22974830	47	7.7	47	92	1	581	29	30	8	31	1.87
22974516--22974593	25	3.2	25	64	10	72	33	28	5	33	1.79
22974465--22974830	143	2.6	141	92	1	581	29	30	8	31	1.87
22981871--22981989	29	4.1	29	84	3	143	26	13	29	30	1.94
22986382--22986559	27	6.6	26	83	6	178	26	15	28	29	1.96
22986383--22986538	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22986379--22986559	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
22994563--22994740	27	6.6	26	83	6	178	26	15	28	29	1.96
22994564--22994719	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22994560--22994740	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
22999141--22999211	24	3.0	24	91	0	115	36	1	36	25	1.65
23000629--23000721	27	3.4	27	85	7	125	15	24	23	36	1.93
23000629--23000733	27	3.9	27	82	9	124	17	24	20	37	1.94
23000629--23000740	54	2.1	54	84	3	145	16	24	21	37	1.94
23002183--23002278	42	2.3	43	89	3	142	17	17	23	40	1.91
23008689--23008726	17	2.2	18	85	4	51	18	2	2	76	1.02
23037367--23037409	21	2.0	21	86	0	59	32	2	9	55	1.44
23038291--23038458	56	3.0	56	89	0	237	28	14	23	33	1.94
23048536--23048618	39	2.1	39	95	0	148	13	19	16	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23054593--23054649	8	7.4	8	77	15	57	59	1	1	36	1.18
23055426--23055467	16	2.6	16	85	7	59	52	0	2	45	1.13
23065538--23065576	18	2.2	18	86	9	53	15	23	38	23	1.92
23065681--23065757	27	2.9	27	96	0	136	36	14	18	31	1.90
23065680--23065765	27	3.2	27	91	0	127	34	16	16	32	1.91
23066565--23066617	27	2.0	27	100	0	106	49	11	7	32	1.67
23067649--23067721	29	2.5	29	88	0	110	32	27	10	28	1.91
23071648--23071801	27	5.7	28	76	6	122	28	27	14	29	1.96
23081350--23081566	48	4.5	48	78	10	207	26	29	17	26	1.98
23081300--23081526	98	2.3	95	83	7	262	25	29	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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