genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85272584--85272623	19	2.1	19	85	0	53	50	5	0	45	1.23
85272846--85272918	39	1.9	37	83	8	94	54	0	0	45	0.99
85272861--85272919	28	2.1	28	87	0	82	52	0	0	47	1.00
85274887--85275120	103	2.3	102	81	2	247	26	23	16	33	1.95
85284154--85284482	127	2.6	125	85	4	446	35	19	17	27	1.94
85286481--85286533	23	2.3	23	84	9	65	9	13	9	67	1.41
85287451--85287753	141	2.1	141	90	0	480	30	23	16	30	1.96
85287535--85288080	97	5.9	97	71	13	423	28	22	16	32	1.96
85287593--85288117	182	2.9	182	92	0	888	28	22	16	32	1.96
85287362--85288118	323	2.3	317	82	7	760	28	22	16	31	1.96
85287631--85288118	89	5.4	89	73	13	402	28	22	16	32	1.96
85289303--85289528	63	3.6	63	82	5	244	14	19	16	49	1.80
85294224--85294313	29	3.1	28	81	7	101	31	12	26	30	1.92
85298778--85298802	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
85300923--85301245	127	2.6	127	86	1	425	36	18	17	26	1.94
85301955--85302030	37	2.1	37	100	0	152	51	5	10	32	1.59
85302124--85302156	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
85302124--85302169	9	5.0	9	89	2	56	39	15	15	30	1.88
85305006--85305044	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
85305483--85305597	55	2.1	56	84	11	148	36	20	23	19	1.95
85305497--85305597	28	3.6	27	83	4	121	33	20	24	20	1.97
85305703--85305763	28	2.2	28	91	5	97	29	8	29	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85309608--85309732	46	2.7	46	83	3	144	34	24	19	21	1.96
85312182--85312241	30	2.0	30	83	6	77	60	13	13	13	1.60
85315834--85315966	46	2.9	46	86	1	167	30	24	22	22	1.99
85320358--85320430	35	2.1	35	97	0	137	32	16	31	19	1.94
85326286--85326551	46	6.0	46	85	7	334	38	16	24	21	1.93
85326296--85326551	84	2.9	85	86	6	327	38	16	24	21	1.93
85328347--85328381	14	2.7	13	91	8	54	60	11	5	22	1.52
85328741--85328780	13	3.1	13	100	0	80	15	37	32	15	1.88
85336634--85336668	14	2.7	13	91	8	54	60	11	5	22	1.52
85349264--85349303	19	2.1	19	90	0	62	35	7	12	45	1.70
85350113--85350143	5	6.0	5	92	7	53	19	0	0	80	0.71
85356131--85356255	39	3.2	39	88	2	180	28	19	24	27	1.98
85356248--85356502	39	6.5	39	95	0	447	20	23	28	27	1.99
85364639--85365763	94	12.0	94	78	6	859	34	18	20	27	1.95
85364694--85365767	189	5.7	187	80	4	984	34	18	20	27	1.95
85364694--85365767	283	3.8	282	81	4	1064	34	18	20	27	1.95
85365999--85366024	4	6.5	4	100	0	52	76	23	0	0	0.78
85366782--85366806	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
85376882--85376925	2	22.0	2	95	0	79	52	0	47	0	1.00
85381445--85381610	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
85388554--85388719	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
85391529--85391575	20	2.3	20	78	7	51	38	2	2	57	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85396310--85396348	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
85397620--85397694	31	2.5	30	76	20	75	41	0	8	50	1.32
85397788--85398034	41	6.0	41	76	3	212	32	22	18	26	1.97
85397788--85397993	82	2.5	82	80	2	245	33	22	18	25	1.97
85397969--85398047	41	1.9	41	84	5	106	30	16	20	32	1.94
85398326--85398381	21	2.6	22	74	2	60	51	21	0	26	1.48
85398544--85398584	15	2.8	16	85	14	61	17	0	29	53	1.44
85398544--85398590	15	3.2	14	80	19	60	19	0	29	51	1.47
85398859--85398924	21	3.1	20	74	20	62	16	3	33	46	1.62
85399029--85399144	61	1.9	61	82	7	146	44	13	20	20	1.85
85399118--85399361	123	2.0	124	85	0	337	35	13	24	27	1.92
85401621--85401696	27	2.8	26	79	13	66	30	9	1	59	1.37
85402008--85402046	19	2.0	20	85	9	55	53	7	0	38	1.30
85402074--85402240	9	18.6	9	77	10	137	45	20	1	32	1.59
85402083--85402228	56	2.7	54	83	7	190	45	20	0	33	1.56
85402191--85402247	27	2.2	25	84	12	71	47	24	1	26	1.62
85402252--85402294	5	8.6	5	100	0	86	41	18	0	39	1.51
85410915--85410972	28	2.1	28	93	0	98	24	25	25	24	2.00
85412841--85412907	30	2.2	31	81	5	75	44	4	22	28	1.72
85413104--85413179	26	2.9	27	75	18	70	38	0	3	57	1.17
85413106--85413186	32	2.7	30	79	9	92	37	0	2	60	1.10
85414638--85414780	33	4.3	34	71	8	107	30	20	25	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85414803--85414903	45	2.2	45	80	3	123	37	17	23	20	1.94
85414900--85415164	46	5.7	46	85	1	325	44	15	22	17	1.86
85414900--85415164	93	2.9	92	84	3	329	44	15	22	17	1.86
85414900--85415149	139	1.8	138	84	2	349	46	14	22	16	1.84
85416024--85416181	64	2.5	64	94	2	273	43	3	7	45	1.50
85416153--85416182	14	2.1	14	100	0	60	53	6	0	40	1.27
85417006--85417107	43	2.4	43	91	0	168	27	32	19	20	1.97
85418148--85418417	138	2.0	138	93	1	461	48	14	10	26	1.75
85420680--85420722	15	3.0	15	83	6	54	46	32	0	20	1.51
85420685--85420727	22	2.0	22	81	9	52	46	30	0	23	1.52
85420937--85420972	14	2.6	14	90	0	54	33	50	0	16	1.46
85421181--85421267	41	2.2	40	87	2	120	65	8	2	24	1.31
85421491--85421616	41	3.1	40	81	5	146	18	21	22	38	1.94
85422257--85422291	14	2.5	14	95	0	61	40	5	20	34	1.76
85424165--85424200	19	1.9	18	88	5	54	5	36	0	58	1.22
85424769--85424813	19	2.4	18	85	7	54	4	31	0	64	1.13
85432107--85432298	34	5.9	33	72	17	152	40	2	17	40	1.61
85432138--85432447	30	10.5	29	70	18	135	39	1	18	40	1.58
85432107--85432418	64	5.2	64	77	13	304	39	1	17	41	1.59
85432107--85432417	126	2.6	113	81	9	304	39	1	17	41	1.59
85432277--85432328	22	2.4	22	93	0	86	40	0	19	40	1.51
85432313--85432374	26	2.5	26	94	5	110	40	0	19	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85432193--85432417	111	2.0	113	85	4	303	39	0	17	41	1.56
85433230--85433279	25	2.0	25	92	7	84	54	4	0	42	1.19
85434227--85434265	20	1.9	21	89	5	62	53	10	5	30	1.56
85435405--85435444	20	2.0	21	85	14	57	72	0	5	22	1.04
85437861--85437914	16	3.5	15	80	7	54	61	3	0	35	1.14
85438076--85438129	21	2.6	21	76	5	56	38	1	24	35	1.66
85441861--85442041	40	4.5	40	82	2	184	23	18	27	30	1.98
85441892--85442041	81	1.9	81	82	0	192	22	18	28	31	1.97
85443996--85444044	17	2.8	17	82	14	64	28	0	6	65	1.16
85445191--85445231	22	1.9	21	90	5	64	46	19	14	19	1.84
85446760--85446869	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
85453772--85453881	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
85455831--85455863	15	2.2	15	100	0	66	33	12	12	42	1.79
85457848--85457978	65	2.0	65	100	0	262	29	12	18	40	1.87
85462344--85462400	5	12.0	5	78	10	66	42	0	1	56	1.10
85462734--85462781	23	2.1	23	84	7	62	39	4	6	50	1.47
85464159--85464223	21	3.1	21	77	0	85	18	21	23	36	1.95
85465571--85465820	41	6.1	41	89	1	349	34	22	21	22	1.97
85467027--85467112	8	10.6	8	70	20	54	65	2	0	32	1.06
85467032--85467077	20	2.2	21	85	11	60	67	2	0	30	1.03
85467052--85467112	22	2.8	22	82	0	86	68	1	0	29	0.99
85467061--85467095	15	2.4	15	95	4	63	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85467277--85467365	41	2.2	41	79	0	97	41	8	15	33	1.79
85472025--85472071	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
85472587--85472647	32	2.0	30	84	9	79	9	24	9	55	1.63
85472708--85472787	31	2.6	31	74	14	78	41	13	10	35	1.78
85473954--85474012	25	2.4	25	80	11	68	38	0	0	61	0.96
85474094--85474144	18	3.0	17	80	5	59	58	9	0	31	1.30
85477839--85477869	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
85479946--85479983	14	2.7	14	100	0	76	21	7	13	57	1.60
85479960--85480358	203	2.0	203	98	0	780	29	13	23	33	1.93
85481820--85481851	10	3.1	11	82	17	50	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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