genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61675165--61675205	21	2.0	21	95	0	73	39	2	17	41	1.62
61675852--61675928	39	2.0	39	92	0	127	25	27	27	19	1.99
61683201--61683384	44	4.2	44	91	3	257	23	20	24	31	1.98
61686277--61686303	12	2.2	12	100	0	54	66	7	7	18	1.40
61691901--61691998	37	2.6	37	70	20	96	19	15	30	34	1.93
61694577--61694603	13	2.1	13	100	0	54	14	7	14	62	1.51
61695305--61695428	46	2.7	46	83	5	151	27	19	30	22	1.98
61704125--61704261	55	2.5	55	82	4	143	24	30	25	19	1.98
61711127--61711168	17	2.5	17	92	3	68	54	0	4	40	1.21
61712343--61712455	24	4.7	24	78	4	113	23	12	30	33	1.92
61712343--61712455	48	2.4	48	83	0	127	23	12	30	33	1.92
61712852--61712983	69	1.9	70	92	1	221	32	12	17	37	1.87
61713130--61713281	39	3.9	39	85	1	196	19	23	27	28	1.98
61713128--61713313	39	4.7	39	84	2	192	20	23	26	30	1.98
61725510--61725661	47	3.2	47	98	0	286	33	7	30	27	1.85
61727658--61727893	40	5.9	40	91	0	373	23	23	28	23	1.99
61732000--61732149	47	3.2	47	95	0	264	34	7	30	28	1.84
61738454--61738485	16	2.0	16	93	0	55	50	18	21	9	1.75
61738703--61738820	28	4.1	27	82	5	119	29	10	33	27	1.89
61741942--61742008	20	3.3	20	91	0	107	35	11	20	31	1.89
61742058--61742152	24	4.0	24	82	6	113	28	17	21	32	1.96
61743109--61743191	40	2.1	40	97	0	157	34	21	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61747132--61747190	16	3.7	16	86	8	75	54	15	18	11	1.71
61747405--61747489	29	3.0	29	91	1	127	23	18	31	25	1.97
61749184--61749216	16	2.1	16	94	0	57	48	24	18	9	1.76
61749433--61749533	28	3.6	28	82	2	130	25	9	35	28	1.88
61749433--61749553	28	4.3	27	79	9	125	27	11	33	27	1.91
61750726--61750806	40	2.0	40	97	0	153	37	23	13	25	1.92
61765360--61765442	30	2.7	31	87	3	125	20	26	20	32	1.97
61765663--61765730	25	2.7	25	86	6	84	29	25	26	19	1.98
61769550--61769589	21	2.0	20	85	5	53	22	27	10	40	1.86
61773244--61773326	30	2.7	31	88	3	125	21	27	19	31	1.97
61781027--61781106	31	2.7	29	84	7	108	22	26	18	32	1.97
61781322--61781385	22	2.8	23	77	13	69	31	23	25	20	1.98
61792719--61792763	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
61793362--61793419	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
61793362--61793422	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
61795244--61795300	29	2.0	29	92	0	96	45	29	0	24	1.53
61797378--61797429	26	2.0	26	100	0	104	30	7	26	34	1.85
61798876--61798951	26	2.8	26	84	4	89	35	22	11	30	1.90
61799056--61799213	27	5.9	27	77	15	132	18	22	22	36	1.95
61799055--61799213	54	3.0	53	87	2	212	18	22	22	36	1.95
61799055--61799195	27	5.2	27	84	6	171	17	21	24	36	1.94
61805232--61805328	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61807071--61807098	11	2.5	11	100	0	56	85	7	0	7	0.73
61807071--61807123	10	4.9	10	76	15	52	77	7	7	7	1.13
61808039--61808109	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
61808049--61808098	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
61808159--61808189	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
61810368--61810464	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
61812402--61812458	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
61816158--61816183	6	4.3	6	100	0	52	0	19	0	80	0.71
61816308--61816344	13	2.7	14	91	4	58	5	18	0	75	0.99
61839250--61839383	54	2.5	52	84	7	160	31	8	15	44	1.76
61841470--61841557	27	3.3	26	84	9	115	30	7	21	39	1.82
61841443--61841558	27	4.3	26	73	15	94	30	7	23	38	1.83
61845202--61845258	29	2.0	29	92	0	96	45	29	0	24	1.53
61850871--61851003	27	4.9	27	90	0	185	26	15	18	39	1.90
61864091--61864241	27	5.5	27	92	3	221	27	12	28	31	1.93
61864091--61864241	55	2.7	55	91	0	230	27	12	28	31	1.93
61881337--61881500	40	4.1	40	88	4	233	23	23	28	25	1.99
61889623--61889772	40	3.8	40	97	0	273	24	24	27	24	2.00
61892468--61892733	50	5.3	50	81	5	295	29	12	18	39	1.88
61896263--61896322	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
61900933--61901108	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
61900929--61901100	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61904049--61904128	15	5.4	15	75	12	76	11	18	12	57	1.64
61909919--61910030	43	2.6	43	84	4	138	25	18	25	29	1.98
61914016--61914126	58	1.9	58	87	7	163	50	3	19	26	1.64
61920201--61920365	46	3.5	47	78	12	155	25	27	17	29	1.98
61923720--61923891	40	4.3	40	86	5	197	26	28	20	23	1.99
61923876--61923953	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
61933296--61933395	46	2.2	45	82	7	114	25	30	17	28	1.97
61935244--61935290	17	2.8	17	73	20	53	19	8	10	61	1.53
61939444--61939495	26	2.0	27	96	3	97	34	7	9	48	1.65
61943457--61943598	42	3.4	40	78	10	133	33	17	21	28	1.96
61943458--61943612	85	1.8	84	83	6	206	33	16	20	29	1.94
61948033--61948138	32	3.3	32	85	6	133	44	8	8	38	1.65
61950272--61950318	13	3.8	13	77	5	53	63	0	2	34	1.06
61951914--61951949	18	1.9	18	94	5	63	5	16	16	61	1.53
61953144--61953177	16	2.0	18	88	11	54	47	11	0	41	1.40
61955796--61955872	34	2.2	35	93	2	129	44	20	6	28	1.76
61958515--61958573	29	2.0	29	100	0	118	30	6	20	42	1.78
61965403--61965568	40	4.2	40	91	0	269	22	22	29	25	1.99
61972106--61972298	40	4.8	39	89	4	271	23	24	28	23	1.99
61976230--61976536	47	6.6	46	69	14	200	23	29	20	26	1.99
61978745--61978870	28	4.5	28	90	2	182	32	28	12	26	1.93
61986942--61987064	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61992186--61992411	39	5.8	39	87	7	293	25	27	22	24	2.00
61992174--61992413	76	3.1	78	85	8	305	25	27	22	25	2.00
62000216--62000447	40	5.8	40	88	4	303	24	27	22	25	2.00
62000207--62000449	79	3.1	80	85	6	309	25	26	22	25	2.00
62006902--62007073	46	3.7	46	76	9	186	22	29	22	26	1.99
62013809--62013838	13	2.3	13	94	0	51	10	20	46	23	1.80
62021360--62021387	10	2.8	10	100	0	56	39	7	42	10	1.67
62024835--62024881	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
62025233--62025364	50	2.6	51	84	4	160	25	15	25	33	1.95
62026592--62026686	49	1.9	49	89	0	145	27	16	26	29	1.97
62033154--62033258	43	2.5	42	79	4	120	32	26	13	27	1.94
62039152--62039230	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
62039349--62039953	47	12.7	47	94	2	1007	30	29	7	32	1.85
62041646--62041670	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
62043876--62044134	40	6.5	40	95	0	448	27	28	19	24	1.99
62045353--62045425	37	2.0	37	86	0	101	28	32	17	20	1.96
62045546--62046297	47	15.7	47	96	1	1288	30	29	8	32	1.86
62045546--62046297	98	7.9	96	96	2	1313	30	29	8	32	1.86
62052611--62052693	34	2.4	35	78	9	91	28	20	24	26	1.99
62074824--62074996	46	3.7	46	76	10	190	29	27	20	21	1.98
62077395--62077474	15	5.4	15	75	12	67	60	12	17	10	1.59
62077395--62077483	30	3.0	30	78	14	94	58	14	16	10	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62077404--62077481	15	5.1	16	80	9	92	57	14	17	10	1.64
62077395--62077481	45	1.9	45	86	4	122	58	14	17	9	1.62
62079501--62079678	27	6.6	27	81	3	187	26	15	28	29	1.96
62079502--62079657	82	1.9	81	85	3	215	26	15	28	29	1.96
62079498--62079678	82	2.2	81	81	2	211	27	15	27	29	1.96
62083726--62083896	93	1.8	93	92	2	290	29	28	19	22	1.98
62083723--62083893	46	3.7	45	79	13	188	29	28	19	22	1.98
62092019--62092072	27	2.0	27	96	0	99	25	1	11	61	1.40
62094089--62094238	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
62094061--62094238	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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