genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35046164--35046203	14	2.8	14	96	3	71	22	0	0	77	0.77
35049455--35049499	21	2.1	21	87	0	63	20	37	13	28	1.90
35052843--35052959	43	2.8	42	78	7	137	27	17	23	31	1.97
35055318--35055349	17	1.9	16	93	6	55	25	37	18	18	1.94
35056314--35056347	13	2.7	13	90	4	52	52	8	20	17	1.71
35058774--35058852	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
35058971--35059287	47	6.7	47	92	0	483	28	31	8	31	1.87
35060883--35061027	44	2.9	50	80	18	185	22	24	7	46	1.77
35060932--35061034	44	2.3	44	94	0	188	21	25	7	45	1.78
35063144--35063488	41	8.4	41	76	7	267	19	16	23	40	1.91
35063131--35063465	165	2.0	164	83	2	413	20	17	23	39	1.92
35063139--35063470	82	4.0	82	81	3	362	19	16	24	39	1.92
35063482--35063748	41	6.5	41	78	3	259	19	16	25	38	1.92
35063390--35063595	105	1.9	107	88	5	312	19	15	25	39	1.91
35063268--35063693	228	1.9	229	84	3	572	19	15	24	39	1.91
35063482--35063748	82	3.3	82	81	1	311	19	16	25	38	1.92
35063350--35063627	146	1.9	146	81	4	337	18	15	26	39	1.90
35063296--35063644	187	1.9	187	84	3	470	19	15	25	39	1.91
35063482--35063754	123	2.2	123	81	7	322	20	15	25	38	1.92
35065253--35065344	47	2.0	47	97	0	175	31	9	17	41	1.82
35067926--35067954	11	2.6	11	100	0	58	17	0	24	58	1.38
35074898--35074924	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35076278--35076330	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
35078680--35078704	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
35081216--35081262	18	2.6	18	76	10	51	59	0	2	38	1.09
35087903--35087940	3	13.0	3	88	5	60	65	0	2	31	1.06
35089646--35089915	51	5.5	51	68	14	172	28	22	17	31	1.97
35089697--35089875	46	3.8	46	71	13	130	28	22	18	30	1.97
35089646--35089963	97	3.3	97	83	1	390	27	22	18	31	1.97
35089894--35090445	143	3.9	143	87	0	764	27	20	20	31	1.98
35096454--35096510	3	18.7	3	78	10	62	63	3	1	31	1.22
35118068--35118401	50	6.8	50	79	8	366	28	19	28	24	1.98
35122172--35122417	55	4.6	53	79	11	247	36	18	24	20	1.95
35122180--35122380	108	1.8	110	87	4	300	35	17	25	21	1.95
35124955--35125533	180	3.2	179	88	1	820	28	24	16	30	1.97
35133946--35133983	14	2.6	15	88	12	53	44	10	18	26	1.82
35137026--35137133	26	4.2	26	91	0	171	33	8	23	35	1.85
35146068--35146126	29	2.0	29	86	0	82	27	8	18	45	1.78
35146482--35146521	21	1.9	21	85	10	55	35	5	15	45	1.68
35166761--35166938	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
35166782--35166937	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
35174510--35174685	27	6.5	27	84	3	201	30	27	15	26	1.96
35174531--35174685	82	1.9	81	88	4	231	29	27	15	27	1.96
35178603--35178731	46	2.8	46	82	3	152	31	21	23	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35181260--35181418	45	3.6	45	84	8	184	27	28	22	22	1.99
35181392--35181571	42	4.2	43	85	5	249	33	31	23	11	1.90
35181350--35181571	85	2.6	85	82	3	266	32	30	22	13	1.93
35198714--35198830	58	2.0	58	98	0	225	32	21	11	35	1.89
35199275--35199324	21	2.5	19	83	9	55	60	0	0	40	0.97
35199740--35199790	9	5.6	9	76	4	57	21	41	3	33	1.72
35204508--35204605	40	2.5	40	90	5	146	21	29	24	24	1.99
35212376--35212472	39	2.5	40	88	6	137	20	28	24	25	1.99
35214866--35214965	23	4.3	23	76	8	96	32	16	22	30	1.95
35214866--35214987	23	5.3	22	75	10	95	32	17	21	28	1.96
35214866--35214966	46	2.2	46	85	3	132	31	15	21	30	1.95
35214907--35214997	46	2.0	46	84	4	121	32	16	21	28	1.95
35215779--35215815	19	1.9	19	94	0	65	16	37	18	27	1.92
35247050--35247227	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
35247071--35247226	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
35255126--35255301	27	6.5	27	84	3	201	30	27	15	26	1.96
35255147--35255301	82	1.9	81	88	4	231	29	27	15	27	1.96
35259257--35259385	46	2.8	46	82	3	152	31	21	23	23	1.98
35261942--35262100	45	3.6	45	84	8	184	27	28	22	22	1.99
35262074--35262255	43	4.2	43	87	2	267	33	32	23	10	1.89
35262029--35262255	86	2.6	86	85	1	292	32	31	22	13	1.93
35275235--35275281	22	2.1	22	100	0	94	53	23	0	23	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35277848--35277878	15	2.1	15	100	0	62	22	6	38	32	1.80
35282810--35282979	46	3.7	45	78	13	193	22	20	27	29	1.98
35282804--35282974	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	29	1.98
35284336--35284405	20	3.3	20	66	14	59	48	18	2	30	1.62
35284337--35284409	22	3.2	24	63	21	66	49	20	2	27	1.63
35284337--35284426	44	2.0	44	100	0	180	47	21	2	28	1.62
35284986--35285077	33	2.8	33	80	8	116	32	23	10	32	1.90
35284988--35285101	33	3.5	33	79	11	110	33	23	11	31	1.90
35289748--35289818	22	3.2	22	66	15	65	39	15	11	33	1.83
35289729--35289822	44	2.2	44	98	1	181	38	13	11	36	1.82
35289911--35290001	25	3.6	25	75	8	87	28	20	26	24	1.99
35296683--35296859	27	6.6	27	82	5	169	29	28	14	27	1.95
35296683--35296859	55	3.3	54	81	4	196	29	28	14	27	1.95
35298995--35299217	48	4.6	48	84	2	277	29	15	26	28	1.96
35305947--35306209	48	5.5	48	76	5	235	29	17	25	27	1.98
35305929--35306209	96	2.9	96	90	0	418	29	17	25	27	1.97
35308358--35308534	40	4.5	40	85	5	236	25	23	27	22	2.00
35316320--35316491	37	4.6	40	83	11	206	27	22	27	22	1.99
35328678--35328786	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
35328935--35329044	58	1.9	58	87	7	161	34	23	3	38	1.73
35329046--35329286	47	5.1	47	91	0	356	26	29	10	32	1.90
35329139--35329257	22	5.1	22	65	25	66	25	29	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35334482--35334589	29	3.8	29	81	6	121	28	27	14	28	1.96
35334479--35334587	58	1.9	58	90	1	175	28	28	14	28	1.95
35334669--35334704	19	1.9	19	88	5	56	16	38	19	25	1.92
35338990--35339258	40	6.8	40	90	1	389	24	23	28	23	2.00
35342524--35343311	429	1.8	421	85	9	1063	34	14	22	29	1.93
35345379--35345773	47	8.4	47	93	0	646	32	8	30	28	1.87
35345892--35345970	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
35348585--35348809	40	5.6	40	85	2	290	25	24	26	23	2.00
35354755--35354833	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
35354952--35355174	47	4.7	47	91	1	331	28	31	8	31	1.88
35358500--35358662	77	2.1	77	96	0	299	34	10	15	39	1.82
35359542--35359812	40	6.8	40	90	1	393	23	23	28	23	2.00
35365910--35365939	16	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
35367479--35367513	13	2.7	13	90	0	52	31	8	20	40	1.82
35373085--35373158	30	2.5	30	93	0	130	35	12	21	31	1.90
35376773--35376804	16	2.1	16	94	5	57	56	6	0	37	1.25
35376804--35377381	116	5.3	109	83	11	564	52	15	0	30	1.49
35376852--35377309	227	2.0	224	88	6	692	52	15	0	31	1.49
35376852--35377308	116	4.0	112	90	6	667	52	15	0	31	1.49
35377566--35377606	3	13.3	3	89	5	64	0	36	0	63	0.95
35377568--35377605	19	2.0	19	94	0	67	0	39	0	60	0.97
35377566--35377610	22	2.1	22	91	4	74	0	37	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35378381--35378452	24	3.0	24	79	2	72	55	0	0	44	0.99
35383818--35383961	49	2.9	49	83	4	191	27	27	20	25	1.99
35386095--35386159	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
35389174--35389360	50	3.8	48	79	8	187	28	26	18	25	1.98
35389185--35389371	101	1.9	99	85	4	259	28	27	18	25	1.98
35394858--35394896	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
35396389--35396506	29	4.1	29	75	6	116	30	14	28	26	1.95
35403700--35403982	46	6.0	50	73	15	201	24	30	17	27	1.97
35403707--35404020	46	6.7	45	74	11	199	24	30	17	27	1.97
35403766--35404020	140	1.8	141	84	5	356	24	30	16	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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