genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71149604--71149683	30	2.7	30	80	7	99	55	13	17	13	1.70
71152599--71152773	46	3.8	46	77	10	176	28	29	20	21	1.98
71152606--71152778	93	1.9	93	91	0	283	27	29	20	21	1.98
71155524--71155563	21	2.0	20	85	5	53	32	12	22	32	1.91
71157535--71157583	20	2.4	21	73	10	57	36	6	2	55	1.37
71157495--71157583	40	2.2	40	82	7	101	39	6	1	52	1.35
71158835--71158862	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
71159444--71159473	15	2.0	15	93	0	51	20	20	43	16	1.88
71161339--71161399	31	2.0	31	90	0	95	50	9	6	32	1.61
71164365--71164442	36	2.2	36	97	0	147	55	1	2	41	1.22
71164628--71164664	2	19.5	2	89	10	60	54	0	0	45	1.00
71165369--71165403	18	1.9	18	88	0	52	28	28	2	40	1.71
71167494--71167551	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
71170482--71170644	43	3.8	41	78	4	155	25	17	24	33	1.96
71170472--71170624	43	3.6	43	77	10	159	26	16	23	33	1.96
71174935--71174984	22	2.3	22	92	0	82	40	34	16	10	1.81
71174950--71175048	38	2.6	38	85	0	135	37	32	16	14	1.88
71177366--71177409	18	2.4	18	88	0	61	63	4	6	25	1.38
71179873--71180095	49	4.7	46	77	8	182	26	21	28	22	1.99
71183518--71183649	55	2.4	56	84	5	169	23	18	28	29	1.98
71200662--71200719	30	1.9	30	96	0	107	32	15	25	25	1.95
71201135--71201311	99	1.8	94	83	8	230	26	18	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71203890--71204115	85	2.7	85	84	4	287	28	19	23	28	1.99
71203893--71204133	43	5.7	42	72	11	161	27	20	24	27	1.99
71213296--71213564	46	5.8	46	88	0	342	40	14	24	19	1.90
71213306--71213564	92	2.8	92	89	0	392	40	15	24	19	1.90
71213850--71213882	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
71215008--71215255	85	3.0	84	86	4	331	24	19	27	29	1.98
71215009--71215241	43	5.5	42	73	10	199	25	19	27	28	1.99
71217739--71217915	38	4.9	37	72	11	134	35	29	19	15	1.93
71217785--71217915	69	1.9	69	87	3	192	33	29	19	17	1.95
71224620--71224665	19	2.3	21	85	10	62	28	6	2	63	1.31
71224833--71224868	14	2.5	14	86	4	54	44	0	0	55	0.99
71226405--71226436	15	2.1	15	100	0	64	37	15	15	31	1.89
71226408--71226444	15	2.4	15	90	4	56	43	13	13	29	1.82
71230493--71230519	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
71230948--71230977	14	2.2	13	94	5	51	33	0	13	53	1.40
71239129--71239316	49	3.8	49	84	2	250	25	19	25	29	1.98
71239124--71239322	100	2.0	100	92	0	335	24	20	25	29	1.99
71242031--71242080	15	3.3	15	86	8	66	14	10	18	58	1.63
71244834--71245034	101	2.0	100	91	0	321	24	18	26	30	1.98
71246791--71246820	14	2.2	13	94	5	51	33	0	13	53	1.40
71252155--71252225	35	2.0	35	88	0	106	43	21	7	28	1.78
71260177--71260286	56	2.0	56	94	0	193	33	9	14	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71261630--71261682	27	2.0	27	100	0	106	33	11	11	43	1.76
71270700--71270730	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
71274405--71274581	93	1.9	93	88	4	268	42	5	3	49	1.41
71274559--71274657	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
71274614--71274647	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
71274619--71274666	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
71274663--71274841	54	3.1	54	65	22	137	41	2	7	49	1.43
71274659--71274846	61	3.1	61	68	14	190	41	2	6	49	1.41
71274707--71274741	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
71274656--71274878	120	1.9	120	97	0	419	42	2	6	49	1.40
71274827--71274861	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
71274690--71274875	54	3.2	54	66	21	142	43	1	4	50	1.33
71274815--71275086	144	1.9	147	94	3	487	47	2	3	46	1.34
71274971--71275005	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
71275167--71275261	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
71275240--71275272	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
71275253--71275295	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
71278280--71278420	53	2.7	53	80	10	139	48	0	24	25	1.56
71278535--71278571	18	2.1	18	89	0	56	27	5	13	54	1.61
71279991--71280048	25	2.4	24	80	8	64	55	5	1	37	1.33
71279991--71280039	25	2.0	25	84	11	66	51	6	2	40	1.38
71280144--71280191	25	1.9	25	83	8	62	66	8	4	20	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71282951--71283022	35	2.1	35	86	5	101	37	5	6	50	1.53
71283195--71283238	21	2.0	22	82	4	54	20	2	4	72	1.13
71284037--71284076	8	5.0	8	90	0	53	10	40	0	50	1.36
71290264--71290294	14	2.2	14	100	0	62	45	12	16	25	1.83
71295876--71295922	22	2.1	22	88	0	67	38	6	8	46	1.60
71297894--71297922	15	1.9	15	100	0	58	34	31	20	13	1.92
71298812--71298904	40	2.3	40	86	0	123	32	25	18	23	1.97
71305526--71305753	46	5.0	46	92	1	323	38	14	24	21	1.92
71311505--71311563	31	1.9	30	83	10	75	28	22	3	45	1.68
71311915--71312026	28	4.0	28	80	0	125	30	27	13	28	1.94
71312014--71312107	40	2.3	40	83	0	107	34	26	15	23	1.95
71316944--71317349	46	8.8	46	92	0	580	39	14	24	21	1.91
71324860--71324959	38	2.5	40	71	11	98	22	19	29	30	1.97
71325180--71325244	21	3.0	22	71	15	71	15	20	23	41	1.89
71326264--71326312	25	2.0	25	91	0	80	26	14	14	44	1.83
71327902--71327960	21	2.8	21	76	7	66	40	0	5	54	1.23
71330818--71331079	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00
71347721--71347831	40	2.8	39	81	9	118	28	23	15	32	1.95
71347761--71347852	40	2.3	40	98	0	175	27	20	17	34	1.95
71349878--71350029	42	3.6	42	78	8	121	45	17	19	18	1.86
71349980--71350034	21	2.6	21	80	5	67	50	16	16	16	1.78
71358384--71358766	184	2.1	184	89	1	588	42	11	10	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71361488--71361531	19	2.4	19	88	11	65	29	0	0	70	0.88
71361489--71361530	12	3.4	13	84	15	54	28	0	0	71	0.86
71368507--71368555	13	3.8	13	80	0	62	40	6	2	51	1.38
71368500--71368555	26	2.1	27	83	9	80	41	5	3	50	1.43
71368507--71368558	26	2.0	26	96	0	95	38	5	3	51	1.44
71370147--71370284	44	3.3	40	77	6	107	24	14	27	33	1.94
71372868--71372968	46	2.2	46	98	0	193	34	20	7	36	1.82
71377443--71377488	22	2.0	23	83	4	58	17	8	17	56	1.65
71377753--71377936	90	2.0	92	87	4	266	20	21	20	37	1.94
71381056--71381115	30	2.0	30	96	0	111	51	13	10	25	1.71
71381723--71381782	30	1.9	30	87	12	86	41	0	1	56	1.09
71389499--71389524	7	3.7	7	100	0	52	0	42	0	57	0.98
71397153--71397200	19	2.6	19	90	3	71	35	0	12	52	1.40
71401752--71401799	19	2.6	19	83	3	62	37	2	12	47	1.53
71402961--71403081	60	2.0	60	93	0	206	30	17	17	34	1.93
71421459--71421555	48	2.0	48	95	0	176	35	20	6	38	1.78
71430596--71430624	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
71431893--71431935	22	2.0	22	90	4	70	44	4	25	25	1.73
71434767--71434800	15	2.3	15	90	10	52	8	20	0	70	1.13
71438708--71438749	21	2.0	22	85	4	59	57	0	0	42	0.99
71439521--71439572	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
71441491--71441542	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71444104--71444155	24	2.2	24	92	0	86	44	13	5	36	1.68
71444115--71444166	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
71448079--71448112	17	2.0	17	100	0	68	52	5	5	35	1.50
71455127--71455156	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
71462790--71462896	39	2.7	39	86	4	135	28	26	20	25	1.99
71462788--71462972	40	4.7	40	78	6	171	27	27	21	24	1.99
71462904--71462981	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
71470090--71470221	40	3.3	40	86	2	176	26	28	21	23	1.99
71470090--71470274	40	4.6	40	74	14	130	25	28	21	24	1.99
71475544--71475658	44	2.6	45	84	2	142	35	14	21	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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