genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74003644--74003784	27	5.2	26	79	10	140	18	22	22	36	1.95
74003644--74003760	54	2.2	54	92	0	189	17	23	23	35	1.96
74003644--74003784	54	2.6	53	82	8	185	18	22	22	36	1.95
74010165--74010215	23	2.2	23	82	6	59	41	3	5	49	1.45
74010224--74010264	18	2.2	19	86	4	57	46	0	4	48	1.23
74011083--74011115	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
74014001--74014077	5	14.8	5	74	17	61	76	1	3	18	1.01
74014001--74014076	14	4.9	15	73	17	66	76	1	3	18	1.01
74018850--74018892	22	1.9	23	90	4	70	13	39	11	34	1.82
74022195--74022227	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
74038081--74038560	132	3.7	132	88	1	642	33	19	19	26	1.96
74040960--74040995	18	1.9	18	88	5	54	13	22	41	22	1.89
74041530--74042262	45	16.8	44	65	13	192	28	26	16	27	1.97
74041428--74042267	131	6.4	131	90	1	1240	28	26	17	27	1.97
74042289--74042412	64	1.9	64	86	3	178	35	13	18	32	1.90
74043498--74043541	6	7.2	6	85	12	54	2	18	0	79	0.83
74043543--74043568	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
74055334--74055401	26	2.6	28	84	9	81	55	7	2	33	1.42
74055330--74055418	28	3.2	28	75	12	76	53	5	4	35	1.45
74055835--74055959	3	41.0	3	71	9	74	57	4	4	32	1.41
74056868--74057003	52	2.6	53	84	3	177	26	16	27	30	1.97
74057070--74057183	57	2.0	57	98	0	219	25	19	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74061418--74061502	22	3.9	23	90	6	124	23	23	20	32	1.97
74061403--74061531	44	2.8	45	81	10	138	24	21	18	34	1.96
74065011--74065055	19	2.4	18	82	13	56	22	2	2	73	1.05
74071040--74071064	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
74071040--74071078	19	2.0	20	90	5	62	69	0	0	30	0.89
74073433--74073465	15	2.3	15	89	5	50	75	9	0	15	1.03
74073601--74073687	16	5.1	17	70	25	60	57	3	3	35	1.32
74078049--74078087	18	2.1	19	95	4	71	76	10	0	12	1.01
74078388--74078417	15	2.0	15	93	0	51	76	13	10	0	1.01
74079757--74079856	3	33.7	3	76	2	94	30	7	2	61	1.34
74091702--74091956	44	5.8	44	78	9	259	28	18	23	29	1.97
74091700--74091946	89	2.8	88	78	9	261	28	18	23	29	1.98
74091703--74092132	133	3.4	131	81	9	553	29	18	23	29	1.97
74097530--74097569	18	2.4	17	84	15	57	60	5	0	35	1.19
74100222--74100247	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
74109070--74109122	19	2.9	18	77	5	61	75	3	1	18	1.05
74115759--74115786	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
74115988--74116065	27	3.0	25	80	9	86	52	5	8	33	1.55
74116224--74116334	20	5.3	20	75	16	91	61	2	2	33	1.24
74116224--74116333	21	5.2	21	78	13	84	60	2	2	33	1.25
74116230--74116334	44	2.5	43	84	9	128	60	2	2	33	1.26
74116531--74116562	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74116564--74116725	3	54.7	3	65	20	56	60	2	6	30	1.34
74116608--74116651	20	2.3	20	84	7	56	56	2	6	34	1.38
74121721--74121760	18	2.4	17	84	15	57	60	5	0	35	1.19
74124364--74124389	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
74133191--74133245	19	3.0	18	78	5	65	74	3	1	20	1.06
74133267--74133331	32	2.1	32	83	11	82	63	0	7	29	1.22
74140087--74140164	27	3.0	25	80	9	86	52	5	8	33	1.55
74140325--74140436	21	5.3	20	76	14	93	60	2	2	33	1.25
74140353--74140438	10	8.8	10	71	17	65	61	2	1	34	1.16
74140318--74140436	44	2.7	43	79	14	129	59	3	2	34	1.27
74140634--74140665	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
74140667--74140829	3	54.7	3	67	18	65	60	2	6	31	1.34
74145845--74145884	18	2.4	17	84	15	57	60	5	0	35	1.19
74148268--74148325	30	1.9	30	85	0	80	55	8	3	32	1.47
74148529--74148554	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
74157375--74157429	19	3.0	18	78	5	65	74	3	1	20	1.06
74157451--74157515	32	2.1	32	83	11	82	63	0	7	29	1.22
74164313--74164390	27	3.0	25	80	9	86	52	5	8	33	1.55
74164552--74164663	21	5.2	22	77	12	99	60	2	2	33	1.25
74164558--74164664	44	2.5	44	83	10	132	60	2	2	33	1.25
74164862--74164893	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
74164895--74165058	3	54.7	3	66	18	65	60	2	6	31	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74167716--74167839	45	2.8	44	80	4	135	29	24	17	29	1.97
74167663--74167877	44	4.8	45	74	5	159	30	20	17	32	1.95
74167678--74167920	89	2.7	88	78	9	226	28	20	18	31	1.97
74168137--74168390	139	1.8	139	87	1	384	32	18	15	33	1.93
74168170--74168478	45	6.8	45	72	8	144	32	20	15	31	1.94
74169366--74169403	10	3.8	10	83	10	51	0	10	2	86	0.66
74169366--74169403	20	1.9	20	89	10	60	0	10	2	86	0.66
74174634--74175471	176	4.7	176	84	2	1057	27	23	18	31	1.97
74174634--74175466	354	2.3	354	86	1	1139	27	23	18	30	1.97
74176634--74176783	53	2.9	51	86	3	210	16	22	17	44	1.87
74185013--74185178	35	4.6	37	78	10	164	31	10	23	33	1.89
74185013--74185183	75	2.4	75	82	7	194	32	11	22	33	1.89
74186606--74186645	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
74188526--74188558	16	2.1	16	100	0	66	6	24	12	57	1.57
74188526--74188562	16	2.5	15	87	12	51	5	21	16	56	1.59
74191028--74191174	33	4.5	33	82	2	109	29	21	14	34	1.94
74198586--74198717	33	4.0	33	84	2	113	31	20	15	32	1.94
74198597--74198720	66	1.9	65	81	5	151	31	20	14	33	1.92
74200395--74200469	12	7.1	10	77	11	55	72	1	6	20	1.15
74200544--74200590	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
74200614--74200666	19	2.6	19	85	8	61	83	3	1	11	0.87
74200614--74200666	10	5.2	10	80	11	54	83	3	1	11	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74200614--74200669	15	3.5	15	79	13	51	82	3	1	12	0.88
74207398--74207969	137	4.1	137	95	1	968	33	8	29	28	1.87
74207398--74207969	47	12.4	47	85	8	793	33	8	29	28	1.87
74217071--74217106	18	2.0	18	88	0	54	61	2	0	36	1.11
74217405--74217429	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
74217629--74217716	45	2.0	45	97	0	167	22	25	18	34	1.96
74223182--74223239	24	2.5	24	80	5	66	39	0	0	60	0.97
74223500--74223537	8	4.8	8	84	12	51	42	0	0	57	0.98
74225648--74225712	34	1.9	34	100	0	130	35	10	7	46	1.68
74237806--74238119	161	2.0	156	84	3	403	30	14	16	38	1.89
74240370--74240412	18	2.4	18	92	0	68	25	53	0	20	1.46
74240388--74240527	57	2.5	57	84	0	181	27	45	3	23	1.70
74240502--74240557	18	3.3	18	80	14	73	25	53	0	21	1.46
74240388--74240549	57	2.8	57	80	0	135	27	46	3	22	1.66
74240546--74240627	24	3.4	24	69	12	69	28	46	3	21	1.68
74240616--74240678	24	2.7	24	87	7	94	30	41	0	28	1.56
74241592--74241712	29	4.2	28	75	13	93	49	28	2	19	1.61
74246067--74246124	22	2.6	23	75	8	66	44	12	6	36	1.68
74248242--74248369	18	7.4	18	69	15	83	5	26	9	58	1.51
74248243--74248369	36	3.8	31	71	16	92	5	26	9	58	1.52
74248272--74248370	36	2.8	36	86	4	132	5	26	10	58	1.51
74251374--74251404	13	2.5	13	94	5	55	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74255607--74255657	20	2.5	20	90	0	75	72	7	11	7	1.28
74256162--74256488	151	2.2	149	82	3	415	57	7	7	28	1.52
74256762--74256810	19	2.5	20	90	3	73	8	12	8	71	1.31
74259377--74259406	15	2.0	15	93	0	51	20	36	0	43	1.52
74261617--74261673	29	2.1	27	80	9	62	21	14	12	52	1.73
74267529--74267565	18	2.0	19	89	5	58	56	10	2	29	1.47
74271665--74271710	23	2.0	23	100	0	92	39	13	26	21	1.90
74282221--74282392	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
74282213--74282388	46	3.8	46	79	10	205	28	29	20	21	1.98
74285827--74285859	17	2.0	16	94	5	57	42	18	0	39	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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