genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15712772--15712881	26	4.2	26	91	2	168	33	4	25	36	1.76
15714324--15714399	26	2.8	26	82	4	80	35	21	13	30	1.91
15714502--15714614	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
15714500--15714614	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
15714676--15714715	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
15731314--15731338	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
15733873--15733905	16	2.1	16	94	0	57	45	21	24	9	1.80
15740731--15740790	31	1.9	32	83	10	79	43	16	3	36	1.65
15744763--15744851	44	2.0	44	100	0	178	22	23	17	35	1.95
15755569--15755629	32	1.9	32	86	3	88	54	1	11	32	1.46
15755718--15755762	22	2.0	21	83	8	54	71	6	6	15	1.29
15758025--15758066	3	14.0	3	94	0	75	30	0	2	66	1.04
15759539--15759709	46	3.7	46	92	0	288	29	19	27	23	1.98
15759538--15759754	92	2.4	91	85	4	294	29	19	27	23	1.98
15759539--15759754	46	4.7	44	86	5	254	30	19	26	23	1.98
15759823--15759938	49	2.4	49	82	2	135	31	20	25	21	1.98
15762915--15762949	17	2.1	17	88	0	52	25	5	22	45	1.74
15764039--15764102	21	3.2	21	60	13	53	39	9	10	40	1.73
15765227--15765325	49	2.0	49	100	0	198	30	12	32	25	1.92
15765991--15766028	19	2.0	19	100	0	76	42	5	5	47	1.48
15766323--15766377	22	2.4	22	82	11	58	41	0	3	54	1.18
15766429--15766474	2	23.0	2	86	8	67	47	4	0	47	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15767076--15767140	16	3.9	16	69	15	51	64	4	0	30	1.14
15768544--15768712	54	3.1	54	82	3	207	40	15	28	15	1.88
15769067--15769146	39	2.1	39	95	0	142	28	5	31	35	1.79
15769106--15769431	180	1.8	177	86	3	474	30	12	27	28	1.93
15770864--15770953	30	3.0	29	81	4	81	34	5	7	52	1.54
15770886--15770953	30	2.3	30	84	2	93	33	5	7	52	1.53
15780696--15780745	19	2.9	18	82	14	61	38	0	4	58	1.17
15781280--15781323	18	2.4	19	80	7	54	20	18	20	40	1.91
15782476--15782500	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
15782590--15782705	57	2.1	57	90	8	184	30	15	13	40	1.86
15783793--15783835	23	2.0	21	81	9	50	62	0	6	30	1.21
15804392--15804451	28	2.1	28	96	0	111	33	21	10	35	1.87
15806645--15806688	6	7.0	6	80	10	52	25	0	0	75	0.81
15806644--15806687	20	2.3	19	88	7	70	22	0	0	77	0.77
15806670--15806701	14	2.4	14	90	10	50	28	6	0	65	1.16
15808543--15808567	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
15809276--15809534	46	5.5	46	79	12	235	27	18	29	23	1.98
15809276--15809534	140	1.8	141	85	7	366	27	18	29	23	1.98
15812541--15812712	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
15812533--15812708	46	3.8	46	78	12	198	28	28	20	21	1.98
15813525--15813837	160	2.0	160	99	0	617	29	20	18	31	1.97
15822883--15822907	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15823600--15823772	46	3.7	46	80	12	178	29	17	28	23	1.97
15823640--15823768	46	2.8	46	92	1	195	30	17	30	22	1.96
15823600--15823825	93	2.5	89	79	9	224	29	18	29	23	1.98
15823640--15823906	92	2.9	92	78	7	220	28	17	30	24	1.97
15823882--15824059	49	3.7	49	81	6	218	25	20	27	26	1.99
15823644--15824004	46	7.7	47	75	8	184	27	18	29	24	1.98
15823877--15824056	96	1.9	96	92	0	306	25	20	27	26	1.99
15826176--15826234	20	3.0	20	82	0	73	45	11	6	35	1.67
15826176--15826258	40	2.1	40	84	8	107	48	12	7	32	1.68
15832372--15832406	6	5.7	6	89	3	52	80	0	17	2	0.84
15832912--15833073	83	2.0	83	92	0	270	31	22	22	22	1.98
15834120--15834165	22	2.0	24	84	16	62	28	19	4	47	1.68
15841129--15841181	27	2.0	27	92	0	88	22	13	15	49	1.79
15842657--15842698	16	2.6	16	81	11	50	21	7	4	66	1.35
15855071--15855199	63	2.0	63	96	0	240	38	10	6	44	1.65
15858248--15858463	94	2.3	95	80	7	244	24	27	18	30	1.98
15858239--15858462	46	4.8	43	74	13	153	23	27	18	30	1.98
15872958--15873065	27	4.0	27	74	9	76	35	16	12	35	1.87
15873043--15873130	27	3.3	27	80	3	79	36	13	21	28	1.92
15873269--15873377	27	4.1	27	87	8	136	22	22	21	33	1.97
15873269--15873377	53	2.1	52	83	8	132	22	22	21	33	1.97
15873536--15873666	28	4.4	28	69	16	73	25	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15873565--15873662	33	3.0	32	80	3	106	26	18	25	29	1.98
15873563--15873652	32	2.8	33	82	1	110	27	17	25	28	1.98
15877114--15877147	17	1.9	18	88	5	52	14	26	32	26	1.95
15877596--15877675	27	3.0	27	86	0	106	37	18	11	32	1.87
15877688--15877905	27	8.1	27	84	0	265	33	17	22	26	1.96
15878045--15878135	27	3.5	26	93	3	148	24	15	20	39	1.91
15878044--15878181	27	5.3	26	87	6	147	22	18	21	38	1.93
15878369--15878464	33	2.9	34	77	11	101	26	19	25	29	1.99
15888765--15888790	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
15889195--15889247	12	4.9	11	76	19	58	3	16	0	79	0.88
15889198--15889244	6	7.5	6	84	15	60	4	14	0	80	0.85
15889174--15889238	25	2.6	26	81	11	66	6	18	1	73	1.11
15895806--15895865	29	2.1	29	96	0	111	31	18	15	35	1.91
15899140--15899241	28	3.7	27	80	5	105	26	16	31	25	1.97
15899140--15899301	56	2.9	55	80	7	184	27	17	29	25	1.98
15905443--15905667	40	5.7	40	87	5	289	24	22	28	25	1.99
15905443--15905700	119	2.2	119	82	8	294	25	21	27	25	1.99
15913439--15913662	40	5.6	40	86	7	287	24	23	27	24	2.00
15913438--15913695	119	2.2	119	82	6	301	25	22	27	24	2.00
15916732--15916859	28	4.6	28	81	7	152	29	18	26	25	1.98
15916760--15916894	56	2.4	56	80	7	150	28	17	27	25	1.98
15924070--15924197	49	2.6	48	82	3	150	25	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15924117--15924301	49	3.6	49	76	16	169	21	28	21	28	1.99
15924164--15924279	58	2.0	58	81	6	137	20	29	23	26	1.99
15924229--15924393	89	1.8	90	84	6	228	22	29	18	29	1.97
15926524--15926558	6	5.5	6	87	12	52	14	20	0	65	1.26
15931546--15931602	28	2.0	28	96	0	105	8	28	15	47	1.75
15931645--15931672	12	2.3	12	100	0	56	14	0	0	85	0.59
15934218--15934246	5	5.8	5	100	0	58	37	0	0	62	0.96
15934928--15934952	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
15941547--15941690	49	2.9	49	76	8	116	27	15	25	31	1.95
15942499--15943543	352	3.0	351	95	2	1880	39	23	6	30	1.81
15945696--15945741	19	2.3	20	81	7	58	19	17	10	52	1.74
15946333--15946415	28	3.0	28	82	3	96	30	15	15	38	1.89
15946972--15947076	34	3.1	34	94	0	192	38	19	1	40	1.62
15947113--15947149	6	6.5	6	93	3	51	32	18	0	48	1.49
15949003--15949066	33	1.9	33	81	12	78	31	4	14	50	1.63
15949095--15949168	18	4.2	18	79	6	71	63	0	5	31	1.17
15949533--15949602	31	2.3	31	87	2	97	35	11	2	50	1.53
15949552--15949617	31	2.1	31	97	0	123	28	10	4	56	1.53
15949629--15949700	19	3.9	18	78	10	65	37	4	0	58	1.18
15949613--15949680	36	1.9	35	88	5	102	30	7	0	61	1.23
15949622--15949700	10	8.3	10	72	19	53	36	5	0	58	1.20
15949641--15949707	9	7.1	9	76	17	57	35	2	0	61	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15949628--15949707	38	2.2	35	80	10	88	38	3	0	57	1.17
15950835--15950878	21	2.0	23	83	16	58	29	2	11	56	1.46
15951390--15951431	18	2.3	18	76	8	50	33	0	0	66	0.92
15952055--15952084	8	3.9	8	95	4	53	46	0	0	53	1.00
15955633--15955669	5	7.4	5	100	0	74	81	0	18	0	0.70
15959562--15959683	50	2.5	48	81	5	140	27	22	14	35	1.93
15964395--15964451	15	3.7	15	79	9	60	38	29	10	21	1.87
15964354--15964468	15	7.4	15	70	14	54	36	25	14	23	1.93
15964722--15964954	52	4.5	52	74	4	209	39	15	12	32	1.85
15964722--15964954	105	2.2	105	82	3	274	39	15	12	32	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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