genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9692325--9692398	27	2.8	25	84	13	94	35	21	25	17	1.95
9692349--9692406	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
9692709--9692787	27	3.0	26	81	5	86	37	21	20	20	1.94
9692990--9693185	27	7.3	27	83	2	223	27	19	17	35	1.95
9692990--9693185	54	3.6	54	85	2	250	27	19	17	35	1.95
9693009--9693185	81	2.2	81	86	2	248	25	19	18	36	1.94
9693190--9693493	27	11.3	27	82	4	389	40	10	22	26	1.86
9705052--9705089	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
9722135--9722173	14	2.7	14	84	4	51	41	0	2	56	1.13
9730026--9730078	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
9731563--9731624	32	1.9	32	100	0	124	37	27	6	29	1.82
9738016--9738062	24	2.0	24	82	0	58	27	2	6	63	1.30
9738345--9738709	186	2.0	185	95	1	651	39	8	6	46	1.58
9739781--9739829	20	2.6	19	84	15	59	57	2	2	38	1.22
9741898--9741922	8	3.1	8	100	0	50	36	0	64	0	0.94
9741895--9741929	18	2.1	18	89	10	56	34	0	65	0	0.93
9744913--9745086	93	1.9	93	91	2	287	27	17	25	29	1.97
9756989--9757065	39	2.0	39	92	0	127	24	28	20	25	1.99
9758714--9758984	101	2.6	105	92	4	442	40	15	8	35	1.77
9765052--9765158	26	4.2	26	92	2	189	29	7	27	35	1.84
9765052--9765158	51	2.1	52	94	1	189	29	7	27	35	1.84
9781050--9781089	20	2.0	20	85	0	53	37	7	5	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9787321--9787354	16	2.0	18	88	11	54	52	17	11	17	1.73
9793513--9793543	11	2.8	11	100	0	62	9	25	16	48	1.76
9796610--9796642	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
9797209--9797298	43	2.1	42	89	2	144	26	31	17	24	1.97
9801961--9802080	60	2.0	59	91	1	195	43	15	10	31	1.79
9803416--9803450	18	2.0	18	88	5	54	17	25	40	17	1.90
9808421--9808454	4	8.2	4	87	6	50	23	2	0	73	0.97
9811337--9811363	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
9812860--9812893	16	2.1	17	94	5	61	73	0	0	26	0.83
9816551--9816588	18	2.1	19	90	5	60	60	0	5	34	1.19
9820961--9821037	37	2.1	37	97	0	145	42	2	38	15	1.61
9822059--9822113	28	2.0	28	96	0	101	21	14	30	32	1.93
9823019--9823062	22	2.0	22	90	0	70	36	0	22	40	1.54
9829308--9829350	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
9831985--9832028	16	2.9	14	83	12	52	38	4	0	56	1.20
9831985--9832028	15	2.9	15	86	6	61	38	4	0	56	1.20
9832587--9832704	62	1.9	63	83	1	157	35	10	4	50	1.56
9832892--9833079	84	2.2	82	78	7	207	39	15	5	38	1.72
9833201--9833441	20	13.0	18	65	15	75	61	1	3	32	1.23
9833297--9833359	29	2.2	28	83	8	74	65	3	3	28	1.24
9833201--9833441	9	26.0	9	66	16	75	61	1	3	32	1.23
9833622--9833731	10	11.5	10	69	13	54	30	1	3	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9833622--9833730	19	5.7	19	71	10	80	30	1	3	64	1.21
9833622--9833760	29	4.9	28	72	14	99	31	2	3	62	1.24
9833659--9833731	9	7.8	9	70	19	51	26	1	4	68	1.15
9835276--9835333	28	2.1	28	100	0	116	24	3	17	55	1.57
9835285--9835332	15	3.3	15	71	11	55	27	2	18	52	1.57
9841205--9841273	35	2.0	35	88	0	102	28	24	7	39	1.82
9850167--9850383	21	10.4	21	71	7	138	47	16	18	17	1.83
9850167--9850308	63	2.3	63	81	7	166	47	18	18	16	1.83
9850186--9850382	84	2.3	84	85	1	261	47	15	17	18	1.83
9850186--9850382	42	4.7	42	82	2	216	47	15	17	18	1.83
9852667--9852754	27	3.3	27	78	0	95	35	20	19	25	1.96
9853075--9853145	33	2.2	33	84	0	88	26	19	23	29	1.98
9856704--9856874	54	3.2	53	85	3	225	35	20	19	24	1.96
9856705--9856862	81	2.0	81	88	0	235	33	22	20	23	1.97
9856705--9856877	27	6.4	27	84	0	202	34	20	20	24	1.96
9857093--9857221	59	2.2	59	88	0	186	13	11	37	37	1.81
9857252--9857339	28	2.8	32	76	16	94	25	19	27	28	1.99
9867887--9867916	11	2.9	10	90	9	51	10	10	0	80	0.92
9868874--9868927	18	2.9	18	83	2	63	72	7	5	14	1.26
9870640--9870697	16	3.5	16	88	4	71	77	0	5	17	0.94
9871774--9871901	64	2.0	64	92	3	213	28	16	25	30	1.96
9872472--9872997	262	2.0	262	95	0	944	35	21	12	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9875643--9875717	34	2.2	34	97	2	141	53	12	6	28	1.63
9876052--9876109	30	1.9	30	85	0	80	13	27	36	22	1.92
9883264--9883432	46	3.5	46	75	13	151	29	28	15	26	1.96
9883265--9883409	52	3.0	48	79	10	161	29	28	16	24	1.97
9887828--9888021	96	2.0	96	100	0	388	33	20	18	27	1.96
9889612--9889649	17	2.2	18	90	4	60	21	7	7	63	1.47
9893182--9893277	40	2.4	40	84	8	124	29	14	28	28	1.95
9895043--9895159	62	1.9	61	86	5	166	49	4	3	42	1.39
9895149--9895262	25	4.7	26	71	12	89	51	2	3	42	1.32
9895129--9895305	73	2.4	73	96	0	318	53	2	3	40	1.32
9895177--9895237	29	2.0	30	87	6	88	57	0	3	39	1.15
9901332--9901503	46	3.7	45	76	11	170	29	26	20	23	1.99
9901337--9901507	93	1.8	93	91	0	279	29	27	20	22	1.99
9901927--9901985	30	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
9904658--9904695	14	2.7	14	91	0	58	28	23	7	39	1.83
9908311--9908348	19	2.0	20	89	5	60	44	7	10	36	1.68
9908588--9908639	14	3.6	14	75	14	52	61	0	1	36	1.07
9932801--9933010	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
9940739--9940987	40	6.3	40	93	1	385	23	20	29	26	1.99
9940686--9940987	119	2.5	119	85	3	392	24	20	28	26	1.99
9940761--9941022	119	2.2	119	87	2	375	24	20	29	25	1.99
9940739--9940987	79	3.1	80	92	1	385	23	20	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9952011--9952259	40	6.3	40	94	0	394	23	20	29	26	1.99
9951958--9952259	120	2.5	118	85	4	399	23	20	28	26	1.99
9953858--9953959	52	2.0	52	86	3	143	34	26	16	22	1.95
9953857--9953960	26	4.0	26	76	7	104	33	26	16	23	1.95
9962705--9962755	21	2.3	23	80	6	61	23	1	3	70	1.14
9979086--9979157	27	2.6	27	82	2	81	20	26	12	40	1.88
9979256--9979317	27	2.3	28	86	5	83	29	29	9	32	1.89
9979409--9979508	50	2.0	51	82	5	123	29	20	16	35	1.94
9985375--9985418	19	2.3	19	88	7	63	22	0	4	72	1.02
9996803--9996847	20	2.2	20	84	7	56	62	4	2	31	1.27
9996891--9996937	20	2.5	20	86	6	62	59	6	0	34	1.23
9998244--9998322	41	1.9	42	84	7	108	44	15	10	30	1.79
9999531--9999567	18	2.1	18	100	0	74	56	10	21	10	1.64
9999592--9999642	21	2.4	21	78	12	52	70	7	15	5	1.30
10003306--10003387	9	8.2	9	69	28	51	59	2	0	37	1.11
10003306--10003387	11	8.2	10	73	21	66	59	2	0	37	1.11
10003313--10003384	19	3.5	19	80	12	81	56	2	0	40	1.13
10003715--10003798	9	9.2	9	77	2	51	41	4	1	52	1.30
10003707--10003784	19	4.2	19	79	8	81	42	3	1	52	1.27
10003707--10003784	37	2.1	37	81	9	88	42	3	1	52	1.27
10003699--10003786	19	4.6	20	75	15	80	43	3	1	52	1.25
10003854--10003893	20	2.0	21	95	5	73	47	2	0	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10004399--10004498	39	2.5	39	78	13	114	72	2	1	25	1.02
10004398--10004494	10	9.8	10	70	20	62	71	2	1	25	1.04
10004420--10004511	34	3.0	28	74	17	76	70	2	0	27	0.98
10004584--10004632	25	1.9	25	84	12	64	48	4	4	42	1.40
10006621--10006652	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
10007204--10007237	18	1.9	18	88	5	52	35	8	2	52	1.47
10009545--10009610	27	2.5	26	80	12	80	31	6	3	59	1.37
10009559--10009612	25	2.1	26	86	10	76	33	7	1	57	1.37
10010175--10010453	125	2.2	125	90	0	432	27	15	17	39	1.90
10010175--10010494	125	2.6	125	84	2	383	28	16	16	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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