genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60338526--60338617	40	2.3	40	80	12	109	35	28	17	18	1.93
60339412--60339639	120	1.9	120	97	0	429	38	10	10	39	1.75
60339621--60339658	19	2.0	19	100	0	76	52	10	0	36	1.36
60339843--60340059	66	3.3	66	76	11	194	46	32	0	19	1.57
60340100--60340152	22	2.5	22	78	9	65	54	24	0	20	1.44
60343338--60343391	27	2.0	27	100	0	108	51	11	0	37	1.37
60343346--60343390	14	3.3	14	72	27	51	51	13	0	35	1.41
60343379--60343428	9	5.6	9	88	9	66	42	22	2	34	1.65
60344318--60344458	31	4.5	31	96	0	237	30	25	16	27	1.96
60344678--60344771	25	3.8	25	88	1	136	26	23	25	24	2.00
60345579--60345680	27	3.8	27	74	10	100	25	19	17	37	1.94
60345674--60346060	27	14.3	27	79	6	210	32	8	20	38	1.83
60345785--60345992	80	2.6	81	87	3	278	28	7	21	41	1.81
60345676--60346131	54	8.4	54	78	5	276	33	8	20	37	1.83
60345983--60346114	27	4.9	27	91	0	201	40	7	21	30	1.81
60345985--60346141	27	5.8	27	89	0	197	38	8	22	31	1.83
60345943--60346141	81	2.5	81	80	0	236	36	8	22	33	1.83
60352132--60352160	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
60352553--60352604	21	2.5	21	87	6	70	26	21	48	3	1.67
60352839--60352917	31	2.5	33	83	8	108	11	8	21	58	1.60
60352859--60352917	31	1.9	31	96	0	109	11	11	23	52	1.71
60352999--60353108	43	2.6	43	86	5	152	24	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60355943--60355994	20	2.6	20	78	0	68	17	32	28	21	1.96
60357717--60357984	48	5.5	48	76	5	209	23	27	21	27	1.99
60357714--60358005	96	3.0	94	82	5	327	25	28	20	26	1.99
60366839--60366889	26	2.0	26	92	3	86	21	29	3	45	1.70
60373114--60373210	40	2.5	40	89	5	144	25	23	27	22	2.00
60377068--60377119	22	2.4	22	93	3	88	57	3	15	23	1.54
60380479--60380582	47	2.2	46	83	6	120	12	28	9	49	1.72
60387703--60387809	47	2.3	47	87	8	146	13	28	9	49	1.72
60388082--60388124	21	2.0	21	100	0	86	23	9	30	37	1.86
60393702--60393769	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
60393591--60393918	174	1.9	174	95	0	593	30	24	14	30	1.95
60393871--60393949	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
60395783--60395843	25	2.5	25	83	2	79	32	19	19	27	1.96
60398063--60398245	39	4.7	39	88	0	276	24	27	19	28	1.99
60405923--60406130	39	5.3	39	90	0	317	24	27	20	27	1.99
60408317--60408439	42	2.8	44	83	3	151	29	27	18	24	1.98
60408297--60408438	44	3.3	44	77	6	148	28	26	19	26	1.98
60414450--60414523	29	2.6	29	82	12	98	25	13	32	28	1.94
60414483--60414808	174	1.9	174	95	0	589	30	13	24	32	1.93
60422581--60422653	28	2.5	30	80	17	100	27	13	30	28	1.94
60422613--60423112	174	2.9	174	97	0	937	29	14	24	31	1.94
60430827--60431294	48	9.8	48	76	0	398	26	18	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60430823--60431294	96	4.9	96	88	0	683	26	18	27	27	1.98
60434431--60434559	47	2.8	46	77	13	147	25	19	30	24	1.98
60434431--60434566	46	2.9	46	80	10	134	25	19	30	25	1.98
60438896--60438928	10	3.4	10	87	8	50	63	12	24	0	1.28
60439952--60439976	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
60447957--60447986	14	2.1	14	100	0	60	20	6	16	56	1.62
60448417--60448441	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
60451942--60452395	47	9.7	47	95	0	802	26	28	12	32	1.92
60452252--60452374	22	5.3	22	62	27	58	25	29	13	31	1.94
60462634--60462794	46	3.5	46	80	9	143	24	31	18	26	1.97
60463968--60464019	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
60466583--60466841	47	5.5	47	94	0	428	32	8	30	28	1.86
60466960--60467038	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
60468571--60468640	34	2.1	34	83	0	86	22	27	22	27	1.99
60469063--60469103	18	2.3	19	83	12	59	24	39	19	17	1.92
60471324--60471494	93	1.8	93	92	0	288	27	28	22	21	1.99
60471321--60471491	46	3.7	45	77	14	179	28	27	22	21	1.99
60471914--60471973	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
60478831--60479002	46	3.7	46	76	11	172	28	26	22	22	1.99
60478836--60479006	93	1.8	93	88	2	263	28	27	22	21	1.99
60482613--60482642	11	2.7	11	89	0	51	36	16	20	26	1.93
60483614--60483664	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60483920--60483948	8	3.6	8	100	0	58	10	41	27	20	1.85
60486624--60486799	27	6.5	27	77	6	133	30	27	15	26	1.96
60491659--60491701	21	2.0	23	81	9	54	32	16	11	39	1.84
60510279--60510454	46	3.8	46	77	14	200	20	19	29	30	1.97
60510276--60510447	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
60514291--60514328	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
60515315--60515366	21	2.5	21	75	6	52	19	26	28	25	1.98
60520863--60520896	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
60520946--60521008	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
60521714--60521752	19	2.1	19	85	9	53	5	15	2	76	1.06
60529615--60529752	69	2.0	68	94	1	240	31	7	15	44	1.75
60530012--60530101	37	2.4	37	100	0	180	24	8	33	33	1.86
60533657--60533834	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
60533657--60533834	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
60560947--60561021	36	2.1	36	94	0	132	22	18	4	54	1.60
60563667--60563843	49	3.6	49	89	2	239	26	16	27	29	1.97
60563612--60563856	49	4.9	49	79	6	233	26	17	26	28	1.98
60567939--60568002	17	3.7	17	83	4	74	20	6	1	71	1.15
60567946--60567992	12	4.0	12	86	2	60	17	6	2	74	1.12
60567955--60567992	6	6.3	6	90	0	58	15	2	2	78	0.97
60567946--60568014	35	1.9	37	85	5	97	21	4	2	71	1.17
60583260--60583302	22	1.9	23	90	4	70	20	6	53	18	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60588670--60588708	15	2.5	15	87	4	51	7	20	0	71	1.10
60591823--60591974	47	3.2	47	95	0	268	33	8	30	27	1.87
60594008--60594203	40	4.9	40	91	0	311	21	23	30	24	1.99
60598338--60598536	47	4.2	47	97	0	371	32	8	31	27	1.87
60602437--60602472	17	2.2	16	90	9	56	27	5	16	50	1.68
60616337--60616640	47	6.4	47	89	3	412	33	7	29	28	1.85
60619591--60619846	94	2.7	93	83	6	288	29	19	28	22	1.98
60622602--60622826	79	2.8	80	81	11	246	26	22	26	24	2.00
60622602--60622826	40	5.7	40	85	7	248	26	22	26	24	2.00
60622602--60622826	119	1.9	120	81	9	282	26	22	26	24	2.00
60622676--60622859	79	2.3	79	80	12	200	28	21	26	23	1.99
60630263--60630529	47	5.7	46	72	15	208	30	20	27	21	1.98
60630169--60630525	94	3.8	93	75	12	293	28	20	28	22	1.98
60644794--60644922	46	2.8	46	92	0	204	21	20	27	29	1.98
60652285--60652457	46	3.7	46	79	13	210	21	19	30	28	1.98
60652279--60652450	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	28	1.98
60653875--60654148	133	2.1	134	90	1	435	44	15	25	15	1.85
60656093--60656133	15	2.7	15	79	20	50	75	4	4	14	1.14
60659348--60659733	193	2.0	193	93	1	657	36	5	18	38	1.76
60662510--60662620	50	2.2	53	91	4	183	27	20	7	44	1.78
60666015--60666239	40	5.7	40	86	5	296	24	21	27	26	1.99
60666015--60666272	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60668443--60668519	39	2.0	39	100	0	154	25	23	6	44	1.77
60674608--60674659	16	3.2	16	76	10	52	34	17	23	25	1.96
60675991--60676095	28	3.8	28	89	0	156	26	13	23	36	1.92
60677458--60677500	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
60677939--60678064	28	4.5	28	92	2	191	26	12	27	32	1.93
60677939--60678064	55	2.2	57	90	2	193	26	12	27	32	1.93
60677967--60678078	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
60685775--60685817	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
60686254--60686379	28	4.5	28	92	2	191	26	12	27	32	1.93
60686254--60686379	55	2.2	57	90	2	193	26	12	27	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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