genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73099210--73099256	24	2.0	24	87	8	69	59	4	2	34	1.29
73100032--73100080	14	3.4	14	97	2	89	63	6	2	28	1.30
73101899--73102502	89	6.8	89	78	8	517	34	19	17	28	1.94
73102128--73102162	14	2.5	14	90	0	52	60	5	11	22	1.52
73101899--73102502	179	3.4	177	82	7	703	34	19	17	28	1.94
73102395--73102430	14	2.6	14	95	0	63	52	0	19	27	1.46
73102409--73102630	73	3.0	73	96	0	399	29	22	18	30	1.97
73114825--73114853	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
73115829--73115863	14	2.4	15	95	4	63	62	5	2	28	1.32
73120437--73120520	28	3.0	28	89	1	123	19	3	29	47	1.66
73120441--73120534	28	3.6	24	76	18	82	15	4	32	46	1.66
73120725--73120831	21	5.0	23	81	11	111	14	21	26	38	1.91
73121913--73122099	46	3.9	48	75	15	163	25	15	28	29	1.96
73127309--73127385	40	1.9	40	91	0	127	36	35	14	14	1.86
73129035--73129082	19	2.5	19	83	12	62	10	12	0	77	1.00
73129031--73129085	27	2.0	27	86	10	76	10	12	0	76	1.02
73131989--73132027	20	2.0	20	100	0	78	30	7	10	51	1.64
73133810--73133855	5	9.4	5	95	4	85	41	0	0	58	0.98
73135522--73135608	21	4.0	23	77	11	83	16	21	24	37	1.93
73135534--73135583	21	2.3	22	93	6	84	12	26	28	34	1.92
73136790--73136814	11	2.3	11	100	0	50	40	8	24	28	1.83
73150084--73150275	48	4.0	48	92	2	325	34	6	28	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73150084--73150275	94	2.0	96	92	2	325	34	6	28	31	1.82
73150416--73150518	37	2.8	36	94	2	179	22	20	33	24	1.97
73163242--73163668	47	9.1	47	90	6	629	31	8	30	29	1.86
73163242--73163666	96	4.6	94	90	5	625	31	8	30	29	1.86
73163787--73163865	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
73178286--73178379	47	2.0	47	100	0	188	29	12	29	27	1.93
73178809--73179006	43	4.6	43	79	6	195	28	14	22	34	1.93
73200479--73200647	40	4.2	40	89	3	252	23	20	28	26	1.99
73200492--73200647	79	2.0	79	91	2	251	24	21	28	26	1.99
73202721--73202780	30	2.0	30	86	0	84	28	25	6	40	1.80
73209187--73209226	13	3.1	13	96	0	71	35	0	25	40	1.56
73213391--73213606	39	5.5	39	89	1	317	19	21	28	30	1.98
73217427--73217515	28	3.2	28	96	0	160	33	26	7	31	1.85
73217621--73217710	28	3.2	27	84	7	110	21	24	22	32	1.98
73217631--73217721	27	3.2	28	82	4	85	23	26	18	31	1.97
73217621--73217735	55	2.1	56	82	8	137	20	24	20	34	1.96
73222751--73222941	43	4.4	44	79	5	203	30	16	20	32	1.95
73224892--73224917	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
73226869--73226893	12	2.1	12	100	0	50	24	40	28	8	1.83
73227941--73227981	21	2.0	21	85	0	55	43	2	24	29	1.67
73230305--73230450	37	3.9	37	91	0	229	26	31	17	23	1.97
73230596--73230780	48	3.8	48	89	4	291	30	26	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73230596--73230779	98	1.9	97	91	4	300	30	26	6	36	1.82
73230750--73230940	47	4.1	47	90	0	292	26	29	11	32	1.91
73230843--73230914	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
73234571--73234639	31	2.3	29	83	13	95	30	24	21	23	1.99
73234578--73234649	31	2.3	31	92	4	119	30	25	22	22	1.99
73234861--73235129	40	6.8	40	90	2	400	24	28	23	23	1.99
73236399--73236544	37	3.9	37	96	0	247	26	31	18	23	1.97
73236690--73236826	50	2.8	49	85	6	197	31	26	5	36	1.80
73236840--73236915	23	3.2	25	67	24	72	23	34	11	30	1.91
73236796--73236989	47	4.1	47	87	2	273	25	28	10	34	1.90
73236853--73236925	23	3.1	23	66	24	62	26	30	10	32	1.90
73236749--73236989	94	2.5	93	84	5	281	26	28	9	34	1.89
73236911--73236990	25	3.3	25	66	22	62	30	26	8	35	1.87
73248159--73248310	76	2.0	76	97	0	286	32	16	11	40	1.84
73253553--73253770	94	2.4	91	83	8	246	26	18	30	23	1.98
73253552--73253869	47	6.8	45	75	13	207	27	19	28	23	1.98
73253740--73253870	49	2.7	49	84	5	160	31	20	25	22	1.98
73254652--73254706	28	1.9	29	85	3	76	21	43	18	16	1.88
73256163--73256314	42	3.6	42	83	2	171	31	24	13	30	1.94
73262648--73262773	65	1.9	66	95	1	227	35	30	22	11	1.89
73264076--73264260	40	4.7	40	80	6	198	24	26	22	25	2.00
73264076--73264260	79	2.3	82	80	7	211	24	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73270707--73270834	65	2.0	65	95	0	229	35	28	22	12	1.91
73272137--73272321	40	4.6	39	78	7	169	24	25	22	27	2.00
73272137--73272321	79	2.3	81	80	7	191	24	25	22	27	2.00
73274150--73274372	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
73274150--73274372	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
73293811--73294078	40	6.7	40	95	0	464	30	20	27	22	1.98
73297394--73297606	48	4.4	48	90	0	327	35	5	25	32	1.80
73297586--73297629	23	1.9	23	100	0	88	34	9	22	34	1.86
73297538--73297677	71	2.0	71	95	0	253	33	6	26	33	1.82
73297490--73297706	119	1.8	119	92	0	371	35	5	26	32	1.80
73297609--73297706	48	2.0	48	96	0	178	34	6	28	30	1.82
73297847--73297949	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
73299868--73299930	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
73302430--73302469	16	2.3	18	87	8	57	60	5	2	32	1.32
73310232--73310342	10	11.0	10	75	5	80	77	3	17	1	1.00
73310243--73310354	9	12.1	8	73	23	64	75	2	18	2	1.03
73310241--73310340	31	3.2	31	83	10	123	78	3	17	2	0.98
73310262--73310340	11	6.2	12	72	22	56	77	2	18	1	0.96
73310528--73310566	18	2.2	18	100	0	78	58	15	0	25	1.37
73334021--73334065	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
73349280--73349359	40	2.0	40	80	9	92	22	10	1	66	1.29
73349284--73349367	19	4.3	20	70	20	61	22	8	1	67	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73357525--73357633	49	2.3	47	81	9	125	28	16	8	46	1.75
73373827--73373871	23	2.0	22	86	4	63	62	11	2	24	1.40
73376911--73377263	95	3.7	95	88	0	465	31	20	16	31	1.95
73376936--73377217	51	5.8	51	72	12	234	30	22	15	31	1.95
73376896--73377299	44	8.7	44	72	12	254	31	21	15	31	1.94
73382097--73382236	48	2.9	50	86	4	180	27	22	23	26	2.00
73389308--73389366	27	2.2	27	81	0	64	42	13	22	22	1.88
73400567--73400596	10	2.9	10	95	5	51	30	0	3	66	1.07
73402213--73402351	48	2.9	48	89	1	208	31	15	22	30	1.95
73402315--73402391	38	2.0	38	94	0	136	28	15	27	28	1.96
73405212--73405387	46	3.8	46	76	12	180	21	20	28	28	1.98
73405208--73405380	93	1.9	93	91	0	283	21	20	29	27	1.98
73411383--73411466	42	2.0	42	97	0	159	51	11	20	16	1.76
73418742--73418787	19	2.5	19	82	3	67	39	0	10	50	1.38
73418991--73419028	13	2.9	13	85	11	51	57	0	2	39	1.12
73419283--73419313	10	3.2	10	90	9	55	54	0	0	45	0.99
73419381--73419426	22	2.1	22	84	8	58	47	0	0	52	1.00
73419496--73419552	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
73421876--73421941	19	3.6	19	75	6	73	78	3	0	18	0.87
73421911--73421940	11	2.8	11	95	5	53	90	0	0	10	0.47
73421875--73421938	8	7.8	8	75	14	51	79	3	0	17	0.85
73421911--73421937	10	2.7	10	100	0	54	92	0	0	7	0.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73422047--73422081	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
73422557--73422599	9	4.7	9	85	2	59	32	0	9	58	1.30
73422548--73422599	3	17.3	3	76	7	52	30	0	7	61	1.24
73422560--73422588	15	1.9	15	100	0	58	34	0	10	55	1.34
73422928--73423059	64	2.1	64	83	11	164	37	4	2	56	1.33
73422990--73423049	20	3.0	18	76	21	57	35	5	1	58	1.30
73423408--73423502	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
73431605--73431648	21	2.1	21	95	0	79	36	22	2	38	1.67
73433392--73433433	7	6.0	7	100	0	84	57	0	28	14	1.38
73450254--73450279	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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