genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27354308--27354344	19	1.9	19	100	0	74	13	10	37	37	1.80
27357114--27357256	71	2.0	71	87	2	207	28	18	20	32	1.96
27378978--27379079	40	2.5	41	79	4	107	20	19	26	33	1.97
27386105--27386275	94	1.8	94	88	5	265	22	26	21	30	1.98
27386105--27386315	48	4.5	48	75	9	179	22	26	20	30	1.98
27386881--27386930	20	2.6	19	84	9	57	36	22	0	42	1.54
27392830--27392978	43	3.5	43	76	13	155	26	18	25	29	1.98
27396975--27397099	41	3.0	41	91	4	207	34	10	18	36	1.85
27399326--27399350	9	2.8	9	100	0	50	12	12	8	68	1.40
27400513--27400551	16	2.4	16	95	0	69	25	12	25	35	1.92
27403696--27403772	6	12.5	6	71	15	59	46	14	19	19	1.83
27403696--27403772	31	2.5	31	84	0	109	46	14	19	19	1.83
27403910--27404010	27	3.8	26	86	5	121	35	20	23	19	1.96
27404660--27404917	27	9.6	27	84	1	320	24	18	20	36	1.95
27404660--27404917	80	3.2	81	87	2	356	24	18	20	36	1.95
27404686--27404946	80	3.2	79	80	4	281	26	18	20	35	1.95
27404926--27405491	27	21.0	27	84	4	689	40	9	22	27	1.84
27416686--27416859	27	6.4	26	81	6	161	26	16	28	29	1.97
27416686--27416841	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
27416682--27416859	82	2.2	81	81	3	214	26	16	27	29	1.97
27421885--27421909	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
27427880--27428052	46	3.7	46	77	4	186	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27427874--27428045	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
27437128--27437213	34	2.5	34	77	3	102	26	22	23	27	1.99
27438720--27438763	21	2.1	21	83	8	54	22	25	15	36	1.94
27438830--27438872	22	1.9	23	90	4	70	25	2	48	23	1.62
27441380--27441560	49	3.7	49	80	4	229	29	25	18	26	1.98
27441365--27441558	99	2.0	100	90	1	309	28	23	19	27	1.98
27441793--27441846	27	2.0	27	85	7	74	37	14	9	38	1.79
27447910--27448028	55	2.2	55	84	0	148	17	25	28	28	1.98
27449035--27449086	25	2.1	25	100	0	104	19	19	19	42	1.90
27453488--27453731	48	5.0	48	76	9	219	26	23	18	31	1.98
27453447--27453698	96	2.6	95	81	2	254	25	24	19	30	1.98
27453448--27453730	96	2.9	96	79	6	243	26	24	18	31	1.98
27459411--27459494	31	2.8	31	87	3	127	28	26	16	28	1.97
27459688--27459782	25	3.8	25	84	5	104	25	23	23	28	1.99
27460708--27460805	27	3.6	27	78	13	92	32	9	18	39	1.82
27460798--27460891	27	3.5	26	78	11	109	27	7	21	43	1.79
27460926--27461017	27	3.4	27	84	0	112	43	7	20	28	1.79
27463255--27463354	33	3.1	33	71	21	95	31	25	20	24	1.98
27463360--27463442	31	2.7	31	92	3	134	28	25	18	27	1.98
27463654--27463705	25	2.1	25	85	3	70	30	17	19	32	1.95
27463661--27463729	25	2.8	25	81	0	75	26	21	24	27	1.99
27464631--27464809	27	6.6	27	75	7	103	31	8	19	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27464637--27464817	54	3.3	52	79	9	166	30	7	20	41	1.80
27464719--27464817	27	3.7	27	79	4	128	28	7	23	41	1.80
27468017--27468053	17	2.2	17	100	0	74	18	18	29	32	1.96
27470893--27470987	25	3.8	25	86	5	104	25	21	24	29	1.99
27472629--27472891	40	6.6	40	88	3	307	25	20	27	26	1.99
27479653--27479862	40	5.3	40	92	0	314	24	20	28	26	1.99
27479600--27479862	80	3.3	80	85	2	316	24	20	27	26	1.99
27479600--27479862	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	26	1.99
27479653--27479897	80	3.1	80	85	2	253	25	20	28	25	1.99
27482029--27482114	27	3.1	27	79	14	95	36	9	16	38	1.81
27482116--27482248	27	4.9	27	76	5	135	28	9	20	41	1.84
27482111--27482215	54	1.9	54	86	3	149	29	6	20	42	1.78
27482247--27482364	27	4.4	27	88	2	157	43	6	20	29	1.77
27482247--27482364	53	2.2	54	86	1	157	43	6	20	29	1.77
27485368--27485395	9	3.1	9	100	0	56	46	32	0	21	1.52
27487967--27488118	54	2.8	54	91	0	250	41	19	8	30	1.81
27487967--27488135	27	6.3	27	85	0	221	40	18	9	31	1.83
27490861--27490917	27	2.1	27	90	0	87	40	19	8	31	1.82
27490866--27490929	27	2.4	27	86	0	83	37	25	10	26	1.89
27490911--27490976	27	2.4	27	74	0	78	36	21	10	31	1.87
27490970--27491015	23	2.0	23	100	0	92	30	21	21	26	1.99
27490967--27491158	27	7.3	27	78	10	184	35	18	19	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27490992--27491144	81	1.9	81	90	0	243	36	18	18	25	1.94
27491403--27491453	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
27491572--27491743	6	27.8	6	71	18	113	18	19	13	48	1.80
27491600--27491731	19	6.7	19	72	19	110	17	19	14	48	1.81
27491572--27491632	25	2.4	25	91	0	104	19	19	13	47	1.82
27491637--27491698	25	2.5	25	94	0	106	19	20	14	45	1.85
27491572--27491731	62	2.6	62	91	3	259	18	19	14	48	1.82
27491594--27491676	37	2.2	37	85	8	123	18	19	15	46	1.83
27491663--27491743	37	2.2	37	86	0	117	17	18	13	50	1.78
27509344--27509521	46	3.8	46	78	8	200	23	21	28	27	1.99
27509342--27509513	93	1.8	93	90	4	276	22	21	29	26	1.99
27515368--27515426	29	2.0	29	96	0	109	20	8	33	37	1.83
27515831--27516034	53	3.8	53	75	8	171	38	17	23	20	1.93
27521732--27521945	46	4.6	45	75	13	161	27	19	28	24	1.99
27521934--27522044	50	2.2	51	90	3	172	27	21	27	23	1.99
27534278--27534453	46	3.8	45	77	10	160	27	17	29	25	1.97
27539548--27539631	43	2.0	43	90	0	132	19	20	33	27	1.96
27550362--27550396	15	2.4	14	86	9	52	54	0	5	40	1.24
27550664--27550720	26	2.2	26	78	6	62	52	0	3	43	1.18
27553314--27553358	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
27555774--27555922	27	5.4	27	92	3	226	27	12	28	30	1.93
27555774--27555922	55	2.7	55	92	0	235	27	12	28	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27561297--27561465	48	3.6	48	80	3	198	29	17	27	24	1.98
27565011--27565241	27	8.5	27	85	2	257	25	16	28	29	1.97
27565010--27565220	81	2.6	82	85	5	284	26	16	27	29	1.97
27565172--27565249	27	2.9	27	86	1	84	25	15	28	30	1.96
27572701--27572958	27	9.5	27	84	4	268	27	16	27	28	1.97
27572701--27572905	81	2.5	81	98	0	392	27	17	27	27	1.97
27577757--27577800	19	2.2	20	88	4	63	36	13	2	47	1.56
27582587--27582754	48	3.6	48	78	4	198	30	18	27	23	1.98
27583947--27583971	12	2.1	12	100	0	50	24	24	44	8	1.80
27583908--27583986	40	2.0	41	85	12	110	20	18	41	18	1.90
27588173--27588217	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
27593006--27593173	46	3.6	47	78	2	194	30	18	27	23	1.98
27593000--27593218	93	2.4	92	82	6	255	27	17	29	25	1.98
27607570--27607614	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
27612396--27612564	48	3.6	48	79	3	207	30	18	28	23	1.97
27618597--27618684	24	3.7	24	90	0	131	37	30	13	18	1.89
27621518--27621784	46	5.8	46	89	1	374	38	15	25	21	1.92
27631753--27631908	43	3.6	44	77	13	155	24	16	25	33	1.96
27633747--27633815	27	2.6	27	97	0	129	28	18	17	34	1.94
27633932--27633976	20	2.3	19	81	11	54	35	13	4	46	1.63
27642359--27642436	28	2.9	27	86	5	104	15	24	16	43	1.86
27654144--27654191	24	2.0	24	95	0	87	33	10	4	52	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27654628--27654681	22	2.5	22	81	3	56	18	35	31	14	1.91
27662487--27662551	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
27662660--27662762	27	3.8	27	80	12	104	19	25	19	35	1.95
27662718--27662770	27	2.0	27	88	7	81	18	24	16	39	1.91
27662654--27662763	54	2.0	54	82	3	132	18	25	20	36	1.94
27666778--27667036	40	6.6	40	83	5	312	25	25	23	25	2.00
27666778--27667036	79	3.3	77	84	4	306	25	25	23	25	2.00
27666778--27667036	119	2.2	118	87	4	369	25	25	23	25	2.00
27674989--27675199	40	5.3	40	84	3	266	25	26	23	24	2.00
27681664--27681694	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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