genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76559871--76559954	42	2.0	42	100	0	168	33	21	19	26	1.97
76561209--76561254	18	2.6	18	86	3	67	32	4	4	58	1.37
76561809--76561884	27	2.6	30	76	14	70	52	10	1	35	1.44
76562637--76562692	24	2.3	26	81	12	73	57	5	1	35	1.32
76564599--76564718	60	2.0	60	96	0	222	38	8	5	48	1.55
76565436--76565467	13	2.5	13	94	0	55	59	0	0	40	0.97
76570176--76570220	21	2.2	21	84	11	58	66	6	2	24	1.27
76572246--76572281	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
76572233--76572273	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
76572395--76572529	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
76572769--76572807	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
76574124--76574180	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
76574123--76574178	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
76577293--76577344	24	2.2	24	100	0	104	11	25	15	48	1.78
76586028--76586078	19	2.6	19	81	12	59	60	0	3	35	1.15
76590106--76590184	28	2.9	27	79	5	88	26	6	7	59	1.49
76590105--76590305	26	7.9	26	70	12	130	26	7	7	58	1.52
76590253--76590303	24	2.2	23	86	10	68	29	9	3	56	1.49
76602356--76602753	45	8.6	45	69	11	180	31	20	21	26	1.98
76602334--76602700	142	2.6	142	81	6	413	31	21	21	25	1.98
76604290--76604350	28	2.2	28	80	5	72	27	6	6	59	1.48
76604437--76604487	24	2.2	23	86	10	68	29	13	3	52	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76605762--76605817	28	2.0	28	92	0	94	44	19	10	25	1.83
76607058--76607102	21	2.1	21	87	0	63	20	11	35	33	1.88
76607072--76607131	21	2.9	21	82	5	68	18	11	36	33	1.87
76607091--76607139	21	2.6	18	76	17	53	16	10	40	32	1.82
76607960--76608115	85	1.8	85	83	5	208	51	19	7	21	1.71
76608074--76608245	63	2.6	66	84	7	235	47	24	6	21	1.75
76610880--76611010	39	3.4	39	91	0	217	23	26	19	29	1.98
76613281--76613324	10	4.6	9	88	11	61	20	2	0	77	0.88
76613283--76613325	5	8.6	5	80	19	54	18	2	0	79	0.85
76615116--76615167	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
76617656--76617793	63	2.2	62	88	2	206	47	21	8	23	1.78
76618108--76618141	6	5.7	6	100	0	68	67	14	0	17	1.23
76618102--76618163	18	3.4	18	78	8	72	59	12	6	20	1.55
76618167--76618197	16	1.9	16	93	0	53	51	16	6	25	1.68
76624213--76624300	44	2.0	44	100	0	176	31	20	15	31	1.94
76629407--76629451	22	2.0	23	86	4	65	26	2	0	71	0.98
76629627--76629668	18	2.3	18	84	8	59	50	2	0	47	1.14
76632221--76632418	43	4.6	43	96	0	360	30	33	26	9	1.88
76632416--76632517	38	2.7	38	90	1	152	29	26	22	21	1.99
76633841--76633907	23	2.9	23	97	2	125	47	38	4	8	1.55
76635339--76635382	23	2.0	23	86	8	65	0	34	4	61	1.16
76639002--76639104	48	2.1	48	82	3	118	17	29	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76640737--76640891	43	3.6	43	98	0	292	30	33	25	10	1.89
76640884--76641007	38	3.2	38	85	4	142	28	26	22	22	1.99
76640744--76640912	86	2.0	85	91	2	270	31	33	24	10	1.89
76646270--76646335	33	2.0	33	96	0	123	34	9	6	50	1.59
76646829--76646884	22	2.5	22	97	0	103	46	12	3	37	1.59
76648245--76648285	18	2.2	18	86	4	55	26	0	0	73	0.84
76649411--76649489	16	4.9	16	79	10	90	50	1	0	48	1.08
76649386--76649430	24	1.9	23	86	13	65	46	2	0	51	1.13
76649409--76649460	19	2.7	19	80	13	63	51	0	0	48	1.00
76649344--76649523	64	2.9	62	77	10	190	52	1	1	44	1.18
76658321--76658391	34	2.1	34	100	0	142	39	8	8	43	1.65
76664050--76664137	42	2.1	42	97	0	167	18	6	15	59	1.58
76676567--76676647	37	2.2	37	88	2	119	40	14	14	29	1.86
76679247--76679317	35	2.0	35	100	0	142	46	22	5	25	1.73
76686810--76686842	15	2.2	15	94	0	57	24	30	12	33	1.91
76692285--76692322	15	2.4	16	86	4	51	42	10	0	47	1.38
76692285--76692323	16	2.5	15	87	4	51	41	10	0	48	1.37
76699486--76699547	25	2.5	25	84	5	81	32	20	27	19	1.97
76699505--76699555	25	2.0	25	88	0	75	39	19	27	13	1.90
76702397--76702549	60	2.5	60	82	13	181	30	24	17	27	1.97
76704692--76704741	21	2.6	18	84	12	64	2	30	0	68	1.01
76704688--76704751	9	7.3	9	71	18	55	1	32	0	65	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76704692--76704752	19	3.0	20	77	13	63	1	31	0	67	1.01
76707018--76707164	46	3.2	45	81	9	170	29	18	27	24	1.98
76712646--76712692	24	2.0	24	83	8	60	59	4	0	36	1.17
76712643--76712692	11	4.2	12	75	9	50	60	4	0	36	1.16
76713478--76713534	29	1.9	30	82	3	71	19	31	33	15	1.93
76715527--76715557	15	2.1	15	93	0	53	32	19	16	32	1.94
76716771--76716830	30	2.0	30	90	0	93	28	25	5	41	1.76
76722831--76722872	17	2.5	17	84	7	50	45	11	7	35	1.69
76725646--76725686	21	1.9	21	85	14	57	60	9	4	24	1.47
76726909--76726934	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
76730603--76730643	22	1.9	22	85	5	57	60	0	7	31	1.24
76730620--76730784	9	17.1	9	67	18	50	56	0	4	38	1.20
76730620--76730818	20	10.3	19	72	15	133	58	0	5	36	1.20
76730661--76730693	13	2.6	13	90	4	50	60	0	6	33	1.21
76730673--76730743	29	2.4	29	77	13	76	59	0	2	38	1.12
76730602--76730820	98	2.2	98	79	11	245	58	0	5	36	1.21
76730704--76730818	19	5.9	19	78	10	99	60	0	5	33	1.19
76730867--76730936	21	3.5	19	74	16	61	40	4	2	52	1.36
76730870--76730931	21	3.0	20	81	15	74	38	4	3	53	1.39
76730888--76730926	18	2.0	20	90	9	64	38	5	2	53	1.37
76730842--76730948	20	5.3	20	73	17	71	37	5	3	53	1.43
76730939--76730990	19	2.8	19	74	8	54	28	7	0	63	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76732412--76732509	51	1.9	52	85	6	137	44	3	19	32	1.66
76738422--76738468	23	2.0	24	83	8	60	63	2	10	23	1.37
76738517--76738569	3	17.3	3	92	3	88	67	0	0	32	0.91
76738792--76739064	3	89.0	3	72	9	153	62	4	5	27	1.37
76738848--76738899	23	2.3	23	86	0	68	59	1	7	30	1.36
76744460--76744523	5	13.0	5	91	3	103	39	0	1	59	1.07
76747356--76747414	26	2.3	26	82	5	77	42	11	20	25	1.86
76747492--76747615	65	1.9	65	91	0	203	37	20	16	25	1.94
76748117--76748177	30	2.0	30	81	12	72	19	19	0	60	1.36
76755813--76755872	30	2.0	30	83	6	77	18	15	0	66	1.25
76769091--76769136	18	2.6	18	85	0	65	19	26	26	28	1.99
76776211--76776294	43	2.0	43	90	0	132	23	25	28	22	1.99
76786839--76789152	75	29.8	75	75	12	1889	27	15	22	34	1.94
76786966--76787128	85	1.9	87	83	7	217	26	15	21	36	1.94
76786694--76789217	234	10.8	232	80	8	2395	27	15	22	34	1.94
76786839--76789152	629	3.7	618	81	8	2362	27	15	22	34	1.94
76788398--76789152	76	9.8	74	77	9	638	27	15	22	33	1.95
76789068--76789302	88	2.6	89	84	8	284	29	17	19	33	1.95
76793649--76793703	27	2.0	27	92	0	92	54	20	12	12	1.70
76795881--76795954	19	3.8	18	75	12	58	33	5	0	60	1.19
76796186--76796246	31	1.9	32	83	9	81	31	0	6	62	1.21
76796331--76796396	24	2.5	27	73	19	66	36	3	6	54	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76800618--76800651	16	2.1	15	89	10	50	70	5	2	20	1.21
76801137--76801309	17	10.0	17	74	20	130	65	0	1	32	1.04
76801139--76801309	7	22.1	7	72	23	89	66	0	1	32	1.04
76801137--76801310	55	3.3	51	78	19	191	65	0	1	32	1.04
76801140--76801310	10	16.7	11	73	23	119	65	0	1	32	1.05
76801137--76801310	80	2.2	79	83	10	232	65	0	1	32	1.04
76801297--76801335	21	2.0	21	85	10	55	46	2	2	48	1.29
76801342--76801398	29	2.0	29	89	0	87	68	0	0	31	0.90
76802805--76803470	90	7.4	90	90	1	960	27	27	14	30	1.95
76814984--76815017	16	2.1	15	89	10	50	70	5	2	20	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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