genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29500404--29500502	28	3.3	28	77	15	108	33	14	0	52	1.42
29500383--29500500	5	21.6	5	70	22	51	31	16	0	52	1.44
29500491--29500625	66	2.0	66	80	12	152	30	13	3	52	1.57
29500982--29501055	11	6.8	10	72	15	58	22	16	2	58	1.51
29500991--29501044	28	1.9	28	88	7	83	25	12	3	57	1.52
29500982--29501055	5	13.6	5	78	10	58	22	16	2	58	1.51
29501025--29501060	17	2.2	16	90	5	54	27	13	2	55	1.52
29500982--29501407	22	18.6	22	68	22	109	24	12	0	61	1.35
29501042--29501380	23	14.3	26	66	26	129	24	12	0	62	1.30
29501042--29501209	48	3.5	46	81	9	194	24	12	0	63	1.29
29501194--29501407	43	4.8	46	81	8	239	25	12	0	62	1.30
29501167--29501468	24	13.0	24	69	21	114	24	12	0	63	1.29
29501379--29501433	26	2.1	27	93	3	94	23	9	0	67	1.19
29501198--29501430	90	2.6	88	82	8	274	25	11	0	63	1.28
29501194--29501454	90	2.9	89	80	8	255	24	12	0	62	1.29
29506136--29506200	29	2.2	30	91	2	105	44	0	1	53	1.09
29506136--29506210	29	2.6	29	85	8	82	44	1	1	53	1.17
29510615--29510740	66	1.9	66	95	0	225	36	14	15	34	1.87
29511557--29511624	30	2.3	30	82	10	77	41	8	4	45	1.55
29520833--29520928	46	2.1	46	98	1	185	31	14	9	44	1.77
29521992--29522036	12	3.8	12	85	5	56	55	0	6	37	1.26
29521996--29522037	18	2.3	18	87	0	57	54	0	7	38	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29522929--29522972	22	2.0	23	86	13	65	13	15	13	56	1.67
29523713--29524240	45	11.7	45	70	10	229	28	22	17	31	1.96
29523707--29524281	44	12.8	45	71	9	300	28	21	17	31	1.96
29523791--29524240	133	3.3	130	75	9	393	29	21	17	31	1.96
29524092--29524286	89	2.2	87	86	1	264	29	20	17	32	1.96
29525963--29526118	42	3.7	43	80	8	131	32	24	15	27	1.95
29526047--29526133	44	2.0	44	88	2	131	31	25	17	26	1.97
29531580--29531697	24	5.0	24	73	15	102	32	16	22	27	1.96
29531581--29531708	23	5.5	22	77	10	96	32	17	22	27	1.97
29531580--29531716	46	2.9	46	82	10	154	31	18	22	27	1.97
29531812--29531890	38	2.1	38	97	0	149	44	16	8	30	1.78
29531883--29531947	20	3.2	20	63	16	53	44	12	1	41	1.51
29531873--29531952	40	2.0	40	97	0	151	46	12	3	37	1.60
29535657--29536071	47	8.7	47	92	2	652	32	8	29	29	1.87
29535657--29536071	143	2.9	141	91	3	652	32	8	29	29	1.87
29535657--29536071	96	4.4	94	93	1	652	32	8	29	29	1.87
29536190--29536268	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
29546073--29546118	15	3.1	15	84	6	58	56	0	6	36	1.25
29546931--29546968	7	5.4	7	100	0	76	86	0	0	13	0.56
29550833--29550897	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
29568184--29568375	40	4.8	40	93	1	305	23	23	27	25	2.00
29574776--29574856	24	3.4	24	84	0	99	45	17	18	18	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29576558--29576688	40	3.3	39	84	6	113	22	22	19	35	1.96
29576586--29576688	20	5.2	20	74	4	73	21	21	22	34	1.96
29577592--29577667	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
29583511--29583693	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
29583512--29583695	40	4.6	39	82	9	203	24	22	27	25	2.00
29583564--29583728	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
29590732--29590761	10	3.0	10	95	0	51	53	10	0	36	1.35
29606150--29606783	47	13.3	47	93	3	1025	29	29	8	32	1.87
29606150--29606783	96	6.6	96	94	1	1037	29	29	8	32	1.87
29606150--29606783	143	4.4	141	93	2	1025	29	29	8	32	1.87
29612958--29613000	20	2.2	19	84	12	52	39	0	16	44	1.48
29613559--29613649	44	2.1	44	85	4	121	32	23	25	18	1.97
29617612--29617912	149	2.0	150	93	1	516	32	24	9	32	1.88
29619811--29619890	22	3.6	22	79	0	70	30	23	28	17	1.97
29625641--29625673	17	2.0	16	94	5	57	18	0	3	78	0.87
29626986--29627085	24	4.2	24	89	0	146	32	1	42	25	1.62
29628450--29628558	27	4.0	26	80	8	110	18	22	21	37	1.94
29628448--29628556	54	2.0	54	85	3	148	17	22	21	38	1.93
29636980--29637432	47	9.6	47	91	1	717	33	8	28	29	1.86
29636980--29637432	96	4.8	94	91	2	717	33	8	28	29	1.86
29636980--29637432	143	3.2	143	94	1	770	33	8	28	29	1.86
29639295--29639394	24	4.2	24	92	0	146	34	2	39	25	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29640358--29640388	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
29640807--29640918	27	4.2	26	78	7	107	16	23	22	37	1.94
29640807--29640918	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
29647887--29648057	93	1.8	93	93	0	297	29	28	21	21	1.98
29647882--29648054	46	3.7	46	76	13	192	30	27	21	21	1.98
29650941--29651111	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
29650936--29651108	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
29651528--29651586	29	2.0	30	86	3	84	30	25	6	37	1.82
29656746--29656966	40	5.6	40	85	3	232	25	28	21	24	1.99
29656898--29656975	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
29664594--29664761	39	4.3	40	87	3	216	26	28	20	24	1.99
29669604--29669640	17	2.2	17	95	0	65	37	10	10	40	1.75
29673820--29673857	19	2.0	19	100	0	76	36	5	21	36	1.76
29681946--29682168	48	4.6	48	88	0	320	29	16	27	26	1.97
29688720--29688918	50	4.0	50	81	0	238	25	15	27	31	1.96
29693237--29693413	27	6.5	27	76	3	131	27	16	28	28	1.97
29693291--29693413	55	2.3	54	84	1	147	25	17	30	27	1.97
29701230--29701406	27	6.5	27	79	3	158	25	16	29	28	1.97
29701230--29701385	82	1.9	81	82	3	197	25	17	29	27	1.97
29701226--29701406	82	2.2	81	79	2	193	25	17	28	28	1.97
29704045--29704223	48	3.7	47	82	5	207	25	20	28	25	1.99
29704045--29704228	96	1.9	97	88	3	282	26	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29705159--29705314	47	3.5	46	69	18	141	30	14	20	34	1.92
29705159--29705357	85	2.3	85	88	1	308	30	14	21	33	1.93
29705283--29705359	38	2.0	38	92	0	127	28	14	27	29	1.95
29708019--29708214	40	4.9	40	83	2	250	23	27	24	23	2.00
29708007--29708214	80	2.6	79	89	3	310	24	27	24	24	2.00
29711879--29711920	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
29714166--29714374	38	5.0	38	71	19	157	29	15	24	30	1.96
29714204--29714334	48	2.8	48	84	1	174	31	16	22	30	1.95
29729582--29729742	43	3.8	43	75	8	141	27	14	26	31	1.95
29731565--29731787	95	2.3	95	80	9	249	24	30	19	25	1.98
29731565--29731799	48	4.9	47	78	7	224	25	31	18	24	1.98
29738010--29738055	21	2.1	21	84	8	56	28	26	28	17	1.98
29744932--29745053	42	2.8	43	84	7	149	27	27	19	26	1.99
29752993--29753218	48	4.7	46	77	8	186	23	30	19	26	1.98
29752991--29753240	96	2.6	96	85	2	306	24	30	19	25	1.98
29753037--29753240	48	4.2	48	79	6	234	24	31	19	25	1.98
29753041--29753315	137	2.0	140	81	10	330	23	30	18	27	1.98
29754425--29755345	460	2.0	460	98	0	1779	39	22	9	28	1.85
29763145--29763314	85	2.0	85	79	10	186	35	25	17	22	1.95
29764587--29764649	27	2.3	27	83	5	74	26	19	17	36	1.94
29764628--29764937	53	5.8	53	74	10	224	32	9	19	39	1.83
29764629--29764889	79	3.3	78	77	6	249	33	8	18	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29764628--29764937	27	11.7	27	76	11	255	32	9	19	39	1.83
29765254--29765317	28	2.3	28	86	0	83	26	37	17	18	1.93
29792030--29792207	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
29792031--29792186	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
29792027--29792207	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
29801148--29801325	27	6.6	27	81	5	180	28	28	16	26	1.97
29801169--29801324	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
29809148--29809325	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
29809169--29809324	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
29811259--29811435	27	6.6	27	82	5	196	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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