genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28013080--28013345	79	3.3	79	78	8	211	25	26	22	25	2.00
28013657--28013735	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
28015630--28015708	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
28015878--28016455	47	12.0	47	83	10	740	29	28	8	32	1.87
28016038--28016065	14	2.0	14	100	0	56	28	35	7	28	1.84
28015944--28016159	108	2.0	108	96	0	396	29	28	8	32	1.87
28015991--28016112	61	2.0	61	96	0	226	29	29	9	31	1.88
28018623--28018670	24	2.0	24	84	8	62	35	2	18	43	1.62
28029299--28029367	21	3.3	21	83	0	102	30	18	17	33	1.94
28029323--28029371	16	3.1	15	77	8	53	32	20	14	32	1.92
28029299--28029384	42	2.0	42	100	0	172	30	18	17	33	1.94
28029312--28029384	21	3.5	21	84	0	110	30	19	16	34	1.94
28033308--28033348	17	2.4	18	84	8	50	63	0	34	2	1.08
28038876--28038943	26	2.6	25	80	13	66	17	20	22	39	1.92
28038995--28039054	24	2.4	25	86	5	95	15	20	20	45	1.86
28044784--28044950	42	4.0	42	85	3	219	22	16	29	31	1.96
28045015--28045081	32	2.1	32	94	0	116	32	4	31	31	1.78
28047800--28047918	46	2.6	46	88	5	186	24	31	10	34	1.88
28047892--28048270	47	8.1	47	92	0	598	25	27	12	34	1.92
28051618--28051774	28	5.5	28	71	7	120	31	28	17	22	1.97
28051645--28051746	29	3.6	29	75	7	100	30	29	16	23	1.96
28051618--28051778	57	2.8	57	86	1	216	31	29	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28051806--28052304	40	12.5	40	92	0	809	28	27	19	24	1.99
28053887--28053976	27	3.2	27	76	7	83	33	23	23	20	1.97
28054082--28054146	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
28058864--28059040	27	6.5	27	79	3	158	25	16	29	28	1.97
28058864--28059019	82	1.9	81	82	3	197	25	17	29	27	1.97
28058860--28059040	82	2.2	81	79	2	193	25	17	28	28	1.97
28066055--28066230	27	6.6	27	77	6	169	26	17	28	27	1.97
28066052--28066230	81	2.2	80	80	4	200	26	17	28	27	1.98
28083257--28083470	40	5.3	40	87	4	263	23	21	27	27	1.99
28085736--28085901	47	3.6	44	73	11	136	22	18	31	27	1.97
28086765--28086896	55	2.4	54	80	7	142	25	25	26	23	2.00
28087630--28088668	349	3.0	349	98	0	1979	40	15	11	33	1.83
28091445--28092068	40	15.6	40	94	1	1081	27	20	27	24	1.99
28099145--28099766	40	15.6	40	93	1	1027	28	19	27	24	1.99
28102789--28102935	43	3.5	42	77	5	127	20	18	29	31	1.96
28107974--28108399	47	9.1	47	89	0	611	35	11	27	25	1.90
28108046--28108168	22	5.3	22	63	27	58	33	11	28	26	1.91
28107974--28108399	141	3.0	141	91	0	674	35	11	27	25	1.90
28108373--28108491	46	2.6	46	91	0	202	34	9	31	25	1.87
28111001--28111065	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
28111171--28111260	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
28111181--28111271	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28111171--28111285	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
28116454--28116631	27	6.6	27	79	3	169	28	28	16	26	1.97
28116475--28116630	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
28123629--28123806	27	6.6	27	80	6	162	29	28	15	26	1.96
28123650--28123805	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.96
28143466--28143660	40	4.9	40	88	2	270	26	27	22	23	2.00
28151819--28151912	34	2.8	33	79	10	102	25	23	21	29	1.99
28153326--28153472	71	2.1	71	94	0	258	41	19	12	27	1.86
28153877--28153937	32	1.9	31	83	3	77	75	9	4	9	1.18
28153927--28153960	17	2.0	17	88	0	50	70	0	5	23	1.09
28154014--28154084	30	2.4	29	85	2	97	16	25	35	22	1.95
28154408--28154486	12	6.3	12	73	13	52	22	12	2	62	1.43
28154399--28154481	39	2.2	38	82	10	98	20	13	2	63	1.40
28158951--28159086	46	3.0	43	76	14	123	30	27	19	22	1.98
28166485--28166657	46	3.7	46	77	7	197	29	27	20	22	1.99
28166490--28166660	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
28167078--28167137	30	2.0	30	86	0	84	30	23	10	36	1.87
28188271--28188349	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
28194385--28194493	23	4.7	23	85	8	134	35	22	21	21	1.96
28197541--28197699	43	3.7	44	79	6	146	31	15	21	31	1.95
28206391--28206495	41	2.5	41	76	16	106	27	12	25	34	1.92
28207387--28207638	117	2.2	117	97	0	468	23	22	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28211927--28212017	42	2.2	42	95	0	164	23	25	30	20	1.98
28217124--28217163	19	2.1	19	100	0	80	52	17	5	25	1.64
28220613--28220771	86	1.9	85	85	4	221	25	13	27	33	1.94
28220596--28220768	43	4.0	43	80	5	181	27	13	26	32	1.94
28222597--28222697	27	3.6	27	87	4	139	36	11	21	29	1.90
28230221--28230302	43	1.9	43	82	5	103	40	8	2	48	1.47
28231936--28231981	19	2.4	19	89	10	67	15	19	28	36	1.92
28233840--28233897	16	3.6	16	79	9	64	50	1	0	48	1.11
28233852--28233892	21	2.0	20	85	4	55	48	2	0	48	1.14
28233839--28233896	5	10.7	6	72	20	56	48	1	0	50	1.11
28235401--28235557	43	3.7	42	82	4	181	26	18	22	31	1.97
28239469--28239505	19	2.0	18	89	5	56	24	16	40	18	1.90
28239574--28239643	29	2.4	29	83	6	90	34	11	25	28	1.91
28239589--28239650	29	2.1	29	82	5	72	30	17	29	22	1.97
28241359--28241398	21	2.0	19	90	9	62	50	20	0	30	1.49
28252857--28253033	27	6.6	27	83	6	180	29	28	15	26	1.96
28252857--28253032	54	3.3	53	83	3	208	30	28	15	26	1.96
28252878--28253032	81	1.9	81	88	5	233	29	28	15	26	1.96
28260063--28260240	27	6.6	27	84	5	180	29	28	15	26	1.96
28260084--28260239	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28270498--28270601	38	2.7	37	79	2	100	30	12	20	36	1.90
28270510--28270656	38	3.9	38	73	7	102	27	11	25	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28279937--28279991	23	2.4	23	82	8	69	70	0	7	21	1.11
28281990--28282115	55	2.3	55	83	2	155	16	26	30	25	1.97
28283207--28283298	46	2.0	46	95	0	166	25	14	18	42	1.87
28287700--28287780	25	3.2	25	85	0	72	32	17	27	23	1.97
28287775--28287988	25	8.6	24	69	18	75	36	21	22	19	1.95
28287830--28287981	26	6.0	26	71	13	86	35	21	23	19	1.96
28291503--28291554	25	2.0	26	85	3	70	63	3	13	19	1.44
28294180--28294382	107	1.9	107	90	0	325	29	19	21	30	1.97
28295276--28295316	14	2.7	15	81	11	57	80	2	0	17	0.82
28297249--28297280	15	2.1	15	100	0	64	46	21	0	31	1.52
28297748--28297811	28	2.2	28	88	2	92	29	15	15	39	1.89
28297758--28297814	28	2.0	28	96	0	105	33	12	14	40	1.83
28298850--28298928	41	1.9	41	94	0	140	34	6	16	43	1.73
28309252--28309308	26	2.1	28	81	18	68	54	14	5	26	1.61
28323823--28323917	50	1.9	50	84	0	127	40	25	11	23	1.88
28323817--28323985	25	6.8	25	71	10	105	37	22	14	24	1.92
28326971--28327009	18	2.2	17	86	13	53	28	0	2	69	1.02
28326971--28327009	17	2.2	18	86	13	55	28	0	2	69	1.02
28327039--28327087	23	2.2	22	82	10	64	57	2	0	40	1.10
28331679--28331734	28	2.0	28	96	0	103	28	23	19	28	1.98
28333611--28333788	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28333632--28333787	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28339849--28339977	46	2.8	46	95	0	222	20	21	29	28	1.98
28347336--28347508	45	3.7	47	80	12	189	21	21	27	28	1.99
28347733--28347770	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
28368283--28368497	48	4.5	48	79	6	213	19	16	27	36	1.93
28368277--28368507	96	2.4	95	77	8	252	19	16	27	35	1.94
28370081--28370109	14	2.1	14	100	0	58	31	0	20	48	1.50
28373037--28373073	19	1.9	19	88	0	56	78	2	8	10	1.06
28374565--28374615	4	12.5	4	80	12	59	27	0	3	68	1.07
28374551--28374608	29	2.0	29	100	0	116	31	0	6	62	1.22
28380223--28380247	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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