genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2067047--2067075	14	2.1	14	93	6	51	79	0	13	6	0.93
2074579--2074642	32	2.0	32	100	0	128	21	15	15	46	1.83
2082370--2082535	40	4.2	40	85	3	183	22	28	15	33	1.95
2082382--2082446	20	3.2	20	68	8	51	18	36	13	30	1.90
2111061--2111116	22	2.5	22	72	16	53	21	12	1	64	1.36
2123113--2123172	28	2.2	28	96	3	113	35	25	6	33	1.82
2127112--2127170	20	2.9	18	79	18	55	52	0	5	42	1.23
2130669--2130711	18	2.4	18	96	0	77	30	32	13	23	1.93
2139651--2139691	19	2.1	20	86	4	57	36	2	2	58	1.24
2139964--2139998	5	6.8	5	87	6	52	2	22	0	74	0.95
2147632--2147822	92	2.1	92	96	0	355	26	16	9	47	1.77
2151994--2152068	36	2.1	36	82	5	89	34	2	8	54	1.44
2152649--2152701	28	1.9	27	84	3	70	37	3	9	49	1.53
2153416--2153455	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
2153439--2153478	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
2153424--2153490	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
2155995--2156048	12	4.4	12	77	13	56	38	0	57	3	1.17
2155991--2156048	18	3.2	18	83	9	73	37	0	58	3	1.15
2155995--2156030	13	2.8	13	91	4	56	36	0	58	5	1.22
2155991--2156049	31	1.9	31	89	6	93	37	0	59	3	1.14
2156020--2156056	18	2.1	18	89	0	56	45	0	54	0	1.00
2158633--2158683	21	2.5	20	84	6	68	23	29	29	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158646--2158693	21	2.3	21	88	0	69	27	33	29	10	1.90
2158916--2158953	17	2.2	17	90	0	58	21	26	26	26	1.99
2162421--2162490	24	2.9	24	97	0	131	8	35	21	34	1.84
2164165--2164295	32	4.3	30	70	12	88	23	13	11	51	1.74
2164196--2164308	60	1.9	60	82	8	142	23	13	10	52	1.71
2164854--2164891	20	1.9	20	94	0	67	42	13	7	36	1.73
2166382--2166433	24	2.2	24	86	6	70	17	11	36	34	1.86
2172369--2172485	57	2.1	57	95	0	207	43	9	18	28	1.81
2172534--2172573	18	2.3	18	87	8	57	67	0	7	25	1.16
2176993--2177102	48	2.4	47	84	4	152	28	18	7	46	1.75
2180334--2180358	13	1.9	13	100	0	50	24	24	4	48	1.68
2183134--2183172	19	2.1	19	100	0	78	46	10	5	38	1.60
2183575--2183620	16	3.1	14	81	12	56	73	0	2	23	0.94
2186314--2186480	46	3.6	45	77	13	196	19	20	30	29	1.97
2186310--2186480	93	1.8	93	94	0	306	19	21	30	28	1.97
2199589--2199906	46	6.7	48	73	11	230	24	28	19	27	1.98
2199592--2199903	47	6.6	47	70	17	184	24	28	18	27	1.98
2199583--2199949	94	3.9	96	75	10	314	24	27	19	28	1.98
2201338--2201387	24	2.0	25	84	3	66	58	8	2	32	1.39
2202130--2202321	89	2.1	90	82	6	230	31	17	20	30	1.96
2203001--2203034	12	2.8	12	95	0	59	55	14	8	20	1.65
2209940--2209988	18	2.8	17	81	3	53	26	6	4	63	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227094--2227308	46	4.7	46	87	1	279	20	24	14	40	1.91
2230225--2230297	38	1.9	38	94	0	128	23	24	16	35	1.95
2230344--2230476	54	2.4	54	81	11	144	33	23	15	28	1.95
2232397--2232444	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
2236161--2236528	184	2.0	184	89	2	569	36	16	16	30	1.91
2236954--2237178	43	5.3	43	85	4	262	31	28	16	24	1.96
2236935--2237178	84	2.9	83	81	5	283	31	26	16	25	1.97
2241314--2241354	19	2.2	19	91	4	66	21	2	0	75	0.92
2241424--2241492	8	9.1	8	81	12	65	28	0	1	69	0.97
2241428--2241485	15	3.9	15	81	4	64	25	0	1	72	0.94
2241458--2241492	15	2.3	15	100	0	70	37	0	0	62	0.95
2242085--2242148	7	9.0	7	79	3	65	45	28	3	23	1.68
2242086--2242148	14	4.4	14	80	4	72	46	28	3	22	1.67
2242262--2242332	37	1.9	37	85	0	97	21	0	30	47	1.51
2242372--2242471	41	2.4	41	89	1	146	20	27	22	31	1.98
2242670--2242715	25	1.9	23	82	8	56	34	8	8	47	1.65
2255035--2255059	13	1.9	13	100	0	50	24	24	24	28	2.00
2257192--2257287	40	2.4	41	81	10	110	26	15	29	29	1.96
2266732--2266836	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
2268432--2268539	26	4.2	26	91	0	162	38	25	4	30	1.76
2268432--2268539	52	2.1	52	92	0	180	38	25	4	30	1.76
2268648--2268682	13	2.7	13	100	0	70	14	31	5	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2269701--2269727	11	2.5	11	100	0	54	44	18	7	29	1.77
2272389--2272475	43	2.0	44	82	10	108	26	31	17	25	1.97
2280632--2280687	23	2.4	23	81	0	67	39	23	21	16	1.92
2282056--2282146	46	2.0	46	88	0	137	46	23	10	19	1.82
2282071--2282148	23	3.4	23	78	0	93	47	24	11	16	1.80
2284865--2284910	19	2.4	19	80	20	60	36	13	0	50	1.41
2286733--2286761	14	2.0	15	93	6	51	58	0	6	34	1.25
2286621--2286963	173	2.0	169	89	4	528	41	6	18	33	1.75
2293445--2293498	26	2.0	26	82	3	63	42	5	3	48	1.44
2294472--2294597	63	2.0	63	100	0	252	34	11	11	42	1.76
2301275--2301319	17	2.6	17	86	10	65	17	17	33	31	1.94
2319174--2319225	22	2.4	22	96	0	95	36	26	15	21	1.93
2324647--2324749	33	3.2	33	67	22	92	21	10	17	50	1.76
2325410--2325437	12	2.3	12	100	0	56	32	14	14	39	1.86
2326522--2326571	24	2.0	24	88	3	73	4	22	2	72	1.12
2327304--2327362	27	2.3	25	77	11	66	42	1	0	55	1.09
2328599--2328635	19	2.1	19	90	10	60	35	10	0	54	1.36
2330256--2330282	13	2.1	13	100	0	54	37	7	0	55	1.28
2331214--2331256	20	2.1	21	87	12	63	79	2	0	18	0.85
2331210--2331257	20	2.5	19	78	15	55	75	2	0	22	0.91
2335912--2335959	16	3.1	16	76	11	64	35	0	10	54	1.35
2339634--2339692	15	3.9	15	74	10	57	3	23	3	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2339685--2339726	12	3.2	13	83	10	50	16	7	0	76	1.00
2339714--2339744	16	1.9	16	100	0	62	22	6	0	70	1.09
2339749--2339795	16	3.1	15	76	11	51	46	0	0	53	1.00
2350943--2350974	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
2370567--2370875	44	6.7	46	69	16	145	30	18	22	28	1.97
2370610--2371008	44	8.8	43	74	12	266	31	17	22	28	1.96
2370567--2370777	88	2.4	90	80	6	225	29	18	22	29	1.97
2370640--2370920	144	2.0	142	82	2	339	32	18	22	27	1.97
2370567--2371068	232	2.2	232	96	0	925	31	18	22	28	1.97
2374972--2375030	16	3.7	16	74	0	55	44	3	23	28	1.70
2374977--2375038	32	1.9	32	93	0	106	41	6	24	27	1.79
2374992--2375039	16	3.0	16	75	0	51	41	8	25	25	1.83
2379185--2379230	24	1.9	24	90	0	74	10	17	39	32	1.84
2379671--2380314	321	2.0	321	100	0	1288	34	18	20	27	1.95
2380436--2380478	9	4.8	9	94	0	77	23	9	30	37	1.86
2383610--2383686	37	2.1	37	100	0	154	45	7	5	41	1.55
2384156--2384200	17	2.5	17	82	13	54	64	13	4	17	1.44
2388358--2388391	13	2.6	13	100	0	68	32	32	20	14	1.93
2388599--2388645	10	4.6	10	80	12	51	55	27	0	17	1.42
2389363--2389499	40	3.3	40	83	6	141	32	28	12	27	1.93
2389769--2389809	21	1.9	22	85	5	57	26	29	4	39	1.77
2389799--2390009	107	2.0	107	97	0	397	36	26	6	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2390749--2390784	15	2.4	15	90	0	54	55	2	13	27	1.52
2392020--2392063	23	1.9	23	95	0	79	56	2	2	38	1.24
2393059--2393384	127	2.6	127	77	7	304	38	18	16	27	1.92
2393835--2393877	18	2.4	18	84	3	52	67	2	6	23	1.27
2396143--2396250	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
2401020--2401066	17	2.8	17	84	15	62	65	0	8	25	1.20
2401139--2401495	3	119.3	3	70	8	174	61	2	8	27	1.39
2403158--2403310	63	2.4	63	84	2	209	25	28	20	26	1.99
2404868--2404921	20	2.7	20	80	8	56	33	3	3	59	1.33
2415349--2415384	17	2.1	18	94	5	65	36	0	0	63	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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