genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67730525--67730562	6	6.5	6	81	6	51	13	2	2	81	0.90
67739263--67739448	40	4.7	40	86	5	225	26	27	21	24	1.99
67741166--67741281	43	2.7	42	87	1	151	19	14	31	33	1.92
67744906--67744963	15	3.9	15	74	0	62	56	13	17	12	1.66
67748761--67748880	45	2.6	45	78	5	125	35	30	14	20	1.92
67749071--67749109	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
67752248--67752426	89	2.0	88	83	1	223	35	17	18	28	1.94
67752248--67752512	44	6.0	44	78	3	255	35	17	18	28	1.94
67752459--67752576	51	2.3	52	83	1	148	38	17	16	27	1.91
67753113--67753214	3	34.7	3	78	3	91	32	1	5	59	1.32
67753174--67753215	14	2.9	15	79	10	52	30	0	4	64	1.14
67754450--67754504	20	2.8	20	86	10	85	50	0	27	21	1.49
67759090--67759189	32	3.2	29	76	13	85	62	2	3	33	1.22
67759136--67759187	22	2.5	22	81	15	65	63	1	1	32	1.16
67759139--67759176	20	1.9	20	89	10	60	68	0	2	28	1.03
67759090--67759164	32	2.4	33	78	10	86	62	1	2	33	1.17
67759935--67759978	22	2.0	22	82	8	54	45	0	2	52	1.13
67759996--67760055	31	2.0	30	83	3	75	46	1	1	50	1.21
67760084--67760130	20	2.2	22	85	11	62	42	2	2	53	1.25
67761102--67761174	37	2.0	37	97	0	137	36	9	16	36	1.81
67762067--67762134	33	2.1	33	88	0	100	38	17	11	32	1.86
67763403--67763590	26	7.6	26	65	20	98	18	19	21	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67765868--67765916	23	2.1	23	100	0	98	34	10	8	46	1.67
67772455--67772677	46	4.7	47	78	7	220	30	21	25	22	1.98
67772506--67772677	94	1.8	95	88	3	267	30	21	25	22	1.99
67772693--67772819	49	2.6	49	76	5	132	29	23	25	20	1.99
67780448--67780571	46	2.7	46	84	2	160	29	17	29	23	1.97
67780448--67780763	46	6.8	45	72	9	154	28	18	27	25	1.98
67780637--67780763	49	2.6	49	82	5	159	28	22	27	22	1.99
67782127--67782172	21	2.2	21	84	0	56	17	30	21	30	1.96
67782117--67782161	21	2.1	21	91	0	72	15	35	22	26	1.94
67784177--67784205	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
67785006--67785035	15	2.0	15	93	0	51	36	0	13	50	1.42
67789822--67789879	25	2.3	26	82	11	68	44	1	5	48	1.35
67789837--67789894	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
67792234--67792271	16	2.4	16	100	0	76	39	15	13	31	1.86
67792407--67792455	20	2.5	20	86	0	62	40	10	8	40	1.69
67792595--67792640	22	2.2	20	84	7	56	32	21	6	39	1.79
67793244--67793276	13	2.4	14	90	10	50	27	6	0	66	1.15
67793244--67793291	18	3.1	15	78	21	55	27	4	0	68	1.07
67795435--67795474	20	2.1	19	86	13	55	35	10	7	47	1.65
67799784--67799917	62	2.2	59	82	5	162	42	3	5	48	1.43
67800026--67800076	25	2.0	24	85	7	66	43	9	9	37	1.71
67801969--67802021	15	3.4	16	82	17	67	50	7	0	41	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67803853--67804007	10	15.6	10	67	17	65	63	5	2	27	1.30
67803893--67804016	9	13.1	9	70	13	79	62	5	2	29	1.31
67803905--67804002	19	5.2	18	73	10	72	61	5	3	30	1.33
67804601--67804627	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
67805553--67805581	14	2.1	14	100	0	58	20	0	20	58	1.39
67813642--67813981	170	2.0	170	95	0	617	36	23	13	27	1.92
67814963--67815103	39	3.6	39	78	7	144	28	27	19	24	1.98
67816921--67816950	14	2.1	14	100	0	60	80	0	0	20	0.72
67826066--67826238	46	3.7	46	78	10	190	21	19	27	30	1.98
67826063--67826233	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98
67826463--67826500	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
67833628--67833753	46	2.7	46	92	0	207	21	21	26	30	1.98
67833978--67834015	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
67838754--67838809	29	2.0	28	92	3	94	19	16	28	35	1.93
67842080--67842214	72	1.9	71	83	5	177	40	5	6	48	1.52
67845571--67845601	5	6.4	5	92	7	55	19	0	0	80	0.71
67863454--67863499	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
67877535--67877723	105	1.8	105	94	2	335	23	15	16	44	1.86
67893877--67893942	29	2.2	30	81	2	80	13	15	4	66	1.40
67896422--67896597	46	3.8	46	78	14	200	20	21	28	30	1.98
67896419--67896590	93	1.8	93	93	2	301	20	21	28	29	1.98
67898054--67898089	18	2.0	18	100	0	72	50	22	0	27	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67908225--67908329	39	2.6	39	83	5	113	24	21	27	25	2.00
67908188--67908329	40	3.6	40	78	12	141	24	21	28	25	1.99
67908554--67908721	47	3.6	47	88	0	237	34	8	29	27	1.86
67918932--67918980	24	2.0	24	96	0	89	36	22	16	24	1.94
67922940--67923006	33	2.0	33	94	0	116	25	4	16	53	1.61
67922949--67923001	15	3.3	15	75	14	61	22	5	16	54	1.63
67923353--67923432	30	2.7	30	88	3	108	25	32	26	16	1.96
67933259--67933285	10	2.7	10	100	0	54	85	0	14	0	0.61
67934736--67934784	19	2.5	20	87	9	75	34	0	8	57	1.29
67935343--67935423	31	2.6	29	79	11	81	46	3	1	48	1.27
67935343--67935422	30	2.5	32	80	9	85	47	3	1	47	1.28
67935411--67935450	17	2.6	16	84	15	57	60	0	0	40	0.97
67937824--67937866	22	1.9	22	95	4	77	37	13	6	41	1.72
67948157--67948205	11	4.3	11	75	10	53	36	2	2	59	1.21
67948152--67948207	24	2.3	24	81	3	67	39	1	1	57	1.20
67950372--67950580	46	4.5	46	86	1	276	39	16	24	20	1.92
67958356--67958395	21	2.0	20	85	5	53	32	2	27	37	1.70
67962260--67962374	42	2.7	42	82	0	140	31	18	24	26	1.97
67962305--67962428	65	1.9	65	89	0	194	30	17	24	27	1.97
67962370--67962528	42	3.8	42	83	1	210	30	15	24	29	1.96
67962263--67962479	107	2.0	107	94	0	380	30	17	24	27	1.97
67962374--67962547	85	2.1	84	81	3	197	29	14	25	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67968960--67969082	42	3.0	41	78	2	111	30	26	13	30	1.93
67969005--67969095	42	2.2	42	82	4	103	35	24	10	29	1.90
67972269--67972310	22	1.9	22	85	0	57	40	0	26	33	1.56
67972768--67972931	42	3.9	42	87	1	229	33	15	21	28	1.95
67972768--67972931	85	1.9	84	86	1	229	33	15	21	28	1.95
67973077--67973200	65	1.9	65	90	3	196	31	16	23	28	1.96
67973142--67973295	42	3.6	42	84	1	200	31	14	24	30	1.94
67974890--67975206	94	3.4	92	79	6	325	23	30	20	25	1.98
67978924--67978995	32	2.3	32	92	2	119	25	22	13	38	1.91
67981396--67981437	20	2.1	20	100	0	84	14	16	33	35	1.89
67981353--67981484	66	2.0	66	92	2	221	20	19	29	30	1.97
67990025--67990049	6	4.2	6	100	0	50	68	0	32	0	0.90
67995096--67995184	39	2.2	40	86	4	126	29	14	20	35	1.92
67996927--67997109	49	3.7	49	80	3	213	27	27	19	25	1.98
67996914--67997107	100	1.9	101	86	1	273	27	26	19	26	1.99
68004442--68004624	79	2.3	81	82	7	214	25	27	22	24	2.00
68004440--68004624	40	4.6	39	82	6	203	25	28	22	24	1.99
68017724--68017764	21	2.0	21	95	0	73	36	0	26	36	1.57
68017745--68018252	48	10.3	48	93	5	863	36	5	26	31	1.79
68017752--68018252	148	3.4	148	93	4	893	36	5	26	31	1.79
68017745--68018252	100	5.2	100	95	2	915	36	5	26	31	1.79
68018399--68018507	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68021517--68022490	27	36.3	27	81	2	1073	39	21	8	30	1.83
68022482--68022536	27	2.0	29	89	7	87	36	20	10	32	1.87
68022492--68022548	27	2.1	27	83	6	71	35	26	10	28	1.89
68022531--68022604	27	2.7	26	76	13	78	35	22	8	33	1.84
68022589--68022858	27	10.0	27	82	5	287	36	18	20	24	1.95
68022593--68022858	54	4.9	54	85	0	327	36	18	20	24	1.95
68022586--68022858	81	3.4	80	81	6	327	36	18	20	24	1.95
68023107--68023158	27	2.0	26	84	3	68	17	23	21	38	1.93
68023088--68023241	67	2.3	67	96	0	281	18	27	22	31	1.97
68023174--68023225	27	2.0	26	84	3	68	19	25	21	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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