genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3619003--3619028	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
3628362--3628404	21	2.0	23	90	9	72	30	2	4	62	1.28
3628702--3628735	15	2.3	15	89	0	50	29	0	2	67	1.05
3628760--3628813	12	4.8	12	75	13	53	31	12	1	53	1.50
3630216--3630268	21	2.5	21	87	6	72	20	30	35	13	1.91
3632159--3632217	31	1.9	31	96	0	109	25	23	20	30	1.98
3632197--3632473	50	5.5	50	91	2	430	26	22	15	36	1.93
3635400--3635469	25	2.8	25	93	0	113	30	21	24	24	1.99
3637978--3638059	42	2.0	42	82	4	103	29	28	26	15	1.96
3640050--3640088	16	2.4	16	78	0	51	48	2	2	46	1.29
3643816--3644086	21	13.0	21	69	18	142	19	52	5	21	1.66
3643795--3643954	45	3.6	45	85	8	206	19	55	6	19	1.64
3643861--3644053	63	3.1	63	83	6	191	19	54	5	21	1.63
3643837--3643983	42	3.4	42	85	6	163	17	55	6	20	1.63
3644013--3644098	39	2.2	41	79	12	108	25	50	4	19	1.67
3643926--3644056	63	2.1	63	92	4	223	18	54	4	22	1.61
3645311--3645397	40	2.2	40	78	14	90	32	1	4	62	1.23
3645492--3645538	16	3.0	16	82	11	62	25	2	4	68	1.19
3659268--3659359	37	2.5	36	77	8	96	36	13	1	48	1.49
3670054--3670933	44	20.0	45	76	4	760	27	16	26	29	1.97
3670049--3670933	132	6.7	132	91	1	1007	27	16	26	29	1.97
3670380--3670847	219	2.1	218	92	0	774	26	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3672884--3672975	38	2.5	37	77	13	91	36	13	1	48	1.49
3672998--3673031	16	2.1	16	88	0	50	35	11	2	50	1.54
3679534--3679587	22	2.5	21	85	8	65	37	18	31	12	1.89
3697663--3697700	19	2.0	19	85	10	51	50	5	7	36	1.54
3698722--3698774	17	2.9	18	83	8	72	35	15	9	39	1.79
3699317--3699513	45	4.4	45	84	1	252	25	29	13	31	1.93
3699317--3699500	89	2.1	90	87	1	262	26	29	13	30	1.93
3699530--3699824	78	3.8	78	89	4	443	24	23	19	32	1.97
3700530--3700561	12	2.7	12	100	0	64	31	25	6	37	1.81
3708889--3708928	20	2.0	20	85	5	53	10	2	12	75	1.15
3712552--3712597	16	2.9	16	93	0	65	43	6	15	34	1.72
3716236--3716280	22	2.0	22	100	0	90	24	22	13	40	1.90
3719591--3719636	3	14.7	3	86	8	65	0	2	30	67	1.03
3726678--3726752	38	2.0	38	89	0	114	33	9	22	34	1.86
3728175--3728217	19	2.3	19	91	0	68	41	4	11	41	1.62
3728166--3728220	19	2.8	20	80	8	67	41	5	12	40	1.66
3729935--3730023	45	2.0	45	86	4	126	40	11	19	29	1.86
3729984--3730138	31	5.0	31	77	1	168	39	16	16	28	1.89
3729983--3730140	62	2.5	62	87	2	228	39	15	16	27	1.89
3739779--3739815	18	2.1	18	100	0	74	27	16	21	35	1.94
3745857--3745911	25	2.2	25	90	6	85	61	0	3	34	1.13
3750293--3750334	19	2.2	19	87	8	59	80	4	0	14	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3750942--3750988	18	2.6	19	80	10	53	36	4	2	57	1.30
3750999--3751046	17	2.9	16	81	12	53	35	2	6	56	1.36
3767528--3767563	18	1.9	18	88	5	54	25	5	0	69	1.10
3769847--3769891	4	10.8	4	82	17	56	73	4	2	20	1.11
3769844--3769895	26	2.0	26	100	0	104	69	7	3	19	1.29
3770505--3770545	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
3770574--3770604	12	2.7	11	95	5	53	25	0	0	74	0.82
3771994--3772085	23	4.0	23	78	5	105	17	14	25	43	1.86
3771999--3772142	23	6.1	23	76	11	87	16	15	22	45	1.84
3772075--3772141	25	2.7	25	92	0	107	16	17	16	49	1.80
3772175--3772231	23	2.5	23	88	0	78	28	5	26	40	1.77
3777739--3777849	23	4.7	23	75	8	100	14	18	25	42	1.87
3777815--3777879	25	2.6	25	92	0	103	15	18	20	46	1.84
3782624--3782698	37	2.0	38	87	7	109	57	8	18	16	1.63
3785800--3785846	15	3.0	15	84	6	58	65	4	2	27	1.22
3785954--3786050	41	2.5	40	80	8	110	59	5	1	34	1.26
3785981--3786047	30	2.3	30	78	2	73	64	4	0	31	1.14
3787260--3787345	39	2.2	39	89	4	129	19	4	51	24	1.66
3787314--3787432	21	5.7	20	70	11	78	22	5	56	15	1.59
3787299--3787434	63	2.2	63	95	0	245	22	4	55	17	1.59
3787302--3787497	63	3.1	63	86	4	227	20	5	55	18	1.62
3787299--3787618	42	7.4	42	79	9	218	20	5	53	20	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3787446--3787566	45	2.7	45	94	0	215	18	6	54	20	1.65
3787396--3787611	45	5.0	41	83	9	191	18	6	54	20	1.65
3793320--3793401	42	2.0	42	82	4	103	15	26	28	29	1.96
3795908--3795977	25	2.8	25	93	0	113	24	24	21	30	1.99
3798883--3799159	50	5.5	50	91	2	430	36	15	22	26	1.93
3799139--3799197	31	1.9	31	96	0	109	30	20	23	25	1.98
3801067--3801118	21	2.5	20	84	9	61	13	34	30	21	1.92
3802487--3802540	12	4.8	12	69	17	53	53	1	12	31	1.50
3802893--3802935	21	2.0	22	90	9	70	62	4	2	30	1.28
3812212--3812237	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
3821342--3821408	10	7.0	10	72	14	52	35	1	1	61	1.15
3830803--3830986	46	4.0	46	94	0	314	20	22	15	41	1.90
3833136--3833176	17	2.4	18	88	8	59	7	17	0	75	1.02
3836677--3836725	25	2.0	25	100	0	98	46	12	12	28	1.77
3837386--3838223	44	19.2	44	84	5	918	31	15	26	27	1.96
3839987--3840041	21	2.6	21	77	13	58	32	5	0	61	1.19
3841714--3841743	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
3846243--3846341	49	2.0	52	84	9	134	57	1	9	32	1.37
3847452--3847510	29	2.0	29	80	6	66	72	6	11	8	1.26
3852167--3852248	27	3.0	27	96	0	146	17	14	23	45	1.85
3857346--3857434	36	2.5	36	96	0	160	32	14	23	29	1.94
3857346--3857438	18	5.2	18	86	0	132	32	15	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3860923--3860974	24	2.2	24	80	10	63	36	0	0	63	0.95
3864343--3864399	29	1.9	30	82	10	73	52	12	5	29	1.60
3867300--3867338	20	2.0	20	94	0	69	33	7	5	53	1.51
3870934--3870991	26	2.3	25	85	5	73	31	5	5	58	1.42
3870948--3871009	26	2.3	27	75	13	65	29	8	6	56	1.53
3873361--3873420	7	8.3	7	75	12	50	65	1	1	31	1.13
3873525--3873847	3	105.7	3	65	18	59	60	5	2	30	1.33
3873439--3873926	145	3.4	141	86	8	657	60	5	3	30	1.35
3873622--3873676	20	2.7	21	76	20	55	56	7	0	36	1.27
3873896--3873973	25	3.2	25	70	13	65	57	6	2	33	1.38
3873896--3873960	23	2.8	23	72	9	60	58	6	3	32	1.38
3873439--3874008	288	2.0	282	85	7	767	60	5	3	30	1.34
3873967--3874010	3	15.0	3	80	4	54	68	0	2	29	1.02
3875574--3875632	30	2.0	30	89	0	91	55	11	3	28	1.52
3877143--3877190	21	2.3	21	78	7	53	22	0	10	66	1.22
3877410--3877459	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
3882049--3882098	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
3885572--3885624	24	2.2	24	80	9	65	37	1	7	52	1.41
3890803--3890843	11	3.9	11	78	12	50	53	0	0	46	1.00
3890802--3890843	20	2.0	21	86	4	59	52	0	0	47	1.00
3892759--3892804	24	1.9	24	100	0	92	47	8	8	34	1.65
3894770--3894826	24	2.4	25	82	11	66	42	3	5	49	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3913666--3913695	16	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
3922906--3923033	61	2.1	61	81	8	154	25	29	21	23	1.99
3926972--3927011	16	2.6	16	92	4	64	55	5	20	20	1.62
3929693--3929815	43	2.9	41	75	7	129	27	24	16	31	1.96
3929693--3929815	42	2.9	42	78	4	122	27	24	16	31	1.96
3930902--3931056	10	15.2	10	67	14	75	61	0	3	34	1.17
3930892--3930939	18	2.6	18	83	6	60	64	2	0	33	1.05
3930964--3931115	20	7.7	19	68	17	80	63	1	4	30	1.26
3930890--3931047	41	3.8	39	74	12	131	62	1	3	32	1.19
3930967--3931092	60	2.1	60	82	10	152	61	1	5	31	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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