genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  68  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20749059--20749126	7	9.9	7	73	9	50	77	1	7	13	1.03
20749760--20749804	21	2.1	21	83	4	54	71	4	8	15	1.28
20754167--20754364	108	1.8	110	90	4	321	22	25	16	34	1.95
20754120--20754375	55	4.8	54	78	11	237	21	25	17	36	1.95
20764794--20764852	16	3.7	16	76	0	55	50	18	22	8	1.73
20764794--20764852	24	2.5	24	82	0	64	50	18	22	8	1.73
20764794--20764836	8	5.5	8	88	2	52	51	20	20	6	1.71
20765062--20765140	29	2.8	28	83	9	81	22	18	31	26	1.97
20772787--20773016	40	5.8	40	89	3	320	30	27	19	23	1.98
20772755--20773012	80	3.2	80	85	4	326	29	27	20	22	1.99
20781101--20781326	40	5.7	40	94	1	355	30	27	19	22	1.98
20781065--20781322	80	3.2	80	88	2	342	29	27	20	22	1.98
20786763--20786832	26	2.7	26	86	0	95	25	28	18	27	1.98
20790901--20790977	28	2.8	28	100	0	154	38	24	7	28	1.83
20791100--20791189	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
20795277--20795333	30	1.9	30	88	0	87	28	22	8	40	1.84
20818115--20818161	20	2.2	22	85	7	62	23	6	8	61	1.48
20818779--20818822	21	2.1	21	91	8	72	38	13	9	38	1.77
20828066--20828239	46	3.7	46	78	6	181	24	28	17	29	1.98
20835503--20835738	50	4.8	50	73	7	196	30	15	28	25	1.95
20836132--20836211	41	2.0	41	97	0	151	27	6	26	40	1.80
20841617--20841641	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20842764--20842806	22	2.0	22	90	0	68	37	23	20	18	1.94
20843225--20843597	27	13.8	27	77	5	270	30	10	19	40	1.85
20843418--20843623	80	2.6	81	81	9	226	29	10	20	39	1.86
20843472--20843640	27	6.3	27	79	8	141	30	10	20	39	1.86
20843226--20843648	81	5.2	80	73	7	230	30	10	19	39	1.85
20843633--20843713	27	3.0	27	92	0	126	27	22	19	30	1.98
20851328--20851386	6	10.0	6	76	8	59	3	16	3	76	1.06
20854393--20854473	30	2.7	30	90	0	117	40	4	19	34	1.73
20859118--20859160	21	2.0	21	86	8	61	62	0	11	25	1.29
20860894--20860982	46	1.9	48	82	8	114	30	21	6	41	1.79
20865079--20865116	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
20871881--20871923	5	7.8	5	80	19	50	74	0	4	20	1.00
20897343--20897385	22	1.9	23	85	4	61	20	11	51	16	1.75
20911932--20912046	42	2.8	42	76	9	110	35	27	12	24	1.91
20932008--20932081	20	3.5	20	67	25	62	47	18	10	22	1.80
20932644--20932811	40	4.2	40	92	0	282	29	28	18	23	1.98
20932644--20932811	80	2.1	80	96	0	318	29	28	18	23	1.98
20940948--20941082	40	3.4	40	91	0	216	30	28	18	22	1.97
20945580--20945650	35	2.0	35	100	0	142	28	8	16	46	1.76
20958928--20958992	34	1.9	34	83	0	85	26	29	21	23	1.99
20963553--20963598	24	1.9	24	82	8	58	17	21	23	36	1.94
20964999--20965063	27	2.4	27	86	0	85	24	16	21	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20965042--20965286	27	9.2	27	85	2	289	29	8	22	39	1.84
20965016--20965286	80	3.4	81	81	5	291	28	9	22	39	1.85
20965016--20965286	53	5.1	54	81	4	282	28	9	22	39	1.85
20965048--20965253	107	1.9	107	84	2	270	29	9	20	40	1.84
20966599--20966747	51	2.9	51	83	4	185	29	25	19	25	1.98
20970997--20971085	27	3.3	27	87	1	117	40	17	10	31	1.83
20971091--20971303	27	7.9	27	85	2	223	29	23	7	39	1.81
20971253--20971501	27	9.1	27	75	11	141	38	19	8	33	1.83
20971091--20971301	81	2.6	81	81	4	255	28	24	7	39	1.81
20971294--20971503	54	3.8	52	78	10	165	40	18	9	32	1.81
20971561--20971628	27	2.5	27	85	4	84	32	16	26	25	1.96
20972430--20972537	52	2.1	50	94	3	189	28	21	24	25	1.99
20972430--20972527	26	3.8	26	90	1	162	26	23	23	26	2.00
20972672--20972763	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
20972787--20972865	31	2.5	31	89	0	122	30	17	24	27	1.97
20986627--20986704	29	2.7	29	87	2	102	26	29	16	26	1.97
20998070--20998253	67	2.9	63	78	7	199	30	17	29	22	1.97
21006645--21006724	25	3.2	25	77	7	81	27	18	20	33	1.96
21010079--21010162	43	2.0	43	80	4	98	22	16	27	33	1.96
21017494--21017755	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00
21027537--21027623	26	3.4	25	87	9	113	22	21	24	31	1.99
21027550--21027622	26	2.8	26	97	0	137	23	21	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21035137--21035222	26	3.3	26	91	4	122	24	23	22	30	1.99
21035150--21035222	26	2.8	26	97	0	137	24	23	24	27	2.00
21035283--21035316	9	3.6	9	85	14	50	41	20	2	35	1.68
21035272--21035328	20	2.8	20	91	0	96	36	19	10	33	1.86
21035272--21035329	11	5.6	11	76	15	61	36	18	10	34	1.85
21035375--21035422	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
21041747--21041785	21	1.9	20	84	5	51	30	7	15	46	1.74
21050163--21050246	43	2.0	43	90	0	132	22	21	29	26	1.99
21061285--21061317	17	1.9	17	93	0	57	12	39	0	48	1.40
21069662--21069706	22	2.0	22	95	0	81	35	8	24	31	1.86
21074393--21074606	46	4.6	46	79	5	232	28	20	28	23	1.99
21074393--21074656	47	5.7	47	78	9	229	29	19	27	23	1.98
21074386--21074657	94	2.9	93	81	7	293	29	19	27	23	1.98
21076819--21076857	21	1.9	20	84	5	51	23	30	28	17	1.97
21079600--21079633	11	3.1	11	95	0	59	64	14	8	11	1.49
21084827--21084861	11	3.2	11	91	0	61	65	11	8	14	1.46
21086980--21087004	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
21087123--21087431	162	1.9	162	86	2	442	35	10	16	37	1.82
21088360--21088394	12	2.9	12	95	0	61	8	28	40	22	1.84
21092002--21092125	27	4.6	27	75	7	108	32	13	26	27	1.94
21092000--21092125	53	2.4	54	81	4	148	33	13	26	26	1.93
21104224--21104254	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21105244--21105305	24	2.5	26	78	10	83	72	3	9	14	1.23
21106226--21106323	30	3.4	27	69	24	58	70	4	19	6	1.25
21106195--21106248	21	2.6	21	82	11	67	75	0	22	1	0.89
21106197--21106326	6	20.0	6	68	23	52	72	3	20	4	1.16
21129765--21129948	48	3.8	48	74	2	172	23	24	22	28	1.99
21129726--21129949	96	2.3	96	89	1	333	25	24	21	28	1.99
21132391--21132425	11	3.2	11	87	0	52	11	11	17	60	1.59
21138784--21138956	47	3.7	47	80	8	151	23	19	29	27	1.98
21148208--21148276	18	3.8	18	77	7	77	40	15	2	40	1.63
21149309--21149346	18	2.2	18	85	4	51	13	44	26	15	1.83
21150228--21150274	23	2.0	22	84	8	58	40	31	4	23	1.74
21152794--21152961	6	27.3	6	73	15	139	47	16	16	19	1.83
21152803--21152961	31	5.2	31	88	5	182	47	16	16	18	1.82
21152894--21152951	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
21153081--21153188	27	4.0	26	82	5	108	37	20	20	21	1.94
21153746--21154153	27	15.2	27	80	5	380	26	18	17	37	1.93
21153745--21154120	80	4.7	81	84	3	454	25	19	18	36	1.94
21153745--21154119	107	3.5	108	81	4	429	25	20	17	36	1.94
21154108--21154293	27	7.0	27	79	2	151	33	9	17	39	1.83
21153934--21154206	134	2.0	134	79	5	293	27	17	17	36	1.93
21154114--21154319	80	2.6	80	83	1	225	32	9	17	40	1.83
21154174--21154340	27	6.3	27	75	11	105	29	9	20	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21154274--21154340	26	2.6	25	79	15	82	26	8	20	43	1.82
21156263--21156296	18	1.9	17	88	5	50	52	14	11	20	1.73
21156284--21156433	6	24.3	6	71	15	101	48	15	16	20	1.82
21156322--21156433	31	3.6	31	95	0	197	48	16	16	19	1.82
21156292--21156433	62	2.3	62	87	0	203	47	15	16	20	1.82
21156560--21156659	27	3.8	26	78	7	76	38	19	22	21	1.94
21156672--21156747	32	2.4	31	80	6	80	35	23	19	21	1.96
21157238--21157657	27	15.7	27	86	3	508	25	19	17	36	1.94
21157238--21157657	81	5.2	81	87	2	569	25	19	17	36	1.94
21157238--21157710	134	3.5	133	84	6	555	26	18	17	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320