genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78928925--78928971	6	7.5	6	86	9	67	78	4	0	17	0.90
78928925--78928965	20	2.0	20	85	0	55	78	4	0	17	0.93
78928991--78929040	9	5.6	9	83	9	66	26	8	22	44	1.80
78932086--78932122	19	1.9	19	94	0	65	18	29	32	18	1.96
78932502--78932526	12	2.1	12	100	0	50	20	0	32	48	1.50
78937033--78937073	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
78943342--78943370	12	2.5	12	94	5	51	24	24	6	44	1.77
78945621--78945648	6	4.7	6	100	0	56	32	0	53	14	1.41
78950120--78950166	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
78950970--78951017	19	2.5	19	86	6	62	35	6	6	52	1.52
78951074--78951111	19	2.1	19	85	5	51	31	13	2	52	1.54
78951121--78951169	20	2.4	21	76	13	57	42	22	0	34	1.54
78953320--78953473	67	2.4	64	83	4	184	22	30	16	29	1.96
78960806--78960876	37	2.0	35	83	10	90	54	2	2	39	1.29
78962433--78962548	27	4.3	27	77	10	112	56	2	7	32	1.41
78962495--78962552	29	2.0	28	83	9	73	62	1	6	29	1.31
78967751--78967805	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
78967943--78968037	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
78968018--78968085	16	4.2	16	96	0	118	35	36	0	27	1.58
78971899--78972058	24	6.7	24	70	5	108	33	30	13	22	1.93
78976441--78976472	15	2.1	15	94	0	55	71	6	6	15	1.26
78979099--78979165	34	2.0	34	85	5	91	29	7	2	59	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78979098--78979173	34	2.3	32	80	10	89	34	6	2	56	1.39
78979158--78979202	18	2.5	18	79	10	56	48	2	2	46	1.26
78981034--78981078	19	2.4	19	96	0	81	40	20	17	22	1.92
78983565--78983632	21	3.2	21	72	15	68	14	20	17	47	1.83
78983498--78983646	42	3.5	42	79	1	156	16	20	17	46	1.84
78983574--78983655	21	3.9	21	76	6	58	14	20	18	46	1.84
78986682--78986751	35	2.0	35	94	0	122	20	20	11	48	1.79
78987236--78987315	19	4.3	19	84	9	119	47	33	3	15	1.63
78987246--78987318	37	2.0	37	97	0	137	47	31	4	16	1.65
78993181--78993224	21	2.1	21	100	0	88	36	31	18	13	1.90
79003521--79003551	15	2.0	16	93	6	55	29	6	0	64	1.18
79004745--79004801	27	2.1	27	83	3	69	38	1	1	57	1.19
79006934--79007048	55	2.1	55	100	0	230	46	17	5	31	1.70
79007035--79007089	27	2.1	27	86	10	78	43	5	0	50	1.25
79007179--79007305	61	2.1	61	80	0	137	37	1	12	48	1.51
79010843--79010960	40	3.1	40	71	16	131	32	22	20	25	1.98
79010859--79010974	35	3.2	35	69	15	99	28	24	22	25	1.99
79010813--79010974	75	2.2	75	88	4	238	27	22	24	26	2.00
79013253--79013339	36	2.4	35	78	17	88	33	20	1	44	1.59
79013617--79013650	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
79014093--79014121	11	2.5	12	94	5	51	10	17	0	72	1.11
79020047--79020231	39	4.7	39	93	0	307	22	20	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79024210--79024261	4	13.0	4	100	0	104	25	0	25	50	1.50
79025590--79025618	6	4.8	6	100	0	58	17	0	13	68	1.20
79029399--79029429	7	4.6	7	96	4	55	0	9	0	90	0.46
79037803--79037831	11	2.6	11	100	0	58	34	0	0	65	0.93
79038319--79038426	38	2.8	38	87	4	137	40	2	5	50	1.40
79038330--79038445	39	3.0	39	82	7	112	40	0	6	51	1.35
79039158--79039215	29	2.0	29	100	0	116	31	27	17	24	1.97
79042284--79042313	12	2.5	12	94	0	51	80	0	0	20	0.72
79048304--79048514	46	4.6	46	92	2	302	22	24	12	40	1.88
79048417--79048492	25	3.2	25	62	27	65	25	22	10	42	1.85
79049002--79049036	18	1.9	18	88	0	52	40	8	0	51	1.33
79054692--79054756	31	2.1	31	88	0	94	43	9	12	35	1.74
79055476--79055533	12	4.9	12	75	16	59	43	0	0	56	0.99
79055487--79055534	21	2.3	22	78	10	55	43	0	0	56	0.99
79058050--79058585	266	2.0	266	98	0	1027	29	14	16	39	1.88
79067293--79067392	51	2.0	51	93	0	173	39	6	14	41	1.70
79067353--79067475	39	3.0	39	77	11	147	38	4	13	43	1.65
79067376--79067511	51	2.7	52	82	8	165	38	4	13	44	1.64
79070268--79070367	51	2.0	51	87	0	146	40	5	13	42	1.65
79070328--79070400	39	1.9	37	88	5	110	41	2	12	43	1.56
79070305--79070435	44	3.1	43	78	10	153	39	4	12	43	1.63
79070327--79070435	22	5.2	21	68	16	66	39	4	11	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79070388--79070486	51	1.9	51	89	4	155	38	5	13	43	1.65
79074199--79074533	41	8.1	40	91	4	225	33	24	24	18	1.97
79074230--79074532	82	3.7	82	90	3	450	32	24	24	18	1.97
79074690--79074734	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
79074787--79074921	7	19.0	7	72	13	71	20	0	41	38	1.52
79077130--79077473	90	3.9	90	76	9	316	30	5	24	39	1.78
79079118--79079168	25	2.0	25	100	0	102	23	19	11	45	1.83
79080792--79080824	15	2.1	16	88	11	50	24	0	0	75	0.80
79082727--79082766	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
79082750--79082789	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
79082735--79082801	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
79082888--79082926	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
79082957--79083009	17	3.2	15	80	17	52	41	1	1	54	1.22
79086341--79086390	25	2.0	25	88	0	73	62	4	30	4	1.32
79086450--79086487	18	2.1	18	90	0	58	47	0	52	0	1.00
79086916--79086993	37	2.1	37	88	2	113	29	17	6	46	1.73
79086934--79087012	37	2.1	37	81	4	88	32	17	6	43	1.75
79090759--79090892	68	2.0	68	83	2	171	43	20	7	29	1.79
79091739--79091787	24	2.0	25	88	4	73	44	0	0	55	0.99
79091708--79091793	18	4.7	18	68	16	61	52	1	1	45	1.16
79097200--79097249	25	2.0	25	96	0	91	22	8	34	36	1.83
79098064--79098103	22	1.9	20	90	10	62	27	0	20	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79101883--79101930	24	2.0	24	100	0	96	37	8	4	50	1.52
79101883--79101943	24	2.6	23	87	7	61	37	11	3	47	1.56
79103700--79103747	21	2.3	21	80	13	55	60	0	0	39	0.97
79104848--79104911	30	2.2	30	85	2	85	35	21	14	28	1.92
79104887--79104927	18	2.3	18	91	0	64	34	19	14	31	1.92
79109017--79109083	28	2.4	27	78	7	71	29	7	0	62	1.22
79111596--79111658	32	2.0	32	100	0	126	9	19	42	28	1.82
79113836--79113879	6	7.5	6	92	5	54	6	0	9	84	0.79
79113825--79113872	17	2.8	17	80	0	60	8	4	8	79	1.06
79117565--79117798	39	6.0	39	88	2	233	32	28	20	18	1.97
79117565--79117798	77	3.0	78	84	3	276	32	28	20	18	1.97
79118132--79118351	110	2.0	110	94	0	386	24	21	8	45	1.78
79124279--79124496	39	5.6	40	91	1	275	30	27	22	19	1.98
79127507--79127681	46	3.8	46	75	15	180	28	29	20	21	1.98
79127515--79127685	93	1.8	93	89	2	272	28	29	21	21	1.98
79145192--79145249	22	2.7	22	69	23	52	36	12	5	46	1.63
79146040--79146100	28	2.1	29	81	3	70	31	4	1	62	1.26
79147686--79147718	17	1.9	17	88	11	50	45	6	6	42	1.53
79148015--79148066	18	3.0	18	88	5	72	46	9	1	42	1.47
79148031--79148060	8	3.8	8	95	0	51	50	6	0	43	1.28
79150003--79150048	22	2.1	22	91	0	74	50	15	8	26	1.73
79152993--79153218	51	4.7	51	81	12	269	38	6	12	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79153053--79153132	39	2.1	39	100	0	160	38	5	13	42	1.66
79153001--79153091	29	3.4	29	66	20	88	38	5	14	41	1.69
79153002--79153180	90	2.0	90	93	0	304	38	5	12	43	1.67
79154876--79155064	96	2.0	96	85	2	254	33	16	34	15	1.91
79155974--79156199	51	4.7	51	82	12	287	38	5	13	42	1.68
79156034--79156113	39	2.1	39	100	0	160	38	5	13	42	1.66
79155982--79156072	29	3.4	29	66	20	88	38	5	14	41	1.69
79155983--79156163	90	2.0	90	94	0	317	37	5	13	43	1.68
79156130--79156206	22	3.2	22	70	20	64	32	5	14	48	1.66
79157070--79157113	16	2.8	16	75	10	54	31	4	0	63	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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