genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67480035--67480159	54	2.3	54	97	1	234	36	15	10	38	1.81
67480035--67480159	35	3.5	37	87	10	188	36	15	10	38	1.81
67480035--67480159	18	6.9	19	86	11	192	36	15	10	38	1.81
67485535--67485693	43	3.7	42	77	5	142	24	16	25	32	1.96
67485531--67485643	44	2.6	43	78	8	122	23	17	24	34	1.96
67513722--67513800	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
67513706--67513897	47	4.1	47	90	0	276	31	10	31	26	1.90
67514016--67514094	37	2.1	37	86	4	106	25	18	29	26	1.98
67515989--67516062	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
67516375--67516557	39	4.6	40	80	9	189	25	21	27	25	2.00
67516375--67516755	40	9.6	40	84	4	375	24	22	27	25	2.00
67520188--67520266	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
67520172--67520363	47	4.1	47	89	0	267	31	9	31	27	1.89
67520482--67520560	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
67526644--67526702	29	2.0	29	100	0	118	59	3	23	13	1.50
67530541--67530600	17	3.4	17	73	13	50	50	1	1	46	1.21
67530807--67530835	12	2.3	13	94	5	51	82	0	0	17	0.66
67533143--67533182	21	1.9	21	85	10	55	60	0	0	40	0.97
67533218--67533244	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
67535178--67535261	34	2.5	34	80	1	98	35	11	14	38	1.83
67535209--67535283	34	2.2	34	88	2	107	36	13	10	40	1.79
67535234--67535309	33	2.3	34	86	2	100	35	15	9	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67535399--67535550	45	3.4	44	73	8	137	25	15	22	36	1.93
67535401--67535575	89	2.0	89	81	0	206	24	17	21	37	1.94
67537981--67538048	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
67538155--67538222	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
67538330--67538402	29	2.5	30	84	13	107	28	28	15	27	1.96
67537870--67538371	174	2.9	174	96	0	923	30	25	14	29	1.95
67542630--67542708	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
67542826--67543549	47	15.2	47	91	3	1083	29	30	8	31	1.86
67542826--67543549	96	7.6	96	94	1	1172	29	30	8	31	1.86
67542826--67543549	143	5.1	144	90	4	1110	29	30	8	31	1.86
67547127--67547351	40	5.6	40	88	0	297	24	28	20	26	1.99
67547369--67547447	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
67547429--67547703	43	6.4	43	96	0	505	25	34	16	23	1.95
67549568--67549645	36	2.1	37	90	2	122	24	32	19	24	1.98
67549763--67550344	47	12.2	47	89	3	876	29	30	8	31	1.86
67549763--67550344	96	6.1	96	94	1	938	29	30	8	31	1.86
67554158--67554235	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
67554188--67554515	174	1.9	174	96	0	611	30	14	24	30	1.95
67567373--67567951	47	12.4	47	93	1	932	32	8	30	29	1.87
67567685--67567758	23	3.2	23	64	21	64	33	2	31	32	1.72
67568074--67568148	37	2.0	37	84	5	98	22	18	30	28	1.97
67570055--67570128	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67570443--67570621	40	4.5	41	83	6	174	24	23	27	24	2.00
67572470--67572501	14	2.4	13	90	10	55	90	0	0	9	0.45
67574328--67574910	47	12.4	47	94	0	977	31	8	30	29	1.88
67575034--67575108	37	2.0	37	87	5	107	22	20	30	26	1.98
67576493--67576592	43	2.3	43	100	0	200	36	17	19	28	1.93
67576536--67583053	220	29.7	220	87	1	9127	32	17	21	28	1.96
67580334--67580517	87	2.1	88	81	11	218	34	17	20	27	1.95
67580993--67581176	87	2.1	88	82	11	227	33	15	21	29	1.95
67581430--67581596	89	1.9	89	81	7	198	31	17	20	29	1.96
67582872--67583227	174	2.0	174	86	1	489	33	16	20	28	1.95
67582651--67583447	394	2.0	394	93	0	1344	34	16	20	28	1.95
67583147--67583330	87	2.1	89	84	8	234	35	16	20	27	1.94
67582431--67583666	614	2.0	613	87	0	1799	33	16	21	28	1.95
67583045--67593052	220	45.6	220	86	0	13708	33	17	21	28	1.95
67582211--67583886	834	2.0	833	86	1	2361	34	16	21	27	1.95
67584466--67584649	87	2.1	89	83	11	229	31	17	22	28	1.97
67586006--67586189	87	2.1	89	78	11	193	33	16	20	29	1.95
67586660--67586843	87	2.1	89	82	9	218	34	17	20	27	1.95
67589295--67589478	87	2.1	89	80	11	211	32	17	22	27	1.97
67590836--67590998	87	1.9	88	83	6	215	30	18	20	30	1.97
67591273--67591456	87	2.1	89	81	11	211	32	18	21	27	1.97
67591933--67592116	87	2.1	89	82	9	218	34	17	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67592603--67592776	87	2.0	89	82	8	214	31	16	21	29	1.96
67593013--67593092	40	2.0	40	85	0	106	37	21	21	20	1.94
67593049--67600337	220	33.2	220	87	1	10252	32	17	21	28	1.96
67593735--67593923	87	2.1	89	81	9	210	34	16	21	27	1.95
67594404--67594577	87	2.0	89	81	8	205	31	16	21	30	1.95
67596384--67596557	87	2.0	89	82	6	212	32	16	20	29	1.95
67597694--67597853	87	1.8	88	84	9	211	29	16	23	30	1.96
67598574--67598757	87	2.1	89	81	9	209	33	16	20	29	1.94
67598794--67598977	87	2.1	89	80	9	209	34	17	20	27	1.95
67599669--67599829	89	1.8	89	88	5	247	31	16	22	29	1.96
67600106--67600277	87	2.0	88	80	9	199	31	19	19	29	1.96
67600666--67600763	19	5.2	19	91	7	155	37	10	15	36	1.81
67600656--67600763	36	2.9	35	76	20	103	37	10	14	37	1.80
67604305--67604355	19	2.9	16	78	18	57	37	9	15	37	1.81
67604316--67604357	19	2.1	21	91	8	70	38	9	16	35	1.81
67606376--67606411	19	1.9	18	88	5	54	61	13	0	25	1.33
67612852--67612882	13	2.4	13	100	0	62	35	6	16	41	1.74
67615549--67615617	32	2.2	32	87	12	106	62	2	7	27	1.36
67615558--67615624	32	2.1	32	100	0	134	59	2	5	31	1.36
67618025--67618073	25	2.0	25	84	8	64	30	22	20	26	1.98
67618133--67618189	27	2.1	27	83	0	69	49	0	17	33	1.47
67618154--67618227	13	5.6	13	77	15	71	41	0	14	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67618146--67618242	27	3.7	27	76	15	96	44	0	16	39	1.48
67622531--67622652	42	2.9	42	78	13	124	25	19	22	31	1.98
67622553--67622675	42	2.9	41	74	9	104	24	18	25	31	1.98
67632601--67632786	40	4.7	40	87	5	227	25	26	22	25	2.00
67640576--67640801	40	5.7	40	88	4	271	26	26	21	26	2.00
67644656--67644720	33	2.0	33	81	6	78	35	7	0	56	1.28
67644648--67644701	19	2.7	20	77	13	58	35	3	1	59	1.26
67657442--67657910	40	11.7	40	94	0	794	31	20	26	22	1.98
67666138--67666603	40	11.7	40	91	3	719	30	20	26	22	1.98
67666136--67666603	120	3.9	120	94	0	814	31	20	26	22	1.98
67669559--67670036	44	10.8	44	72	10	314	30	14	25	29	1.95
67669499--67669846	176	2.0	176	87	1	500	30	14	25	30	1.95
67669405--67669785	89	4.4	86	71	15	237	31	15	23	29	1.95
67669777--67670022	132	1.9	133	86	2	352	28	15	27	29	1.96
67674286--67674324	17	2.3	17	86	8	53	66	2	2	28	1.18
67676969--67677156	40	4.7	40	89	3	281	26	22	26	25	2.00
67676969--67677189	80	2.8	79	83	8	279	27	22	26	23	2.00
67676969--67677189	119	1.9	119	83	5	295	27	22	26	23	2.00
67680428--67680836	47	8.6	47	92	2	665	29	29	8	32	1.87
67680428--67680836	96	4.3	95	94	1	669	29	29	8	32	1.87
67684764--67684995	40	5.8	40	77	6	186	25	28	21	24	1.99
67685308--67685386	29	2.7	28	80	9	88	30	31	15	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67685368--67685470	43	2.4	43	98	0	197	27	35	14	22	1.93
67686897--67687066	47	3.6	47	90	1	250	28	30	8	32	1.86
67698353--67698411	29	2.0	29	93	0	100	15	30	10	44	1.79
67701510--67701681	45	3.8	45	86	0	227	36	18	20	25	1.94
67701514--67701713	90	2.2	90	79	3	197	39	17	20	23	1.92
67712026--67712060	17	2.1	17	94	0	61	25	17	22	34	1.96
67719079--67719156	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
67719109--67719436	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
67727223--67727300	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
67727253--67727580	174	1.9	174	97	0	620	29	14	24	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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