genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5088531--5088585	27	2.0	27	100	0	110	18	3	27	50	1.63
5090285--5090333	22	2.3	22	85	3	64	38	24	12	24	1.90
5092400--5092449	25	1.9	25	88	8	73	66	4	2	28	1.21
5093770--5093853	14	5.5	14	70	18	53	59	2	1	36	1.18
5102610--5102653	18	2.4	18	96	0	79	45	0	34	20	1.51
5115232--5115260	13	2.3	13	94	5	51	62	24	13	0	1.32
5116902--5116966	27	2.2	30	76	13	73	36	4	1	56	1.29
5117859--5118387	131	4.0	131	77	6	464	28	20	17	34	1.95
5124752--5124785	15	2.1	17	89	10	54	23	5	0	70	1.09
5126892--5126925	17	2.0	17	88	0	50	29	0	2	67	1.05
5129272--5129306	14	2.4	15	90	4	54	71	2	0	25	1.00
5129302--5129403	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
5129768--5129838	3	23.0	3	78	13	65	69	0	30	0	0.89
5129771--5129799	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
5129772--5129838	28	2.4	28	80	9	75	70	0	29	0	0.88
5129771--5129837	34	2.0	34	85	5	91	68	0	31	0	0.90
5129769--5129839	17	4.0	18	76	12	60	70	0	29	0	0.88
5130104--5130158	13	4.3	13	80	13	51	78	0	21	0	0.76
5130105--5130164	10	5.7	11	81	14	58	78	0	21	0	0.75
5130117--5130164	21	2.5	18	81	18	53	77	0	22	0	0.78
5130304--5130341	16	2.3	17	86	4	51	23	0	2	73	0.95
5130504--5130677	73	2.4	72	80	6	192	34	13	9	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5130494--5131011	17	29.5	18	69	14	246	32	11	11	44	1.77
5130551--5130724	73	2.4	74	81	7	194	36	12	9	41	1.75
5130494--5131011	35	14.8	35	70	11	181	32	11	11	44	1.77
5131008--5131047	21	2.0	20	95	5	71	47	7	0	45	1.31
5145355--5145411	29	1.9	30	89	3	89	64	1	3	29	1.20
5145563--5145647	25	3.3	25	78	14	82	56	1	10	31	1.41
5145573--5145648	27	2.9	26	78	5	82	57	1	9	31	1.38
5145672--5145790	24	4.8	24	71	13	89	57	3	8	31	1.45
5145672--5145790	51	2.4	50	82	9	145	57	3	8	31	1.45
5147569--5147739	93	1.8	93	85	0	243	30	27	19	22	1.98
5151114--5151320	46	4.6	44	81	10	188	23	30	20	25	1.99
5151157--5151373	92	2.4	91	81	4	231	23	31	19	25	1.98
5151157--5151365	46	4.6	44	78	11	172	22	31	19	26	1.98
5154129--5154303	46	3.8	46	76	13	178	30	29	19	21	1.97
5154137--5154307	93	1.8	93	89	0	270	29	29	19	21	1.98
5155886--5155914	13	2.1	14	93	6	51	0	24	20	55	1.44
5157525--5157577	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
5157558--5157648	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
5157832--5157858	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
5174686--5174732	24	2.0	25	84	16	64	10	10	10	68	1.41
5186334--5186889	173	3.2	173	86	2	735	38	10	11	39	1.76
5195445--5195500	29	1.9	29	92	0	94	37	5	12	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5195446--5195510	29	2.2	28	83	5	85	32	4	12	50	1.60
5197551--5197594	23	1.9	23	86	9	63	38	9	4	47	1.56
5198701--5198754	26	2.1	25	86	10	74	68	3	0	27	1.06
5198689--5198749	9	7.0	9	76	16	58	63	1	0	34	1.04
5198701--5198748	16	2.9	16	77	17	53	68	2	0	29	1.01
5199561--5199624	33	1.9	33	87	6	94	31	4	10	53	1.57
5201501--5201565	33	2.0	33	90	0	103	52	18	4	24	1.64
5202400--5202556	78	2.0	78	100	0	314	36	5	10	47	1.61
5205417--5205485	33	2.1	34	86	5	97	4	4	15	75	1.12
5206354--5206690	74	4.6	74	90	2	527	30	21	17	30	1.96
5206354--5206684	146	2.2	147	91	3	531	30	22	17	30	1.96
5214738--5214773	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
5214734--5214765	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
5220106--5220151	15	3.1	15	83	0	56	58	0	10	30	1.32
5221938--5221981	12	3.8	12	84	6	63	70	0	9	20	1.14
5222852--5222890	15	2.7	14	84	7	51	23	2	0	74	0.94
5232346--5232454	34	3.3	31	78	15	121	44	12	0	43	1.42
5233061--5233108	18	2.6	18	78	15	53	43	2	4	50	1.33
5236655--5236684	14	2.2	14	94	5	53	46	0	0	53	1.00
5242845--5243042	68	3.0	67	75	16	223	42	3	3	50	1.34
5245507--5245541	16	2.1	18	89	10	56	77	2	20	0	0.90
5245963--5246025	31	2.0	31	100	0	126	34	12	22	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5268033--5268085	18	2.9	18	71	20	56	18	16	30	33	1.94
5269591--5269646	16	3.5	15	77	17	51	58	1	3	35	1.26
5283528--5283572	20	2.3	19	80	3	54	73	4	2	20	1.11
5284248--5284288	7	5.9	7	100	0	82	0	12	0	87	0.53
5290352--5290392	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
5298944--5298979	18	2.1	17	89	5	54	61	0	5	33	1.19
5299051--5299090	20	2.0	20	100	0	80	55	20	5	20	1.62
5301594--5301644	21	2.4	21	100	0	102	54	9	19	15	1.68
5301648--5301676	14	2.0	15	93	6	51	79	0	20	0	0.74
5315450--5315492	13	3.2	13	80	9	50	58	0	0	41	0.98
5318859--5318883	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
5318942--5318980	12	3.4	11	82	10	51	53	2	0	43	1.14
5322942--5322980	6	6.5	6	100	0	78	35	15	33	15	1.89
5326622--5326652	16	1.9	16	93	0	53	64	0	6	29	1.18
5332061--5332288	3	74.3	3	69	16	103	28	8	3	59	1.42
5332330--5332384	25	2.2	24	79	14	67	30	5	0	63	1.17
5332335--5332382	23	2.0	23	88	8	69	29	6	0	64	1.18
5332346--5332404	20	3.0	20	79	0	64	33	8	1	55	1.40
5332612--5332663	14	3.8	14	78	12	63	19	5	3	71	1.22
5342245--5342295	25	1.9	26	84	11	68	41	5	1	50	1.37
5342428--5342474	13	3.8	12	76	23	53	57	0	0	42	0.98
5343177--5343250	28	2.5	30	72	14	73	55	1	1	41	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5343217--5343275	21	2.8	21	82	15	68	52	0	0	47	1.00
5343214--5343275	22	2.7	24	78	19	78	53	0	0	46	1.00
5343849--5343887	19	2.1	19	90	4	62	46	0	2	51	1.14
5345352--5345381	16	1.9	16	93	6	53	33	6	13	46	1.69
5345793--5345846	19	2.9	18	84	13	65	50	0	25	24	1.50
5351715--5351752	16	2.4	16	86	8	51	23	5	7	63	1.42
5357411--5357465	12	4.8	11	83	14	58	76	0	7	16	1.00
5357411--5357466	17	3.3	16	83	9	67	76	0	7	16	0.99
5357426--5357464	6	6.5	6	90	0	60	79	0	5	15	0.90
5357411--5357466	11	4.9	11	80	8	67	76	0	7	16	0.99
5369435--5369485	14	3.4	14	78	10	57	45	5	0	49	1.26
5369434--5369484	17	3.2	17	73	21	56	43	5	0	50	1.26
5370342--5370573	78	3.0	77	88	1	347	30	4	21	43	1.72
5370341--5370596	39	6.6	39	82	4	295	30	3	22	42	1.71
5387765--5387909	37	3.9	37	83	1	148	41	28	12	17	1.86
5387767--5387909	74	1.9	74	81	2	171	41	27	12	17	1.86
5393919--5393948	10	3.0	10	90	0	51	76	0	0	23	0.78
5393989--5394038	17	2.9	17	78	16	59	68	0	2	30	1.01
5393988--5394045	17	3.4	16	73	17	55	67	1	1	29	1.11
5396285--5396328	15	2.8	15	79	6	52	27	0	20	52	1.47
5396316--5396522	97	2.1	99	83	7	262	41	1	16	40	1.58
5396498--5396527	15	2.0	15	93	0	51	16	0	36	46	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5396610--5397147	126	4.3	126	90	1	828	33	18	21	27	1.96
5400157--5400772	117	5.3	116	95	1	1092	47	9	3	39	1.53
5400157--5400772	233	2.7	233	95	1	1094	47	9	3	39	1.53
5401157--5401199	18	2.4	18	84	0	59	41	11	30	16	1.83
5401253--5401319	30	2.2	30	84	5	82	7	19	41	31	1.79
5402977--5403039	31	2.0	30	84	9	81	46	1	23	28	1.62
5402995--5403044	11	4.7	11	75	9	59	40	0	30	30	1.57
5402995--5403052	11	5.5	10	76	15	55	41	0	27	31	1.56
5402995--5403058	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
5404949--5404984	18	2.0	18	100	0	72	22	16	16	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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