genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17761363--17761568	80	2.6	81	81	5	231	29	20	22	27	1.98
17761628--17761715	40	2.2	40	81	0	104	29	20	21	28	1.98
17761628--17761730	40	2.6	39	76	10	100	31	18	20	30	1.96
17761480--17761847	154	2.4	150	84	4	445	28	19	20	31	1.97
17762207--17762343	22	6.3	22	69	12	59	24	0	29	45	1.53
17762207--17762322	29	4.0	29	68	8	74	24	0	30	45	1.53
17762151--17762340	7	26.4	7	67	6	58	25	0	27	46	1.53
17762292--17762340	22	2.3	22	89	3	73	24	0	28	46	1.53
17762476--17762511	15	2.4	15	90	9	56	33	2	36	27	1.72
17762809--17762872	22	2.9	22	80	2	83	32	0	1	65	1.02
17763378--17763407	6	5.0	6	91	0	51	16	63	0	20	1.31
17766613--17766667	19	2.9	19	72	17	53	25	1	3	69	1.15
17766923--17767143	43	5.2	43	86	4	304	23	16	30	30	1.96
17766909--17767143	85	2.7	86	86	6	316	24	15	29	31	1.95
17767173--17767225	15	3.6	15	76	2	54	9	18	30	41	1.82
17767311--17767353	22	2.0	22	81	9	52	13	27	30	27	1.95
17773808--17773880	16	4.4	17	79	10	64	2	13	2	80	0.93
17773788--17773882	17	5.0	18	73	15	59	4	14	2	78	0.99
17773808--17773892	17	5.2	16	80	9	82	2	15	2	80	0.93
17773816--17773888	21	3.5	20	73	17	67	2	13	2	80	0.93
17773788--17773888	32	3.1	31	75	14	89	3	15	1	78	0.99
17780944--17781032	44	2.0	44	93	0	151	35	22	13	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17780944--17781011	22	3.0	24	66	12	63	36	23	11	27	1.90
17783263--17783301	21	1.9	20	89	5	60	38	17	0	43	1.50
17783442--17783485	20	2.2	20	84	4	54	34	9	2	54	1.44
17806970--17807040	24	3.0	24	89	4	99	38	2	35	23	1.70
17808449--17808560	27	4.1	27	79	12	113	16	23	23	37	1.93
17819768--17819812	21	2.1	21	83	0	54	22	22	24	31	1.99
17827044--17827070	12	2.2	12	100	0	54	33	0	14	51	1.43
17827202--17827299	50	2.0	49	97	2	187	23	16	13	46	1.82
17839394--17839657	79	3.3	79	81	6	275	25	27	20	25	1.99
17839396--17839657	40	6.6	39	83	6	269	25	27	20	25	1.99
17842778--17842955	40	4.5	39	83	6	198	26	20	27	25	1.99
17842772--17842955	80	2.3	79	81	6	219	26	21	27	25	1.99
17859129--17859169	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
17863384--17863448	32	2.0	32	100	0	130	30	9	9	50	1.65
17863969--17864032	20	3.2	20	82	4	76	42	0	3	54	1.16
17864092--17864158	33	2.0	33	94	0	116	31	31	10	26	1.90
17866162--17866207	19	2.4	18	82	10	56	2	13	4	80	0.95
17867280--17867348	30	2.3	30	94	0	120	18	33	27	20	1.96
17868417--17868640	48	4.8	48	72	9	192	28	23	20	28	1.99
17870863--17871043	93	1.9	93	94	0	317	32	25	12	29	1.92
17876354--17876581	48	4.9	48	74	8	218	26	25	20	27	1.99
17888631--17888692	27	2.3	27	83	2	72	32	20	8	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17888644--17888704	27	2.3	27	91	2	97	34	11	11	42	1.77
17890955--17890983	9	3.2	9	100	0	58	58	0	0	41	0.98
17899380--17899496	43	2.8	42	82	10	139	23	22	23	31	1.98
17899380--17899552	43	4.1	43	75	13	135	23	19	24	32	1.97
17900987--17901815	411	2.0	411	96	0	1541	30	20	22	26	1.98
17903897--17903964	35	1.9	35	100	0	136	19	19	20	41	1.91
17910354--17910419	27	2.5	26	90	4	114	36	19	10	33	1.86
17913111--17913140	8	3.6	8	95	4	51	13	0	26	60	1.34
17914760--17914813	26	2.1	26	96	0	99	29	22	7	40	1.81
17915799--17915832	17	1.9	18	88	5	52	29	11	8	50	1.69
17924057--17924094	4	9.5	4	100	0	76	50	23	0	26	1.50
17928539--17928563	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
17937441--17937483	23	1.9	22	85	4	59	44	13	4	37	1.65
17945389--17945514	48	2.6	48	83	1	164	30	22	15	30	1.95
17950813--17950915	43	2.4	43	82	6	111	27	17	23	32	1.97
17953304--17953477	46	3.8	46	79	13	203	21	21	28	28	1.99
17953300--17953471	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
17956427--17956482	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
17958883--17959058	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
17958879--17959050	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
17978005--17978215	40	5.3	40	86	2	257	28	27	20	23	1.99
17985663--17985823	42	3.8	42	80	3	180	29	24	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17989024--17989153	63	2.1	63	91	0	206	33	15	14	36	1.88
17993457--17993496	7	5.7	7	90	0	53	37	27	5	30	1.78
17993484--17993516	7	4.7	7	96	0	57	30	39	15	15	1.88
17993456--17993521	14	4.7	14	80	0	60	36	31	9	22	1.86
17993543--17993603	7	9.0	7	83	3	72	24	0	29	45	1.53
17993543--17993603	14	4.5	14	85	8	81	24	0	29	45	1.53
17999382--17999503	44	2.8	42	77	8	129	30	27	18	23	1.98
18004243--18004272	15	2.0	15	100	0	60	40	20	20	20	1.92
18006490--18006611	44	2.8	43	75	17	128	27	27	21	23	1.99
18006825--18006887	27	2.3	27	94	0	108	17	19	14	49	1.80
18016787--18016865	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
18016984--18017658	47	14.2	47	93	1	1116	29	28	8	33	1.87
18017059--18017134	22	3.3	22	64	10	62	27	31	10	30	1.90
18016984--18017658	143	4.7	141	93	1	1089	29	28	8	33	1.87
18020149--18020412	40	6.6	40	84	1	316	25	26	22	24	2.00
18020153--18020530	40	9.5	40	80	7	197	25	27	22	24	2.00
18020149--18020450	120	2.5	118	80	6	270	25	27	22	24	2.00
18020374--18020477	39	2.6	40	86	4	149	26	28	21	23	1.99
18020374--18020530	79	2.0	80	81	8	187	26	28	21	24	1.99
18022385--18022463	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
18022582--18023060	47	10.2	47	89	4	736	29	29	8	33	1.86
18022582--18023060	96	5.1	96	89	5	739	29	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18022863--18023042	49	4.1	41	82	14	170	30	28	7	33	1.84
18022582--18023060	184	2.6	187	92	2	779	29	29	8	33	1.86
18025354--18025481	52	2.5	51	85	3	168	28	29	14	28	1.95
18042399--18042506	26	4.2	26	93	0	180	36	25	7	30	1.84
18046341--18046440	50	2.0	50	100	0	200	42	18	10	30	1.82
18047892--18047931	21	2.0	21	90	5	64	25	27	35	12	1.92
18048934--18049157	46	4.8	46	76	9	152	23	28	19	29	1.98
18058050--18058196	56	2.6	56	91	0	231	27	12	25	34	1.92
18058021--18058196	56	3.1	56	85	0	199	28	13	23	34	1.93
18061192--18061250	30	2.0	29	83	3	73	30	23	6	38	1.81
18071554--18071596	19	2.2	20	87	4	61	58	6	6	27	1.50
18078096--18078165	25	2.8	25	86	2	97	28	24	21	25	1.99
18078121--18078192	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
18100022--18100092	36	2.0	36	91	0	115	46	14	21	18	1.83
18107720--18107835	27	4.3	26	80	7	115	28	18	13	38	1.89
18107723--18107826	54	1.9	54	84	0	136	27	20	12	39	1.88
18107792--18107896	56	1.9	55	86	2	147	30	21	8	39	1.84
18107813--18107899	28	3.1	28	83	0	111	31	19	10	39	1.85
18112724--18112785	17	3.7	17	68	10	56	45	19	3	32	1.66
18112724--18112814	39	2.5	36	87	8	123	45	20	3	30	1.68
18131757--18131817	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
18151939--18151966	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18163673--18163756	42	2.0	42	100	0	168	33	19	14	33	1.91
18165279--18165486	37	5.8	37	78	7	169	41	28	10	19	1.84
18166648--18166695	19	2.5	19	86	10	62	10	20	43	25	1.83
18166914--18166966	27	2.0	27	88	0	79	33	22	11	32	1.90
18166924--18167006	27	3.1	27	82	3	78	39	19	14	26	1.90
18166960--18167036	27	2.8	27	82	7	84	38	19	18	23	1.93
18170577--18170828	40	6.3	40	88	3	321	23	19	27	28	1.99
18178617--18178660	19	2.3	19	84	7	54	29	15	27	27	1.96
18179578--18179610	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
18188313--18188369	27	2.1	27	93	3	98	33	21	12	33	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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