genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67258090--67258280	40	4.8	40	88	2	251	23	23	29	23	1.99
67258087--67258306	80	2.8	78	83	4	253	24	22	28	24	1.99
67264960--67265190	40	5.8	40	89	2	322	23	23	29	23	1.99
67274117--67274165	11	4.7	11	78	12	50	32	10	22	34	1.88
67274213--67274308	25	3.8	25	94	1	156	26	23	21	28	1.99
67274225--67274333	50	2.2	50	85	6	141	26	25	22	25	2.00
67274456--67274547	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
67274571--67274653	30	2.7	31	88	3	125	32	20	25	21	1.98
67279837--67279924	27	3.3	27	88	0	122	30	26	4	38	1.76
67279810--67279928	54	2.2	54	83	0	139	31	25	6	36	1.82
67279798--67280057	27	9.7	27	71	7	73	37	22	9	30	1.86
67280065--67280120	27	2.1	27	83	3	69	37	12	12	37	1.81
67281036--67281105	25	2.8	24	89	4	95	25	27	22	24	2.00
67281253--67281344	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
67281368--67281446	31	2.5	31	95	0	140	27	18	26	26	1.98
67282326--67282395	27	2.6	26	82	8	79	27	8	21	42	1.81
67282417--67282476	27	2.3	26	80	11	68	36	6	23	33	1.81
67282430--67282491	27	2.3	27	91	5	99	35	4	29	30	1.78
67284878--67284917	15	2.5	17	76	19	50	27	5	2	65	1.27
67286344--67286405	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
67286514--67286554	18	2.3	18	95	0	73	58	0	9	31	1.31
67286869--67286908	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67286898--67286927	12	2.6	11	90	10	51	70	0	3	26	1.03
67286903--67286977	14	5.3	14	73	10	55	64	0	4	32	1.12
67288594--67289148	206	2.7	206	90	1	853	28	22	18	30	1.97
67296968--67297305	48	7.0	48	93	2	554	34	6	27	31	1.82
67297446--67297548	37	2.8	37	95	0	179	23	21	32	23	1.98
67304766--67304823	5	11.2	5	74	7	53	67	0	3	29	1.07
67304763--67304824	21	2.9	20	77	18	63	67	0	3	29	1.06
67304932--67304972	18	2.3	18	95	0	73	58	0	9	31	1.31
67305316--67305345	12	2.6	11	90	10	51	70	0	3	26	1.03
67305321--67305395	14	5.3	14	73	10	55	64	0	4	32	1.12
67305352--67305419	28	2.3	29	76	14	68	57	0	7	35	1.27
67305335--67305429	16	6.0	15	72	16	59	58	1	5	34	1.27
67305316--67305445	11	11.5	11	70	19	54	61	0	4	33	1.22
67308897--67308938	19	2.2	20	91	4	68	0	16	2	80	0.81
67309596--67309644	16	3.1	16	82	5	55	69	0	28	2	1.00
67309937--67309991	3	19.3	3	80	10	62	65	0	32	1	1.03
67309937--67309992	17	3.5	16	76	11	53	66	0	32	1	1.03
67309939--67309991	20	2.7	20	90	0	88	66	0	32	1	1.03
67309937--67309990	23	2.4	23	84	3	74	64	0	33	1	1.04
67314948--67315048	29	3.5	29	87	2	159	51	10	10	26	1.70
67320430--67320753	46	7.0	46	89	0	425	39	14	23	22	1.91
67321033--67321065	17	2.0	17	88	5	50	48	3	15	33	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67328774--67328945	46	3.7	45	77	13	181	29	27	19	22	1.98
67328782--67328952	93	1.8	93	92	2	290	28	27	21	22	1.99
67335169--67335295	42	3.0	42	84	6	161	29	25	14	30	1.95
67335255--67335377	47	2.7	46	87	2	165	30	26	16	27	1.97
67335395--67335543	31	4.8	31	91	0	235	25	26	20	27	1.99
67335519--67335647	50	2.5	51	89	2	206	26	24	15	34	1.95
67338328--67338499	46	3.7	47	77	10	142	23	29	19	27	1.98
67339041--67339110	34	2.1	34	88	0	104	21	17	11	50	1.77
67347490--67347538	25	2.0	25	100	0	98	32	2	32	32	1.70
67354177--67354224	25	1.9	25	100	0	96	37	20	12	29	1.90
67359934--67360041	26	4.2	26	91	0	180	36	25	7	31	1.83
67364947--67365000	20	2.7	20	91	0	90	12	25	37	24	1.91
67366953--67367004	26	2.0	26	96	0	95	21	26	1	50	1.59
67367078--67367119	21	2.0	22	90	4	68	35	16	4	42	1.69
67371233--67371548	53	5.9	54	78	8	320	23	24	17	35	1.95
67371244--67371540	55	5.5	53	78	9	305	22	24	17	35	1.96
67371244--67371539	108	2.7	108	90	0	448	22	24	17	35	1.95
67371527--67371648	47	2.6	47	90	0	190	26	22	12	38	1.90
67371787--67371871	44	1.9	44	80	4	100	28	20	12	38	1.89
67374598--67374745	43	3.5	42	80	12	176	31	23	16	27	1.96
67374599--67374866	85	3.1	86	80	7	287	30	23	17	27	1.97
67374599--67374866	42	6.2	42	78	12	199	30	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67374797--67374974	48	3.7	48	80	0	196	25	23	20	29	1.99
67374797--67374974	96	1.9	96	84	1	241	25	23	20	29	1.99
67378665--67378887	39	5.7	40	84	8	257	25	22	27	24	2.00
67378665--67378887	79	2.8	80	82	11	262	25	22	27	24	2.00
67378717--67378920	79	2.6	79	83	8	213	26	21	27	24	1.99
67383713--67383828	27	4.3	27	82	0	106	40	21	19	18	1.91
67383864--67383913	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
67384171--67384229	18	3.3	18	74	9	57	23	18	16	40	1.91
67391601--67391719	54	2.2	54	81	4	132	21	31	25	21	1.98
67391626--67391747	54	2.3	54	88	0	190	16	30	29	23	1.96
67393195--67393291	44	2.3	43	83	5	124	34	26	17	21	1.96
67393132--67393290	43	3.7	44	77	7	146	33	25	16	24	1.96
67394540--67394861	48	6.8	48	74	8	259	26	25	19	28	1.99
67394684--67394774	42	2.2	42	84	4	121	27	26	18	27	1.98
67402410--67402714	48	6.5	47	69	11	171	25	24	20	29	1.99
67402460--67402735	138	2.0	138	82	7	337	26	25	19	28	1.98
67402554--67402644	42	2.2	42	84	4	121	27	26	18	27	1.98
67410117--67410348	49	4.7	49	83	3	293	29	28	17	25	1.98
67410595--67410648	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
67413909--67414130	46	4.8	46	72	12	136	27	21	29	21	1.98
67419084--67419240	47	3.3	47	78	10	126	34	19	22	23	1.97
67419167--67419289	47	2.6	47	94	0	210	35	14	23	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67419267--67419672	54	7.6	54	78	8	395	35	16	23	24	1.94
67419214--67419660	209	2.1	209	94	0	795	36	15	23	24	1.94
67419321--67419621	155	1.9	154	81	6	358	36	15	23	24	1.94
67422161--67422379	46	4.8	46	92	0	348	23	31	8	36	1.85
67422406--67422481	22	3.3	22	67	25	59	27	28	9	34	1.88
67422403--67422596	47	4.1	47	93	2	318	25	28	11	34	1.90
67422428--67422506	25	3.3	25	70	22	87	30	26	8	34	1.87
67427039--67427301	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
67427078--67427336	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
67434948--67435250	40	7.6	40	90	2	405	24	20	27	27	1.99
67436854--67436900	21	2.2	21	96	0	85	25	19	48	6	1.72
67449623--67449725	46	2.3	44	86	6	136	31	17	27	24	1.97
67452187--67452288	45	2.3	44	80	11	118	17	21	20	40	1.92
67452462--67452496	17	2.1	17	100	0	70	34	22	17	25	1.96
67453796--67453850	28	1.9	29	82	10	69	30	1	5	61	1.29
67456847--67456878	6	5.3	6	100	0	64	53	0	0	46	1.00
67457416--67457458	18	2.4	18	100	0	86	20	0	44	34	1.52
67462932--67463036	31	3.5	28	78	12	102	54	5	2	37	1.39
67462929--67463058	61	2.1	61	91	0	206	50	6	2	40	1.40
67465399--67465497	49	2.0	49	100	0	198	39	20	14	26	1.90
67465830--67465888	29	2.0	29	93	0	100	30	20	10	38	1.86
67467911--67467984	29	2.6	27	82	14	87	14	12	1	71	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67467941--67467983	22	2.0	22	86	9	61	13	9	0	76	1.01
67470351--67470456	19	5.8	19	84	10	150	36	13	10	39	1.78
67470351--67470456	54	1.9	55	92	1	178	36	13	10	39	1.78
67470851--67471015	87	1.9	87	81	2	197	26	22	18	33	1.96
67470735--67471253	261	2.0	256	85	3	691	27	22	16	32	1.96
67471085--67472243	205	5.7	205	92	1	1879	29	21	18	30	1.97
67471085--67472243	406	2.8	407	92	1	1864	29	21	18	30	1.97
67473190--67473242	19	2.8	19	82	2	54	5	13	0	81	0.86
67480012--67480055	21	2.0	21	86	8	61	38	18	4	38	1.71
67480048--67480157	17	6.5	15	85	8	78	35	15	10	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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