genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33538208--33538679	47	10.0	47	93	0	773	29	29	9	31	1.88
33548905--33548962	30	1.9	30	86	6	82	29	25	6	37	1.82
33560837--33561025	49	3.8	49	80	5	227	25	18	26	28	1.98
33560832--33561019	100	1.9	100	94	2	333	25	19	26	28	1.99
33563443--33563489	19	2.5	19	92	0	76	25	19	10	44	1.82
33564674--33564752	38	2.1	38	100	0	158	31	16	12	39	1.86
33567015--33567052	15	2.6	15	87	4	51	36	0	5	57	1.21
33571904--33571938	18	1.9	18	94	0	61	42	17	22	17	1.88
33588856--33588936	12	6.8	12	80	5	92	8	35	25	29	1.86
33590186--33590253	24	2.8	24	79	2	73	41	13	26	19	1.88
33591795--33591828	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
33593345--33593489	37	3.9	37	90	2	229	25	31	17	25	1.97
33593644--33593837	47	4.1	47	87	0	271	26	27	11	34	1.91
33595963--33599176	536	6.0	536	98	0	6126	30	22	12	33	1.92
33618623--33619702	536	2.0	536	99	0	2124	33	9	24	33	1.87
33619743--33619769	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
33620252--33620429	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33620253--33620408	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
33620249--33620429	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33644310--33644427	44	2.8	42	78	6	112	31	29	16	22	1.96
33649015--33649048	17	2.1	17	88	5	52	73	17	0	8	1.08
33652619--33652795	27	6.5	26	81	6	158	25	16	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33652619--33652774	82	1.9	81	85	3	215	25	16	28	28	1.97
33652615--33652795	82	2.2	81	81	2	211	25	16	28	29	1.97
33660641--33660816	27	6.6	27	81	4	178	26	15	28	28	1.96
33660641--33660816	54	3.3	54	83	6	198	26	15	28	28	1.96
33660642--33660795	81	1.9	80	85	6	213	25	16	29	28	1.97
33660638--33660816	81	2.2	80	81	4	209	26	16	28	29	1.97
33678175--33678208	17	2.1	17	88	5	52	8	0	17	73	1.08
33679486--33679546	21	2.9	21	76	7	61	39	31	14	14	1.87
33681470--33681642	46	3.7	46	77	13	201	22	20	27	30	1.98
33681467--33681637	93	1.8	93	93	0	297	22	20	28	29	1.98
33688545--33688810	46	5.7	46	76	15	278	21	19	29	29	1.98
33688594--33688759	47	3.6	47	78	14	216	21	18	30	30	1.97
33688542--33688805	93	2.8	93	94	0	474	21	19	29	29	1.98
33691429--33691670	48	5.1	48	77	11	246	28	24	19	27	1.99
33701273--33701305	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
33701510--33701670	81	2.0	81	100	0	322	31	11	19	37	1.87
33706509--33706541	15	2.1	17	88	11	52	39	24	0	36	1.56
33727077--33727231	43	3.6	43	94	0	274	30	33	24	10	1.90
33727224--33727307	38	2.2	38	89	0	132	30	27	21	20	1.98
33745160--33745184	11	2.3	11	100	0	50	32	24	8	36	1.84
33763939--33763975	12	2.9	13	88	8	58	13	0	8	78	0.96
33769523--33769681	79	2.0	79	100	0	318	17	3	23	54	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33769885--33769985	52	1.9	52	95	0	184	32	21	18	26	1.97
33774138--33774677	47	11.5	47	93	1	866	32	9	29	29	1.88
33774796--33774874	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
33776734--33776836	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
33776818--33776891	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
33780834--33781178	47	7.3	47	94	1	584	33	8	28	29	1.86
33781119--33781240	62	2.0	62	96	0	226	33	6	27	31	1.83
33781160--33781200	15	2.6	17	81	18	61	39	0	24	36	1.56
33781130--33781227	31	3.2	30	65	21	76	32	8	28	30	1.86
33781181--33781294	47	2.4	47	81	5	140	31	9	31	27	1.89
33781073--33781279	109	1.9	108	87	3	299	31	8	30	29	1.87
33781413--33781491	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
33791750--33791974	40	5.6	40	86	2	308	33	28	20	18	1.96
33800796--33801033	27	8.8	27	90	0	287	42	19	15	22	1.89
33803016--33803096	28	2.9	28	81	1	99	28	14	32	24	1.95
33803411--33803520	27	4.1	26	87	5	148	33	21	13	30	1.92
33803404--33803521	54	2.2	54	89	3	184	34	21	13	30	1.92
33803500--33803588	27	3.3	27	88	0	124	37	15	16	30	1.91
33803404--33803547	54	2.7	53	84	4	164	34	20	13	30	1.92
33808624--33808650	14	1.9	14	100	0	54	14	37	29	18	1.91
33810856--33810955	40	2.4	41	81	8	112	30	17	25	28	1.97
33817422--33817448	11	2.5	11	100	0	54	44	18	11	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33824046--33824273	105	2.2	102	84	5	280	32	15	26	26	1.95
33826949--33827132	40	4.6	39	80	9	194	24	22	27	26	2.00
33827001--33827165	79	2.1	79	83	6	201	26	20	26	26	1.99
33833634--33833685	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
33841063--33841114	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
33843812--33843873	31	2.0	31	87	0	88	41	16	16	25	1.88
33847159--33847340	93	2.0	92	84	7	244	24	20	30	24	1.98
33847158--33847380	49	4.7	48	75	9	172	26	20	30	23	1.99
33850177--33850360	67	2.8	64	77	10	194	29	17	30	22	1.97
33853551--33853611	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
33857049--33857427	39	9.6	39	89	3	518	25	22	27	24	2.00
33862679--33862723	14	3.3	14	80	20	51	57	8	8	24	1.57
33867174--33867204	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
33867171--33867210	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
33867396--33867650	55	4.8	52	77	10	198	20	24	16	38	1.93
33874678--33874708	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
33874675--33874714	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
33874901--33875154	55	4.8	54	80	7	254	21	24	16	37	1.94
33888495--33888584	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
33888495--33888609	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
33889048--33889086	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
33890424--33890602	49	3.7	49	84	1	225	24	26	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33893623--33893773	27	5.6	27	85	1	176	24	15	29	30	1.95
33893622--33893773	55	2.8	55	84	2	182	24	15	29	30	1.96
33901649--33901798	27	5.6	27	85	3	185	24	16	28	30	1.96
33901650--33901798	81	1.8	81	85	0	208	24	16	28	30	1.96
33903650--33903682	17	1.9	17	93	0	57	24	15	18	42	1.88
33906543--33906807	40	6.6	40	87	1	325	37	17	27	16	1.92
33906586--33906654	20	3.5	20	72	7	68	30	20	33	15	1.94
33906706--33906771	20	3.3	20	65	0	60	34	16	30	18	1.93
33906571--33906806	120	2.0	120	89	0	364	37	18	27	16	1.93
33913567--33913599	17	1.9	17	93	0	57	24	15	18	42	1.88
33915869--33916052	40	4.6	40	91	2	282	25	22	26	25	2.00
33920792--33920824	14	2.2	16	89	10	52	18	12	0	69	1.18
33923346--33923521	50	3.5	49	82	7	203	25	17	28	28	1.97
33923346--33923532	99	1.9	99	82	7	218	25	18	27	28	1.98
33926020--33926079	30	2.0	30	84	12	79	30	23	6	40	1.80
33933426--33933483	30	2.0	29	86	3	80	29	22	6	41	1.80
33934736--33934993	40	6.5	40	89	0	356	36	17	29	17	1.92
33934762--33934931	20	8.6	19	64	14	67	37	17	30	15	1.91
33934736--33934991	80	3.2	80	91	1	397	36	17	29	17	1.92
33934730--33934993	119	2.2	120	87	0	368	37	17	28	17	1.92
33936625--33936707	36	2.3	36	85	0	112	36	26	8	28	1.86
33937631--33937688	28	2.1	28	96	0	107	43	6	25	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33940841--33940915	20	3.8	20	87	6	102	36	9	18	36	1.83
33940965--33941094	52	2.6	51	91	4	203	29	22	20	27	1.99
33940965--33941100	26	5.3	26	84	3	172	28	22	22	27	1.99
33943307--33943410	53	2.0	53	84	0	136	20	25	17	37	1.93
33950607--33950711	53	2.0	53	83	3	131	22	24	15	37	1.93
33962237--33962375	51	2.7	51	83	2	145	25	15	29	29	1.96
33967736--33967787	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
33969557--33969624	28	2.4	28	85	0	91	33	8	26	30	1.87
33969562--33969635	28	2.6	28	80	0	76	36	8	22	32	1.84
33985694--33985919	50	4.5	49	83	7	258	30	25	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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