genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25552233--25552379	43	3.5	42	82	3	170	22	19	29	29	1.98
25552233--25552379	42	3.5	43	83	2	181	22	19	29	29	1.98
25566587--25566806	98	2.3	96	82	7	250	25	29	18	26	1.98
25566581--25566946	48	7.7	47	75	9	248	24	28	18	27	1.98
25566577--25566946	140	2.6	145	76	12	367	25	28	18	28	1.98
25575499--25575541	22	2.0	22	95	0	77	34	4	11	48	1.60
25578980--25579031	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
25579047--25579110	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
25583185--25583351	46	3.6	46	77	13	189	29	29	19	20	1.97
25583286--25583371	46	1.9	45	83	4	111	33	29	16	20	1.95
25586747--25586895	46	3.3	44	81	11	124	24	29	20	25	1.99
25586790--25586911	46	2.7	44	82	8	156	23	29	20	26	1.99
25589467--25589552	46	1.9	45	83	4	111	33	29	15	22	1.94
25595992--25596055	33	2.0	32	84	3	83	20	25	20	34	1.96
25596017--25596076	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
25597325--25597463	44	3.1	44	69	17	133	25	22	20	32	1.98
25597316--25597622	89	3.4	89	87	3	406	25	24	18	31	1.98
25597573--25597781	88	2.4	87	87	2	294	32	22	18	26	1.97
25612762--25613019	130	2.0	130	89	0	399	35	18	18	27	1.94
25617221--25617868	47	13.6	47	92	3	912	28	29	9	33	1.88
25617221--25617868	145	4.5	144	90	5	905	28	29	9	33	1.88
25619316--25619435	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25620702--25621016	40	7.9	40	77	7	209	26	27	21	24	2.00
25620729--25621016	80	3.6	79	79	5	269	26	26	22	24	2.00
25620839--25621016	79	2.2	81	83	7	222	25	26	22	25	2.00
25623327--25623448	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
25623299--25624191	47	18.6	47	91	5	1278	28	29	8	33	1.87
25623299--25624191	49	18.6	49	92	4	1285	28	29	8	33	1.87
25623299--25624191	194	4.6	193	90	5	1341	28	29	8	33	1.87
25623827--25623909	27	3.3	27	61	22	70	33	28	4	32	1.78
25625636--25625753	56	2.1	56	98	0	227	22	23	9	44	1.81
25627315--25627458	27	5.3	27	85	3	173	28	25	6	39	1.81
25627490--25627640	27	5.6	27	82	6	182	41	21	7	28	1.81
25627471--25627640	54	3.2	52	80	6	180	42	21	8	27	1.81
25627490--25627639	81	1.9	81	88	5	232	42	21	8	28	1.81
25627490--25627704	27	7.9	27	79	6	128	40	19	8	31	1.82
25627757--25627821	27	2.4	27	82	5	78	35	16	24	23	1.95
25628629--25628698	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
25628918--25629027	31	3.5	31	92	0	184	29	17	25	28	1.97
25639118--25639175	30	1.9	30	85	3	80	32	24	3	39	1.72
25639883--25639912	11	2.7	11	94	0	51	60	3	0	36	1.14
25653560--25653598	21	1.9	20	89	5	60	46	23	2	28	1.65
25658071--25658183	39	2.9	39	97	2	210	23	30	24	22	1.99
25663415--25663455	20	2.0	20	95	0	73	36	4	12	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25663415--25663461	20	2.4	20	85	3	60	42	4	10	42	1.59
25666610--25666671	25	2.5	24	76	7	61	24	22	25	27	2.00
25666695--25666769	26	3.0	25	78	9	82	33	16	21	29	1.95
25679546--25679989	47	9.4	47	94	1	735	32	8	29	29	1.87
25680108--25680185	36	2.1	37	86	6	106	25	19	29	25	1.98
25682505--25682561	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
25682505--25682561	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
25682505--25682561	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
25682689--25682727	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
25683307--25683336	12	2.5	12	94	0	51	16	6	3	73	1.18
25691155--25691204	25	2.0	25	96	0	91	46	24	10	20	1.81
25714664--25714739	23	3.2	23	79	9	64	32	18	21	27	1.96
25716749--25716971	79	2.8	78	82	9	256	25	27	21	25	1.99
25716749--25716971	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	1.99
25724648--25724910	40	6.7	40	87	7	310	25	26	21	25	2.00
25724648--25724910	79	3.3	78	83	8	313	25	26	21	25	2.00
25726830--25726999	40	4.3	40	88	0	207	24	21	28	25	1.99
25726777--25726999	80	2.8	79	82	3	232	24	21	28	25	1.99
25726852--25727034	79	2.3	80	82	1	226	25	21	28	24	1.99
25741852--25741990	67	2.1	68	84	9	178	18	27	21	32	1.97
25756406--25756570	43	3.9	42	73	15	151	23	16	26	33	1.96
25762219--25762249	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25766729--25766813	41	2.1	41	97	0	161	42	4	27	25	1.75
25770043--25770176	48	2.8	50	80	6	168	21	16	25	36	1.94
25778167--25778222	29	2.1	28	81	18	66	58	0	37	3	1.15
25782153--25782209	26	2.2	26	80	3	60	28	19	19	33	1.96
25796479--25796703	40	5.6	40	83	4	256	24	27	23	25	2.00
25796443--25796703	80	3.3	79	79	6	260	24	26	22	25	2.00
25807013--25807185	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
25807010--25807180	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
25809319--25809361	21	2.0	21	82	8	52	0	18	16	65	1.28
25815003--25815035	16	1.9	18	88	11	52	51	15	9	24	1.72
25815613--25815800	38	4.9	38	82	4	200	29	26	21	22	1.99
25815613--25815800	76	2.5	77	82	6	231	29	26	21	22	1.99
25819650--25819772	43	2.9	40	75	11	104	34	22	17	26	1.96
25819749--25819863	44	2.6	44	86	1	169	31	24	17	26	1.97
25820147--25820186	14	2.5	17	76	19	50	35	20	2	42	1.65
25838985--25839041	30	1.9	30	85	7	80	42	7	22	28	1.80
25839635--25839880	49	4.9	50	82	2	289	25	18	26	29	1.98
25839685--25839867	101	1.8	99	88	2	276	25	19	26	28	1.98
25843493--25843536	21	2.1	21	83	8	54	43	11	9	36	1.72
25846029--25846061	15	2.2	16	89	10	52	27	0	21	51	1.48
25846861--25846890	15	2.0	15	93	0	51	36	0	13	50	1.42
25849515--25849630	42	2.8	42	85	0	133	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25849603--25849746	54	2.8	52	84	10	163	29	25	17	28	1.97
25849645--25849751	54	2.0	54	96	0	196	28	24	17	29	1.97
25849646--25849828	48	3.7	48	86	5	197	26	26	18	28	1.98
25862191--25862661	47	9.9	47	93	1	789	32	8	29	29	1.87
25862191--25862661	96	5.0	94	94	1	789	32	8	29	29	1.87
25862191--25862661	143	3.3	141	93	2	798	32	8	29	29	1.87
25862780--25862858	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
25864723--25864825	43	2.4	43	98	0	197	22	16	34	26	1.95
25864807--25864880	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
25865191--25865386	40	4.9	40	81	5	184	26	23	27	23	2.00
25865191--25865387	80	2.5	81	80	7	206	25	23	26	23	2.00
25865549--25865600	25	2.1	25	85	7	70	34	7	26	30	1.85
25868292--25868715	47	8.9	47	92	2	686	31	8	30	29	1.86
25868292--25868715	96	4.5	96	93	1	694	31	8	30	29	1.86
25868292--25868715	143	3.0	141	92	2	695	31	8	30	29	1.86
25868834--25868912	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
25877723--25877762	20	2.0	20	95	0	71	40	17	32	10	1.83
25883753--25883784	13	2.5	13	94	0	55	59	6	9	25	1.52
25889424--25889558	66	2.1	65	80	5	148	17	25	29	28	1.97
25891223--25891278	20	2.8	20	83	0	67	8	30	19	41	1.82
25908138--25908216	37	2.1	37	83	4	97	27	30	17	24	1.97
25908335--25908829	47	10.5	47	95	0	810	29	30	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25908760--25908882	63	2.0	63	98	0	237	33	30	6	30	1.83
25908807--25908845	16	2.4	16	95	0	69	41	30	0	28	1.57
25911335--25911472	55	2.5	55	78	2	134	29	30	23	16	1.96
25911996--25912040	23	2.0	23	81	0	54	26	28	6	37	1.82
25917871--25917946	23	3.3	23	80	14	77	25	23	17	34	1.96
25917928--25918004	23	3.4	23	80	1	75	18	31	19	31	1.96
25917871--25917960	46	2.0	46	80	8	103	23	25	18	32	1.97
25921207--25921278	20	3.7	20	80	9	78	40	1	5	52	1.33
25925178--25925226	14	3.5	13	88	8	62	51	8	0	40	1.32
25932335--25932359	10	2.5	10	100	0	50	20	32	0	48	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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