genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80612974--80613009	18	2.0	18	94	0	63	33	0	13	52	1.41
80614182--80614206	11	2.3	11	100	0	50	84	8	8	0	0.79
80614291--80614326	16	2.2	16	90	0	54	0	50	0	50	1.00
80639681--80639722	20	2.2	19	87	8	59	50	9	7	33	1.62
80643243--80643276	17	1.9	18	88	5	52	55	14	0	29	1.40
80644773--80644836	29	2.2	29	97	2	121	48	0	14	37	1.44
80649040--80649093	23	2.4	23	84	6	67	57	7	3	31	1.44
80649043--80649113	3	23.3	3	71	8	54	60	5	2	30	1.34
80649576--80649612	11	3.1	12	88	11	58	48	0	51	0	1.00
80650834--80651917	132	8.2	132	91	1	809	29	26	16	27	1.97
80650839--80652471	264	6.2	263	89	2	1771	29	26	17	27	1.97
80651008--80652476	132	11.1	132	93	1	2065	29	26	16	27	1.97
80659889--80659942	23	2.4	23	84	6	67	57	7	3	31	1.44
80659892--80659962	3	23.3	3	71	8	54	60	5	2	30	1.34
80660422--80660456	11	3.1	12	88	12	56	48	0	51	0	1.00
80662905--80663548	321	2.0	321	98	0	1234	25	22	26	26	2.00
80663914--80663939	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
80664974--80665056	35	2.3	35	87	2	112	46	13	15	24	1.81
80664989--80665058	35	2.0	35	94	0	122	44	15	15	24	1.86
80674324--80674360	16	2.2	18	85	9	51	51	0	0	48	1.00
80674346--80674406	29	2.1	28	88	8	88	45	0	4	49	1.23
80678306--80678336	16	1.9	16	93	0	53	25	29	0	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80698812--80698880	8	8.6	8	88	4	104	65	0	34	0	0.93
80698812--80698881	24	2.9	24	95	4	124	65	0	34	0	0.93
80699401--80699615	92	2.2	97	84	10	264	59	6	5	27	1.46
80699499--80699888	149	2.6	149	88	5	546	57	7	6	27	1.51
80702098--80702180	33	2.5	33	82	5	96	26	39	14	19	1.90
80704812--80704881	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
80705087--80705204	27	4.4	27	85	0	155	24	18	20	36	1.95
80705077--80705203	54	2.4	54	86	5	184	25	21	18	34	1.96
80705194--80705387	27	7.2	27	81	5	162	29	8	22	38	1.84
80705248--80705398	81	1.9	81	83	5	198	28	6	25	39	1.81
80705366--80705613	27	9.2	27	91	0	363	38	9	23	27	1.86
80710756--80710870	44	2.6	44	81	2	131	36	13	20	28	1.92
80712473--80712535	27	2.3	27	75	5	65	15	33	25	25	1.95
80719192--80719276	39	2.2	39	95	0	152	29	16	10	43	1.81
80719330--80719358	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
80730080--80730126	24	2.0	24	82	0	58	6	6	29	57	1.49
80733047--80733206	54	3.0	54	88	3	241	36	18	16	28	1.92
80746765--80746789	10	2.5	10	100	0	50	0	8	8	84	0.79
80748969--80749017	24	2.0	25	84	11	66	61	8	4	26	1.42
80752043--80752093	24	2.2	23	89	6	77	43	0	0	56	0.99
80752107--80752141	18	1.9	18	88	0	52	28	0	2	68	1.04
80758237--80758275	20	2.0	20	89	0	60	23	7	7	61	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80758271--80758322	13	4.0	13	80	7	52	38	3	13	44	1.62
80758272--80758321	26	1.9	26	84	8	66	40	2	14	44	1.56
80758698--80758738	20	2.0	20	100	0	82	48	14	0	36	1.44
80758823--80758870	15	2.9	15	77	17	51	54	2	0	43	1.12
80763255--80763299	23	2.0	22	83	12	56	15	0	24	60	1.36
80764586--80764616	11	2.7	11	95	5	53	54	6	0	38	1.26
80764879--80764994	24	4.9	24	71	16	71	53	4	9	32	1.53
80764892--80765003	22	4.8	23	73	18	90	54	5	8	31	1.54
80765543--80765570	6	4.7	6	100	0	56	32	0	17	50	1.47
80765739--80765801	3	21.3	3	75	15	60	63	1	3	31	1.19
80765731--80765787	15	4.1	13	84	8	60	64	1	1	31	1.13
80766259--80766283	11	2.3	11	100	0	50	56	0	44	0	0.99
80767383--80767452	35	2.0	35	100	0	140	37	8	22	31	1.85
80771125--80771177	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
80772648--80772912	103	2.6	104	91	0	415	29	29	20	19	1.97
80773240--80773304	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
80773247--80773304	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
80788796--80789258	215	2.2	215	88	2	689	39	18	19	22	1.92
80791393--80791420	14	2.0	14	100	0	56	14	7	21	57	1.61
80791644--80791977	128	2.6	130	84	4	444	26	17	18	36	1.94
80792819--80792851	12	2.6	13	85	9	50	12	0	3	84	0.72
80793075--80793807	44	15.9	45	75	7	463	31	20	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80793181--80793535	188	1.9	188	84	2	471	30	21	17	30	1.96
80793063--80793675	94	6.5	93	73	10	371	30	20	17	31	1.95
80793072--80793757	139	4.9	139	80	5	591	30	20	16	31	1.95
80799813--80799846	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
80804777--80804822	19	2.4	20	85	7	60	41	8	23	26	1.83
80818059--80818096	11	3.8	10	83	13	51	65	2	2	28	1.19
80818464--80818503	19	2.0	20	86	13	57	35	0	0	65	0.93
80818472--80818509	18	2.1	18	85	9	51	39	0	0	60	0.97
80820116--80820162	24	1.9	25	91	4	78	17	6	14	61	1.53
80824812--80824855	20	2.2	20	100	0	88	18	34	25	22	1.96
80835621--80835915	127	2.3	127	82	7	348	26	15	22	36	1.93
80835627--80836061	126	3.5	124	79	5	417	26	15	19	38	1.91
80847136--80847265	65	2.0	65	84	3	172	30	15	13	40	1.86
80849237--80849669	126	3.4	126	79	5	424	27	15	20	37	1.92
80853271--80853311	14	2.9	14	81	3	55	39	2	0	58	1.11
80855036--80855218	40	4.4	40	74	10	136	35	20	18	25	1.95
80855291--80855349	25	2.4	25	88	0	82	23	32	1	42	1.64
80863636--80863727	43	2.1	44	82	6	107	33	25	16	25	1.96
80863979--80864015	13	2.8	14	80	16	51	45	0	0	54	1.00
80864135--80864217	28	2.8	30	76	7	80	32	15	4	46	1.67
80865170--80865230	28	2.2	28	82	5	70	34	13	11	40	1.80
80865755--80865789	12	2.8	12	91	4	52	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80865741--80865789	12	3.9	13	75	15	50	34	0	0	65	0.93
80865726--80865800	19	3.8	20	70	20	59	33	1	1	64	1.11
80865739--80865804	32	2.2	32	86	8	93	31	0	0	68	0.90
80867394--80867435	19	2.2	20	86	4	59	40	0	4	54	1.21
80877199--80877239	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
80883787--80883838	9	6.0	9	77	8	54	32	3	0	63	1.12
80884038--80884067	15	2.0	15	93	0	51	50	6	13	30	1.67
80887205--80887387	50	3.7	50	73	11	139	25	31	18	25	1.98
80887310--80887568	46	5.5	47	75	11	196	23	29	18	28	1.98
80887398--80887571	94	1.9	92	84	7	235	23	27	19	29	1.98
80887310--80887568	140	1.8	140	82	5	335	23	29	18	28	1.98
80893051--80893104	26	2.2	26	83	12	69	27	0	7	64	1.20
80897158--80897217	30	2.0	29	83	3	75	31	11	6	50	1.65
80898011--80898052	18	2.4	17	92	4	66	4	16	2	76	1.07
80898838--80898873	15	2.3	16	90	9	65	58	0	0	41	0.98
80904223--80904261	14	2.8	14	88	0	60	33	17	7	41	1.79
80920239--80920696	124	3.7	124	87	2	636	27	17	18	37	1.93
80920244--80920755	249	2.1	249	84	3	665	28	17	17	37	1.92
80920809--80920942	34	3.9	33	81	10	162	43	15	0	41	1.47
80930044--80930179	39	3.2	39	67	23	112	30	4	6	58	1.44
80930019--80930197	89	2.0	89	100	0	358	31	4	6	57	1.45
80930211--80930235	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80930477--80930533	25	2.2	27	81	12	66	31	7	7	54	1.54
80934718--80934756	10	3.8	10	89	3	60	69	0	5	25	1.09
80934718--80934761	20	2.2	20	84	8	54	70	2	4	22	1.17
80934748--80934780	14	2.4	14	90	10	50	72	9	9	9	1.28
80937044--80937246	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
80936978--80937246	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
80937210--80937355	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
80938609--80938776	58	3.0	58	87	10	237	22	13	30	33	1.92
80938628--80938718	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
80938669--80938811	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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