genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  247  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80942002--80942204	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
80941936--80942204	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
80942168--80942313	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
80943159--80943210	17	3.3	16	74	20	56	17	0	51	30	1.45
80946828--80946887	24	2.5	24	94	5	104	48	8	20	23	1.76
80947832--80947857	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
80947886--80948084	41	4.9	41	90	2	330	34	19	26	20	1.96
80948134--80948169	8	4.5	8	100	0	72	38	50	0	11	1.38
80949730--80949775	7	6.6	7	94	0	83	63	0	10	26	1.27
80949729--80949800	14	5.0	14	81	9	83	65	1	6	26	1.26
80949729--80949798	7	9.6	7	83	7	68	67	1	7	24	1.24
80949850--80949884	16	2.1	18	89	10	56	71	5	0	22	1.07
80949938--80950022	41	2.1	41	84	2	109	40	12	18	28	1.88
80955077--80955215	42	3.4	39	78	12	145	28	18	23	29	1.98
80955042--80955234	42	4.6	42	73	14	132	30	18	21	29	1.97
80957624--80957683	24	2.4	26	83	8	79	26	21	16	35	1.95
80959165--80959209	17	2.9	17	78	15	53	35	0	24	40	1.56
80967247--80967284	20	2.0	20	84	5	51	42	5	0	52	1.24
80967314--80967419	3	35.3	3	71	20	55	36	1	0	60	1.14
80967314--80967407	27	3.6	27	74	17	90	37	2	0	60	1.09
80967507--80967543	17	2.2	17	90	0	56	35	5	0	59	1.20
80967508--80967584	39	2.0	38	82	9	95	32	3	2	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80973908--80973988	4	19.8	4	77	5	72	65	2	25	6	1.29
80981199--80981238	8	4.8	8	90	9	62	87	0	12	0	0.54
80981198--80981238	17	2.4	17	95	4	73	87	0	12	0	0.53
80982198--80982410	87	2.4	87	88	0	318	28	15	25	31	1.95
80982358--80982454	44	2.3	41	84	7	115	36	14	23	25	1.93
80982381--80982979	44	13.7	44	73	13	367	30	14	25	29	1.95
80982285--80982585	131	2.3	131	89	0	449	29	14	24	30	1.95
80982381--80983112	175	4.2	175	90	0	1099	29	14	25	30	1.95
80982285--80982929	306	2.1	302	81	7	723	29	14	25	30	1.95
80984860--80984919	27	2.3	25	80	8	66	33	5	1	60	1.29
80985000--80985036	17	2.2	17	90	0	56	35	5	0	59	1.20
80988143--80988212	3	23.3	3	85	0	68	30	40	1	28	1.65
80996688--80996769	26	3.2	26	94	0	146	30	6	25	37	1.80
81000694--81000718	13	1.9	13	100	0	50	40	0	28	32	1.57
81006289--81006364	22	3.7	21	78	11	59	42	17	6	34	1.75
81006318--81006396	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
81006339--81006394	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
81006325--81006396	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
81006515--81006553	21	1.9	20	84	5	51	12	2	12	71	1.24
81008371--81008431	30	2.0	30	90	0	95	24	36	26	13	1.92
81011147--81011191	23	2.0	23	100	0	90	37	8	26	26	1.86
81019367--81019411	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81020152--81020234	31	2.7	31	84	14	95	56	6	2	34	1.37
81021642--81021681	16	2.5	16	87	0	62	70	2	2	25	1.13
81023850--81023898	24	2.0	24	96	0	89	46	6	8	38	1.58
81025380--81025488	56	1.9	56	84	0	146	26	15	26	31	1.96
81026829--81026965	67	2.0	67	98	0	265	29	1	24	43	1.63
81030326--81030373	25	1.9	25	83	8	62	20	12	0	66	1.24
81041826--81041970	33	4.5	33	79	6	125	35	11	22	30	1.89
81043518--81043675	50	3.3	50	71	18	145	25	18	26	29	1.98
81043504--81043721	94	2.3	94	89	3	323	27	19	24	28	1.99
81043589--81043737	44	3.3	43	74	18	147	28	18	26	26	1.98
81043504--81043763	94	2.8	93	83	6	258	28	20	23	28	1.99
81043502--81043956	238	1.9	238	83	0	595	30	18	21	29	1.97
81043896--81044000	44	2.4	44	91	0	174	33	19	20	26	1.96
81044812--81044844	16	2.0	17	88	5	50	66	3	9	21	1.33
81047271--81047446	24	7.0	24	82	11	201	39	14	21	24	1.91
81047260--81047446	76	2.4	78	84	8	235	37	14	22	25	1.92
81047295--81047458	52	3.2	52	90	1	258	38	14	23	24	1.91
81047482--81047679	51	3.9	51	91	2	301	33	12	23	29	1.92
81050767--81051013	42	5.8	42	82	3	298	31	15	23	29	1.95
81050765--81051013	85	2.9	85	92	1	385	31	15	23	29	1.95
81050767--81051013	127	1.9	127	85	3	336	31	15	23	29	1.95
81053843--81053888	21	2.2	21	88	7	67	60	0	4	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81053857--81053903	12	3.9	11	82	17	58	63	0	2	34	1.06
81055480--81055621	44	3.2	43	83	3	176	28	28	13	30	1.94
81055610--81055654	23	2.0	23	90	0	72	24	24	15	35	1.94
81055634--81055950	44	7.2	44	89	2	460	27	26	15	30	1.96
81055507--81055786	155	1.8	155	88	4	431	28	25	14	32	1.94
81055554--81055778	111	2.0	110	79	6	240	28	24	14	31	1.95
81064507--81065139	318	2.0	318	96	0	1160	18	26	14	40	1.90
81067789--81067943	70	2.3	66	86	7	204	52	12	5	29	1.63
81068477--81068523	12	3.9	11	82	17	58	63	0	2	34	1.06
81074656--81074705	20	2.6	19	84	12	66	54	2	6	38	1.37
81074701--81074796	17	5.7	17	74	9	54	66	1	3	29	1.13
81074698--81074739	13	3.2	13	86	6	59	71	0	4	23	1.05
81074715--81074815	33	2.9	33	73	12	78	64	0	3	30	1.18
81074649--81074825	18	10.2	18	69	13	70	61	1	4	32	1.23
81075486--81075575	23	4.0	23	84	7	123	18	20	23	37	1.94
81076883--81076922	18	2.2	19	86	4	55	50	7	5	37	1.53
81076888--81076946	18	3.3	18	80	4	57	44	8	3	44	1.51
81076987--81077017	16	1.9	16	93	0	53	41	9	9	38	1.71
81078248--81078286	21	1.9	21	89	5	62	10	10	0	79	0.94
81078249--81078312	28	2.3	27	86	10	85	12	10	1	75	1.13
81084849--81084882	9	3.7	9	92	4	50	35	0	5	58	1.22
81089365--81089444	40	2.0	40	92	0	133	31	13	17	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81090596--81090733	35	3.9	36	82	2	165	32	23	12	31	1.92
81090596--81090740	70	2.1	70	84	0	182	33	23	12	31	1.92
81099318--81099370	22	2.3	24	75	18	58	43	1	3	50	1.30
81105057--81105084	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
81109108--81109164	29	2.0	29	92	0	96	26	10	28	35	1.89
81110598--81110707	55	2.0	55	94	3	195	41	10	19	28	1.85
81110722--81110834	55	2.0	56	94	1	201	58	15	14	12	1.64
81116547--81116639	39	2.3	40	96	1	170	36	22	21	19	1.95
81117329--81117459	43	3.1	42	73	3	127	25	1	22	51	1.57
81117405--81117481	35	2.2	36	83	6	95	18	0	25	55	1.42
81117880--81117916	18	2.1	18	90	5	58	45	0	2	51	1.15
81117879--81117919	17	2.3	18	83	12	57	46	0	2	51	1.14
81122342--81122413	31	2.3	32	84	13	89	25	2	2	69	1.15
81122366--81122412	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
81122538--81122685	43	3.4	43	84	1	190	21	20	29	28	1.98
81133295--81133319	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
81141934--81142091	28	5.6	28	74	7	124	29	17	26	25	1.98
81141934--81142058	57	2.2	56	85	4	171	29	17	26	26	1.98
81153733--81153793	32	1.9	32	82	0	77	18	24	29	27	1.98
81154045--81154078	17	1.9	18	88	5	52	14	11	14	58	1.63
81156131--81156247	33	3.6	33	82	1	137	27	25	15	31	1.96
81156164--81156336	33	5.3	33	82	3	143	30	22	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81157025--81157072	21	2.2	22	78	14	55	37	14	0	47	1.44
81158729--81158780	26	2.0	26	84	0	68	23	34	1	40	1.66
81164627--81164698	34	2.1	34	84	0	90	37	5	19	37	1.75
81165636--81165790	39	4.0	38	91	5	222	23	22	28	25	1.99
81174624--81174664	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
81176101--81176137	17	2.1	18	95	5	67	18	21	40	18	1.91
81183052--81183115	26	2.6	25	83	11	78	21	34	3	40	1.69
81183645--81183726	38	2.2	38	100	0	164	47	13	10	28	1.76
81196571--81196628	24	2.4	24	79	2	71	41	1	0	56	1.09
81197072--81197097	12	2.2	12	100	0	52	50	23	7	19	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320