genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668371--668402	16	2.0	16	100	0	64	50	6	18	25	1.70
678539--678571	15	2.1	16	94	5	59	60	0	0	39	0.97
681240--681277	20	1.9	20	88	0	58	28	28	5	36	1.79
687106--687149	21	2.2	20	83	4	52	54	4	11	29	1.56
687069--687246	25	7.4	25	68	19	112	53	5	8	32	1.54
687380--687427	25	2.0	23	88	8	69	62	4	0	33	1.14
687507--687618	58	1.9	58	83	8	147	50	7	7	34	1.57
687559--687687	25	5.2	25	64	15	61	52	3	10	33	1.53
687674--687796	25	4.9	27	73	20	79	52	4	6	36	1.46
687677--687810	27	5.2	25	71	21	75	52	3	6	36	1.45
687695--687810	52	2.2	54	79	14	127	52	4	6	36	1.48
688004--688040	12	2.9	12	92	8	56	51	5	0	43	1.24
687978--688080	35	3.0	34	72	20	90	54	5	1	37	1.36
688171--688213	22	2.0	22	86	9	61	65	0	2	32	1.06
688070--688246	25	7.8	22	67	20	71	61	3	3	31	1.31
719085--719156	19	3.8	17	73	20	54	29	2	5	62	1.32
721062--721119	29	2.0	29	86	6	82	51	10	8	29	1.65
728229--728276	21	2.2	21	88	3	69	50	0	0	50	1.00
728790--728842	21	2.5	22	84	9	74	37	0	1	60	1.08
737488--737522	4	8.8	4	100	0	70	51	25	0	22	1.48
738535--738588	19	2.9	18	76	10	56	42	0	0	57	0.98
739883--739969	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741418--741453	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
747999--748051	25	2.1	25	89	0	79	54	5	0	39	1.24
754385--754445	27	2.3	26	83	11	70	63	1	0	34	1.04
754413--754478	35	2.0	34	82	8	82	60	0	0	39	0.97
765054--765129	39	2.0	38	84	7	100	38	2	13	46	1.57
769439--769506	34	2.0	34	100	0	136	26	14	8	50	1.72
783792--783849	20	2.9	19	73	12	53	36	6	18	37	1.78
786176--786206	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
786804--786911	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
786798--786921	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
791587--791694	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
791581--791704	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
795377--795403	12	2.2	12	100	0	54	7	25	44	22	1.79
796641--796672	16	2.0	16	93	0	55	40	12	6	40	1.68
800501--800542	22	1.9	22	85	9	59	47	2	11	38	1.53
806888--806926	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
816216--816292	9	8.6	9	77	0	82	42	18	7	31	1.78
816216--816292	27	2.9	27	94	3	129	42	18	7	31	1.78
816304--816347	6	7.0	6	82	17	54	15	0	4	79	0.89
816318--816344	14	1.9	14	100	0	54	22	0	3	74	0.98
816312--816370	20	2.6	22	82	15	68	23	0	3	72	0.99
817068--817102	14	2.5	14	85	0	52	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820860--820994	69	2.0	69	87	0	198	35	20	13	31	1.91
827151--827192	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
827155--827191	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
829155--829225	17	4.2	16	70	13	54	70	1	0	28	0.96
829154--829217	33	1.9	34	87	9	96	71	1	0	26	0.94
829205--829247	22	2.0	21	86	4	59	67	4	0	27	1.10
831797--831922	51	2.5	51	82	0	171	42	13	5	38	1.68
836823--836953	51	2.6	51	77	0	154	43	13	5	37	1.67
846009--846099	47	1.9	47	95	0	164	23	14	15	47	1.82
846010--846110	47	2.1	47	89	3	150	24	13	13	47	1.80
849695--849736	21	2.0	21	100	0	84	38	0	4	57	1.20
852501--852543	22	2.0	22	85	0	59	37	25	16	20	1.93
853447--853484	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
853972--854012	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
857361--857401	21	2.1	19	86	9	55	51	17	0	31	1.46
863520--863556	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
866080--866138	6	10.0	6	76	8	59	76	1	1	20	0.96
866079--866116	11	3.5	11	82	10	51	81	0	0	18	0.69
866079--866138	17	3.5	17	84	6	68	75	1	1	21	0.99
866106--866144	19	2.1	19	100	0	78	61	5	5	28	1.39
866743--866785	23	1.9	23	85	4	61	55	4	6	32	1.47
866923--866950	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876919--876970	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
878889--878940	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
888193--888241	15	3.3	15	78	13	57	59	0	0	40	0.98
896275--896321	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
898794--898839	20	2.3	20	96	3	85	13	21	0	65	1.26
898720--898934	112	1.9	112	98	0	412	14	24	13	47	1.80
907514--907758	122	2.0	123	95	2	440	25	18	18	37	1.94
910212--910341	45	2.9	45	90	0	188	30	20	13	34	1.92
915485--915555	24	3.0	24	87	4	99	53	7	22	16	1.67
916824--916935	55	2.0	55	87	0	161	25	28	23	23	1.99
917576--917779	48	4.2	48	79	3	205	32	17	21	28	1.96
917576--917779	96	2.1	96	83	0	255	32	17	21	28	1.96
919112--919262	53	2.8	53	89	4	214	29	28	15	25	1.96
926265--926415	53	2.8	53	87	4	205	30	27	15	25	1.96
931014--931057	17	2.4	18	85	11	54	63	0	2	34	1.07
931580--931666	43	2.0	43	95	0	156	29	13	8	48	1.71
932004--932061	28	2.1	28	96	0	107	46	18	8	25	1.78
932674--932723	22	2.3	23	76	16	61	58	2	0	40	1.10
932683--932722	21	2.0	21	90	5	64	57	0	0	42	0.98
933416--933453	3	12.7	3	100	0	76	34	65	0	0	0.93
934945--934997	16	3.2	17	84	10	58	16	11	0	71	1.13
934955--935006	24	2.2	24	86	6	70	19	5	0	75	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
934971--935006	8	4.5	8	100	0	72	22	0	0	77	0.76
936970--937013	16	2.7	16	78	3	52	72	2	4	20	1.13
937249--937277	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
937817--937843	11	2.5	11	100	0	54	70	11	0	18	1.16
937818--937978	81	2.0	81	100	0	322	50	12	14	21	1.76
937899--937924	11	2.4	11	100	0	52	69	11	0	19	1.18
938181--938210	13	2.4	13	94	5	53	0	10	0	90	0.47
945212--945248	2	18.5	2	94	0	65	0	51	0	48	1.00
951348--951379	6	5.3	6	100	0	64	18	34	0	46	1.49
954606--954681	39	1.9	39	97	0	143	32	18	14	34	1.91
954609--954692	39	2.2	39	91	0	132	35	17	13	33	1.89
957723--957787	20	3.0	20	82	8	58	63	0	3	33	1.10
957992--958029	19	2.0	19	94	0	67	63	0	2	34	1.09
957995--958029	9	3.8	9	88	7	52	65	0	2	31	1.07
958106--958147	9	4.8	9	82	2	50	21	9	0	69	1.17
958104--958140	18	2.1	18	89	0	56	27	8	0	64	1.21
958203--958246	17	2.4	19	85	11	56	27	2	2	68	1.14
958641--958709	31	2.3	30	82	7	86	44	17	10	27	1.80
958651--958710	31	1.9	31	89	0	93	46	15	11	26	1.79
958576--958709	60	2.2	59	81	7	146	42	14	14	29	1.84
962171--962260	37	2.5	37	87	5	121	43	27	11	17	1.83
969798--969932	66	2.0	66	97	0	252	42	11	14	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
975164--975216	26	2.0	26	85	7	72	56	3	3	35	1.35
975474--975614	6	23.0	6	69	16	60	41	1	4	53	1.29
975480--975623	76	1.9	75	97	1	270	40	1	5	52	1.33
979657--979682	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
979710--979756	15	3.1	15	84	9	60	59	2	4	34	1.29
981259--981284	13	2.0	13	100	0	52	23	15	38	23	1.92
986007--986060	21	2.6	21	93	0	90	16	31	27	24	1.96
987486--987661	46	3.8	46	78	12	198	21	20	29	28	1.98
987483--987653	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
990191--990616	17	25.2	17	65	17	68	58	1	2	37	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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