genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89059269--89059329	21	3.0	21	75	2	61	19	27	18	34	1.95
89074679--89074711	17	2.0	16	94	5	57	42	0	15	42	1.46
89074708--89074732	6	4.2	6	100	0	50	16	0	48	36	1.46
89075622--89075673	11	4.5	11	76	19	52	34	0	0	65	0.93
89075695--89075736	20	2.1	20	86	0	57	40	7	0	52	1.29
89076363--89076438	4	19.0	4	72	20	61	69	3	25	1	1.13
89076363--89076437	22	3.5	21	75	13	57	70	4	24	1	1.12
89077302--89077388	40	2.2	40	85	2	111	25	14	22	36	1.93
89079584--89079904	48	6.7	48	76	6	229	28	19	27	23	1.98
89079624--89079904	96	2.9	96	80	8	329	28	19	28	23	1.98
89079574--89079904	144	2.3	143	84	4	414	28	19	27	24	1.98
89079624--89079906	48	5.9	48	81	7	297	28	19	28	23	1.98
89087333--89087556	48	4.7	48	81	4	211	26	19	31	22	1.98
89087374--89087556	96	1.9	96	88	0	276	25	19	32	22	1.97
89090433--89090502	7	10.4	7	79	14	76	48	1	0	50	1.09
89090433--89090534	32	3.4	31	75	21	110	47	0	0	50	1.14
89094708--89094741	17	2.0	17	88	0	50	29	0	8	61	1.26
89095633--89095767	39	3.4	38	76	10	112	24	21	26	27	1.99
89095871--89095910	18	2.2	18	86	8	55	47	0	22	30	1.52
89096393--89096430	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
89099145--89099187	22	2.0	21	90	4	68	65	9	13	11	1.48
89103619--89103653	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89110932--89111005	29	2.6	29	86	2	96	32	5	1	60	1.27
89111588--89111620	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
89112231--89112272	22	1.9	22	85	9	59	38	0	9	52	1.34
89121866--89121900	17	2.1	17	88	0	52	82	0	17	0	0.66
89124409--89124457	26	2.0	25	84	8	64	53	2	0	44	1.12
89132656--89132880	115	2.0	115	82	0	279	50	3	10	35	1.54
89134346--89134414	35	2.0	35	100	0	138	34	26	20	18	1.96
89137772--89137823	20	2.6	20	84	6	61	46	19	1	32	1.61
89138268--89138313	17	2.7	18	76	10	51	23	0	6	69	1.11
89142369--89142440	4	18.8	4	76	21	50	70	0	27	1	0.95
89142394--89142423	3	10.3	3	92	7	53	70	0	30	0	0.88
89142378--89142440	20	3.8	16	77	20	58	71	0	26	1	0.95
89142376--89142437	14	4.2	15	78	17	60	72	0	25	1	0.94
89142368--89142437	27	2.6	27	77	18	74	70	0	28	1	0.96
89143122--89143379	131	2.0	131	92	1	428	36	18	17	27	1.93
89144670--89144808	39	3.6	39	86	6	185	51	5	13	30	1.63
89144670--89144818	77	1.9	77	86	4	210	48	5	16	29	1.67
89145323--89145371	24	2.0	25	84	4	64	38	4	4	53	1.39
89145335--89145393	13	4.5	13	70	16	50	33	1	3	61	1.23
89145329--89145375	24	2.0	24	87	8	69	40	0	4	55	1.19
89152745--89154013	210	6.1	210	90	2	1977	28	17	22	30	1.97
89154228--89154313	45	1.9	45	88	4	129	29	15	30	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89155591--89155628	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
89156195--89156269	21	3.4	23	76	14	86	13	20	26	40	1.89
89156431--89156471	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
89159480--89159625	53	2.7	53	86	4	195	28	15	26	30	1.96
89161433--89161582	39	3.9	38	86	4	185	48	5	17	29	1.69
89161433--89161582	77	1.9	78	85	4	205	48	5	17	29	1.69
89162074--89162146	35	2.1	35	94	0	128	36	8	5	49	1.56
89162507--89162547	16	2.5	17	92	4	66	36	34	4	24	1.77
89163448--89163481	16	2.1	16	94	0	59	41	0	8	50	1.34
89166548--89166606	24	2.5	24	88	0	91	44	0	25	30	1.55
89166672--89166736	20	3.4	19	69	14	62	35	4	15	44	1.67
89166647--89166759	37	3.1	37	94	1	192	32	4	15	47	1.65
89166659--89166753	17	5.2	17	65	14	55	33	3	13	49	1.58
89166760--89166885	9	13.6	9	90	6	198	22	9	31	36	1.86
89166760--89166885	29	4.5	27	93	2	198	22	9	31	36	1.86
89166991--89167056	29	2.3	27	78	16	71	28	12	27	31	1.92
89169037--89169063	14	1.9	14	100	0	54	51	3	7	37	1.48
89174356--89174421	18	3.6	18	85	2	87	0	33	0	66	0.92
89174356--89174415	22	3.0	21	86	13	74	0	33	0	66	0.92
89190715--89190794	42	1.9	42	94	0	142	38	10	15	36	1.80
89194998--89195054	10	5.5	10	75	8	51	59	1	0	38	1.08
89194998--89195063	20	3.4	19	73	10	53	60	1	0	37	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89195675--89195746	28	2.8	25	82	6	81	44	1	0	54	1.08
89195696--89195747	17	3.1	17	78	8	61	46	0	0	53	1.00
89198522--89198576	24	2.3	24	83	0	65	49	10	5	34	1.61
89201699--89201723	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
89201770--89202049	41	6.8	41	87	0	398	35	25	20	18	1.95
89202191--89202225	17	2.0	17	88	5	52	20	0	14	65	1.26
89202939--89202989	21	2.4	21	86	0	84	11	3	31	52	1.56
89203358--89203402	20	2.1	21	88	8	65	44	0	4	51	1.21
89203333--89203673	147	2.3	147	93	2	603	47	2	2	48	1.27
89203439--89203570	60	2.3	58	85	8	164	47	2	2	47	1.27
89203486--89203688	32	6.8	31	66	26	102	46	2	1	48	1.26
89203532--89203679	40	3.5	41	71	16	104	48	2	2	47	1.24
89206565--89206610	20	2.2	20	84	11	56	67	15	10	6	1.40
89206677--89206714	8	4.8	8	83	9	51	73	2	0	23	0.95
89207665--89207987	27	12.0	27	80	9	311	27	20	9	42	1.83
89207660--89207986	108	3.0	108	88	0	447	27	20	9	42	1.83
89208003--89208189	27	6.9	27	82	0	203	35	16	20	27	1.94
89207995--89208189	54	3.6	54	84	2	230	35	15	20	28	1.93
89208617--89208681	22	3.0	21	77	6	67	20	21	23	35	1.96
89208840--89208941	27	3.8	27	85	5	116	19	23	20	36	1.95
89208840--89208941	54	1.9	53	83	2	132	19	23	20	36	1.95
89209090--89209133	19	2.3	19	84	0	52	22	22	11	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89211370--89211401	13	2.4	14	94	5	57	37	0	9	53	1.34
89211814--89211865	21	2.5	21	83	0	68	26	21	48	3	1.67
89212106--89212195	31	2.9	31	94	0	153	15	5	21	57	1.58
89217077--89217129	18	2.6	20	77	20	56	33	3	11	50	1.56
89217270--89217328	25	2.4	24	80	8	64	28	23	18	28	1.98
89220832--89220901	21	3.4	21	69	15	65	35	1	5	57	1.32
89220887--89220917	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
89233018--89233107	42	2.1	42	87	0	126	35	22	20	22	1.96
89233107--89233239	42	3.1	42	89	3	185	27	17	19	35	1.94
89238785--89238929	61	2.4	61	81	8	170	24	18	26	29	1.98
89241983--89242096	37	3.0	38	79	8	117	24	11	48	15	1.78
89242035--89242110	37	2.1	37	87	0	107	26	9	48	15	1.75
89242932--89242963	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
89243098--89243131	17	1.9	17	88	5	50	47	35	2	14	1.60
89243902--89243993	39	2.3	38	75	10	87	23	15	21	39	1.92
89254546--89254651	10	11.6	9	68	20	60	35	0	1	61	1.13
89254541--89254580	19	2.1	19	86	9	55	25	0	5	70	1.08
89254546--89254599	29	2.0	26	85	10	72	29	0	3	66	1.09
89254546--89254588	19	2.2	20	83	4	52	27	0	4	67	1.10
89254577--89254632	16	3.4	16	80	2	67	39	0	0	60	0.97
89265918--89266068	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
89272969--89273102	53	2.5	53	91	2	198	28	27	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89274119--89274150	8	4.0	8	91	0	55	53	25	21	0	1.46
89274397--89274459	26	2.4	27	81	10	76	31	26	14	26	1.95
89277173--89277429	46	5.6	46	87	1	311	20	24	14	40	1.90
89277173--89277423	138	1.8	139	86	0	369	20	24	15	40	1.90
89277396--89277437	19	2.4	16	79	20	57	21	26	14	38	1.91
89277402--89277441	19	2.1	19	100	0	80	22	25	10	42	1.84
89277360--89277487	65	2.0	65	95	0	229	22	25	14	36	1.93
89279583--89279633	19	2.7	19	82	11	61	54	5	0	39	1.24
89280755--89280801	17	2.6	18	86	6	60	8	12	0	78	0.95
89281739--89281820	18	4.3	18	64	27	53	29	4	10	54	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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