Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  5  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1286637--1286666
9
3.3
9
100
0
60
90
0
0
10
0.47
1292072--1292110
11
3.5
11
78
0
51
58
7
12
20
1.58
1292064--1292106
22
2.0
22
95
0
77
58
6
11
23
1.57
1292063--1292119
22
2.6
22
83
5
62
61
5
12
21
1.50
1292584--1292635
16
3.2
16
97
0
95
26
0
34
38
1.57
1292765--1293074
157
2.0
157
94
0
539
44
3
4
47
1.41
1292828--1293077
76
3.1
81
63
24
186
46
4
3
45
1.39
1292811--1293132
157
2.0
155
81
5
349
46
4
4
44
1.44
1297466--1297641
37
4.8
37
96
0
298
39
13
21
26
1.90
1297569--1297772
91
2.4
85
85
8
265
33
15
23
27
1.95
1297604--1297772
45
3.8
45
92
2
261
32
15
23
27
1.96
1305195--1305370
37
4.8
37
96
0
298
39
13
21
26
1.90
1305333--1305499
45
3.8
44
90
5
248
31
16
23
27
1.96
1305333--1305499
89
1.9
89
90
3
266
31
16
23
27
1.96
1318099--1318131
16
2.1
16
88
11
50
69
0
9
21
1.15
1318099--1318132
17
2.1
16
88
5
50
70
0
8
20
1.13
1320704--1320752
16
3.3
16
70
18
52
38
2
0
59
1.09
1322560--1322639
40
2.0
40
95
0
142
33
5
17
43
1.71
1324632--1324675
22
2.0
22
86
0
61
52
0
0
47
1.00
1324699--1324735
16
2.3
17
81
13
51
59
2
0
37
1.12
1324768--1324823
15
3.5
15
71
19
51
50
1
0
48
1.11
1326242--1326292
12
3.8
12
77
22
57
43
0
5
50
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1326253--1326299
17
3.1
17
71
28
59
40
0
12
46
1.42
1326242--1326299
29
2.0
29
100
0
116
41
0
10
48
1.37
1327427--1327625
35
5.7
35
87
1
285
27
12
23
36
1.91
1327427--1327625
69
2.9
69
88
0
299
27
12
23
36
1.91
1327434--1327625
104
1.8
104
89
2
305
26
12
23
37
1.90
1336495--1336528
12
2.9
12
86
4
52
32
0
0
67
0.91
1336652--1336714
30
2.1
30
90
0
99
58
14
1
25
1.45
1338295--1338359
26
2.5
26
82
7
69
36
1
4
56
1.29
1344840--1344929
27
3.3
27
84
0
99
18
25
26
28
1.98
1344883--1344942
27
2.2
27
100
0
120
16
23
30
30
1.96
1348574--1348669
33
2.9
33
79
3
113
23
10
45
19
1.81
1350812--1351143
114
2.9
114
89
2
513
51
15
0
32
1.50
1350823--1351219
115
3.6
112
78
13
348
50
15
0
32
1.49
1351416--1351450
3
11.3
3
87
6
52
0
37
0
62
0.95
1351418--1351449
16
2.0
16
93
0
55
0
40
0
59
0.97
1351416--1351454
19
2.1
19
90
4
62
0
38
0
61
0.96
1353522--1353560
17
2.3
17
86
8
53
17
10
0
71
1.12
1353606--1353658
13
4.0
13
81
11
63
73
3
0
22
0.99
1356928--1356991
17
3.5
17
76
14
56
31
3
1
64
1.19
1356894--1356985
38
2.4
38
80
1
105
34
4
3
57
1.35
1356951--1356992
9
4.7
9
79
8
50
33
2
0
64
1.07
1356970--1357012
20
2.0
22
86
8
63
34
2
0
62
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1357217--1357281
17
3.9
16
79
15
78
73
1
0
24
0.91
1357217--1357280
9
7.6
9
78
16
66
73
1
0
25
0.92
1357224--1357281
25
2.3
24
82
8
80
74
1
0
24
0.92
1357216--1357291
9
8.6
9
71
17
61
75
1
0
23
0.89
1357545--1357621
10
7.7
10
66
11
50
35
1
1
62
1.12
1357845--1357876
3
10.7
3
100
0
64
68
0
0
31
0.90
1363673--1363706
7
4.9
7
88
0
50
26
5
14
52
1.64
1364343--1364412
6
10.9
7
92
4
89
55
0
28
15
1.41
1368199--1368405
47
4.2
48
81
5
195
24
16
28
29
1.97
1370934--1371072
60
2.3
59
84
10
176
27
19
26
26
1.99
1373215--1373282
24
2.7
26
84
4
95
23
22
19
35
1.96
1373928--1373976
19
2.7
17
75
12
53
26
0
22
51
1.49
1374823--1374869
17
2.4
21
83
13
57
25
0
25
48
1.51
1381163--1381189
13
2.1
13
100
0
54
33
0
0
66
0.92
1381737--1381851
23
4.8
24
79
13
114
23
22
20
33
1.97
1384783--1384882
42
2.4
42
84
3
130
32
17
22
29
1.96
1384785--1384940
85
1.8
84
81
9
192
31
16
22
29
1.96
1389351--1389408
18
3.4
18
72
18
70
44
17
5
32
1.70
1389594--1389683
44
2.0
44
82
4
110
34
24
18
22
1.96
1390566--1390602
5
7.6
5
85
14
51
56
0
0
43
0.99
1390571--1390596
13
2.0
13
100
0
52
61
0
0
38
0.96
1390566--1390601
18
1.9
19
94
5
65
58
0
0
41
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1390585--1390670
47
1.9
42
84
11
109
54
4
0
40
1.21
1390762--1390787
13
2.0
13
100
0
52
38
7
0
53
1.30
1396073--1396102
3
10.0
3
100
0
60
66
0
0
33
0.92
1399727--1399754
3
9.3
3
100
0
56
67
0
0
32
0.91
1401005--1401148
60
2.4
59
79
8
157
28
25
18
27
1.98
1401143--1401180
20
1.9
19
89
5
58
31
26
13
28
1.93
1402461--1402499
19
2.2
19
86
9
55
74
0
15
10
1.07
1405494--1405637
60
2.4
59
80
8
166
28
26
18
26
1.98
1406980--1407017
19
2.1
19
85
9
53
73
0
15
10
1.09
1413006--1413048
21
2.1
20
86
4
59
41
4
16
37
1.69
1413606--1413674
19
3.7
19
72
18
72
17
15
18
47
1.82
1414683--1414718
18
2.0
18
94
0
63
38
44
2
13
1.59
1414747--1414786
6
6.5
6
88
5
53
77
5
0
17
0.94
1414747--1414786
19
2.2
18
81
4
53
77
5
0
17
0.94
1414806--1414874
27
2.5
28
83
6
88
28
10
17
43
1.81
1414806--1414873
9
7.6
9
81
0
73
29
10
17
42
1.82
1415405--1415458
27
2.0
27
96
0
99
24
3
14
57
1.54
1419456--1419500
19
2.3
20
81
11
58
66
4
2
26
1.22
1422412--1422441
14
2.1
14
93
0
51
46
0
23
30
1.52
1423610--1423679
31
2.3
31
82
0
86
28
25
20
25
1.99
1423687--1423913
50
4.5
50
91
0
346
27
22
14
34
1.94
1428955--1429065
26
4.2
26
82
10
116
67
2
4
25
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1429042--1429095
22
2.6
20
80
8
63
61
1
3
33
1.25
1429426--1429494
19
3.8
18
75
19
72
63
1
1
33
1.12
1429426--1429517
30
3.3
27
79
10
89
63
1
2
33
1.14
1429976--1430032
9
6.2
9
78
17
64
33
1
0
64
1.04
1429976--1430151
9
18.5
10
65
20
51
36
3
3
56
1.33
1430078--1430158
19
4.3
19
78
9
76
35
3
2
58
1.29
1439382--1439451
34
2.1
34
100
0
140
44
21
11
22
1.84
1440875--1440932
21
2.8
20
84
7
71
34
6
6
51
1.55
1441243--1441305
33
1.9
32
83
6
81
26
4
3
65
1.28
1444005--1444079
37
2.0
37
100
0
150
33
24
18
24
1.97
1446261--1446316
19
2.9
18
77
17
60
53
1
0
44
1.11
1446333--1446371
10
3.8
10
81
18
53
69
0
2
28
1.02
1446302--1446352
23
2.2
24
82
3
59
54
3
0
41
1.19
1446447--1446477
3
10.3
3
100
0
62
32
0
0
67
0.91
1449791--1449828
12
3.7
10
83
16
51
44
2
0
52
1.14
1453435--1453480
23
2.0
23
83
8
58
30
2
10
56
1.46
1453712--1453748
19
1.9
19
88
0
56
40
2
5
51
1.39
1459408--1459474
34
1.9
35
84
3
91
32
8
13
44
1.75
1459464--1459540
33
2.4
32
82
8
93
27
9
16
46
1.77
1465362--1465490
63
2.0
63
93
0
222
28
17
17
35
1.93
1471695--1471738
5
8.8
5
94
0
79
59
0
2
38
1.10
1471695--1471755
10
6.0
10
84
3
50
57
3
1
37
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1490089--1490195
51
2.1
51
87
0
151
33
9
35
21
1.86
1501080--1501147
16
4.1
17
80
12
79
0
69
1
29
0.98
1501099--1501145
4
11.2
4
86
8
67
0
74
2
23
0.93
1501585--1501625
19
2.1
20
86
4
57
48
7
9
34
1.64
1503062--1503249
103
1.8
103
88
0
286
36
9
18
35
1.84
1505690--1505995
150
2.0
151
91
0
497
31
19
20
28
1.97
1505958--1506020
32
2.0
32
96
3
119
41
19
28
11
1.85
1506124--1506172
2
24.0
2
95
4
89
2
48
0
48
1.12
1508070--1508187
40
3.0
40
97
0
218
28
29
19
22
1.98
1515938--1516055
40
3.0
40
97
0
218
28
29
19
22
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320