genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2415600--2415653	23	2.4	21	76	14	54	33	1	7	57	1.37
2415970--2416007	7	5.4	7	100	0	76	39	0	0	60	0.97
2415970--2416016	21	2.2	21	92	0	76	38	0	0	61	0.96
2416272--2416308	18	2.1	17	90	5	56	37	0	0	62	0.96
2418510--2418540	14	2.1	15	94	5	55	45	6	6	41	1.55
2421627--2421684	7	8.3	7	100	0	116	43	0	0	56	0.99
2425449--2425771	46	7.0	45	92	2	459	37	14	24	23	1.92
2429131--2429234	18	5.6	19	71	20	62	54	2	1	40	1.26
2429143--2429250	18	5.9	17	76	13	83	53	2	1	41	1.26
2429163--2429245	25	3.4	25	71	14	66	54	2	1	42	1.21
2429163--2429250	36	2.4	36	82	14	110	54	2	1	42	1.20
2429187--2429250	17	3.6	17	78	15	58	54	1	1	42	1.19
2430827--2430858	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
2471160--2471198	2	19.5	2	94	0	69	0	0	53	46	1.00
2475931--2475975	21	2.2	20	88	4	63	31	17	22	28	1.97
2477985--2478053	31	2.3	31	82	7	79	23	10	18	47	1.79
2485783--2485825	18	2.4	17	81	11	50	27	2	18	51	1.59
2489362--2489640	77	3.6	77	86	4	393	49	10	11	29	1.71
2490493--2490542	19	2.6	19	96	0	91	44	12	4	40	1.60
2502289--2502416	50	2.5	51	87	3	188	35	15	22	26	1.94
2502393--2502540	31	4.8	31	84	4	174	30	18	24	26	1.98
2502558--2502680	47	2.7	46	83	2	138	27	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2504213--2504248	18	2.0	18	94	0	63	27	0	2	69	1.02
2507272--2507306	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
2507449--2507491	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
2507692--2507721	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
2508144--2508194	12	4.0	12	77	20	50	23	0	3	72	1.01
2508231--2508284	18	3.2	18	76	21	55	77	0	7	14	0.97
2508247--2508285	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
2508497--2508553	28	2.1	27	96	3	105	3	5	35	56	1.39
2509228--2509481	87	2.8	87	77	5	240	37	20	15	26	1.92
2509503--2509643	75	1.9	73	91	2	228	31	21	17	29	1.96
2509671--2509979	81	3.8	81	76	14	235	34	18	18	28	1.95
2509327--2509998	249	2.7	250	78	10	647	35	19	17	27	1.94
2509536--2510226	76	8.4	82	72	17	365	32	19	18	29	1.96
2509811--2510000	92	2.1	91	85	1	254	35	16	20	26	1.94
2509752--2510226	169	2.8	169	89	2	690	31	20	19	29	1.97
2510172--2510293	59	2.0	60	92	1	201	25	25	17	31	1.97
2513582--2513780	52	3.9	52	80	8	223	26	16	27	30	1.96
2535955--2535989	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
2536133--2536175	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
2536376--2536405	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
2536919--2536943	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2536917--2536970	18	3.2	18	76	21	55	79	0	7	12	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2536909--2536971	17	3.8	17	80	14	62	77	1	7	12	1.05
2538001--2538026	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2542576--2542734	78	2.0	78	98	0	309	19	15	20	44	1.86
2544025--2544064	2	20.0	2	94	0	71	47	50	2	0	1.14
2544209--2544245	19	2.0	19	89	5	58	16	32	13	37	1.87
2545543--2545582	17	2.3	18	80	20	50	45	2	12	40	1.56
2548152--2548190	11	3.5	11	86	10	53	35	0	0	64	0.94
2549493--2549533	20	2.0	21	90	4	66	24	2	24	48	1.63
2551959--2551999	21	1.9	22	90	5	66	58	7	12	21	1.58
2552008--2552060	25	2.2	23	83	12	63	60	1	9	28	1.38
2560085--2560142	30	1.9	30	83	13	75	41	6	3	48	1.47
2574446--2574480	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
2574625--2574667	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
2574868--2574897	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
2575323--2575372	13	3.8	13	80	12	57	22	0	4	74	0.99
2575411--2575435	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2575409--2575462	18	3.2	18	76	21	55	79	0	7	12	0.92
2575401--2575463	17	3.8	17	80	14	62	77	1	7	12	1.05
2576498--2576526	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2581088--2581246	78	2.0	78	98	0	309	19	15	20	44	1.86
2582540--2582579	2	20.0	2	94	0	71	47	50	2	0	1.14
2582724--2582760	19	2.0	19	89	5	58	16	32	13	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2584053--2584092	17	2.3	18	80	20	50	45	2	12	40	1.56
2586651--2586688	11	3.5	11	86	13	53	34	0	0	65	0.93
2586653--2586695	21	2.0	21	82	8	52	39	0	0	60	0.97
2587983--2588023	20	2.0	21	90	4	66	24	2	24	48	1.63
2590445--2590485	21	1.9	22	90	5	66	58	7	12	21	1.58
2590494--2590546	25	2.2	23	83	12	63	60	1	9	28	1.38
2594847--2594876	15	1.9	16	93	6	53	63	3	0	33	1.11
2599076--2599114	20	1.9	21	84	5	53	56	0	2	41	1.13
2603760--2604038	138	2.0	138	99	0	549	25	11	18	44	1.83
2604652--2604707	25	2.2	25	84	6	69	19	32	16	32	1.94
2606523--2606592	21	3.4	21	72	16	65	18	28	22	30	1.98
2611889--2611927	10	3.9	10	79	0	51	76	2	0	20	0.90
2611889--2611926	20	1.9	20	94	0	67	76	2	0	21	0.91
2615208--2615240	15	2.1	16	88	5	50	24	0	3	72	0.98
2616704--2616761	29	2.0	29	96	0	107	32	17	15	34	1.91
2620940--2621095	78	2.0	78	91	0	249	41	16	17	25	1.90
2631130--2631186	29	2.1	26	83	9	69	31	7	3	57	1.42
2633926--2633979	24	2.2	25	78	18	60	46	22	0	31	1.52
2637146--2637296	72	2.1	72	80	11	168	35	12	7	44	1.72
2638171--2638209	17	2.4	16	86	4	51	5	30	0	64	1.15
2641463--2641586	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
2641463--2641658	37	4.7	45	85	10	203	27	21	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2641548--2641687	37	3.8	37	95	0	235	27	21	12	38	1.90
2646400--2646642	50	4.8	50	92	0	387	20	30	23	26	1.98
2646980--2647036	29	1.9	30	85	3	80	31	24	3	40	1.72
2649499--2649749	37	6.8	37	97	0	439	39	13	20	26	1.90
2649711--2649834	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
2657269--2657482	37	5.8	37	96	0	365	38	13	21	26	1.90
2657444--2657567	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
2674989--2675202	37	5.8	37	96	0	365	38	13	21	26	1.90
2675164--2675287	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
2682369--2682611	50	4.8	50	92	0	387	20	30	23	26	1.98
2682949--2683006	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
2686227--2686286	26	2.3	26	91	0	93	40	3	0	56	1.16
2697015--2697147	51	2.6	51	81	0	158	42	11	6	40	1.65
2702217--2702349	51	2.6	51	79	4	160	42	11	6	39	1.65
2705594--2705648	21	2.6	21	91	0	92	40	27	7	25	1.82
2710100--2710154	17	3.2	17	75	14	51	18	18	36	27	1.94
2711846--2711909	32	2.0	32	100	0	128	53	25	15	6	1.65
2713200--2713254	29	1.9	28	92	3	92	50	7	5	36	1.53
2713434--2713474	20	2.1	19	86	4	55	29	4	4	60	1.38
2713634--2713687	23	2.4	22	85	11	74	66	0	11	22	1.22
2715505--2715583	40	2.0	40	89	0	122	34	32	16	16	1.91
2717849--2717888	20	2.0	20	100	0	80	40	15	30	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2718250--2718288	18	2.2	18	85	0	51	53	0	0	46	1.00
2719243--2719280	20	1.9	20	89	10	60	50	15	15	18	1.79
2724629--2724675	24	2.1	21	88	11	67	27	0	2	70	0.99
2724629--2724675	21	2.2	22	85	11	62	27	0	2	70	0.99
2724711--2724738	13	2.2	13	100	0	56	14	7	0	78	0.95
2724703--2724772	20	3.4	21	76	9	74	28	4	0	67	1.10
2726812--2726842	16	1.9	16	100	0	62	51	0	3	45	1.17
2732944--2732977	15	2.2	16	90	10	54	67	5	5	20	1.33
2732987--2733088	3	33.7	3	80	5	107	59	0	7	31	1.32
2734040--2734096	28	2.0	28	93	0	96	14	29	21	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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