genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38995529--38995717	57	3.3	57	83	2	220	31	29	16	22	1.96
38995745--38996076	40	8.3	40	95	0	592	27	28	20	24	1.99
38998288--38998444	28	5.5	28	75	6	136	32	28	17	21	1.96
38998288--38998414	29	4.5	28	78	12	116	33	29	15	22	1.95
38998260--38998448	57	3.3	57	83	2	220	31	29	16	22	1.96
38998476--38998807	40	8.3	40	95	0	592	27	28	20	24	1.99
39016708--39016831	55	2.3	56	78	5	137	24	27	29	19	1.98
39030406--39030451	20	2.3	21	85	7	60	34	10	2	52	1.49
39036247--39036320	32	2.3	32	95	0	130	33	1	32	32	1.67
39036466--39036656	38	5.0	38	84	1	202	23	22	22	31	1.98
39036946--39036972	5	5.4	5	100	0	54	59	0	18	22	1.38
39042118--39042179	26	2.4	26	91	0	97	30	6	6	56	1.50
39051853--39052311	47	9.7	47	97	1	812	30	8	29	30	1.87
39052429--39052507	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
39054400--39054469	29	2.4	29	88	4	97	27	15	31	25	1.96
39054782--39055137	40	8.9	40	84	2	369	25	22	27	25	2.00
39054782--39055132	120	2.9	120	83	3	413	25	22	26	25	2.00
39058630--39058899	47	5.7	47	95	0	486	31	9	28	30	1.88
39058630--39059156	94	5.3	94	80	12	529	31	8	29	30	1.87
39058631--39059156	141	3.6	141	74	18	521	31	8	29	30	1.87
39058864--39058968	34	3.1	35	78	15	146	28	10	29	31	1.90
39058770--39059060	162	1.8	161	96	0	537	31	8	29	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39058934--39059156	95	2.3	96	91	4	353	31	8	30	30	1.86
39058934--39059156	49	4.7	47	91	2	340	31	8	30	30	1.86
39059274--39059352	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
39061828--39061923	29	3.2	29	63	23	72	17	4	36	41	1.69
39061805--39061931	61	2.1	61	98	0	245	19	6	32	41	1.77
39061812--39061910	32	3.2	32	63	23	84	16	5	33	45	1.69
39063964--39064084	24	5.0	24	89	5	181	27	21	21	29	1.98
39063964--39064084	49	2.5	48	90	5	181	27	21	21	29	1.98
39064134--39064200	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
39064134--39064189	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
39064237--39064284	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
39069400--39069477	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
39069430--39069931	174	2.9	174	97	0	950	29	14	24	31	1.95
39076398--39076568	46	3.7	46	77	6	148	22	28	18	30	1.97
39077685--39077749	34	1.9	34	90	0	103	26	21	23	29	1.99
39078136--39078194	27	2.2	26	85	8	75	28	13	20	37	1.91
39078149--39078261	27	4.2	27	83	0	136	20	14	19	46	1.84
39084776--39084917	65	2.2	65	83	5	180	35	21	19	24	1.96
39087882--39087933	25	2.1	25	89	3	79	25	19	23	32	1.97
39088139--39088268	53	2.4	54	85	5	174	28	20	16	33	1.95
39088140--39088278	27	5.2	27	82	5	147	29	19	15	35	1.92
39088317--39088604	27	10.6	27	79	4	240	30	9	19	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39088317--39088584	54	4.9	54	81	3	279	31	9	19	39	1.84
39090602--39090779	27	6.6	27	82	7	182	27	15	28	29	1.96
39090603--39090758	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
39090599--39090779	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
39090684--39090790	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
39098599--39098776	27	6.6	27	82	7	182	27	15	28	29	1.96
39098600--39098755	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
39098596--39098776	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
39098681--39098787	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
39101681--39101789	44	2.5	44	86	3	148	29	19	22	29	1.98
39101502--39102190	232	3.1	232	85	7	838	28	22	18	30	1.97
39101945--39102059	42	2.7	43	76	2	124	24	26	21	27	1.99
39102082--39102186	44	2.4	44	82	3	122	33	24	16	25	1.96
39101824--39102234	213	1.9	213	88	3	623	27	24	18	28	1.98
39102228--39102596	130	2.9	128	89	6	543	23	25	19	31	1.98
39102583--39102789	43	4.8	43	92	2	335	21	24	23	31	1.98
39104810--39104917	49	2.2	49	83	9	132	11	10	7	71	1.31
39104877--39104912	6	5.7	6	93	6	54	19	0	13	66	1.24
39104897--39104935	16	2.4	16	86	4	60	7	0	12	79	0.93
39122131--39122179	10	4.8	10	85	11	64	36	0	2	61	1.08
39139724--39139763	20	2.0	20	90	0	62	45	25	0	30	1.54
39139940--39140000	22	2.7	23	73	19	65	36	19	19	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39142503--39142667	43	3.8	44	76	13	139	24	18	26	30	1.98
39163802--39163834	16	2.1	16	88	5	50	21	0	0	78	0.75
39172622--39172701	39	2.1	39	97	0	151	38	11	21	28	1.88
39176417--39176551	47	2.9	47	84	5	166	30	29	14	25	1.95
39180298--39180520	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
39180452--39180529	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
39188199--39188421	40	5.6	40	84	3	227	26	27	20	24	1.99
39188353--39188430	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
39192983--39193113	27	4.9	27	87	0	154	29	22	6	41	1.79
39193091--39193337	27	9.2	27	75	11	170	40	22	8	28	1.83
39193018--39193140	54	2.3	54	81	0	156	33	18	7	40	1.78
39192969--39193247	81	3.5	81	76	3	222	36	21	7	34	1.83
39193105--39193310	80	2.6	80	85	4	247	41	22	8	27	1.83
39193100--39193419	53	5.9	53	75	8	243	40	20	9	29	1.84
39193105--39193337	80	2.9	80	81	9	235	41	21	8	27	1.82
39193411--39193517	27	3.9	27	75	12	94	38	20	20	20	1.94
39194586--39194715	24	5.4	24	92	0	206	26	20	21	31	1.98
39197755--39197868	31	3.7	31	91	1	185	27	17	26	28	1.98
39200147--39200277	27	4.9	27	79	3	147	29	21	8	41	1.82
39200182--39200303	54	2.3	55	81	5	142	33	18	8	40	1.80
39200255--39200584	53	6.1	54	75	10	271	40	20	8	30	1.82
39200255--39200500	107	2.3	107	82	4	291	41	21	7	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39200269--39200501	80	2.9	80	82	8	278	42	21	7	28	1.80
39200255--39200563	27	11.4	27	75	9	184	40	20	8	30	1.82
39200617--39200676	27	2.3	26	76	2	66	36	18	26	18	1.94
39200617--39200680	26	2.4	27	78	2	76	35	18	26	18	1.94
39201489--39201581	25	3.8	25	90	2	136	27	25	21	24	1.99
39201501--39201594	25	3.8	24	88	4	100	28	25	20	25	1.99
39201489--39201594	24	4.4	25	87	7	107	30	23	21	24	1.99
39201801--39201945	31	4.7	31	95	0	256	26	17	26	29	1.97
39213259--39213327	24	2.9	24	82	8	95	31	4	37	26	1.76
39214045--39214236	92	2.1	92	97	0	357	31	14	29	25	1.95
39214449--39214491	17	2.5	17	80	3	50	27	0	32	39	1.57
39214290--39214610	160	2.0	160	96	0	588	29	14	27	28	1.95
39215011--39215116	54	2.0	53	88	1	158	16	21	23	38	1.92
39215010--39215118	27	4.1	26	85	5	137	15	22	22	38	1.92
39218920--39219057	27	5.1	27	89	2	181	18	23	21	35	1.96
39233141--39233310	79	2.1	79	83	3	207	25	21	27	25	1.99
39233088--39233310	40	5.6	39	80	7	207	25	21	27	26	1.99
39233170--39233335	79	2.1	80	78	4	176	25	21	28	25	1.99
39243079--39243260	40	4.6	39	84	6	206	25	21	27	25	1.99
39243109--39243295	78	2.4	80	80	6	204	27	20	27	24	1.99
39244736--39245047	46	6.7	44	77	10	243	22	29	19	29	1.98
39244740--39245096	187	1.9	187	88	0	534	22	29	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39249579--39249750	40	4.3	40	86	2	204	26	27	20	25	1.99
39249581--39249803	40	5.6	39	80	5	198	26	27	20	25	1.99
39249579--39249793	80	2.7	79	79	5	227	26	27	20	25	1.99
39249735--39249812	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
39263599--39263685	44	2.0	44	88	4	131	47	10	1	41	1.45
39264249--39264278	15	2.1	14	93	6	51	36	16	0	46	1.47
39276637--39276667	16	1.9	16	93	0	53	51	25	6	16	1.68
39280527--39280560	8	4.1	8	96	3	59	47	38	2	11	1.55
39282007--39282113	29	3.8	28	75	6	99	27	17	29	25	1.98
39290260--39290307	25	1.9	25	82	0	60	35	18	22	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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