genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44921313--44921368	15	3.6	15	77	22	62	50	32	0	17	1.47
44921185--44921662	161	3.0	159	82	8	617	42	21	2	33	1.65
44921459--44921492	16	2.3	14	90	10	50	50	32	5	11	1.63
44921615--44921671	16	3.5	17	81	9	75	52	35	0	12	1.39
44921652--44921689	16	2.3	17	90	4	60	55	36	0	7	1.29
44922624--44922676	26	2.0	26	100	0	106	22	18	15	43	1.87
44927231--44927278	20	2.3	20	89	3	78	50	10	14	25	1.74
44929191--44929224	16	2.1	16	88	0	50	47	0	11	41	1.40
44933114--44933148	17	2.1	17	100	0	70	51	11	17	20	1.75
44940518--44940779	40	6.6	40	87	3	307	24	20	27	26	1.99
44940518--44940779	79	3.3	78	86	3	319	24	20	27	26	1.99
44940571--44940814	79	3.1	80	85	2	244	25	20	28	25	1.99
44946903--44947112	40	5.3	40	92	0	314	24	20	28	26	1.99
44946850--44947112	80	3.3	80	85	2	316	24	20	27	26	1.99
44946850--44947112	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	26	1.99
44946903--44947147	80	3.1	80	85	2	253	25	20	28	25	1.99
44951279--44951399	46	2.6	46	82	5	145	28	20	27	23	1.99
44951282--44951549	49	5.7	49	74	9	198	27	21	27	23	1.99
44951273--44951591	142	2.2	140	82	7	369	26	20	27	25	1.99
44953576--44953750	60	2.9	61	79	11	191	28	25	19	27	1.99
44953740--44953795	19	2.8	20	81	2	60	33	26	16	23	1.95
44971223--44971262	19	2.1	19	85	0	53	62	12	2	22	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44971800--44971831	16	1.9	17	93	6	57	75	15	0	9	1.05
44973613--44973658	22	2.0	23	87	4	67	60	0	8	30	1.26
44974308--44974350	21	2.0	21	100	0	86	23	13	34	27	1.93
44976390--44976468	41	1.9	42	82	7	99	30	20	27	21	1.98
44976376--44976523	40	3.6	41	74	5	138	27	20	29	22	1.99
44978507--44978677	93	1.8	93	89	0	270	28	28	19	22	1.98
44978498--44978673	46	3.8	46	76	12	180	29	27	19	22	1.98
44981936--44982113	27	6.6	27	81	5	180	28	29	15	26	1.96
44981962--44982112	82	1.9	81	86	6	216	27	29	16	26	1.97
44985493--44985535	19	2.1	19	83	12	50	9	9	20	60	1.55
44993746--44993820	30	2.5	30	88	0	105	21	29	33	16	1.95
44993746--44993833	30	2.9	30	86	0	95	19	27	36	17	1.94
44994194--44994231	8	4.8	8	83	9	51	26	0	0	73	0.83
44994183--44994231	23	2.1	23	85	7	64	26	4	0	69	1.06
44994194--44994244	15	3.1	17	75	18	54	27	0	0	72	0.85
44994199--44994250	25	2.1	24	89	10	79	26	0	0	73	0.84
44995883--44995936	26	2.1	26	100	0	108	42	7	7	42	1.61
44997188--44997550	48	7.6	48	73	10	223	26	19	28	25	1.99
44997188--44997399	94	2.3	94	85	6	270	28	18	27	25	1.98
44997419--44997548	49	2.6	49	81	6	147	27	21	28	22	1.99
44998302--44998472	83	2.1	83	93	0	288	25	22	29	23	1.99
44998332--44998504	83	2.1	83	84	2	222	26	22	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45005870--45006132	40	6.6	40	86	3	307	25	20	27	27	1.99
45005909--45006167	80	3.3	80	84	3	238	26	20	27	26	1.99
45013817--45014078	40	6.6	40	86	3	298	25	20	27	27	1.99
45036554--45036644	27	3.4	27	75	0	92	35	19	23	21	1.96
45041286--45041472	40	4.7	40	89	0	257	18	21	27	32	1.97
45046832--45046868	6	6.2	6	100	0	74	83	0	0	16	0.64
45052284--45052461	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
45052305--45052460	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
45052284--45052473	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95
45069848--45069902	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
45071770--45071826	12	4.5	13	89	8	82	75	7	3	14	1.14
45071770--45071830	14	4.6	14	92	8	92	73	6	3	16	1.17
45071770--45071827	13	4.5	13	91	6	91	75	6	3	13	1.13
45071879--45071919	19	2.2	19	86	0	55	82	0	12	4	0.81
45075066--45075243	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
45075087--45075242	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
45083150--45083327	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
45083171--45083326	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
45083150--45083339	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95
45085328--45085374	24	2.0	24	84	12	62	70	0	17	12	1.17
45086116--45086140	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
45086684--45086862	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45086686--45086841	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
45086682--45086862	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
45107095--45107209	43	2.7	43	79	0	122	27	26	17	28	1.97
45116227--45116277	25	2.0	25	96	0	93	11	15	21	50	1.76
45116505--45116597	42	2.2	42	98	1	177	30	11	25	32	1.92
45129699--45129739	7	5.9	7	100	0	82	43	29	12	14	1.82
45130626--45130669	21	2.1	21	100	0	88	27	18	13	40	1.88
45133598--45133685	43	2.0	43	83	12	110	21	15	31	30	1.95
45134992--45135199	55	3.8	53	80	7	231	35	16	25	22	1.95
45135002--45135199	108	1.8	110	88	6	305	34	16	25	23	1.95
45142001--45142074	28	2.8	26	92	8	116	37	22	8	31	1.84
45142000--45142087	28	3.3	27	84	6	110	35	25	7	31	1.85
45142196--45142284	27	3.2	26	76	12	81	21	24	22	31	1.98
45143370--45143403	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
45149877--45149942	28	2.4	28	92	0	105	33	27	9	30	1.88
45150047--45150136	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
45150047--45150161	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
45156649--45156861	27	7.9	27	83	2	230	37	14	22	26	1.92
45159999--45160149	39	4.0	39	81	13	208	24	30	23	21	1.99
45166740--45166890	39	4.0	39	85	13	226	23	31	24	20	1.98
45166760--45166864	33	3.0	34	84	15	142	24	32	23	19	1.97
45173017--45173316	40	7.6	40	81	3	304	24	25	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45180648--45180939	40	7.3	40	81	3	295	25	25	22	26	2.00
45182579--45182608	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
45186217--45186241	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
45189050--45189180	28	4.8	27	93	3	217	28	12	29	29	1.94
45189050--45189180	55	2.4	55	94	0	226	28	12	29	29	1.94
45196601--45196749	27	5.4	27	91	3	217	28	13	27	30	1.94
45196601--45196749	55	2.7	55	91	0	226	28	13	27	30	1.94
45199348--45199504	6	25.8	6	72	19	121	48	12	17	21	1.80
45199327--45199504	30	6.1	29	75	12	150	48	12	17	21	1.80
45199348--45199501	55	2.8	53	86	4	184	48	12	17	21	1.81
45199622--45199687	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
45199622--45199695	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
45199646--45199703	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
45200006--45200088	27	3.1	26	86	5	103	38	20	21	19	1.93
45200287--45200481	27	7.3	27	82	2	205	27	19	16	36	1.93
45200305--45200481	81	2.2	80	84	1	228	27	19	16	36	1.93
45200486--45201026	27	20.2	27	82	5	598	41	9	21	27	1.84
45203042--45203228	6	30.8	6	74	18	165	48	13	17	20	1.80
45203021--45203228	30	7.1	30	80	12	209	48	13	17	20	1.80
45203042--45203228	85	2.2	85	94	0	329	48	13	17	20	1.80
45203346--45203411	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
45203346--45203419	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45203370--45203427	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
45203731--45203809	27	3.0	27	87	5	99	35	21	24	18	1.96
45204010--45204151	27	5.3	27	86	0	194	25	21	19	33	1.97
45204161--45204741	27	21.6	27	83	2	623	40	9	21	27	1.85
45206834--45207087	43	5.9	43	80	3	287	43	20	14	20	1.87
45206834--45207086	85	2.9	85	85	2	310	43	20	14	20	1.87
45206843--45207087	128	1.9	128	86	1	348	44	20	14	20	1.87
45213004--45213214	40	5.3	40	87	2	239	28	27	20	23	1.99
45231723--45231932	40	5.3	40	88	0	269	24	29	21	24	1.99
45231723--45231932	80	2.6	79	90	0	321	24	29	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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