genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82008861--82008890	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
82009314--82009343	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
82011109--82011138	14	2.1	14	93	0	51	33	10	13	43	1.77
82014727--82014788	18	3.4	18	85	10	81	62	3	0	33	1.11
82024819--82024947	38	3.4	38	82	6	156	25	20	27	26	1.99
82038337--82038377	9	4.7	9	93	3	57	36	0	4	58	1.20
82038344--82038404	11	5.9	10	80	14	54	31	0	4	63	1.15
82038742--82038792	21	2.5	20	78	9	68	31	5	9	52	1.58
82038859--82038929	25	3.0	25	77	6	67	30	5	7	56	1.49
82038893--82038939	22	2.2	21	85	11	60	34	2	6	57	1.36
82038893--82038946	20	2.5	22	82	8	58	33	3	5	57	1.40
82038902--82038973	22	3.2	22	74	16	58	34	1	5	58	1.30
82042893--82042937	22	2.0	22	91	0	72	28	20	6	44	1.76
82051233--82051434	73	2.7	73	87	7	282	29	17	19	33	1.95
82051536--82051573	14	2.8	14	80	4	51	34	13	0	52	1.40
82051477--82051692	88	2.4	88	83	8	244	28	13	20	37	1.91
82053354--82053418	29	2.2	31	78	13	73	24	4	3	67	1.24
82053535--82053595	24	2.6	23	77	15	63	32	3	6	57	1.41
82053719--82053759	9	4.7	9	88	8	50	39	0	4	56	1.21
82054096--82054147	21	2.7	18	75	18	59	30	3	9	55	1.50
82054192--82054290	25	3.9	25	72	10	76	33	5	6	55	1.46
82059311--82059358	4	12.8	4	86	8	57	75	4	0	20	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82059532--82059721	3	63.3	3	73	13	108	64	4	5	25	1.34
82059657--82059721	19	3.4	18	81	8	76	61	0	6	32	1.21
82059623--82059703	31	2.6	31	82	2	90	64	3	8	23	1.38
82064103--82064157	26	2.2	25	90	3	83	32	5	23	38	1.78
82065601--82065676	26	2.8	26	82	4	80	34	22	14	28	1.93
82065779--82065891	27	4.2	27	82	3	120	16	24	23	35	1.95
82065777--82065900	54	2.3	54	84	2	160	16	25	23	33	1.96
82068528--82068580	16	3.4	16	74	10	65	64	3	5	26	1.33
82077412--82077504	47	2.0	47	97	0	177	36	10	26	25	1.89
82079550--82079600	26	2.0	26	84	7	68	60	7	1	29	1.36
82088619--82088782	84	2.0	84	96	0	301	45	12	20	21	1.83
82091858--82091895	16	2.4	16	86	8	51	18	2	5	73	1.14
82094072--82094117	24	1.9	24	90	0	74	41	19	19	19	1.91
82094297--82094351	24	2.3	23	81	3	65	36	14	21	27	1.93
82099190--82099361	46	3.7	46	79	13	208	29	29	20	20	1.98
82099197--82099367	93	1.8	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
82106759--82106930	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
82106752--82106927	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
82108372--82108456	44	1.9	44	87	0	125	32	28	17	21	1.96
82109194--82109218	12	2.1	12	100	0	50	36	16	0	48	1.46
82111850--82111998	45	3.3	45	94	0	262	34	14	10	40	1.81
82124774--82124816	19	2.1	21	87	8	63	34	18	6	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82135442--82135480	18	2.2	18	86	4	53	33	7	12	46	1.71
82137745--82137826	40	2.0	40	97	0	155	28	12	24	35	1.91
82155343--82155394	10	5.1	10	83	2	59	26	1	1	69	1.10
82155406--82155448	20	2.1	21	87	8	63	32	0	6	60	1.23
82156879--82156953	37	2.0	37	94	0	132	37	12	18	32	1.88
82173909--82173951	18	2.4	18	96	0	77	48	9	23	18	1.76
82175604--82175774	93	1.8	93	91	0	279	29	26	21	22	1.99
82175599--82175771	46	3.7	46	74	10	181	30	26	20	23	1.99
82176190--82176249	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
82178676--82178721	25	1.9	24	82	8	58	30	13	15	41	1.85
82183143--82183314	46	3.7	45	74	11	161	30	26	20	22	1.98
82183148--82183318	93	1.8	93	91	0	279	30	26	20	22	1.98
82190770--82190979	108	1.9	109	80	8	239	24	13	12	50	1.76
82190998--82191199	95	2.0	101	84	10	267	45	4	2	47	1.38
82191119--82191158	18	2.1	20	90	9	66	57	0	0	42	0.98
82195736--82195771	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
82196010--82196046	19	2.0	19	89	5	58	43	0	18	37	1.51
82196394--82196504	38	2.9	37	74	6	96	20	19	27	31	1.97
82196396--82196489	41	2.4	39	77	7	93	22	19	28	29	1.98
82197604--82197663	22	2.8	21	71	11	59	23	26	35	15	1.94
82203116--82203141	9	2.9	9	100	0	52	46	23	19	11	1.82
82203140--82203194	27	2.0	27	85	0	74	38	10	14	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82208755--82208926	40	4.3	40	92	2	267	25	28	21	24	1.99
82208755--82208972	80	2.7	81	83	6	277	25	27	21	25	1.99
82208757--82208972	119	1.8	120	83	7	287	25	26	21	25	2.00
82210101--82210220	56	2.1	56	95	0	213	23	22	8	45	1.79
82213786--82213827	17	2.4	18	84	7	52	76	4	14	4	1.12
82215777--82215884	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
82217670--82217703	14	2.4	14	85	14	52	61	14	0	23	1.33
82220029--82220188	55	3.0	54	79	5	191	43	0	31	25	1.55
82220173--82220217	23	2.0	23	81	0	54	53	2	26	17	1.56
82224186--82224291	42	2.5	43	84	1	133	24	18	25	31	1.98
82227930--82228040	13	8.4	13	71	11	82	34	22	1	41	1.64
82227930--82228021	40	2.3	40	92	0	148	33	20	2	43	1.64
82238443--82238476	16	2.1	16	88	0	50	17	23	38	20	1.93
82242293--82242373	32	2.6	31	79	11	94	32	23	14	29	1.95
82242411--82242436	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
82244296--82244351	28	2.0	28	82	10	69	62	0	8	28	1.25
82244392--82244447	14	4.2	13	77	6	51	53	1	1	42	1.21
82244566--82244612	19	2.5	20	80	13	55	68	4	4	23	1.26
82244660--82244718	28	2.1	28	90	3	91	61	1	5	32	1.28
82244734--82244778	14	3.3	13	78	9	54	68	0	2	28	1.01
82244667--82244809	28	5.5	25	74	14	87	61	2	4	31	1.29
82244721--82244809	10	8.5	10	71	20	58	62	2	2	32	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82244814--82244897	26	3.2	28	77	14	72	52	0	4	42	1.22
82246039--82246077	20	1.9	21	94	5	71	15	10	35	38	1.81
82247591--82247627	19	2.0	18	89	5	56	56	5	0	37	1.22
82248572--82248606	15	2.3	15	95	0	61	57	8	17	17	1.64
82249010--82249105	43	2.2	42	80	5	102	29	22	22	25	1.99
82249159--82249244	32	2.7	31	87	3	109	55	22	8	13	1.64
82249454--82249498	21	2.2	20	84	11	56	4	44	20	31	1.71
82249911--82249939	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
82254997--82255085	9	10.0	9	71	20	71	32	2	17	47	1.61
82254997--82255310	46	6.5	47	76	13	218	35	3	15	45	1.63
82255071--82255248	82	2.2	81	91	1	284	38	3	14	44	1.61
82255119--82255356	30	7.6	30	71	15	137	36	4	15	43	1.66
82255151--82255223	18	4.3	17	70	19	53	41	4	12	42	1.61
82255150--82255284	51	2.7	51	83	8	190	37	4	13	45	1.64
82255234--82255373	62	2.3	62	93	0	235	35	4	15	45	1.66
82254997--82255372	16	23.6	16	65	20	121	36	3	15	45	1.63
82255398--82255431	17	2.0	17	100	0	68	35	5	5	52	1.50
82256870--82256906	14	2.5	15	86	8	58	37	10	0	51	1.37
82258995--82259095	37	2.7	37	87	0	148	25	11	48	13	1.77
82258990--82259110	37	3.3	37	82	4	136	28	13	45	13	1.80
82259997--82260071	14	5.4	14	82	3	71	56	33	0	10	1.34
82260032--82260077	21	2.2	21	88	0	65	56	39	0	4	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82260544--82260592	14	3.4	14	78	13	55	55	26	0	18	1.43
82260856--82261045	105	1.8	105	94	0	335	26	18	17	36	1.94
82262365--82262413	23	2.1	24	88	11	75	42	2	0	55	1.11
82262341--82262408	18	3.6	17	76	13	55	41	1	1	55	1.18
82262356--82262421	31	2.1	33	85	5	91	43	1	0	54	1.09
82263847--82263930	26	3.2	26	89	0	132	30	4	26	38	1.77
82268735--82269125	44	8.7	44	67	14	145	28	21	20	29	1.98
82268923--82269169	44	5.6	44	74	4	124	28	20	20	30	1.97
82269095--82269386	133	2.2	132	88	1	413	30	23	18	26	1.98
82268728--82269346	45	13.9	44	68	10	218	28	22	20	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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