genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74851562--74851598	18	2.1	18	89	0	56	48	0	0	51	1.00
74858970--74859004	18	1.9	18	94	0	61	31	25	14	28	1.95
74865328--74865362	18	1.9	18	94	0	61	28	14	25	31	1.95
74870866--74870900	18	1.9	18	94	0	61	28	14	25	31	1.95
74871654--74871683	15	2.0	15	93	0	51	16	13	0	70	1.18
74875702--74875737	2	18.0	2	94	0	63	2	0	47	50	1.15
74883431--74883502	29	2.5	29	80	13	85	54	5	8	31	1.54
74883702--74883766	23	3.0	21	73	22	62	32	0	0	67	0.91
74883716--74883762	23	2.0	23	88	8	69	27	0	0	72	0.85
74883731--74883767	19	2.1	19	90	10	60	29	0	0	70	0.88
74884237--74884262	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
74885307--74885370	27	2.4	26	87	7	85	34	3	3	59	1.29
74885307--74885370	26	2.4	27	87	7	87	34	3	3	59	1.29
74889036--74889126	41	2.2	41	94	3	157	32	16	1	49	1.53
74895579--74895614	18	2.0	18	94	0	63	69	0	0	30	0.89
74896636--74896661	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
74897632--74897684	18	3.1	16	73	21	54	56	5	30	7	1.50
74898581--74898782	82	2.5	82	85	0	260	50	6	10	32	1.63
74902482--74902520	11	3.5	11	82	0	51	20	10	7	61	1.52
74902745--74902778	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
74905222--74905406	40	4.7	40	83	6	207	24	27	22	25	2.00
74905226--74905406	79	2.3	81	82	7	219	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74908663--74908700	20	2.0	20	89	5	60	42	2	13	42	1.57
74914491--74914550	21	2.8	21	70	7	50	41	15	3	40	1.63
74914489--74914547	11	5.5	11	75	4	57	42	16	3	37	1.66
74914671--74914806	48	2.8	48	84	7	161	31	10	5	52	1.59
74915793--74915825	14	2.3	15	85	15	52	27	0	12	60	1.32
74919900--74920404	125	4.0	125	85	3	608	29	18	15	36	1.92
74920937--74921015	38	2.1	39	88	7	117	44	20	0	35	1.52
74926925--74926958	15	2.2	16	89	5	52	0	14	0	85	0.60
74928207--74928300	31	3.1	29	74	16	93	21	18	9	51	1.74
74928868--74928905	17	2.1	19	85	9	53	28	0	13	57	1.36
74928923--74928965	17	2.5	17	85	7	52	30	0	2	67	1.03
74929806--74929849	21	2.1	21	100	0	88	43	13	13	29	1.83
74934378--74934450	24	3.1	24	72	7	78	50	6	1	41	1.37
74948100--74948133	15	2.4	14	90	9	52	52	2	5	38	1.41
74948913--74948991	31	2.5	32	89	4	124	49	10	6	34	1.62
74959734--74959802	31	2.3	30	82	5	95	28	18	17	34	1.94
74965164--74965215	21	2.4	21	81	18	70	38	5	7	48	1.56
74965394--74965443	25	2.0	25	100	0	100	36	12	4	48	1.59
74967896--74968030	40	3.4	40	89	2	209	22	20	26	31	1.98
74970587--74970654	16	4.1	16	78	12	66	64	0	2	32	1.08
74970588--74970652	26	2.5	25	87	5	94	66	0	3	30	1.07
74971340--74971369	8	3.6	8	91	8	51	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74977189--74977223	18	1.9	18	88	0	52	65	2	11	20	1.37
74977189--74977227	18	2.2	18	85	0	51	69	2	10	17	1.28
74978167--74978231	23	2.6	25	73	9	71	38	1	4	55	1.30
74978191--74978286	34	2.8	32	86	9	120	38	1	3	57	1.22
74978250--74978310	21	2.9	22	88	9	92	40	0	0	59	0.98
74978237--74978296	12	4.9	13	76	17	58	40	0	1	58	1.08
74978255--74978310	20	2.8	20	86	10	78	42	0	0	57	0.99
74978255--74978316	22	3.0	21	84	13	83	43	0	0	56	0.99
74978255--74978319	21	3.2	20	79	18	71	46	0	0	53	1.00
74978458--74978501	20	2.2	20	83	0	52	56	0	4	38	1.20
74978531--74978578	16	3.1	16	82	8	55	56	0	2	41	1.11
74978553--74978612	20	2.9	20	85	5	75	65	1	1	31	1.13
74978684--74978772	21	3.9	21	70	18	54	49	1	2	47	1.21
74978859--74978941	14	5.3	15	71	24	64	59	1	0	39	1.05
74978875--74978914	21	2.0	20	90	5	62	62	0	0	37	0.95
74978876--74978943	29	2.3	29	85	10	84	60	1	0	38	1.06
74978773--74979045	133	2.1	130	83	10	333	54	3	2	39	1.30
74978982--74979053	21	3.5	21	80	14	80	52	1	0	45	1.09
74979136--74979194	30	2.0	30	96	0	109	74	5	10	10	1.20
74984648--74984674	9	3.0	9	100	0	54	0	22	0	77	0.76
74984710--74984764	13	4.2	13	73	19	51	20	7	1	70	1.20
74984705--74984767	26	2.5	24	79	20	67	19	7	1	71	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74985723--74985834	34	3.3	33	88	5	118	29	10	15	44	1.80
74985863--74985947	34	2.5	35	88	5	129	25	17	14	42	1.87
74988510--74988616	40	2.7	40	79	7	117	34	28	13	24	1.92
74990001--74990114	40	2.8	40	76	11	126	33	25	14	26	1.95
74990814--74990867	27	2.0	27	96	0	99	18	24	0	57	1.40
74999779--74999814	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
74999766--74999806	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
74999929--75000063	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
75000306--75000344	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
75001612--75001649	10	3.8	10	83	13	51	5	21	13	60	1.52
75001661--75001713	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
75001660--75001715	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
75004073--75004182	40	2.7	40	83	12	136	32	26	15	25	1.95
75010897--75010953	24	2.3	26	75	9	64	35	8	8	47	1.66
75020221--75020250	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
75021822--75021855	10	3.3	10	84	8	50	61	0	0	38	0.96
75022714--75022774	13	4.7	13	81	0	77	37	27	8	26	1.85
75022711--75022774	26	2.5	26	86	0	101	35	26	7	29	1.85
75029863--75029926	29	2.1	31	86	11	89	43	1	1	53	1.19
75030566--75030610	18	2.3	20	85	7	58	44	8	0	46	1.34
75030904--75030973	35	2.0	35	100	0	140	25	14	17	42	1.86
75032960--75033029	30	2.3	29	80	7	86	48	2	1	47	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75034144--75034195	21	2.4	23	81	18	67	28	7	0	63	1.22
75037048--75037103	24	2.4	24	84	3	69	53	1	14	30	1.51
75043209--75043239	16	1.9	16	100	0	62	61	6	0	32	1.21
75067721--75067844	39	3.2	39	90	1	176	25	21	29	24	1.99
75075600--75075723	39	3.2	39	90	1	176	25	22	29	23	1.99
75078550--75078658	42	2.6	42	79	4	130	31	25	18	24	1.98
75078550--75078700	44	3.5	43	73	12	123	31	25	19	23	1.98
75080216--75080265	27	2.0	25	85	14	68	36	4	4	56	1.37
75082269--75082331	33	1.9	32	84	9	83	9	7	14	68	1.39
75085506--75085565	29	2.1	28	81	3	66	46	6	1	45	1.39
75085964--75086005	11	3.8	11	83	0	57	14	0	14	71	1.15
75085964--75086005	22	1.9	22	100	0	84	14	0	14	71	1.15
75089745--75090082	142	2.4	140	87	1	478	29	9	21	39	1.85
75091623--75091916	144	2.0	144	89	1	446	36	9	20	33	1.85
75097487--75097531	21	2.2	20	84	4	54	4	33	2	60	1.29
75101160--75101237	39	2.0	39	100	0	156	53	30	2	12	1.52
75102684--75102776	38	2.4	39	78	7	109	24	15	20	39	1.91
75105316--75105496	91	2.0	91	97	0	344	28	28	19	22	1.98
75113623--75113700	40	2.0	40	92	0	129	17	15	34	32	1.92
75117768--75117827	17	3.6	17	72	4	50	16	3	25	55	1.57
75124644--75124677	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
75124799--75124864	31	2.2	30	88	2	96	56	13	4	25	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75130799--75130827	14	2.1	14	100	0	58	37	0	20	41	1.53
75134397--75134431	17	2.1	17	100	0	70	22	17	25	34	1.96
75136622--75136655	15	2.1	17	89	10	54	23	0	0	76	0.79
75138625--75138659	14	2.5	14	90	0	52	48	2	17	31	1.61
75139508--75139603	49	2.0	48	91	2	156	48	5	15	30	1.67
75144997--75145204	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
75145119--75145179	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
75145037--75145179	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
75145231--75145419	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
75145258--75145456	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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