genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62734174--62734396	61	3.6	61	70	13	188	49	6	2	41	1.41
62734279--62734313	18	2.0	17	88	5	52	57	2	0	40	1.14
62734142--62734322	59	3.0	59	64	12	143	50	6	1	41	1.37
62734389--62734420	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
62734142--62734434	120	2.4	119	90	3	464	49	5	2	43	1.37
62734450--62734657	91	2.3	91	85	4	258	46	3	4	45	1.41
62735171--62735200	12	2.5	12	94	0	51	43	20	23	13	1.86
62739286--62739310	7	3.6	7	100	0	50	32	44	0	24	1.54
62739286--62739381	21	4.5	21	65	10	50	34	38	1	26	1.63
62739393--62739432	21	1.9	21	89	0	62	40	42	2	15	1.60
62739420--62739524	7	14.7	7	72	11	70	46	30	1	20	1.62
62739420--62739524	22	4.9	21	73	13	88	46	30	1	20	1.62
62739396--62739524	14	9.1	14	76	9	91	44	34	1	20	1.61
62739842--62739944	40	2.6	40	79	3	100	30	20	19	30	1.97
62739997--62740113	40	2.9	40	80	2	128	28	22	21	28	1.99
62744620--62744840	40	5.6	40	78	5	225	24	25	24	25	2.00
62748140--62748316	27	6.5	27	79	6	160	24	16	29	29	1.97
62748140--62748295	82	1.9	81	83	6	199	25	16	29	28	1.97
62748136--62748316	82	2.2	81	79	4	195	25	16	28	29	1.97
62755138--62755358	40	5.6	40	80	2	241	24	25	23	25	2.00
62760263--62760300	20	1.9	19	89	5	58	15	7	2	73	1.17
62760294--62760344	23	2.2	24	82	10	61	29	5	0	64	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62763137--62763303	43	3.9	43	81	3	185	33	24	13	28	1.93
62766767--62766794	13	2.2	13	100	0	56	32	0	21	46	1.52
62780212--62780242	15	2.1	15	93	0	53	51	25	3	19	1.62
62783553--62783658	56	1.9	56	92	0	176	32	23	16	27	1.96
62786561--62786613	24	2.3	23	86	3	70	49	13	24	13	1.77
62786561--62786613	8	6.8	8	78	2	54	49	13	24	13	1.77
62786821--62786940	29	4.2	29	84	3	145	26	12	30	30	1.93
62791079--62791117	16	2.4	17	86	4	53	48	33	5	12	1.63
62792611--62792692	29	2.8	28	87	3	92	25	8	34	31	1.86
62792620--62792693	29	2.6	29	91	0	112	27	9	33	29	1.88
62795660--62795837	27	6.6	26	80	7	169	26	16	28	28	1.97
62795661--62795810	82	1.8	81	85	4	212	26	17	28	28	1.97
62795657--62795837	82	2.2	81	80	4	204	26	16	28	28	1.97
62816957--62817133	27	6.6	26	81	6	176	26	16	27	29	1.97
62816958--62817112	81	1.9	81	85	5	215	26	16	27	29	1.97
62824338--62824388	26	2.0	26	100	0	102	29	23	23	23	1.99
62829187--62829690	27	18.7	26	78	10	414	27	22	9	41	1.84
62829187--62829680	54	9.2	54	86	2	591	27	22	9	41	1.84
62829201--62829680	81	5.9	81	85	4	628	27	21	9	41	1.83
62829685--62829879	27	7.2	27	81	4	214	35	18	19	26	1.95
62829685--62829878	81	2.4	81	85	1	246	35	18	19	26	1.95
62830079--62830161	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62830249--62830307	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
62830472--62830545	27	2.8	26	79	6	76	17	22	22	36	1.95
62830663--62830818	6	25.8	6	74	15	135	21	16	12	49	1.79
62830663--62830818	30	5.4	30	81	10	189	21	16	12	49	1.79
62830663--62830818	85	1.8	85	98	0	303	21	16	12	49	1.79
62833462--62833494	16	2.1	17	88	11	52	30	0	6	63	1.18
62833796--62833915	43	2.8	43	81	7	136	25	15	28	30	1.96
62837681--62837783	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
62840999--62841324	27	12.1	27	82	3	361	27	22	9	40	1.85
62840999--62841324	54	6.0	55	86	4	405	27	22	9	40	1.85
62840999--62841324	81	4.0	81	86	2	449	27	22	9	40	1.85
62841342--62841511	27	6.3	27	90	0	232	35	20	19	24	1.95
62841729--62841811	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
62842122--62842195	27	2.8	27	87	6	98	18	24	20	36	1.95
62842313--62842473	6	26.5	6	73	16	127	21	16	13	49	1.79
62842313--62842482	61	2.8	61	90	0	261	20	15	14	49	1.79
62852699--62852807	40	2.7	40	87	8	143	22	19	24	33	1.97
62854231--62854544	46	6.7	47	73	14	208	29	19	27	24	1.98
62855697--62855736	21	2.0	20	85	5	53	17	40	20	22	1.92
62856799--62856875	31	2.5	31	80	0	100	49	14	18	18	1.80
62857012--62857086	27	2.8	27	87	4	98	38	21	22	17	1.93
62857245--62857309	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62857736--62857902	27	6.3	27	84	2	212	23	22	19	34	1.97
62857736--62857902	53	3.1	53	86	3	219	23	22	19	34	1.97
62857886--62858216	27	12.2	26	78	6	119	34	6	22	36	1.81
62857764--62857931	80	2.1	81	80	9	184	26	19	19	35	1.95
62858085--62858297	81	2.6	81	82	0	273	40	6	22	30	1.78
62858085--62858297	27	7.9	27	87	0	237	40	6	22	30	1.78
62858085--62858297	54	3.9	54	85	2	275	40	6	22	30	1.78
62860276--62860363	6	14.3	6	71	17	65	46	14	19	19	1.84
62860276--62860363	19	4.8	18	70	18	65	46	14	19	19	1.84
62860285--62860363	31	2.5	31	85	0	113	46	13	20	18	1.83
62860500--62860601	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
62861267--62861517	27	9.3	27	85	0	306	24	18	19	37	1.94
62861564--62861666	27	3.8	27	76	10	93	31	9	19	39	1.84
62861627--62861730	27	3.8	27	89	6	138	32	8	21	37	1.84
62861681--62861946	27	9.9	27	86	1	273	39	5	22	32	1.78
62861681--62861946	81	3.3	81	88	0	343	39	5	22	32	1.78
62869891--62870068	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
62869892--62870047	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
62869888--62870068	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
62889524--62889691	47	3.5	46	74	15	146	26	19	32	22	1.97
62889560--62889694	50	2.8	50	86	5	188	25	18	33	22	1.97
62892529--62892559	15	2.1	15	93	0	53	51	25	3	19	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62902063--62902238	46	3.8	46	81	4	210	21	21	29	27	1.99
62902059--62902230	93	1.8	93	92	0	290	21	22	30	26	1.99
62906180--62906217	18	2.1	18	90	0	58	18	36	15	28	1.92
62908631--62908813	52	3.6	51	81	4	210	26	30	15	27	1.96
62908661--62908808	52	2.9	51	88	7	214	28	31	12	27	1.93
62912523--62912769	40	6.2	40	90	1	336	29	28	19	23	1.98
62919450--62919528	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
62919647--62919837	47	4.1	47	90	1	285	27	30	9	31	1.89
62919647--62919837	93	2.0	94	88	1	285	27	30	9	31	1.89
62924953--62924993	22	1.9	22	90	5	66	29	0	24	46	1.53
62927808--62927933	62	2.0	62	90	0	198	38	18	15	27	1.90
62930136--62930176	20	2.0	20	90	0	64	26	26	9	36	1.88
62934951--62934982	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
62934952--62934982	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
62942317--62942365	24	2.0	24	92	0	80	42	8	14	34	1.75
62942958--62943023	20	3.3	20	75	12	64	60	1	6	31	1.30
62942988--62943058	19	3.7	19	75	12	74	61	4	5	28	1.37
62942940--62943023	10	8.5	10	67	7	55	59	1	4	34	1.26
62943102--62943139	20	1.9	20	88	0	58	65	0	10	23	1.23
62944419--62944461	20	2.2	20	82	0	50	23	25	16	34	1.95
62944643--62944687	9	4.7	9	82	15	54	44	0	0	55	0.99
62945309--62945349	19	2.1	20	86	13	59	41	0	4	53	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62946291--62946342	25	2.1	25	96	0	95	40	21	3	34	1.71
62947914--62947944	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
62947911--62947950	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
62948136--62948390	55	4.8	53	81	8	229	21	25	16	36	1.94
62948183--62948383	108	1.8	110	88	4	309	22	25	16	34	1.95
62963612--62963947	43	7.7	43	71	10	281	33	21	24	20	1.97
62963591--62963943	87	4.1	87	92	1	582	34	21	24	19	1.96
62963591--62963900	44	7.1	44	68	13	210	34	21	25	18	1.96
62964565--62964609	20	2.2	20	84	0	54	35	0	28	35	1.58
62965175--62965266	3	30.7	3	75	8	80	29	5	4	60	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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