genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18968299--18968352	27	2.0	28	85	10	76	50	16	14	18	1.79
18970595--18970633	20	2.0	20	89	0	60	7	28	20	43	1.79
18971152--18971344	101	1.9	100	87	3	280	22	8	22	45	1.80
18975508--18975619	46	2.4	47	84	3	154	33	29	15	22	1.94
18978478--18978558	40	2.0	40	100	0	162	39	9	29	20	1.85
18993393--18993759	131	2.8	129	78	6	377	34	17	18	28	1.94
18998612--18998733	43	2.9	43	90	1	192	22	30	22	25	1.99
19003939--19003969	14	2.2	14	94	0	53	61	6	0	32	1.21
19009380--19009445	27	2.4	27	75	5	71	39	22	7	30	1.82
19009398--19009591	27	7.2	26	80	4	154	31	21	6	40	1.79
19009425--19009591	54	3.1	54	88	1	228	31	20	5	42	1.76
19009808--19009983	67	2.6	67	91	0	289	18	28	21	31	1.97
19010162--19010280	6	19.3	6	67	17	57	21	19	11	47	1.80
19010193--19010259	25	2.7	25	92	0	116	20	22	10	46	1.81
19010162--19010259	31	3.4	30	75	16	98	21	20	11	46	1.81
19016650--19016897	27	9.2	27	85	0	289	31	22	6	40	1.78
19016650--19016897	81	3.1	81	86	1	327	31	22	6	40	1.78
19017133--19017184	27	2.0	26	84	3	68	21	26	17	34	1.95
19017116--19017289	67	2.6	67	90	0	285	19	27	21	31	1.98
19017499--19017565	25	2.7	25	88	0	107	20	19	10	49	1.77
19017468--19017565	31	3.4	30	76	16	107	21	18	11	48	1.78
19023324--19023483	47	3.3	47	70	14	151	35	13	23	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19023308--19023762	108	4.4	106	86	5	458	36	16	23	24	1.94
19023472--19023762	108	2.7	108	93	0	483	35	17	24	23	1.95
19023462--19023762	55	5.6	54	82	5	358	35	16	24	22	1.95
19038576--19038625	21	2.4	21	96	0	91	8	32	18	42	1.79
19038913--19040105	23	52.1	23	74	10	861	37	23	6	32	1.80
19038908--19039300	160	2.5	160	96	0	723	38	22	6	32	1.81
19039055--19040105	206	5.1	207	81	7	1077	37	23	6	32	1.80
19039051--19039752	229	3.1	228	86	4	880	37	23	6	33	1.80
19038914--19039949	183	5.7	182	79	8	815	37	23	6	32	1.80
19039440--19040105	229	2.9	228	85	4	819	37	23	6	32	1.80
19039280--19040105	183	4.5	182	81	8	740	37	23	6	32	1.80
19038915--19040098	389	3.0	388	86	4	1615	37	23	6	32	1.80
19040964--19041017	18	3.1	16	73	17	54	35	22	3	38	1.72
19042347--19042431	7	12.0	7	88	2	98	41	0	2	56	1.12
19042359--19042458	7	12.9	8	82	14	72	36	0	4	60	1.16
19042877--19042953	22	3.6	22	71	16	63	55	27	0	16	1.41
19043092--19043212	50	2.4	50	81	2	127	42	33	0	22	1.59
19043178--19043207	15	2.0	15	93	0	51	43	36	0	20	1.52
19043178--19043246	22	3.2	21	72	13	59	44	28	1	24	1.62
19059354--19059419	33	2.0	33	96	0	123	42	19	3	34	1.67
19061983--19062032	17	2.9	17	74	14	57	32	0	4	64	1.12
19069513--19069589	38	2.0	38	97	0	145	44	19	7	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19075307--19075354	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
19075368--19075503	43	3.2	43	94	2	229	28	5	13	51	1.65
19078503--19078540	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
19078770--19078940	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
19078765--19078937	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
19079358--19079417	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
19087145--19087192	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
19087206--19087298	43	2.2	43	90	3	143	27	6	12	52	1.64
19088312--19088346	19	1.9	17	88	11	52	34	0	17	48	1.47
19088419--19088512	30	3.2	30	70	7	93	50	3	19	27	1.63
19088419--19088548	59	2.2	60	83	6	176	48	3	23	25	1.65
19088899--19088929	15	2.1	15	93	0	53	48	35	16	0	1.46
19089245--19089271	7	3.9	7	100	0	54	29	0	40	29	1.57
19099122--19099160	17	2.3	17	100	0	78	41	0	17	41	1.50
19100885--19101014	64	2.0	64	96	0	242	34	19	14	31	1.92
19110407--19110443	18	2.1	18	94	0	65	13	29	24	32	1.93
19111796--19111872	21	3.5	23	73	21	67	48	7	1	42	1.40
19116325--19116708	48	8.0	48	77	4	326	25	26	20	27	1.99
19116324--19116705	144	2.6	145	83	4	459	25	26	20	27	1.99
19125000--19125041	22	2.0	22	95	4	77	16	28	45	9	1.79
19126317--19126451	49	2.8	47	86	5	189	24	31	17	26	1.97
19137252--19137290	18	2.2	18	95	0	69	38	28	2	30	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19141732--19141826	20	4.8	20	87	5	124	36	9	20	33	1.85
19141751--19141809	11	5.7	11	69	15	54	38	10	18	32	1.84
19141740--19141826	40	2.2	40	91	4	140	36	10	20	32	1.87
19141876--19141969	26	3.7	26	94	1	163	25	27	22	24	2.00
19143601--19143636	18	2.0	18	88	0	54	55	19	2	22	1.56
19147364--19147520	27	5.8	27	82	4	133	40	19	9	29	1.83
19147358--19147494	54	2.5	55	85	4	181	40	21	8	30	1.82
19147365--19147534	54	3.2	53	81	6	173	40	18	11	30	1.85
19147362--19147521	81	2.0	81	83	4	207	40	20	9	30	1.83
19147447--19147534	27	3.3	27	93	0	140	40	15	14	28	1.87
19147966--19148053	32	2.8	32	83	0	122	28	20	19	31	1.97
19148969--19149007	20	2.0	20	89	0	60	38	0	15	46	1.46
19149607--19149649	22	2.0	22	95	0	77	13	34	0	51	1.42
19150615--19150663	25	2.0	25	87	0	71	34	20	16	28	1.94
19150700--19150750	21	2.4	21	80	6	59	33	11	21	33	1.90
19150823--19150869	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
19155538--19155591	26	2.1	26	100	0	108	31	14	29	24	1.95
19156848--19156886	20	2.0	20	89	0	60	38	0	15	46	1.46
19157911--19159317	352	4.0	352	96	0	2600	28	13	28	29	1.94
19157911--19159317	703	2.0	704	96	0	2600	28	13	28	29	1.94
19159630--19159663	10	3.4	10	92	8	52	38	11	17	32	1.86
19159636--19159686	21	2.4	21	80	0	57	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19159735--19159805	25	2.9	24	78	14	65	28	23	22	25	2.00
19160648--19160750	51	2.0	51	83	3	127	18	21	33	26	1.96
19160759--19160876	43	2.8	42	78	1	119	31	26	17	24	1.97
19166412--19166453	18	2.4	17	92	4	66	54	19	0	26	1.44
19167832--19167983	43	3.5	44	73	12	136	32	25	15	25	1.96
19167852--19167977	42	2.9	44	72	12	118	32	26	16	23	1.96
19170564--19170698	23	5.9	23	75	6	139	25	20	19	34	1.96
19170574--19170790	46	4.7	46	82	3	258	25	19	17	36	1.94
19170596--19170790	23	8.5	23	76	5	162	26	19	17	36	1.94
19171768--19171847	40	2.0	40	95	0	142	46	16	8	28	1.77
19172018--19172111	20	4.7	18	76	16	71	35	26	30	7	1.84
19174836--19175013	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
19174842--19175013	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
19174869--19175046	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
19177400--19177516	56	2.1	54	84	9	148	23	28	28	19	1.99
19180336--19180413	39	2.0	39	100	0	156	28	12	28	30	1.93
19180880--19180933	25	2.2	25	83	6	65	35	20	18	25	1.95
19180921--19180990	25	2.8	25	77	10	81	32	15	28	22	1.95
19192378--19192484	53	2.0	53	100	0	214	43	28	3	24	1.71
19197307--19197331	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
19203576--19203601	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
19203995--19204034	20	2.0	20	100	0	80	40	25	20	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19216867--19217039	43	4.0	42	81	9	197	35	26	15	23	1.94
19221929--19222051	43	2.9	43	83	0	147	25	16	26	32	1.96
19225154--19225178	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
19231061--19231183	43	2.9	43	91	0	183	23	16	27	32	1.96
19231057--19231207	43	3.5	43	82	9	175	26	15	24	33	1.95
19234460--19234544	24	3.5	24	75	9	64	37	16	24	21	1.93
19234474--19234534	25	2.5	25	84	5	81	42	13	22	21	1.87
19241723--19242022	79	3.8	77	76	16	244	62	1	12	23	1.38
19241725--19241873	45	3.4	45	75	17	152	63	2	11	23	1.38
19241791--19242052	27	9.4	27	68	23	143	61	1	11	25	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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