genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28382025--28382112	40	2.2	40	83	0	104	31	21	19	27	1.97
28383214--28383279	28	2.4	28	81	0	78	43	30	4	21	1.72
28383312--28383399	15	5.9	14	73	15	63	46	31	1	20	1.58
28383934--28384235	148	2.0	148	82	6	362	28	17	19	35	1.94
28384447--28384497	19	2.6	20	87	3	77	25	39	0	35	1.56
28385487--28385757	9	29.9	9	86	3	328	42	26	0	29	1.61
28386023--28386171	72	2.1	72	98	0	289	32	16	15	35	1.90
28386707--28386748	12	3.5	12	75	12	50	40	0	35	23	1.55
28386692--28386746	24	2.2	24	96	3	101	43	0	30	25	1.55
28390810--28390852	14	3.2	13	86	3	59	37	2	9	51	1.47
28391561--28391762	43	4.7	43	84	0	278	25	18	26	29	1.98
28394602--28394635	16	2.1	16	88	0	50	32	29	11	26	1.92
28397291--28397354	20	3.2	20	70	0	65	14	21	23	40	1.90
28397223--28397361	40	3.5	40	82	0	152	17	23	18	39	1.92
28399901--28399928	12	2.3	12	100	0	56	7	14	42	35	1.73
28401040--28401170	30	4.4	30	73	11	124	21	26	11	40	1.87
28403139--28403200	24	2.6	23	82	7	79	37	22	24	16	1.94
28403287--28403351	26	2.5	26	76	14	71	41	24	20	13	1.88
28403409--28403456	25	2.0	25	83	4	62	37	16	29	16	1.91
28411604--28411736	67	2.0	67	98	0	257	34	24	13	27	1.93
28420406--28420430	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
28420930--28420983	19	2.9	18	78	8	63	16	22	31	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28423262--28423478	40	5.5	40	89	1	303	23	28	23	24	1.99
28433981--28434071	46	2.0	46	100	0	182	32	10	24	31	1.90
28442511--28442577	34	1.9	35	90	3	109	34	10	11	43	1.76
28443922--28443991	27	2.6	27	80	8	79	50	21	2	25	1.63
28455378--28455936	281	2.0	281	82	4	673	25	20	21	32	1.97
28459028--28459365	143	2.4	144	82	2	376	27	23	18	30	1.97
28459296--28459399	40	2.6	40	82	0	109	25	33	19	22	1.97
28459474--28459737	103	2.6	103	82	0	312	29	17	19	33	1.95
28465889--28465937	24	2.1	23	84	3	62	59	2	2	36	1.21
28472179--28472226	17	2.6	17	84	12	60	6	18	0	75	1.01
28475074--28475116	19	2.3	19	84	8	52	55	25	2	16	1.53
28477765--28477954	91	2.1	91	92	1	310	49	8	10	31	1.67
28478253--28478295	17	2.5	17	92	3	68	34	13	2	48	1.56
28480510--28480630	42	2.9	42	86	4	147	41	16	24	17	1.89
28480487--28480638	21	7.2	21	68	5	92	43	17	23	15	1.87
28484323--28484374	21	2.4	21	79	20	63	67	3	1	26	1.18
28485127--28485157	16	1.9	16	93	0	53	22	0	22	54	1.44
28488015--28488092	40	2.0	40	97	0	147	26	11	25	35	1.90
28490408--28490440	17	1.9	17	88	11	50	27	0	9	63	1.24
28491526--28491580	16	3.4	16	73	16	51	65	1	1	30	1.13
28495929--28495953	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
28500999--28501026	6	4.7	6	100	0	56	32	0	67	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28503280--28503339	30	2.0	30	93	0	102	28	25	6	40	1.80
28521505--28521689	40	4.7	40	80	6	198	25	21	26	26	2.00
28521558--28521722	79	2.1	79	80	6	183	26	20	26	26	1.99
28529437--28529656	79	2.8	80	79	8	218	26	19	26	27	1.99
28529440--28529621	40	4.6	40	79	6	192	25	19	28	27	1.99
28531751--28531793	17	2.4	18	85	14	54	23	44	23	9	1.82
28531756--28531793	19	2.0	19	90	10	60	23	44	21	10	1.83
28537273--28537344	33	2.2	33	100	0	144	41	5	19	33	1.75
28542833--28542890	28	2.1	28	96	0	107	31	6	13	48	1.69
28547733--28547784	27	1.9	27	92	0	86	26	11	25	36	1.90
28548727--28548923	27	7.3	27	76	5	123	38	19	10	31	1.85
28548727--28548892	54	3.1	54	76	8	149	39	18	9	32	1.83
28548727--28548923	81	2.4	81	80	8	197	38	19	10	31	1.85
28552975--28553016	22	1.9	22	90	0	66	26	21	26	26	1.99
28553355--28553412	27	2.1	27	83	0	71	25	12	25	36	1.91
28557098--28557274	27	6.5	26	81	6	158	25	16	28	29	1.97
28557098--28557253	82	1.9	81	85	3	215	25	16	28	28	1.97
28557094--28557274	82	2.2	81	81	2	211	25	16	28	29	1.97
28571285--28571367	43	1.9	43	82	7	105	31	10	3	54	1.52
28571976--28572128	3	50.3	3	69	17	75	29	6	1	62	1.28
28571975--28572050	30	2.6	29	78	17	84	32	5	0	61	1.18
28571979--28572028	26	1.9	26	88	8	75	34	4	0	62	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28572091--28572158	20	3.6	19	71	13	61	26	4	1	67	1.18
28572176--28572208	12	2.8	12	90	4	50	18	3	0	78	0.87
28579306--28579498	44	4.5	42	74	10	156	29	22	23	24	1.99
28579230--28579417	86	2.2	87	84	2	245	29	19	24	26	1.98
28579520--28580142	45	13.8	45	69	12	287	32	19	20	27	1.97
28579514--28579825	96	3.4	95	73	13	317	33	17	19	29	1.95
28579520--28579949	181	2.4	181	90	0	655	32	18	20	28	1.96
28579836--28579954	44	2.7	45	81	6	136	28	21	24	26	1.99
28579838--28580140	89	3.4	89	72	13	285	30	20	22	27	1.98
28592459--28592643	79	2.3	82	82	7	220	24	27	23	24	2.00
28592440--28592643	40	5.1	40	81	8	220	24	26	23	25	2.00
28600424--28600608	79	2.3	82	82	7	220	24	27	23	24	2.00
28600405--28600608	40	5.1	40	81	8	220	24	26	23	25	2.00
28603362--28603403	12	3.2	13	80	10	50	0	26	0	73	0.83
28603362--28603397	12	2.9	12	91	4	54	0	27	0	72	0.85
28603469--28603618	5	30.0	5	100	0	300	60	0	0	40	0.97
28605228--28605437	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
28605175--28605437	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
28605228--28605472	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
28609708--28609816	44	2.5	42	80	10	114	28	25	22	23	1.99
28616083--28616121	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
28621204--28621517	46	6.7	47	73	14	186	23	29	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28621814--28621987	47	3.7	48	80	9	155	21	29	18	29	1.97
28621814--28622127	46	6.7	47	73	14	186	23	29	18	29	1.97
28621181--28623615	610	4.0	610	99	0	4780	28	23	16	31	1.96
28622424--28622597	47	3.7	48	80	9	155	21	29	18	29	1.97
28622424--28622737	46	6.7	47	73	14	186	23	29	18	29	1.97
28623034--28623207	47	3.7	48	79	8	162	20	30	18	29	1.97
28623034--28623347	46	6.7	47	71	15	179	22	29	18	29	1.97
28630500--28630551	25	2.1	25	82	7	61	51	23	7	17	1.70
28634993--28635019	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
28636970--28637129	53	3.0	53	78	5	189	37	11	23	26	1.90
28637415--28637482	27	2.5	28	90	9	113	42	17	23	16	1.88
28637458--28637722	61	4.3	61	76	4	185	36	11	23	28	1.90
28637542--28637702	62	2.6	60	83	2	178	32	8	26	32	1.85
28641754--28641970	43	5.0	43	82	6	251	30	29	15	24	1.95
28643064--28643176	54	2.1	54	81	0	127	30	26	7	34	1.85
28643089--28643244	81	1.9	81	86	0	222	30	20	8	40	1.83
28643089--28643246	27	5.9	27	85	3	192	29	20	8	40	1.83
28643076--28643272	54	3.6	54	81	2	171	33	20	8	37	1.83
28643076--28643274	81	2.5	81	74	6	204	33	20	8	37	1.83
28643238--28643415	80	2.2	81	83	3	225	39	21	10	28	1.86
28643238--28643446	80	2.6	81	83	3	217	40	21	9	28	1.85
28643238--28643445	27	7.7	27	80	4	215	39	21	9	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28643367--28643469	54	1.9	54	82	4	127	41	18	8	31	1.81
28643448--28643533	27	3.1	27	79	14	86	38	15	10	36	1.81
28643587--28643678	27	3.4	27	92	3	141	31	19	27	21	1.97
28644487--28644580	25	3.8	25	95	1	163	25	26	23	24	2.00
28644487--28644616	25	5.2	24	86	6	136	29	23	23	24	1.99
28644485--28644605	49	2.4	50	83	6	158	26	25	23	24	2.00
28644728--28644820	43	2.2	42	90	1	141	29	12	21	36	1.91
28648759--28648790	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
28648994--28649433	50	8.8	50	78	5	476	29	25	18	26	1.98
28649051--28649232	101	1.8	101	89	2	285	29	24	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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