genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11338467--11338740	45	6.1	45	74	6	232	25	27	15	32	1.96
11338680--11338973	78	3.8	78	85	5	380	24	22	19	33	1.97
11338680--11338973	155	1.9	156	87	4	434	24	22	19	33	1.97
11339135--11339899	78	9.8	78	73	11	530	25	23	18	32	1.97
11339135--11339899	156	4.9	155	72	15	658	25	23	18	32	1.97
11338651--11340119	472	3.2	453	89	4	2246	25	22	18	32	1.97
11339505--11339541	18	2.1	18	100	0	74	27	29	0	43	1.55
11343242--11343271	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
11348495--11348552	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
11348524--11348582	17	3.4	17	76	17	66	35	15	10	38	1.81
11348531--11348584	17	2.9	19	83	10	85	37	12	11	38	1.79
11351514--11352345	47	17.4	47	96	2	1441	28	31	8	32	1.86
11351514--11352345	192	4.3	190	96	1	1481	28	31	8	32	1.86
11351838--11351920	27	3.3	27	63	27	72	32	31	4	31	1.79
11351914--11351989	22	3.3	22	66	16	64	26	31	11	30	1.92
11351514--11352345	239	3.5	239	97	1	1544	28	31	8	32	1.86
11352077--11352159	27	3.3	27	63	27	72	32	31	4	31	1.79
11358052--11358120	30	2.3	31	80	14	83	8	14	17	59	1.60
11360519--11360686	46	3.6	46	74	15	175	21	21	27	29	1.99
11360515--11360683	93	1.8	93	92	2	286	21	21	28	27	1.99
11367882--11367949	30	2.3	30	82	5	75	44	5	20	29	1.75
11368203--11368227	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11370957--11371112	33	4.7	33	70	12	97	30	20	26	22	1.98
11371122--11371237	45	2.6	44	81	2	151	37	18	25	18	1.93
11371219--11371398	93	2.0	92	87	2	263	41	15	23	20	1.90
11371219--11371421	93	2.2	92	84	2	246	40	13	23	21	1.89
11371219--11371398	46	3.9	46	87	2	254	41	15	23	20	1.90
11371908--11371954	24	2.0	23	91	4	76	10	4	36	48	1.57
11375256--11375329	37	2.0	37	100	0	148	43	5	24	27	1.76
11378149--11378182	15	2.3	15	90	10	52	32	0	0	67	0.91
11378243--11378357	5	24.0	5	68	18	66	34	2	0	61	1.16
11378207--11378340	10	13.8	10	65	27	58	31	2	2	63	1.22
11378478--11378532	17	3.1	19	77	12	55	34	1	1	61	1.17
11378561--11378611	22	2.3	23	80	12	61	33	3	13	49	1.61
11382365--11382405	20	2.0	20	100	0	82	56	4	29	9	1.53
11390587--11390845	44	5.9	44	87	1	358	26	15	28	29	1.96
11390593--11390883	88	3.3	88	84	3	221	29	15	26	28	1.96
11390583--11390909	132	2.5	132	81	2	325	31	15	26	26	1.96
11390960--11391111	44	3.4	45	81	3	175	30	19	25	25	1.98
11391325--11391357	17	1.9	17	93	0	57	69	6	6	18	1.30
11392370--11392430	30	2.1	29	81	9	70	27	16	6	49	1.70
11392590--11392623	15	2.3	15	90	10	52	32	0	0	67	0.91
11392683--11392797	5	24.0	5	68	18	66	34	2	0	61	1.16
11392918--11392970	17	3.1	17	81	13	56	33	0	1	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11392906--11392958	27	2.0	27	85	7	72	28	1	1	67	1.11
11392920--11392974	9	6.0	10	71	25	50	36	0	1	61	1.06
11392999--11393049	22	2.3	23	80	12	61	33	3	13	49	1.61
11399056--11399102	21	2.2	21	77	7	51	46	8	8	36	1.65
11401988--11402020	17	1.9	17	100	0	66	78	3	0	18	0.87
11405895--11405941	24	2.0	24	91	0	76	51	23	2	23	1.59
11405897--11405947	8	6.4	8	75	8	50	50	25	1	21	1.59
11407402--11407446	18	2.5	18	96	0	81	62	33	0	4	1.15
11409454--11409485	12	2.7	12	95	0	55	31	25	3	40	1.71
11417749--11417999	138	1.8	138	86	5	357	30	17	25	27	1.97
11418052--11418195	74	1.9	76	88	4	220	31	19	22	26	1.98
11417883--11418526	168	3.8	168	91	3	863	29	19	20	31	1.97
11418199--11418365	77	2.1	77	84	4	210	28	20	17	32	1.96
11418279--11418467	91	2.1	92	84	2	256	25	20	17	36	1.94
11418390--11418740	76	4.4	77	73	16	254	30	16	19	33	1.94
11418633--11418773	75	1.9	74	88	2	212	28	18	21	31	1.97
11418852--11418884	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
11418687--11419229	87	6.0	90	78	11	438	26	17	18	37	1.92
11418687--11419099	179	2.3	179	80	9	441	27	17	18	37	1.93
11418865--11419130	94	2.9	95	84	8	277	28	16	18	36	1.92
11423432--11423516	15	5.7	15	76	5	82	56	16	14	12	1.67
11426846--11426875	9	3.3	9	100	0	60	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11427833--11428047	72	3.0	71	75	8	220	34	6	12	46	1.68
11427949--11428143	99	2.0	99	87	0	282	36	9	11	42	1.74
11428048--11428281	72	3.2	72	81	2	220	34	8	13	43	1.74
11437317--11437359	22	2.0	22	100	0	86	32	9	11	46	1.72
11439717--11439996	10	28.8	10	66	17	76	62	3	1	32	1.23
11439760--11439832	26	2.8	28	83	10	100	64	0	2	32	1.08
11439760--11439853	26	3.4	27	77	14	86	64	1	2	31	1.12
11439815--11439999	82	2.3	82	74	13	186	61	4	1	32	1.24
11439815--11439935	21	5.8	20	73	18	70	60	4	1	33	1.26
11439747--11439998	41	6.1	41	71	14	164	63	3	1	30	1.22
11439820--11440006	61	3.1	59	73	15	166	62	5	1	31	1.24
11440512--11440555	9	4.4	11	91	5	51	34	2	0	63	1.07
11440511--11440544	9	3.7	9	96	4	59	38	0	0	61	0.96
11449965--11450028	31	2.1	31	100	0	128	3	28	15	53	1.57
11451858--11451882	7	3.6	7	100	0	50	48	16	24	12	1.79
11454329--11454369	21	1.9	22	85	5	57	31	9	4	53	1.55
11457988--11458028	21	2.0	21	85	0	55	73	2	9	14	1.19
11458889--11458936	5	9.4	5	93	2	78	20	18	0	60	1.36
11459373--11459402	15	2.0	15	93	0	51	26	3	26	43	1.70
11463711--11463745	16	2.1	17	89	5	54	40	0	5	54	1.24
11463734--11463850	60	2.0	60	83	10	150	35	5	17	40	1.75
11464032--11464068	17	2.1	19	85	10	51	40	5	2	51	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11464329--11464468	69	2.0	69	95	0	253	30	17	25	27	1.97
11465300--11465336	6	6.2	6	93	0	65	16	35	0	48	1.46
11469955--11470099	30	4.8	30	94	0	245	24	48	3	22	1.66
11470184--11470237	28	2.0	28	89	10	85	18	0	42	38	1.50
11470611--11470742	25	5.5	23	69	13	72	34	3	3	58	1.32
11470685--11470799	27	4.1	27	70	13	81	33	5	4	56	1.41
11470688--11470746	25	2.4	25	82	0	73	35	3	1	59	1.24
11470770--11470828	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
11470786--11470834	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
11470814--11470869	19	2.8	20	75	8	60	32	7	5	55	1.50
11470990--11471023	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
11470990--11471023	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
11470990--11471030	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
11479337--11479502	68	2.4	68	84	5	194	29	14	22	33	1.93
11479508--11480126	70	8.7	71	77	15	413	28	15	19	35	1.93
11479872--11480151	78	3.8	75	81	8	279	31	15	19	33	1.93
11480154--11480491	72	4.5	74	86	4	396	31	15	20	32	1.94
11479819--11480604	360	2.2	354	90	5	1262	30	15	20	33	1.94
11480645--11480786	72	2.0	73	90	1	223	22	15	23	38	1.92
11480782--11481006	73	3.1	72	81	4	254	30	15	21	32	1.95
11480778--11480977	73	2.8	71	84	2	256	31	14	21	33	1.93
11480997--11481031	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11480850--11481347	162	3.0	162	84	4	617	27	16	21	34	1.95
11480637--11481168	235	2.3	232	83	7	630	26	16	22	34	1.95
11481012--11481173	73	2.2	74	87	2	227	24	17	21	36	1.94
11481161--11481188	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
11481175--11481382	77	2.7	77	90	1	301	33	14	20	31	1.93
11481178--11481382	76	2.7	76	89	1	293	34	14	20	30	1.93
11482022--11482193	29	5.8	30	90	4	278	25	49	3	21	1.65
11482022--11482193	58	2.9	58	96	2	308	25	49	3	21	1.65
11482696--11482817	22	5.2	22	74	11	70	35	4	3	57	1.34
11482702--11482916	25	8.7	25	70	16	128	34	5	4	55	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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