genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11482780--11482857	31	2.5	31	81	6	79	33	5	3	57	1.39
11482795--11482857	31	2.0	31	84	6	83	34	4	3	57	1.36
11482889--11482943	19	2.8	20	75	8	69	32	7	5	54	1.51
11483067--11483100	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
11483067--11483100	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
11483067--11483107	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
11483860--11483897	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
11503217--11503260	21	2.1	21	100	0	88	22	11	9	56	1.62
11505156--11505185	14	2.2	13	94	5	51	40	20	6	33	1.78
11509265--11509338	28	2.6	28	87	4	105	31	32	13	22	1.93
11509323--11509537	40	5.4	40	89	0	313	34	26	16	23	1.95
11509323--11509537	80	2.7	80	92	0	358	34	26	16	23	1.95
11510984--11511020	7	5.4	7	90	3	58	27	24	0	48	1.51
11519385--11519441	28	2.0	28	96	0	105	40	3	24	31	1.72
11528489--11528538	26	2.0	26	96	4	93	14	28	8	50	1.70
11528493--11528547	26	2.1	26	90	6	85	18	27	9	45	1.79
11544637--11544675	16	2.5	16	80	19	55	48	2	5	43	1.38
11545208--11545262	18	2.9	19	94	5	103	36	10	16	36	1.84
11545554--11545587	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
11554110--11554404	78	3.8	78	87	3	405	32	18	23	25	1.97
11554344--11554662	45	7.1	45	78	7	270	31	15	26	26	1.96
11554416--11554656	89	2.7	90	82	3	281	32	14	26	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11555003--11555080	19	4.4	19	87	10	94	37	12	12	37	1.82
11555011--11555082	19	3.9	19	91	8	123	37	11	15	36	1.83
11555011--11555092	19	4.3	21	82	14	67	37	9	15	36	1.81
11558853--11558957	26	4.0	26	91	2	158	32	8	21	37	1.84
11558853--11558957	52	2.0	52	92	0	174	32	8	21	37	1.84
11563037--11563543	126	4.0	126	99	0	996	31	16	17	33	1.93
11567956--11567995	20	2.0	21	85	9	57	45	5	7	42	1.54
11571441--11571503	32	1.9	32	83	3	81	33	34	17	14	1.90
11577068--11577104	19	1.9	19	88	0	56	37	2	21	37	1.68
11578902--11578966	21	3.1	21	73	6	60	21	16	23	38	1.93
11583707--11583747	19	2.1	20	86	4	57	53	0	2	43	1.13
11589141--11589221	26	3.2	26	94	3	146	37	25	6	30	1.81
11594678--11594731	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
11596218--11596324	26	4.2	26	91	2	180	36	24	6	32	1.81
11596218--11596324	51	2.1	52	94	1	189	36	24	6	32	1.81
11602472--11602572	50	2.0	50	100	0	202	13	13	7	64	1.49
11602536--11602585	20	2.5	19	77	9	55	12	6	10	72	1.28
11602800--11602959	3	52.7	3	70	17	82	30	6	1	61	1.33
11605177--11605206	14	2.1	14	93	0	51	50	23	0	26	1.50
11605324--11605381	21	2.9	21	80	10	59	15	3	37	43	1.64
11605827--11606066	90	2.6	91	88	2	338	30	12	16	40	1.85
11611965--11612016	21	2.4	22	87	6	70	19	5	5	69	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11614451--11614504	20	2.6	20	80	13	56	51	0	1	46	1.11
11614451--11614492	21	2.0	21	86	13	59	54	0	2	42	1.13
11617154--11617182	14	2.1	14	100	0	58	37	6	13	41	1.72
11618410--11618463	26	2.1	26	100	0	108	48	25	5	20	1.71
11623887--11623926	21	1.9	21	84	0	53	45	0	0	55	0.99
11624095--11624153	31	1.9	31	85	0	82	40	11	11	35	1.79
11633254--11633291	19	2.0	19	94	0	67	36	13	21	28	1.91
11638785--11638825	21	2.0	21	95	4	75	39	9	19	31	1.84
11643170--11643289	46	2.6	45	82	13	140	28	20	27	24	1.99
11644569--11644608	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
11645248--11645321	21	3.5	22	77	5	73	39	2	2	55	1.28
11645300--11645324	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
11646315--11646353	18	2.1	18	85	9	51	43	0	17	38	1.50
11646327--11646365	18	2.2	18	86	4	53	38	0	25	35	1.56
11647651--11647733	31	2.7	30	88	3	123	27	26	15	30	1.96
11647946--11648022	25	3.1	25	86	1	102	25	19	22	32	1.97
11648832--11648896	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
11648954--11649083	27	4.7	27	74	11	102	30	7	19	42	1.79
11648947--11649083	56	2.5	54	78	5	141	32	8	18	40	1.81
11649040--11649136	27	3.6	27	83	5	133	28	8	21	41	1.82
11649158--11649208	27	1.9	27	84	4	68	41	7	21	29	1.81
11649168--11649255	27	3.3	27	83	0	113	44	9	19	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11652965--11652991	12	2.2	12	100	0	54	55	14	18	11	1.68
11653024--11653057	18	1.9	18	94	5	61	32	0	14	52	1.42
11658110--11658134	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
11671146--11671221	23	3.3	23	87	1	100	26	18	25	30	1.98
11671146--11671244	23	4.3	23	81	6	87	29	18	24	28	1.98
11671118--11671246	46	2.8	45	80	6	143	31	17	22	27	1.97
11671097--11671253	46	3.4	45	75	15	131	31	18	22	28	1.97
11672508--11672563	27	2.1	27	96	0	103	35	16	16	32	1.90
11675046--11675131	25	3.4	25	80	0	100	32	17	25	24	1.97
11678750--11678790	16	2.5	17	88	4	57	63	2	0	34	1.08
11685859--11685916	19	3.1	19	73	9	64	51	0	1	46	1.11
11686851--11686906	26	2.2	26	87	6	78	39	1	1	57	1.20
11686868--11686915	12	3.8	12	81	10	60	39	0	2	58	1.10
11686928--11686974	18	2.6	17	78	18	51	48	0	0	51	1.00
11691117--11691193	38	2.0	38	100	0	154	23	18	25	32	1.97
11691851--11691888	12	3.2	12	82	10	51	52	2	0	44	1.14
11691851--11691900	26	2.0	24	84	7	64	54	6	0	40	1.25
11692024--11692089	31	2.2	30	84	7	82	56	4	9	30	1.51
11692034--11692095	31	2.0	31	96	0	115	50	9	9	30	1.67
11697867--11697979	45	2.5	45	86	2	165	38	19	21	20	1.93
11698746--11698790	17	2.6	17	96	3	81	31	24	0	44	1.54
11699094--11699124	3	10.3	3	92	0	53	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11699374--11699428	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
11704792--11704848	20	2.8	20	82	15	71	54	1	1	42	1.21
11712285--11712348	29	2.2	29	91	0	101	34	3	14	48	1.59
11713004--11713048	23	2.0	23	86	0	63	37	6	17	37	1.76
11713576--11713625	17	2.9	17	82	8	57	36	6	16	42	1.72
11713617--11713652	17	2.1	17	94	0	63	30	13	13	41	1.84
11713617--11713672	17	3.2	17	82	7	60	28	16	12	42	1.84
11724510--11724541	12	2.7	12	95	0	55	21	0	28	50	1.49
11724753--11724784	2	16.0	2	93	0	55	50	46	0	3	1.17
11734344--11734368	13	1.9	13	100	0	50	64	0	16	20	1.30
11736590--11736919	37	9.0	37	82	1	358	41	25	13	18	1.88
11740346--11740379	17	2.0	17	88	0	50	35	8	26	29	1.87
11748021--11748072	26	2.0	26	100	0	104	26	19	19	34	1.95
11758944--11759143	98	2.1	96	87	6	284	27	17	29	25	1.97
11758846--11759159	49	6.5	49	73	12	231	27	18	29	25	1.98
11758845--11759115	142	1.9	142	85	3	375	26	18	29	25	1.98
11765270--11765310	21	2.0	21	85	9	57	80	0	12	7	0.90
11766705--11766758	24	2.3	23	84	12	65	51	3	5	38	1.43
11768852--11768888	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
11771053--11771371	46	7.0	46	89	1	399	39	15	23	21	1.91
11771053--11771394	137	2.5	137	83	2	393	40	15	23	21	1.91
11773245--11773298	24	2.2	24	87	9	74	79	0	14	5	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11773239--11773291	18	2.8	18	85	8	61	77	1	16	3	1.01
11773245--11773299	25	2.2	25	84	12	69	80	0	14	5	0.89
11773245--11773299	13	4.4	13	84	11	71	80	0	14	5	0.89
11782321--11782545	46	4.9	46	87	1	308	20	22	15	41	1.90
11782321--11782553	92	2.5	92	89	0	358	21	22	15	41	1.90
11784688--11784715	11	2.5	11	100	0	56	71	0	0	28	0.86
11784689--11784764	19	3.7	21	79	10	77	60	6	0	32	1.22
11791832--11791863	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
11792568--11792633	27	2.4	27	85	10	80	34	0	40	24	1.55
11800781--11800848	28	2.4	30	73	14	72	17	2	26	52	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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