genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17432543--17432580	15	2.5	15	100	0	76	55	7	18	18	1.66
17447861--17447924	26	2.4	26	86	5	83	34	25	10	29	1.90
17448029--17448140	27	4.2	26	79	7	107	16	22	22	38	1.93
17448030--17448136	54	2.0	54	85	3	144	17	21	21	39	1.93
17449101--17449132	16	2.0	16	93	0	55	59	12	3	25	1.48
17453081--17453265	41	4.5	41	93	0	298	18	19	24	37	1.94
17453253--17453277	12	2.1	12	100	0	50	16	16	32	36	1.90
17453171--17453523	84	4.0	94	79	14	392	19	18	25	35	1.95
17453212--17453318	53	2.0	53	94	0	187	19	18	26	35	1.95
17453265--17453560	41	7.1	41	87	4	416	19	19	25	35	1.95
17453265--17453560	84	3.6	82	88	4	416	19	19	25	35	1.95
17453081--17453482	219	1.8	217	92	1	678	19	19	25	36	1.95
17453265--17453557	125	2.3	125	88	2	446	19	19	24	36	1.95
17460101--17460726	41	15.2	41	90	2	954	18	19	25	36	1.95
17464348--17464522	46	3.8	46	75	11	169	29	28	20	21	1.98
17464355--17464527	93	1.9	93	91	2	285	28	28	20	21	1.98
17466920--17466982	15	4.2	15	80	8	74	58	15	12	12	1.63
17469904--17470076	93	1.9	93	87	2	258	29	28	20	21	1.98
17472469--17472531	15	4.2	15	80	8	74	58	15	12	12	1.63
17480414--17480516	27	3.8	26	82	10	109	16	24	24	34	1.95
17480414--17480518	54	1.9	54	83	7	133	16	23	23	36	1.94
17481680--17481758	38	2.1	38	81	11	90	59	2	3	34	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17488819--17489029	46	4.6	44	78	14	187	25	30	18	26	1.98
17491814--17491842	11	2.6	11	100	0	58	41	17	10	31	1.83
17497874--17497926	1	53.0	1	100	0	106	100	0	0	0	0.00
17500269--17500838	47	12.4	47	92	3	914	32	8	29	29	1.87
17500269--17500838	93	6.2	94	91	4	914	32	8	29	29	1.87
17500418--17500491	22	3.3	22	64	17	62	29	10	31	28	1.91
17500275--17500838	179	3.1	183	91	4	897	32	8	29	29	1.88
17500957--17501035	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
17502885--17502987	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
17502969--17503042	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
17503353--17503546	40	4.9	40	80	6	175	26	23	25	24	2.00
17503432--17503542	39	2.8	39	88	1	150	27	24	23	24	2.00
17507074--17507562	47	10.4	47	94	0	816	32	8	30	29	1.87
17507681--17507759	37	2.1	37	88	4	115	26	18	29	25	1.98
17512817--17512917	41	2.5	41	91	3	159	14	15	28	40	1.87
17521884--17521917	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
17522346--17522386	22	2.0	20	90	9	64	7	9	12	70	1.33
17522598--17522639	16	2.7	16	78	14	52	57	0	0	42	0.99
17522595--17522644	25	2.0	26	84	11	68	58	0	0	42	0.98
17522797--17522849	17	2.9	19	75	13	67	54	0	0	45	0.99
17522797--17522845	19	2.8	17	81	9	55	59	0	0	40	0.98
17532457--17532515	23	2.7	21	84	5	64	35	25	20	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17532974--17533007	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
17533433--17533473	22	2.0	20	90	9	64	4	9	12	73	1.24
17535903--17535970	25	2.8	24	73	8	57	17	26	22	33	1.96
17536015--17536066	25	2.1	24	85	3	68	23	26	17	32	1.96
17536730--17536781	26	2.0	26	82	10	63	34	1	9	53	1.45
17554662--17554783	43	2.8	43	86	4	174	23	18	26	31	1.98
17565604--17565645	22	1.9	22	95	0	75	45	16	11	26	1.82
17567557--17567668	40	2.8	40	86	4	154	33	23	16	27	1.95
17569215--17569262	21	2.4	20	80	10	53	20	8	2	68	1.26
17585501--17585528	10	2.8	10	100	0	56	39	10	10	39	1.75
17599490--17599600	56	2.0	56	100	0	222	43	7	20	28	1.78
17601005--17601062	28	2.1	28	100	0	116	10	18	3	67	1.35
17602216--17602301	39	2.2	39	93	0	145	27	29	20	22	1.99
17606108--17606322	106	2.0	108	96	1	398	43	5	9	41	1.59
17609360--17609393	5	6.8	5	100	0	68	41	0	17	41	1.50
17618623--17618667	19	2.4	18	78	7	54	46	2	8	42	1.47
17620119--17620166	20	2.5	20	86	10	64	25	6	2	66	1.26
17621726--17621793	29	2.3	29	87	5	93	26	29	14	29	1.95
17621615--17621942	174	1.9	174	98	0	629	30	23	14	30	1.95
17621895--17621973	29	2.7	30	78	13	101	29	29	15	26	1.96
17627141--17627187	15	3.3	14	82	11	60	21	2	0	76	0.89
17628756--17628817	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17632766--17632848	6	13.0	6	70	16	51	3	20	2	73	1.10
17632775--17632839	21	3.2	20	76	6	58	3	23	1	72	1.07
17632821--17632864	21	2.2	20	84	12	54	9	11	2	77	1.08
17632905--17632949	18	2.4	19	85	3	65	40	0	6	53	1.27
17634254--17634308	11	5.0	11	84	8	76	29	32	0	38	1.58
17635473--17635518	7	6.6	7	94	0	83	30	0	10	58	1.32
17636583--17636873	55	5.4	55	72	18	252	36	3	4	55	1.37
17636562--17636876	108	2.9	108	97	0	596	36	3	4	55	1.37
17637018--17637042	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
17636767--17637151	127	3.0	129	94	3	668	34	4	4	55	1.42
17637103--17637189	38	2.3	38	80	7	97	43	6	5	43	1.55
17641048--17641276	49	4.6	49	79	7	255	31	27	17	24	1.97
17642822--17643122	126	2.4	126	91	0	478	28	17	15	38	1.90
17645425--17645546	31	3.6	32	79	20	149	50	3	0	45	1.17
17645415--17645559	72	2.0	72	98	1	283	48	5	0	45	1.25
17649770--17649896	42	3.0	42	85	0	173	46	16	18	18	1.84
17659416--17659459	19	2.4	18	80	3	52	29	6	4	59	1.44
17661048--17661090	17	2.4	19	92	7	72	27	4	2	65	1.25
17661406--17661474	27	2.7	27	82	6	72	28	2	4	63	1.28
17661438--17661478	20	2.0	20	90	9	64	39	2	0	58	1.11
17666835--17666965	42	3.1	43	77	12	128	26	20	26	25	1.99
17671462--17671531	22	3.2	22	97	2	133	27	14	8	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17676172--17676358	44	4.2	44	64	10	103	31	18	22	27	1.97
17676440--17676651	89	2.4	89	78	5	205	33	17	23	25	1.96
17676379--17676918	134	4.0	134	81	2	568	31	17	24	26	1.97
17676264--17676964	45	15.7	44	70	12	297	31	17	23	26	1.97
17676710--17676919	89	2.3	89	77	10	214	29	20	25	25	1.99
17679174--17679231	27	2.1	27	87	0	80	25	3	6	63	1.35
17679181--17679237	27	2.1	27	83	3	71	29	1	7	61	1.32
17684375--17684405	14	2.3	14	94	5	55	25	0	0	74	0.82
17686371--17686405	17	2.1	17	88	0	52	42	2	0	54	1.15
17691799--17691840	20	2.1	20	91	8	68	42	4	33	19	1.72
17694221--17694720	168	3.0	166	86	3	662	39	16	20	23	1.92
17697100--17697141	21	2.0	21	100	0	84	38	28	9	23	1.86
17698152--17698194	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
17700430--17700574	63	2.3	63	88	4	213	24	24	22	28	1.99
17705708--17705860	43	3.6	43	78	9	170	32	27	16	24	1.96
17728761--17728822	23	2.7	23	87	2	90	17	20	22	38	1.93
17728807--17728865	23	2.6	22	92	5	100	23	18	22	35	1.96
17733734--17733785	20	2.6	20	100	0	104	23	32	32	11	1.90
17734553--17734609	30	1.9	30	86	13	82	47	0	17	35	1.48
17736176--17736229	25	2.2	25	82	0	63	29	22	25	22	1.99
17738617--17738649	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
17741080--17741234	27	5.8	26	84	4	168	36	15	12	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17741080--17741288	54	3.9	53	79	6	199	39	17	12	31	1.86
17741080--17741261	54	3.4	54	83	3	206	37	16	12	32	1.86
17741080--17741261	80	2.3	80	83	2	231	37	16	12	32	1.86
17741224--17741342	27	4.4	27	92	2	168	44	21	15	17	1.86
17741080--17741288	107	2.0	107	80	3	242	39	17	12	31	1.86
17748097--17748255	43	3.7	43	82	1	176	27	13	25	33	1.94
17749876--17749932	24	2.3	24	85	8	71	71	0	3	24	1.01
17753347--17753414	15	4.4	15	70	17	50	13	17	14	54	1.71
17760251--17760300	26	1.9	26	100	0	100	40	12	26	22	1.88
17761362--17761570	40	5.2	40	78	4	208	29	20	22	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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