genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88353447--88353491	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
88362975--88363040	28	2.4	26	79	16	71	27	1	3	68	1.13
88364691--88364739	12	4.2	11	79	7	53	16	2	6	75	1.09
88364691--88364739	18	2.7	18	85	14	66	16	2	6	75	1.09
88371351--88371378	11	2.5	11	100	0	56	60	0	0	39	0.97
88376847--88376929	23	3.8	22	73	17	66	37	0	1	61	1.04
88382184--88382224	20	2.0	20	95	0	73	29	4	34	31	1.79
88385880--88385916	17	2.2	17	95	0	65	59	10	5	24	1.52
88396883--88396964	44	1.9	41	82	7	101	32	25	24	17	1.96
88396878--88396965	21	4.1	22	72	10	65	35	23	23	17	1.95
88397170--88397253	28	3.0	28	87	1	123	46	29	3	20	1.67
88408209--88408304	40	2.5	38	78	6	111	35	36	13	14	1.86
88408619--88408674	27	2.1	27	96	0	103	41	19	12	26	1.87
88413115--88413203	43	2.0	44	97	2	171	24	15	15	43	1.86
88416963--88416992	3	9.7	3	92	7	51	63	3	0	33	1.11
88418486--88418519	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
88423123--88423156	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
88423404--88423477	20	3.9	19	69	11	62	56	6	1	35	1.34
88425752--88425804	13	4.1	13	80	4	63	37	22	9	30	1.86
88427177--88427202	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
88441433--88441607	71	2.5	69	86	3	226	28	14	23	34	1.94
88441607--88441772	72	2.3	72	87	4	230	22	14	21	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88441705--88442332	140	4.5	140	96	1	1123	25	16	20	37	1.93
88442170--88442203	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
88442252--88442477	72	3.0	72	84	11	285	30	16	19	34	1.94
88442431--88442526	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
88442359--88442600	121	2.0	122	90	3	380	28	18	19	33	1.95
88442627--88442688	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
88447983--88448012	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
88449227--88449261	13	2.9	12	91	8	54	77	0	0	22	0.78
88449250--88449297	21	2.3	20	83	16	62	62	6	6	25	1.42
88449544--88449583	4	10.8	4	89	5	50	70	0	2	27	1.01
88451171--88452072	45	19.9	44	67	18	194	29	21	16	32	1.95
88451180--88451568	139	2.8	138	81	6	394	29	22	17	30	1.96
88451415--88451831	179	2.3	179	89	0	636	29	20	16	32	1.95
88451725--88451927	93	2.2	93	91	0	334	29	19	16	34	1.94
88452903--88452958	8	6.8	8	78	13	60	0	14	3	82	0.81
88452913--88452960	13	3.5	13	80	11	51	0	14	4	81	0.84
88452905--88452960	29	1.9	29	85	7	78	0	14	3	82	0.81
88456164--88456356	35	5.5	35	86	6	268	30	11	24	33	1.90
88457434--88457478	16	2.6	17	82	13	56	42	8	20	28	1.82
88459289--88459322	18	1.9	17	88	5	50	38	2	2	55	1.30
88459905--88459939	13	2.9	12	91	8	54	77	0	0	22	0.78
88459928--88459975	21	2.3	20	83	16	62	62	6	6	25	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88460214--88460287	3	23.7	3	77	13	69	60	1	9	28	1.36
88466321--88466354	7	5.1	7	86	13	54	32	0	0	67	0.91
88466321--88466354	12	2.6	14	90	9	54	32	0	0	67	0.91
88469566--88469614	6	7.7	6	86	6	53	16	0	6	77	0.96
88469566--88469605	21	1.9	21	90	10	64	17	0	7	75	1.03
88469566--88469616	27	1.9	26	88	11	77	15	0	5	78	0.93
88469561--88469616	26	2.1	27	84	12	73	14	1	5	78	1.00
88476892--88476919	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
88481672--88481714	16	2.6	17	88	3	61	39	2	0	58	1.11
88484412--88484436	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
88485212--88485255	22	2.0	22	82	8	54	59	2	0	38	1.10
88486402--88486467	22	3.0	23	78	13	75	39	1	1	57	1.17
88490108--88490150	22	2.0	22	86	9	61	27	9	0	62	1.25
88494472--88494501	5	6.0	5	100	0	60	40	40	0	20	1.52
88501187--88501270	42	2.0	42	92	0	141	30	20	19	29	1.97
88503628--88503664	5	7.6	5	82	17	51	81	0	0	18	0.70
88505141--88505237	49	2.0	48	85	2	131	44	14	18	22	1.86
88506359--88506385	6	4.5	6	100	0	54	37	29	18	14	1.91
88507562--88507587	13	2.0	13	100	0	52	23	7	30	38	1.83
88509665--88509762	49	2.0	49	91	0	160	40	15	21	22	1.90
88518783--88518863	21	4.0	21	87	3	103	44	18	17	19	1.87
88521784--88521830	22	2.1	22	92	0	76	10	19	40	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88522903--88522950	20	2.4	20	82	0	60	33	22	14	29	1.94
88523762--88523808	24	1.9	25	91	4	78	10	10	2	76	1.10
88527463--88527498	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
88528007--88528057	23	2.2	24	82	10	61	37	3	1	56	1.29
88530801--88530951	53	2.8	53	89	2	212	29	27	17	25	1.97
88537062--88537217	53	3.0	53	83	4	192	26	17	26	29	1.97
88540193--88540276	23	3.6	22	80	10	87	40	0	2	57	1.12
88540216--88540281	10	6.9	10	75	16	68	43	0	1	54	1.09
88540214--88540280	23	2.9	23	86	6	91	41	0	1	56	1.08
88558264--88558333	33	2.1	33	100	0	140	24	0	24	51	1.49
88560239--88560273	10	3.4	10	84	7	52	40	0	8	51	1.33
88560230--88560273	21	2.1	21	100	0	88	38	0	9	52	1.33
88560230--88560265	11	3.4	11	84	7	56	36	0	11	52	1.37
88585240--88585286	24	2.0	24	95	0	85	38	12	12	36	1.82
88589272--88589333	30	2.1	29	93	3	106	24	0	22	53	1.46
88591497--88591648	52	2.9	52	76	8	164	25	18	25	30	1.98
88599347--88599376	15	2.0	15	93	0	51	70	0	13	16	1.18
88604228--88604329	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
88604229--88604354	60	2.1	60	84	10	159	26	24	21	27	1.99
88604370--88604412	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
88606524--88606552	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
88609392--88609444	28	1.9	28	88	3	81	28	24	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88609369--88609540	60	2.8	61	80	10	167	27	23	19	29	1.98
88611842--88611887	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
88617656--88617682	10	2.7	10	100	0	54	18	7	0	74	1.05
88620913--88620941	12	2.4	12	100	0	58	44	0	6	48	1.29
88630897--88630935	4	9.5	4	88	5	51	0	30	0	69	0.89
88630903--88630944	13	3.3	13	83	3	50	0	28	0	71	0.86
88630898--88630944	12	3.7	13	78	13	53	0	29	0	70	0.88
88633013--88633126	43	2.7	42	83	4	147	29	15	24	29	1.96
88635286--88635627	137	2.5	136	86	3	454	21	23	15	39	1.91
88635309--88635627	46	7.0	46	90	2	428	21	24	15	39	1.92
88635662--88635780	54	2.2	54	100	0	238	32	21	17	27	1.96
88637834--88637870	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
88640388--88640412	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
88641904--88641935	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
88655512--88655639	68	1.9	68	81	0	157	21	25	14	37	1.92
88661267--88661291	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
88661279--88661337	31	1.9	31	86	6	84	57	3	0	38	1.15
88664258--88664298	21	2.0	21	100	0	82	29	14	19	36	1.92
88669785--88669878	43	2.2	43	83	9	111	40	17	20	22	1.91
88671936--88671963	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
88676525--88676622	49	2.0	49	97	0	187	40	17	12	29	1.86
88682532--88682556	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88684342--88684473	26	5.1	26	97	0	248	31	7	25	34	1.84
88685956--88686008	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
88698393--88698423	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
88698410--88698478	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
88698444--88698496	27	1.9	28	88	3	81	58	5	0	35	1.22
88702666--88702728	27	2.3	27	81	5	83	38	36	6	19	1.77
88705756--88705798	21	2.0	21	100	0	86	23	41	9	25	1.84
88719961--88720020	30	2.0	30	86	0	84	56	13	3	26	1.52
88722608--88722765	48	3.3	48	81	3	192	36	15	15	32	1.89
88723689--88723744	15	3.6	16	79	11	55	44	7	1	46	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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