genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25282055--25282162	15	7.2	15	67	12	69	25	22	7	44	1.79
25282824--25282879	15	3.5	15	78	7	58	26	3	0	69	1.04
25282821--25282872	25	2.0	27	82	14	65	28	3	0	67	1.08
25284690--25284758	21	2.8	26	75	20	94	26	13	21	39	1.90
25286012--25286046	13	2.7	13	90	0	61	48	0	2	48	1.16
25290378--25290461	27	3.2	26	76	5	87	36	17	21	23	1.94
25290609--25290678	27	2.6	27	83	0	95	30	21	20	28	1.98
25291017--25291047	9	3.4	9	95	0	53	12	41	22	22	1.88
25297002--25297134	27	4.9	27	85	0	167	24	21	21	33	1.97
25300127--25300160	16	2.2	15	89	5	50	11	14	0	73	1.10
25300557--25300617	29	2.1	30	87	3	88	36	6	13	44	1.69
25305163--25305219	27	2.1	27	100	0	114	49	0	14	36	1.43
25310060--25310118	3	19.7	3	86	6	84	66	1	3	28	1.18
25310305--25310412	4	27.0	4	69	12	53	63	1	9	25	1.34
25311874--25311907	14	2.6	13	90	9	52	14	0	2	82	0.79
25311874--25311907	6	5.3	6	86	13	50	14	0	2	82	0.79
25311874--25311914	14	3.1	14	86	6	50	12	0	7	80	0.90
25314010--25314059	15	3.1	18	72	21	56	44	0	0	56	0.99
25323897--25323926	6	5.0	6	100	0	60	16	0	16	66	1.25
25329635--25329663	10	2.9	10	100	0	58	6	10	0	82	0.83
25329890--25329922	17	1.9	17	93	0	57	84	0	0	15	0.61
25329750--25329982	122	1.9	125	95	3	427	65	2	12	20	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25330035--25330080	15	3.1	15	81	12	51	71	2	6	19	1.18
25331657--25331706	22	2.2	24	82	7	59	28	2	4	66	1.21
25340447--25340493	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
25340450--25340498	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
25340712--25340797	3	29.3	3	73	19	60	66	1	3	29	1.16
25340717--25340797	18	4.4	18	77	13	76	66	1	3	28	1.16
25341128--25341200	23	3.2	23	77	16	71	61	27	1	9	1.35
25341660--25341811	40	3.8	40	81	3	196	26	20	21	30	1.98
25341644--25341812	82	2.0	83	89	1	259	26	18	21	33	1.96
25341972--25342162	46	4.2	45	66	12	120	29	24	20	25	1.99
25341974--25342278	136	2.3	135	95	1	540	28	22	21	26	1.99
25342214--25342791	44	13.1	45	74	6	430	29	26	16	26	1.97
25342216--25342796	132	4.4	132	92	0	937	29	26	16	27	1.97
25354902--25354931	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
25355013--25355059	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
25355016--25355064	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
25355278--25355363	3	29.3	3	73	19	60	66	1	3	29	1.16
25355283--25355363	18	4.4	18	77	13	76	66	1	3	28	1.16
25355693--25355764	23	3.2	23	79	15	78	61	27	1	9	1.36
25355691--25355766	21	3.6	21	77	11	66	59	30	1	9	1.37
25360017--25360072	22	2.4	25	79	14	73	44	3	1	50	1.29
25363001--25363033	14	2.4	14	85	14	50	24	12	36	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25366964--25367079	31	3.9	30	73	18	107	46	10	18	25	1.80
25368028--25368084	30	1.9	29	89	3	87	31	0	28	40	1.57
25368363--25368530	49	3.4	49	94	0	300	22	2	13	61	1.44
25368366--25368574	98	2.1	98	86	8	291	23	2	12	60	1.46
25368587--25368659	27	2.7	27	97	0	137	27	8	31	32	1.86
25370180--25370214	14	2.5	14	95	0	61	34	20	5	40	1.76
25370822--25370917	33	2.9	33	84	3	113	20	47	11	19	1.80
25371193--25371332	48	2.9	48	91	3	210	45	12	10	32	1.76
25373195--25373251	30	1.9	30	85	0	78	35	10	24	29	1.89
25373596--25373858	47	5.6	47	71	11	164	29	19	28	22	1.98
25377222--25377384	54	3.0	54	98	0	317	26	16	32	24	1.96
25380092--25380191	27	3.7	27	87	0	146	20	18	33	29	1.96
25384952--25385030	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
25385142--25385270	44	3.0	43	78	10	129	27	18	28	25	1.98
25391805--25391878	28	2.6	28	86	0	112	36	9	22	31	1.86
25392054--25392197	41	3.5	40	75	5	137	27	18	29	24	1.98
25403320--25403346	12	2.2	12	100	0	54	48	0	22	29	1.51
25406799--25406824	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
25413140--25413560	27	15.6	27	87	0	574	39	19	9	31	1.84
25413140--25413616	81	5.9	81	86	0	614	38	20	9	31	1.85
25413140--25413561	54	7.8	54	90	1	632	39	19	9	31	1.84
25413140--25413614	27	17.6	27	82	5	489	38	20	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25413409--25413669	81	3.2	82	80	4	219	37	21	9	30	1.86
25413659--25413898	27	8.9	27	86	1	295	36	17	21	24	1.95
25414415--25414595	6	29.3	6	72	17	122	18	16	15	49	1.80
25414443--25414575	19	6.8	19	69	19	94	17	16	15	50	1.79
25414418--25414476	25	2.4	25	91	0	91	18	18	15	47	1.83
25414481--25414541	25	2.4	25	91	0	95	19	16	14	49	1.80
25414419--25414581	62	2.6	62	94	0	272	17	16	15	49	1.80
25414486--25414586	37	2.7	37	80	4	123	17	17	14	49	1.80
25418777--25418865	2	44.5	2	93	0	151	50	46	3	0	1.18
25420172--25420341	40	4.3	40	92	0	252	27	28	20	24	1.99
25420202--25420394	80	2.4	80	84	7	241	27	28	19	23	1.98
25420172--25420387	120	1.8	119	81	7	267	27	27	19	25	1.99
25428123--25428315	80	2.4	80	85	5	248	27	29	19	23	1.98
25428093--25428262	40	4.3	40	91	2	254	27	28	20	24	1.99
25432254--25432285	12	2.6	13	85	14	50	53	12	0	34	1.39
25433366--25433408	20	2.3	18	84	8	50	18	32	34	13	1.90
25436916--25437043	46	2.8	46	85	4	152	35	17	21	26	1.95
25436920--25437043	23	5.4	22	76	12	108	33	17	21	26	1.96
25439373--25439564	40	4.6	42	76	11	153	34	25	14	25	1.94
25439385--25439505	40	3.0	39	87	7	161	37	24	13	24	1.91
25443285--25443472	49	3.8	49	82	2	241	27	19	25	28	1.99
25443280--25443467	100	1.9	100	95	0	340	26	20	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25444095--25444132	14	2.7	14	100	0	76	50	7	5	36	1.54
25445823--25446001	27	6.6	27	78	8	157	26	13	29	30	1.94
25445820--25446001	82	2.2	81	82	3	231	26	14	28	30	1.95
25447908--25448294	40	9.7	40	92	0	562	23	22	27	26	1.99
25451796--25452291	47	10.6	47	92	1	789	33	8	29	29	1.87
25465384--25465561	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
25465385--25465540	82	1.9	81	86	3	224	26	14	29	29	1.95
25465381--25465561	82	2.2	81	82	2	220	26	14	28	29	1.95
25473400--25473574	27	6.6	27	82	7	187	26	14	28	29	1.95
25483360--25483438	28	2.9	27	77	3	104	39	13	8	37	1.77
25485090--25485114	10	2.5	10	100	0	50	36	0	12	52	1.39
25503306--25503501	98	2.0	98	93	3	335	36	6	25	31	1.82
25503302--25503498	48	4.1	48	90	5	324	37	6	24	31	1.81
25503648--25503756	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
25514338--25514391	26	2.1	26	96	3	101	59	0	11	29	1.32
25515769--25515801	17	2.0	17	88	5	50	6	0	39	54	1.25
25518266--25518354	44	2.0	43	93	2	151	41	14	19	24	1.89
25519672--25519753	43	1.9	42	82	7	103	25	14	24	35	1.94
25522012--25522079	24	2.8	26	81	18	85	35	14	23	26	1.94
25531223--25531270	15	3.2	15	96	0	87	18	14	35	31	1.91
25536177--25536306	47	2.8	47	86	2	172	22	16	26	34	1.95
25538749--25538968	40	5.6	40	82	4	241	25	25	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25543124--25543279	43	3.7	42	83	6	192	24	18	26	30	1.98
25545813--25545955	40	3.6	40	78	3	144	30	19	20	28	1.97
25546000--25546101	40	2.5	39	84	6	123	26	25	23	24	2.00
25546216--25546272	30	1.9	30	85	7	80	70	0	0	29	0.88
25546388--25546519	14	9.2	14	72	11	61	25	0	29	44	1.59
25546471--25546547	21	3.6	22	77	6	79	24	1	40	33	1.64
25546437--25546557	7	16.9	7	69	14	59	23	0	38	37	1.61
25546438--25546546	14	7.6	15	78	7	84	23	0	37	37	1.62
25546495--25546553	14	4.1	14	84	4	73	23	1	42	32	1.64
25546503--25546544	22	1.9	22	90	0	66	23	2	47	26	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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