genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11105905--11105932	6	4.7	6	100	0	56	17	0	82	0	0.68
11106035--11106071	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
11109022--11109112	27	3.4	26	73	3	74	30	4	2	62	1.27
11109021--11109061	19	2.2	19	86	0	55	31	2	0	65	1.05
11115101--11115134	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67
11122110--11122141	10	3.3	10	95	4	57	75	0	15	9	1.05
11131780--11131919	39	3.6	39	89	0	190	40	22	22	13	1.89
11133461--11133540	40	2.0	40	92	4	135	35	13	7	43	1.73
11134050--11134102	22	2.3	22	81	12	54	52	3	1	41	1.30
11134977--11135020	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
11137642--11137941	95	3.2	95	85	8	418	50	9	10	30	1.68
11137647--11137941	91	3.2	90	87	7	439	49	9	10	30	1.69
11142851--11142892	21	2.0	21	95	0	75	30	9	16	42	1.80
11143065--11143108	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
11143209--11143298	39	2.3	39	81	9	112	41	11	22	25	1.86
11145607--11145661	3	18.3	3	96	0	101	65	0	0	34	0.93
11146066--11146104	16	2.5	17	88	12	57	25	0	0	74	0.82
11146067--11146121	16	3.5	15	77	22	51	29	0	1	69	0.99
11153308--11153356	22	2.2	22	85	0	62	14	51	24	10	1.73
11156396--11156443	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
11157651--11157713	20	3.2	21	78	13	71	52	1	0	46	1.10
11157660--11157722	20	3.0	21	84	11	76	58	1	0	39	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11157706--11157780	38	2.0	37	82	7	89	58	4	1	36	1.25
11159373--11159490	60	2.0	60	93	0	200	28	11	13	45	1.79
11159370--11159475	29	3.6	29	68	22	85	27	11	14	47	1.78
11159398--11159495	29	3.3	29	71	17	94	26	13	15	44	1.83
11159475--11159504	14	2.1	14	93	0	51	26	13	16	43	1.85
11159415--11159563	74	2.0	74	96	0	271	28	12	14	44	1.81
11159498--11159579	29	2.7	32	72	18	84	29	13	13	43	1.82
11160450--11160475	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
11165178--11165224	2	23.0	2	91	4	76	46	0	51	2	1.13
11170232--11170274	20	2.2	20	87	8	61	27	6	11	53	1.63
11170647--11170768	46	2.7	46	93	0	208	43	23	8	24	1.81
11177520--11177576	24	2.4	24	90	0	96	47	17	5	29	1.70
11178036--11178096	23	2.7	23	94	0	113	54	39	3	3	1.33
11179105--11179140	3	12.0	3	88	11	56	63	0	0	36	0.94
11179104--11179143	17	2.3	18	95	4	73	62	0	0	37	0.95
11179108--11179140	14	2.4	14	95	5	59	63	0	0	36	0.95
11182013--11182043	11	2.8	11	100	0	62	54	0	0	45	0.99
11190163--11190217	6	9.3	6	84	4	67	78	3	3	14	1.03
11190163--11190217	24	2.3	23	90	3	83	78	3	3	14	1.03
11191890--11191996	3	35.7	3	77	7	92	64	2	6	26	1.32
11191945--11191992	20	2.3	21	92	3	80	66	0	6	27	1.15
11192133--11192182	23	2.3	22	83	13	59	58	0	42	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11192890--11192931	17	2.5	17	92	0	75	9	21	42	26	1.83
11197062--11197119	30	1.9	30	89	6	91	10	25	39	24	1.87
11197557--11197769	115	1.8	116	94	1	383	38	8	15	38	1.77
11213941--11213974	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
11214034--11214068	13	2.7	13	90	0	61	60	0	2	37	1.12
11214110--11214172	30	2.1	30	93	0	108	58	12	1	26	1.43
11214202--11214244	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
11214209--11214249	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
11219200--11219251	26	2.1	26	85	7	72	46	5	0	48	1.26
11219188--11219261	25	2.9	25	78	13	71	47	5	0	47	1.25
11219413--11219452	13	3.0	13	85	3	53	40	10	0	50	1.36
11219408--11219450	13	3.2	13	83	3	50	37	9	2	51	1.47
11219570--11219623	20	2.7	19	77	11	54	35	3	0	61	1.14
11219593--11219641	25	2.0	25	84	8	64	34	0	0	65	0.93
11219631--11219679	25	1.9	26	88	12	75	42	4	0	53	1.20
11219605--11219671	12	5.3	13	72	12	59	43	1	0	55	1.09
11222454--11222568	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
11222454--11222587	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
11233526--11234451	206	4.5	206	90	0	1361	30	18	22	29	1.97
11233526--11234451	411	2.2	412	88	0	1361	30	18	22	29	1.97
11236187--11236221	18	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
11236252--11236459	11	18.4	11	64	25	55	33	4	1	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11236253--11236459	13	15.1	13	65	25	56	33	4	1	60	1.27
11236247--11236351	41	2.7	40	81	16	116	31	3	0	63	1.18
11236255--11236503	16	14.2	17	67	28	77	32	4	2	61	1.29
11236247--11236505	20	12.9	20	67	21	102	32	4	1	61	1.27
11236369--11236424	28	2.0	28	82	6	69	37	3	3	55	1.35
11236321--11236462	13	10.7	13	64	26	59	33	4	2	59	1.28
11236761--11236819	17	3.6	16	74	21	59	33	3	0	62	1.12
11238783--11238827	15	2.8	16	86	10	65	35	0	0	64	0.94
11242172--11242211	21	1.9	21	94	0	71	35	12	20	32	1.90
11255474--11255505	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
11255475--11255505	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
11259148--11259188	5	8.6	5	89	10	68	80	0	0	19	0.71
11259149--11259188	9	4.3	9	96	3	71	80	0	0	20	0.72
11259149--11259188	14	2.9	14	85	14	64	80	0	0	20	0.72
11261386--11261499	56	2.0	56	87	0	165	35	5	16	42	1.71
11265855--11265934	41	2.0	41	84	0	106	28	16	23	31	1.96
11278537--11278598	27	2.3	27	77	5	63	40	22	19	17	1.91
11282698--11282724	12	2.2	12	100	0	54	18	40	33	7	1.78
11291481--11291531	25	2.0	25	96	0	93	41	35	9	13	1.78
11292666--11292751	45	1.9	45	85	4	120	48	3	8	39	1.50
11294327--11294387	30	2.0	30	100	0	122	34	16	9	39	1.82
11303802--11304007	40	5.2	40	93	0	333	26	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11309224--11309469	49	5.0	49	81	3	285	28	27	18	24	1.98
11309226--11309469	100	2.5	99	85	2	328	29	27	18	24	1.98
11310193--11310392	99	2.0	99	99	0	391	26	23	8	42	1.82
11313766--11313813	23	2.1	23	96	0	87	16	25	12	45	1.82
11314903--11314942	17	2.4	17	87	8	55	45	0	2	52	1.14
11314958--11314983	9	2.9	9	100	0	52	80	0	7	11	0.89
11314967--11314996	13	2.2	14	94	5	53	80	0	6	13	0.91
11316102--11316177	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
11316138--11316228	19	4.9	19	88	8	143	37	14	9	38	1.79
11316115--11316228	35	3.0	36	83	12	131	38	14	8	37	1.78
11316138--11316240	36	2.8	38	85	10	144	37	12	10	38	1.78
11316347--11316387	21	2.0	21	85	9	57	12	2	14	70	1.26
11316593--11316779	45	4.2	45	81	1	214	25	27	14	32	1.95
11316594--11316762	89	1.9	89	86	2	241	26	28	13	31	1.94
11316793--11317087	78	3.8	78	86	2	414	25	23	18	31	1.98
11318281--11318411	54	2.5	53	90	6	205	13	29	19	38	1.90
11327695--11327732	19	2.0	20	89	5	60	71	0	0	28	0.87
11327985--11328042	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
11328021--11328092	19	3.9	19	82	10	105	36	13	9	40	1.78
11329824--11329997	39	4.5	39	95	0	303	28	29	22	18	1.97
11331981--11332017	19	1.9	19	88	0	56	35	8	2	54	1.44
11334058--11334086	14	2.0	15	93	6	51	27	6	10	55	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11334202--11334330	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
11334306--11334454	31	4.8	31	89	3	228	26	18	28	26	1.98
11334483--11334623	42	3.3	43	82	7	135	31	13	26	29	1.94
11334526--11334640	42	2.7	42	82	6	144	31	13	26	28	1.94
11335621--11335657	19	1.9	19	88	0	56	10	2	13	72	1.21
11337702--11337736	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
11338003--11338047	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
11338019--11338116	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
11338026--11338116	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
11338235--11338274	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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