genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81423045--81423518	172	2.8	171	72	15	454	28	23	19	29	1.98
81423785--81423912	64	2.0	64	87	0	184	38	13	17	31	1.88
81425009--81425034	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
81425510--81425615	56	1.9	56	96	0	194	33	2	16	47	1.61
81426564--81426656	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
81426678--81426717	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
81431307--81431399	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
81433469--81433518	27	1.9	25	88	8	73	72	0	0	28	0.86
81440357--81440393	19	1.9	19	94	0	65	45	10	13	29	1.77
81440397--81440627	119	2.0	119	93	2	405	39	11	9	39	1.73
81444191--81444215	13	1.9	13	100	0	50	8	0	4	88	0.64
81444588--81444676	3	29.7	3	70	13	58	58	5	0	35	1.22
81444589--81444637	21	2.3	21	83	10	64	59	6	0	34	1.22
81444568--81444671	33	3.2	32	89	4	149	54	6	0	38	1.27
81446374--81446430	20	2.8	20	78	0	60	70	22	5	1	1.17
81447460--81447504	19	2.2	20	84	7	56	37	0	2	60	1.09
81447460--81447520	20	3.3	19	73	17	56	44	0	1	54	1.10
81451846--81451916	37	1.9	36	83	8	90	29	0	7	63	1.21
81457511--81457554	19	2.4	19	80	3	54	27	0	18	54	1.44
81459140--81459166	6	4.5	6	100	0	54	51	48	0	0	1.00
81459377--81459422	21	2.2	21	100	0	92	60	0	4	34	1.16
81461935--81462001	3	22.3	3	93	0	116	0	35	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81464832--81464905	9	7.8	10	71	8	57	35	1	2	60	1.19
81471932--81471967	18	2.0	18	100	0	72	27	27	22	22	1.99
81472317--81472361	11	4.0	11	91	5	56	57	2	0	40	1.11
81472323--81472361	17	2.3	17	90	0	60	58	0	0	41	0.98
81473566--81473640	37	2.0	38	94	2	134	60	6	8	25	1.50
81477371--81477399	15	1.9	15	100	0	58	79	6	0	13	0.93
81477383--81477457	6	12.5	6	84	0	87	76	4	5	14	1.12
81477383--81477457	24	3.1	24	86	0	96	76	4	5	14	1.12
81477371--81477457	18	5.0	18	86	4	108	75	4	4	14	1.12
81480301--81480487	38	4.8	38	85	4	214	30	25	22	21	1.99
81487134--81487364	96	2.5	92	81	7	270	30	17	16	35	1.92
81487291--81487449	44	3.6	44	85	0	201	32	21	15	30	1.94
81493659--81493705	11	4.2	11	89	10	53	55	2	0	42	1.12
81493659--81493705	17	2.8	17	86	0	58	55	2	0	42	1.12
81493956--81493988	3	10.7	3	93	6	57	66	0	3	30	1.06
81493993--81494053	30	2.0	30	81	6	70	73	3	3	19	1.11
81504966--81505001	16	2.2	16	95	0	63	22	2	36	38	1.69
81505150--81505194	16	2.8	16	83	16	65	55	0	0	44	0.99
81505257--81505308	14	3.6	14	75	14	52	53	0	1	44	1.11
81505158--81505374	117	1.8	120	91	5	361	51	5	1	41	1.34
81508013--81508038	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
81508825--81508943	59	2.0	60	87	8	172	41	15	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81509849--81509926	21	3.9	21	76	10	90	12	23	1	62	1.37
81509849--81509923	39	1.9	39	97	0	141	10	24	1	64	1.33
81510570--81510617	21	2.3	21	96	0	87	25	12	4	58	1.52
81510579--81510624	21	2.2	21	84	0	56	32	10	2	54	1.47
81518944--81519011	10	7.0	10	71	18	54	35	2	1	60	1.21
81519437--81519492	29	1.9	29	85	7	78	26	5	17	50	1.68
81531459--81531495	19	1.9	19	88	0	56	64	0	8	27	1.21
81542627--81542805	39	4.5	40	90	5	240	32	18	2	46	1.61
81542629--81542812	79	2.3	81	87	5	277	33	19	1	45	1.60
81542629--81542809	40	4.6	40	88	4	260	33	19	1	45	1.60
81545151--81545190	20	2.1	19	86	9	55	25	12	5	57	1.55
81553649--81553691	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
81553672--81553704	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
81553683--81553777	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
81553939--81553973	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
81553897--81553969	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
81553858--81554129	144	1.9	147	92	3	469	46	2	3	46	1.35
81554083--81554117	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
81560867--81560930	23	2.8	21	80	15	65	23	3	4	68	1.23
81560897--81560935	17	2.4	16	83	8	51	25	0	2	71	0.98
81566123--81566160	9	4.3	9	83	6	51	47	36	0	15	1.46
81567423--81567454	14	2.3	14	100	0	64	43	6	6	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81568048--81568085	6	6.5	6	84	6	51	36	10	0	52	1.36
81573109--81573144	14	2.6	14	95	0	63	33	30	25	11	1.90
81576911--81577424	44	11.7	44	70	11	288	36	22	21	19	1.95
81577032--81577430	132	3.0	131	72	9	346	37	22	21	18	1.95
81576879--81577430	87	6.3	86	80	6	540	36	22	22	19	1.95
81577530--81577634	44	2.4	45	82	4	115	27	16	24	31	1.96
81577864--81577908	18	2.5	18	81	0	63	46	37	0	15	1.46
81579171--81579227	20	2.6	21	78	13	53	40	8	3	47	1.52
81579520--81579587	21	3.2	20	75	17	66	33	8	2	54	1.47
81585800--81585838	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
81585800--81585864	19	2.9	23	84	13	66	24	1	9	64	1.31
81596515--81596591	9	8.6	9	83	0	91	45	19	7	27	1.77
81596514--81596591	27	2.9	27	82	0	102	46	19	7	26	1.77
81597578--81597616	21	1.9	20	84	5	51	7	25	10	56	1.59
81609121--81609186	12	5.1	13	72	26	59	51	0	0	48	1.00
81609160--81609273	60	1.9	58	82	7	140	44	0	3	50	1.24
81609249--81609299	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
81609370--81609460	44	2.0	46	89	8	143	35	28	5	30	1.80
81609445--81609499	16	3.4	16	87	0	83	27	29	9	34	1.87
81629524--81629858	164	2.0	164	98	0	652	40	18	16	24	1.90
81639125--81639613	259	1.9	259	80	7	573	40	10	13	35	1.79
81639363--81640122	307	2.5	292	79	6	792	40	8	14	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81639374--81640143	295	2.6	299	78	7	803	40	8	14	36	1.76
81642037--81642074	18	2.1	18	90	0	58	42	7	36	13	1.73
81659516--81659559	16	2.7	16	82	3	52	70	4	25	0	1.06
81659516--81659558	12	3.5	13	81	9	54	69	4	25	0	1.07
81664817--81664865	12	4.2	12	71	23	50	46	10	8	34	1.67
81666658--81666689	9	3.6	9	91	0	55	28	9	15	46	1.77
81676730--81677022	118	2.5	118	96	1	536	39	15	2	43	1.59
81677293--81677332	21	1.9	21	89	0	62	25	10	17	47	1.78
81680173--81680490	173	1.8	173	85	5	451	29	18	12	39	1.88
81682035--81682061	13	2.1	13	100	0	54	22	29	14	33	1.94
81682506--81682566	22	2.7	23	94	5	115	44	24	14	16	1.85
81682593--81682636	19	2.4	19	88	3	63	40	18	6	34	1.77
81689181--81689279	3	33.0	3	95	0	171	67	30	0	2	1.02
81694614--81694666	21	2.3	23	75	21	58	43	0	3	52	1.19
81694782--81694842	3	20.7	3	80	9	72	39	0	1	59	1.08
81694781--81694842	19	3.6	16	79	16	70	40	0	1	58	1.08
81698164--81698443	141	2.0	139	93	2	483	33	18	19	28	1.95
81700213--81700578	178	2.1	178	90	2	565	36	18	8	36	1.81
81703349--81703520	93	1.8	93	91	2	283	27	29	20	22	1.99
81703341--81703515	46	3.8	45	78	10	192	28	28	20	22	1.98
81703392--81703535	46	3.1	44	70	21	107	29	27	20	22	1.98
81706224--81706515	144	2.0	144	94	0	512	20	14	9	54	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81710092--81710211	46	2.6	46	83	11	131	28	15	29	27	1.96
81709997--81710258	140	1.9	140	79	9	302	29	14	29	27	1.96
81717661--81717902	46	5.2	46	75	15	164	31	17	26	23	1.97
81717701--81717923	47	4.8	46	76	11	170	29	18	28	23	1.98
81723906--81723950	19	2.3	20	81	11	58	15	6	6	71	1.29
81727912--81727936	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
81728832--81728884	22	2.4	22	87	6	72	11	20	41	26	1.86
81730861--81730907	17	2.8	17	87	3	60	74	2	6	17	1.12
81735901--81735925	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
81767285--81767396	27	4.1	27	82	11	131	38	22	23	16	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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