genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  204  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68023344--68023421	6	12.7	6	74	15	70	19	19	14	47	1.82
68023344--68023421	31	2.5	31	91	0	120	19	19	14	47	1.82
68026545--68026602	27	2.1	27	90	0	89	15	25	20	37	1.92
68027375--68027417	21	2.0	21	90	0	68	34	16	11	37	1.85
68045094--68045277	40	4.7	40	79	11	168	25	21	26	26	2.00
68045146--68045300	79	2.0	79	80	10	174	26	21	26	25	1.99
68053033--68053216	40	4.7	40	82	8	209	26	21	27	25	2.00
68053085--68053239	79	2.0	79	81	10	183	27	20	27	25	1.99
68062035--68062081	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
68062052--68062130	19	4.2	19	87	9	117	36	16	10	36	1.82
68062918--68063392	41	11.4	42	64	20	192	25	22	22	29	1.99
68062871--68063399	84	6.3	84	89	5	786	24	22	22	29	1.99
68064355--68064410	7	7.6	7	83	13	60	0	17	0	82	0.68
68064353--68064410	31	1.9	29	86	6	80	0	17	0	82	0.66
68070025--68070066	21	2.0	21	85	4	57	38	19	9	33	1.84
68070037--68070134	19	5.2	19	90	7	155	35	17	10	36	1.84
68070037--68070134	36	2.6	37	88	9	144	35	17	10	36	1.84
68075798--68076002	102	2.0	102	95	0	365	28	27	28	15	1.96
68076246--68076467	48	4.6	48	92	0	363	31	27	6	35	1.82
68083538--68083574	17	2.2	17	95	0	65	32	27	2	37	1.71
68088346--68088441	49	2.0	49	89	0	147	26	18	27	28	1.98
68093437--68093614	49	3.6	49	83	3	171	25	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68093434--68093631	101	2.0	100	85	1	270	26	18	24	30	1.98
68098951--68099015	24	2.7	24	78	7	69	56	4	7	30	1.48
68109703--68109732	8	3.6	8	91	8	51	36	13	26	23	1.92
68109691--68109732	17	2.6	16	82	17	52	33	14	28	23	1.94
68143228--68143493	40	6.7	40	95	0	464	21	27	19	31	1.98
68151948--68152215	40	6.7	40	95	0	473	22	26	19	30	1.98
68156636--68156698	33	1.9	33	100	0	126	39	4	15	39	1.69
68158706--68158784	19	4.2	19	87	9	108	35	16	11	36	1.85
68158706--68158784	36	2.1	40	88	9	121	35	16	11	36	1.85
68158907--68158940	6	5.7	6	100	0	68	14	0	0	85	0.60
68158909--68158952	18	2.4	18	85	7	54	18	2	0	79	0.83
68159193--68159514	87	3.7	86	69	17	223	28	20	18	32	1.96
68159233--68159802	175	3.3	175	91	0	908	27	20	18	33	1.96
68159767--68160081	44	7.1	44	73	8	246	27	23	16	32	1.96
68159763--68160081	132	2.4	132	90	1	494	27	23	16	31	1.96
68168586--68168810	40	5.7	40	85	5	278	24	22	27	25	2.00
68168625--68168843	79	2.8	80	83	6	225	26	21	27	24	1.99
68189951--68190344	50	7.9	50	75	6	330	27	17	25	30	1.97
68189952--68190133	101	1.8	101	81	2	231	27	16	25	30	1.97
68189950--68190341	151	2.6	150	87	2	554	27	17	25	30	1.97
68196489--68196513	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
68203590--68203640	21	2.4	22	77	9	52	21	11	5	60	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68209677--68210216	47	11.5	47	91	0	855	33	9	29	27	1.88
68209843--68209920	25	3.2	25	65	17	74	34	5	29	30	1.79
68218499--68218559	30	2.0	30	84	6	79	40	6	22	29	1.79
68225656--68225833	27	6.6	27	83	3	196	29	27	15	27	1.96
68225677--68225832	82	1.9	81	87	6	226	29	27	15	27	1.96
68233635--68233778	55	2.6	55	78	6	132	15	27	30	26	1.96
68236041--68236108	35	1.9	35	90	0	109	35	20	11	32	1.89
68248261--68248385	29	4.3	29	85	1	171	24	14	31	29	1.95
68252572--68252606	17	2.0	18	88	5	54	8	22	42	25	1.82
68252664--68252788	29	4.4	28	81	5	144	24	12	32	31	1.92
68256896--68256974	38	2.1	38	100	0	158	35	2	21	40	1.67
68257291--68257420	23	5.5	23	75	11	102	23	21	17	36	1.94
68257344--68257496	44	3.4	44	87	4	200	19	20	20	39	1.93
68257344--68257508	23	7.3	23	77	8	142	21	19	20	38	1.93
68275163--68275187	13	1.9	13	100	0	50	52	16	32	0	1.44
68276398--68276435	19	1.9	21	89	10	62	68	0	15	15	1.22
68278050--68278172	61	2.0	61	98	0	237	35	27	8	27	1.87
68283713--68283901	41	4.6	41	76	9	170	38	13	25	22	1.91
68285501--68285674	49	3.6	49	76	5	156	29	18	27	24	1.98
68285501--68285676	98	1.8	97	81	3	219	29	18	27	24	1.98
68293114--68293231	46	2.5	48	90	2	177	27	16	30	24	1.97
68293251--68293469	49	4.5	49	85	1	235	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68294528--68294610	28	3.0	28	89	0	130	16	18	44	20	1.87
68294526--68294618	28	3.3	28	86	0	123	19	18	43	19	1.89
68295942--68295975	18	1.9	17	88	5	50	67	14	8	8	1.41
68299179--68299233	20	2.8	20	80	2	67	52	14	1	30	1.52
68299916--68299973	23	2.6	23	74	15	59	48	1	5	44	1.35
68301814--68301844	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
68303558--68303587	7	4.1	7	91	8	51	13	3	0	83	0.77
68304500--68304541	20	2.0	21	90	4	68	35	2	2	59	1.23
68304500--68304570	25	3.0	24	80	11	85	36	4	1	57	1.27
68304534--68304592	25	2.3	26	82	8	68	33	6	5	54	1.49
68308529--68308582	19	2.8	19	88	5	74	27	18	5	48	1.70
68313984--68314142	27	5.9	27	80	11	175	34	21	24	19	1.96
68314002--68314145	54	2.7	54	92	2	236	34	22	24	18	1.96
68315623--68315658	12	3.0	12	95	0	63	0	47	0	52	1.00
68315779--68315886	26	4.2	26	89	0	171	37	24	5	33	1.79
68317950--68318111	42	3.7	43	82	12	179	28	26	14	30	1.95
68318036--68318203	47	3.6	47	83	4	178	29	26	15	28	1.96
68317994--68318203	95	2.3	95	82	6	236	29	26	15	29	1.96
68318225--68318311	31	2.8	31	89	0	138	25	27	19	27	1.99
68318287--68318415	50	2.5	51	93	2	224	24	24	17	34	1.96
68323672--68324102	45	9.4	44	68	14	221	31	19	20	28	1.97
68323672--68323961	131	2.2	132	81	3	325	31	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68325025--68325051	14	1.9	14	100	0	54	18	7	0	74	1.05
68329568--68329741	40	4.4	40	91	2	246	26	27	21	25	1.99
68337467--68337682	40	5.4	40	93	1	355	25	28	22	23	1.99
68339891--68340106	46	4.7	46	77	11	176	28	18	28	24	1.98
68352416--68352472	29	1.9	30	89	3	89	15	31	35	17	1.92
68356270--68356425	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
68356269--68356422	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
68356270--68356425	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
68356262--68356446	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
68356262--68356446	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
68359276--68359501	25	9.1	25	77	4	188	26	16	21	35	1.94
68359284--68359501	99	2.2	100	80	4	244	27	16	21	34	1.95
68365386--68365494	27	4.0	26	82	10	121	37	21	24	16	1.93
68365386--68365494	54	2.0	54	84	7	141	37	21	24	16	1.93
68365914--68365943	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
68366914--68366960	24	2.0	24	91	8	78	21	38	4	36	1.73
68371084--68371195	27	4.2	26	85	7	143	37	23	25	14	1.92
68371084--68371195	54	2.1	54	88	3	163	37	23	25	14	1.92
68372613--68372659	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
68374003--68374148	75	2.0	74	94	1	256	25	36	11	26	1.90
68377719--68377751	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
68380211--68380362	43	3.5	44	82	12	181	23	18	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68385884--68386056	46	3.7	46	74	13	174	22	18	27	31	1.97
68385881--68386051	93	1.8	93	91	0	279	22	18	28	30	1.97
68390352--68390437	7	11.9	7	71	15	50	18	0	46	34	1.50
68390343--68390441	29	3.4	29	78	13	96	19	0	43	37	1.51
68390340--68390412	22	3.4	21	80	16	78	19	0	42	38	1.51
68390341--68390439	14	6.9	14	68	11	56	18	0	45	36	1.49
68397336--68397404	35	2.0	35	82	5	86	36	2	4	56	1.34
68397536--68397762	43	5.3	43	84	2	235	24	16	27	31	1.97
68398081--68398193	43	2.7	42	78	12	124	25	18	24	30	1.98
68404388--68404582	96	2.0	96	92	3	322	33	23	13	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320