genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77424071--77424103	17	2.0	17	88	5	50	30	0	6	63	1.18
77425859--77425924	34	1.9	34	84	6	89	16	3	39	40	1.64
77426172--77426204	14	2.3	15	89	5	50	48	0	3	48	1.17
77429145--77429319	88	2.0	88	91	0	287	29	21	10	38	1.86
77430055--77430087	18	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
77432293--77432339	22	2.0	22	88	12	67	59	4	0	36	1.17
77444220--77444267	25	1.9	25	86	0	69	29	10	31	29	1.90
77444273--77444360	25	3.5	25	80	6	90	37	15	26	20	1.93
77449919--77449990	35	2.1	35	97	0	135	29	22	5	43	1.76
77451196--77451230	18	1.9	18	88	0	52	48	5	0	45	1.26
77458779--77458813	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
77466698--77466807	50	2.2	50	82	8	125	30	18	24	27	1.98
77466794--77466843	25	2.0	25	88	0	73	42	16	24	18	1.89
77467203--77467244	21	2.0	21	85	0	57	42	19	0	38	1.51
77473893--77473952	23	2.6	22	79	7	66	51	3	0	45	1.17
77477065--77477128	19	3.2	20	80	8	69	57	12	3	26	1.50
77489981--77490112	27	4.9	27	82	0	147	31	21	6	40	1.79
77489981--77490112	54	2.4	54	84	0	165	31	21	6	40	1.79
77490089--77490336	27	9.2	27	77	8	186	41	21	7	29	1.81
77490016--77490138	54	2.3	54	82	0	147	33	17	8	40	1.79
77490089--77490419	54	6.1	54	74	10	201	40	20	7	30	1.81
77490103--77490310	80	2.6	81	84	3	233	41	20	7	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77490103--77490336	81	2.9	80	83	5	249	42	20	7	29	1.80
77490313--77490390	29	2.8	28	75	19	81	46	16	5	32	1.69
77490089--77490398	27	11.4	27	77	7	164	40	20	7	31	1.80
77490452--77490542	27	3.4	27	83	3	103	35	19	24	20	1.96
77491335--77491403	25	2.8	24	91	2	102	26	27	21	24	1.99
77491335--77491416	24	3.4	24	88	5	103	29	24	21	24	1.99
77491538--77491572	17	2.1	17	100	0	70	22	28	25	22	1.99
77491640--77491815	31	5.7	31	89	0	246	29	15	23	30	1.96
77495199--77495264	32	2.1	32	97	0	123	19	16	33	30	1.94
77528436--77528485	25	2.0	25	88	7	75	58	14	4	24	1.53
77528532--77528626	47	2.0	48	83	6	122	62	6	4	27	1.38
77528533--77528627	25	4.0	22	73	15	82	61	6	5	27	1.42
77528885--77528948	26	2.4	25	80	10	65	56	3	4	35	1.36
77537028--77537069	18	2.3	19	83	4	50	19	9	0	71	1.13
77538495--77538541	19	2.6	19	83	12	55	12	6	2	78	1.02
77538477--77538561	6	13.5	6	78	14	82	15	4	3	76	1.09
77540337--77540400	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
77540608--77540714	24	4.4	24	92	4	180	28	22	19	29	1.98
77540608--77540714	49	2.2	47	93	5	178	28	22	19	29	1.98
77540765--77540822	20	2.9	20	86	0	80	37	18	10	32	1.85
77540865--77540912	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
77558615--77558674	31	1.9	31	86	0	84	55	13	6	25	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77560292--77560335	20	2.1	21	88	12	65	31	2	6	59	1.36
77563475--77563590	42	2.8	42	80	2	108	46	15	21	16	1.84
77565281--77565309	4	7.5	4	92	7	51	48	0	0	51	1.00
77567425--77567465	12	3.5	12	86	3	57	17	14	0	68	1.22
77575624--77575653	15	1.9	16	93	6	53	86	0	10	3	0.67
77576495--77576779	139	2.1	139	84	1	365	34	16	21	28	1.95
77576546--77577148	89	6.8	88	77	9	470	33	15	19	31	1.93
77576686--77577165	221	2.2	221	85	3	635	34	13	19	31	1.91
77576551--77577640	44	23.7	45	73	10	566	33	15	20	29	1.94
77577082--77577441	191	1.9	189	86	3	517	32	16	22	28	1.96
77577121--77577640	95	5.4	96	79	7	504	34	17	20	28	1.95
77581880--77581941	31	2.0	31	96	0	115	35	11	19	33	1.87
77582605--77582923	46	7.0	46	88	3	364	21	24	15	38	1.92
77582605--77582923	137	2.3	137	86	2	426	21	24	15	38	1.92
77582605--77582922	92	3.5	91	87	2	415	21	24	15	38	1.92
77585084--77585120	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
77589346--77589424	29	2.8	29	80	1	79	37	21	25	15	1.92
77589370--77589424	28	1.9	29	85	3	76	38	21	27	12	1.90
77592694--77592760	24	2.8	25	88	6	95	38	0	0	61	0.96
77592699--77592742	17	2.4	18	81	7	54	45	0	0	54	0.99
77592765--77592817	20	2.6	20	77	19	56	30	1	5	62	1.29
77592691--77592796	22	4.7	21	74	13	61	35	0	0	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77603240--77603340	43	2.3	44	83	11	136	30	26	17	24	1.97
77603240--77603354	43	2.6	42	80	16	112	30	25	18	26	1.98
77604909--77605054	63	2.3	63	79	6	154	27	8	30	33	1.86
77606456--77606553	49	2.0	49	100	0	196	26	18	22	32	1.97
77614138--77614224	42	2.1	42	100	0	174	45	16	8	29	1.75
77618734--77618774	21	2.0	21	100	0	82	4	51	4	39	1.45
77626205--77626260	22	2.6	23	81	18	68	62	3	10	23	1.43
77638926--77638975	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
77642950--77643095	71	2.0	72	97	1	276	23	18	18	39	1.92
77644956--77645059	51	2.0	51	98	0	199	32	15	13	38	1.86
77648544--77648603	21	2.9	21	75	5	59	20	23	31	25	1.98
77650262--77650350	46	2.0	45	91	4	144	32	13	25	28	1.94
77650255--77650366	44	2.5	45	85	2	136	35	13	23	27	1.92
77664626--77664656	14	2.2	14	94	0	53	29	3	0	67	1.06
77677045--77677273	43	5.3	43	86	0	244	24	16	30	28	1.96
77682675--77682743	23	3.3	23	63	23	60	42	5	10	42	1.62
77682671--77682752	40	2.0	40	95	0	146	47	6	9	36	1.61
77684509--77684565	27	2.1	27	93	0	96	29	5	35	29	1.79
77685111--77685209	30	3.3	30	89	0	162	25	49	6	19	1.71
77685686--77685737	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
77685774--77685889	28	4.3	28	75	12	109	31	6	4	57	1.42
77685834--77685941	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77685840--77685926	24	3.5	24	77	12	70	31	5	5	57	1.46
77685883--77685941	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
77686058--77686092	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
77691255--77691324	23	3.0	22	77	10	61	42	0	2	54	1.15
77691292--77691319	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
77692385--77692411	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
77692436--77692466	6	5.2	6	92	0	53	16	19	16	48	1.81
77692920--77692972	20	2.7	20	93	0	88	15	7	18	58	1.60
77693269--77693316	5	8.8	5	91	8	60	75	0	0	25	0.81
77700638--77701085	75	6.0	73	85	5	522	29	17	20	32	1.95
77700633--77701085	149	3.0	147	85	3	575	30	17	19	32	1.95
77701063--77701109	13	3.5	13	85	5	58	17	10	4	68	1.35
77701003--77701287	100	2.8	100	88	3	396	24	16	19	39	1.92
77701297--77701553	76	3.5	74	87	5	353	32	16	20	30	1.95
77701706--77701843	71	1.9	71	91	0	222	34	15	18	31	1.92
77701848--77702151	77	4.1	77	88	5	414	27	17	22	33	1.96
77702172--77702386	87	2.5	88	83	4	256	29	14	19	36	1.91
77703050--77703105	18	3.4	18	68	27	61	25	48	7	19	1.74
77703040--77703138	30	3.3	30	91	0	162	27	48	6	18	1.71
77703616--77703667	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
77703683--77703833	25	6.0	26	74	11	102	34	6	4	54	1.47
77703712--77703786	27	2.7	29	71	23	72	34	5	4	56	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77703762--77703869	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
77703811--77703869	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
77703984--77704018	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
77707354--77707410	27	2.1	27	87	9	80	49	1	0	49	1.11
77727492--77727525	18	1.9	17	88	5	50	55	2	0	41	1.15
77727792--77727845	13	4.7	12	75	22	53	22	0	3	74	0.98
77727792--77727846	23	2.4	22	82	14	67	21	0	3	74	0.97
77727807--77727853	24	2.0	24	83	8	60	25	0	6	68	1.13
77730363--77730549	100	1.9	100	93	0	320	29	25	18	26	1.98
77730362--77730551	49	3.9	48	79	6	202	29	26	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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