genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89979588--89979765	54	3.3	55	80	3	164	27	29	17	25	1.97
89987026--89987184	39	4.1	39	88	0	246	23	28	23	23	1.99
89987021--89987184	78	2.1	78	94	0	283	23	28	23	25	2.00
89994093--89994186	23	4.1	23	85	0	134	48	4	24	22	1.68
89998540--89998633	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
90001112--90001154	22	2.0	22	90	0	68	41	9	13	34	1.77
90001407--90001446	6	6.5	6	83	16	55	80	2	0	17	0.83
90001384--90001446	31	2.0	31	84	6	83	73	3	0	23	0.98
90001407--90001448	19	2.2	20	86	4	59	80	2	0	16	0.81
90001467--90001517	18	2.8	18	87	0	75	29	11	17	41	1.85
90001666--90001815	75	2.0	75	98	0	291	34	20	8	38	1.82
90003485--90003748	47	5.7	47	75	12	192	26	18	31	23	1.97
90008071--90008377	126	2.4	126	89	2	472	34	18	18	27	1.95
90011644--90011968	126	2.6	126	86	3	447	36	16	16	30	1.91
90022247--90022328	25	3.3	25	78	11	87	20	28	17	34	1.95
90023906--90023977	35	2.1	35	91	0	117	31	33	19	15	1.93
90024572--90024610	16	2.4	16	91	8	62	12	28	10	48	1.74
90032320--90032508	43	4.4	43	96	0	351	8	25	34	31	1.87
90032484--90032524	16	2.6	16	100	0	82	9	34	29	26	1.88
90032441--90032567	59	2.2	59	97	0	236	10	27	32	29	1.90
90032398--90032610	102	2.1	102	98	0	408	9	26	33	30	1.89
90032500--90032681	43	4.2	43	94	0	319	10	25	32	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90032355--90032650	145	2.0	145	96	0	547	10	25	33	31	1.89
90032320--90032681	188	1.9	188	95	0	652	9	24	33	31	1.88
90032672--90032790	45	2.6	45	85	0	148	20	24	26	29	1.99
90036774--90036812	16	2.5	16	91	4	62	7	25	15	51	1.70
90041690--90041870	40	4.6	39	79	10	179	26	27	20	25	1.99
90049149--90049332	40	4.6	40	78	10	180	23	27	22	25	2.00
90049151--90049333	79	2.3	81	82	7	214	24	27	22	25	2.00
90051962--90052001	21	1.9	20	90	10	62	47	20	5	27	1.70
90056466--90056603	69	2.0	69	100	0	276	30	10	8	50	1.66
90057054--90057153	50	2.0	50	100	0	200	16	26	16	42	1.88
90065459--90065517	6	10.2	6	79	17	54	49	15	3	32	1.61
90065514--90065541	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
90066043--90066067	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
90069347--90069414	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
90069236--90069563	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	29	1.95
90069521--90069594	29	2.5	30	82	12	100	29	28	14	27	1.95
90082354--90082386	7	4.7	7	100	0	66	42	0	0	57	0.98
90105280--90105339	24	2.5	24	74	15	61	60	6	3	30	1.39
90105824--90105879	21	2.7	21	71	0	67	3	0	39	57	1.16
90107689--90107738	15	3.5	15	68	15	52	76	10	4	10	1.15
90107692--90107748	27	2.1	27	100	0	114	75	10	7	7	1.19
90110198--90110235	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90111472--90111755	100	2.9	100	90	3	443	40	14	11	33	1.83
90112699--90112750	23	2.2	24	86	10	81	69	0	0	30	0.89
90112699--90112751	22	2.3	23	90	3	81	69	0	0	30	0.88
90112844--90112897	20	2.7	20	80	5	65	61	0	1	37	1.07
90112864--90112925	24	2.6	23	82	12	72	66	0	0	33	0.92
90114365--90114422	29	2.1	27	83	6	71	43	5	3	48	1.42
90115299--90115340	21	2.0	21	82	13	52	45	7	4	42	1.52
90115898--90115988	23	4.0	23	85	0	128	47	4	25	23	1.70
90119613--90119706	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
90125372--90125401	15	2.0	15	100	0	60	33	6	40	20	1.78
90137787--90137876	45	2.0	45	97	0	171	33	21	8	36	1.84
90137884--90137999	23	5.0	23	75	8	92	46	33	5	14	1.67
90138147--90138195	24	2.0	23	81	14	55	28	24	0	46	1.53
90139308--90139358	20	2.4	22	83	9	61	50	1	0	47	1.12
90145357--90145418	23	2.7	23	87	0	88	50	35	3	11	1.55
90145567--90145621	24	2.3	24	82	14	62	29	23	0	47	1.52
90146780--90146830	20	2.4	22	83	9	61	50	1	0	47	1.12
90150820--90150861	18	2.3	18	84	12	59	54	0	4	40	1.21
90150830--90150871	17	2.2	20	88	12	63	47	0	4	47	1.23
90155019--90155104	43	2.0	43	95	0	154	53	16	12	17	1.73
90163321--90163407	44	2.0	44	95	0	156	39	18	8	34	1.80
90169308--90169362	20	2.8	19	86	5	74	14	29	36	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90169594--90169637	19	2.4	17	85	14	52	47	18	4	29	1.68
90170164--90170323	52	3.1	51	74	9	144	31	25	15	27	1.95
90176382--90176602	40	5.6	40	79	2	232	24	25	23	26	2.00
90180106--90180222	38	3.0	38	92	2	189	29	27	23	18	1.98
90194251--90194282	6	5.3	6	100	0	64	0	46	0	53	1.00
90197263--90197309	15	3.3	15	76	11	62	14	6	12	65	1.44
90197263--90197320	15	4.0	15	75	8	57	15	6	13	63	1.49
90203252--90203788	44	12.4	44	87	3	766	23	31	16	27	1.96
90203296--90203797	128	3.9	128	93	1	815	22	32	16	28	1.96
90213517--90214413	44	20.8	44	86	4	1267	22	32	17	28	1.96
90213517--90214413	84	10.4	85	88	3	1207	22	32	17	28	1.96
90213517--90214413	128	6.9	129	86	4	1174	22	32	17	28	1.96
90219969--90220215	132	1.9	132	84	0	332	36	19	17	27	1.94
90221233--90221272	16	2.6	15	88	7	62	70	0	5	25	1.08
90221314--90221343	13	2.3	13	94	0	51	70	13	3	13	1.30
90222771--90222863	39	2.4	39	94	0	159	24	21	30	23	1.99
90226223--90226286	25	2.6	25	79	0	74	32	21	23	21	1.98
90236786--90236820	17	2.1	17	100	0	70	34	22	28	14	1.93
90237007--90237211	45	4.6	45	94	0	365	25	8	47	17	1.76
90243343--90243423	40	2.0	40	85	0	108	62	9	2	24	1.38
90243450--90243486	6	6.2	6	93	0	56	72	0	0	27	0.84
90244640--90244721	23	3.5	24	80	11	80	60	0	0	39	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90244650--90244714	17	3.7	17	73	24	55	56	0	0	43	0.99
90244641--90244712	6	12.3	6	74	20	55	58	0	0	41	0.98
90246513--90246630	48	2.5	48	98	0	227	39	17	0	42	1.50
90248227--90248291	27	2.4	26	75	14	60	53	3	0	43	1.16
90248911--90248969	11	5.4	11	87	0	82	47	40	10	1	1.47
90257737--90257769	17	1.9	17	88	11	50	57	6	3	33	1.38
90257901--90257944	15	3.0	14	83	6	52	47	4	0	47	1.22
90259468--90259559	37	2.5	37	87	1	130	32	20	19	27	1.97
90260497--90260537	19	2.1	20	86	13	59	2	21	0	75	0.92
90260498--90260535	15	2.5	15	87	12	51	2	18	0	78	0.86
90260598--90260647	15	3.5	15	68	15	52	42	4	0	54	1.19
90264763--90264806	24	1.9	24	81	9	56	50	9	15	25	1.74
90264904--90264965	26	2.3	27	75	13	65	56	6	8	29	1.53
90266227--90266364	39	3.5	40	89	2	131	25	31	22	20	1.98
90266243--90266368	39	3.2	39	91	0	198	27	30	20	20	1.98
90269197--90269268	37	1.9	37	91	0	117	27	29	19	23	1.98
90269415--90270547	48	23.1	48	93	4	1881	30	27	6	36	1.81
90270112--90270524	103	4.0	106	90	6	672	28	26	7	37	1.83
90269431--90270547	199	5.7	199	93	4	1944	30	27	6	36	1.81
90270065--90270525	155	3.0	154	92	5	735	28	27	7	37	1.83
90277573--90277716	39	3.7	39	92	1	209	25	29	22	21	1.99
90288295--90288327	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90292127--90292175	20	2.5	20	89	0	80	59	4	0	36	1.17
90294839--90294881	10	4.4	10	79	5	52	76	9	0	13	1.01
90294847--90294883	19	1.9	19	88	0	56	75	8	0	16	1.02
90295198--90295231	15	2.1	17	89	10	54	76	5	11	5	1.14
90296149--90296174	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
90300396--90300436	6	7.0	6	91	2	57	82	0	4	12	0.81
90305036--90305143	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
90309224--90309279	17	3.4	16	90	9	87	60	5	5	28	1.41
90309233--90309279	15	3.0	15	93	6	76	59	6	6	27	1.46
90311940--90311986	23	2.0	23	95	0	85	31	12	21	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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