genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12956917--12957067	27	5.4	27	76	8	124	21	18	4	55	1.60
12956925--12957084	27	5.8	27	74	5	97	23	16	4	56	1.58
12958063--12958092	4	7.8	4	92	7	53	73	0	0	26	0.84
12963996--12964106	38	2.9	37	74	8	105	32	29	17	20	1.95
12964721--12964764	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
12965092--12965117	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
12965316--12965349	15	2.3	15	90	5	52	67	0	2	29	1.05
12968529--12968563	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
12970224--12970276	27	2.0	27	88	7	81	37	7	9	45	1.65
12972227--12972255	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
12975620--12975662	22	2.0	22	86	9	61	65	4	2	27	1.25
12986299--12986411	27	4.2	26	84	7	136	38	22	23	15	1.93
12986299--12986411	54	2.1	54	86	3	156	38	22	23	15	1.93
12989383--12989584	75	2.7	75	86	1	280	22	21	21	34	1.97
12989972--12990038	2	33.5	2	96	0	125	0	50	0	49	1.00
12991786--12991813	13	2.2	13	100	0	56	35	17	21	25	1.95
12995900--12996032	69	1.9	69	90	3	214	37	10	16	35	1.83
12997287--12997574	75	3.8	75	84	0	351	23	21	19	35	1.96
12997287--12997574	150	1.9	150	85	1	398	23	21	19	35	1.96
12999818--12999878	26	2.4	26	83	5	81	18	9	4	67	1.37
13000032--13000068	16	2.2	18	85	9	51	29	0	0	70	0.88
13001349--13001425	22	3.5	22	94	3	120	10	37	28	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13005635--13005697	33	1.9	32	81	9	74	20	12	11	55	1.67
13006824--13006911	38	2.2	40	84	4	108	47	5	2	44	1.39
13014884--13014917	16	2.1	17	89	10	54	29	0	5	64	1.17
13015544--13015613	23	3.0	23	83	6	79	24	11	21	42	1.85
13016257--13016290	3	11.3	3	93	0	59	32	0	2	64	1.08
13016527--13016556	7	4.3	7	100	0	60	33	0	0	66	0.92
13018360--13018388	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
13018547--13018583	18	2.1	18	100	0	74	43	0	0	56	0.99
13020740--13020772	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
13021005--13021109	45	2.3	45	91	0	174	21	25	15	37	1.93
13021070--13021335	46	5.8	46	82	4	297	20	23	13	42	1.88
13021070--13021335	93	2.9	92	82	5	324	20	23	13	42	1.88
13023140--13023189	21	2.5	20	84	9	75	46	4	0	50	1.20
13023287--13023358	29	2.5	27	72	18	65	45	4	0	50	1.21
13025221--13025259	11	3.6	11	80	19	55	76	5	17	0	0.96
13025212--13025259	15	2.9	17	87	9	64	77	4	18	0	0.93
13025218--13025267	21	2.4	21	96	0	91	78	4	18	0	0.91
13025212--13025264	21	2.3	24	78	18	76	79	3	16	0	0.88
13033042--13033084	18	2.4	18	92	0	68	20	20	11	46	1.82
13035107--13035145	17	2.4	16	87	8	53	15	20	0	64	1.30
13035134--13035167	17	2.0	18	88	11	54	11	17	0	70	1.16
13036223--13036256	17	2.0	17	94	0	59	61	0	5	32	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13036228--13036261	17	2.1	17	88	5	52	61	0	2	35	1.11
13060850--13060876	7	3.9	7	100	0	54	74	0	14	11	1.08
13065321--13065370	27	2.0	26	84	11	68	40	0	2	58	1.10
13065318--13065381	26	2.5	25	78	9	67	43	0	1	54	1.09
13065308--13065378	25	2.7	26	78	10	81	40	0	1	57	1.07
13065680--13065742	4	15.5	4	72	21	51	74	0	23	1	0.90
13065685--13065735	9	5.6	9	76	19	52	74	0	23	1	0.92
13065680--13065742	19	3.1	19	75	20	56	74	0	23	1	0.90
13065892--13066011	60	2.0	61	91	1	197	35	0	10	55	1.34
13065898--13066006	33	3.5	32	68	15	93	38	0	8	53	1.31
13068202--13068247	24	1.9	24	95	0	83	15	17	15	52	1.76
13068295--13068346	22	2.4	22	93	0	86	15	34	25	25	1.95
13070717--13070785	24	2.9	24	80	0	66	18	40	1	39	1.60
13074806--13074849	19	2.2	21	88	8	65	40	2	0	56	1.11
13075732--13075790	27	2.1	27	84	12	75	33	11	3	50	1.56
13083217--13083303	29	3.0	29	94	0	147	21	27	29	20	1.98
13084698--13084807	42	2.6	42	91	0	175	25	23	17	33	1.96
13092222--13092330	42	2.5	42	77	12	114	31	24	13	30	1.94
13093973--13094143	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	21	1.99
13093968--13094145	46	3.8	46	79	10	209	27	28	21	22	1.99
13094563--13094622	30	2.0	30	83	0	75	28	23	8	40	1.83
13097693--13097836	49	2.9	48	83	4	189	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13102786--13102822	15	2.5	15	86	0	56	27	0	0	72	0.84
13106294--13106485	96	2.0	96	98	0	375	39	13	22	24	1.90
13108978--13109040	22	2.9	21	86	6	81	33	19	15	31	1.93
13111497--13111526	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
13112729--13112768	20	2.0	20	85	0	53	7	25	22	45	1.78
13115568--13115610	11	4.0	11	79	14	54	51	2	0	46	1.13
13115636--13115697	20	3.3	19	73	13	56	30	0	4	64	1.14
13116639--13116676	20	2.0	20	89	5	60	55	2	0	42	1.14
13116978--13117017	6	6.5	6	88	5	62	42	57	0	0	0.98
13116977--13117018	13	3.3	13	90	6	68	40	59	0	0	0.97
13118669--13118699	6	5.2	6	100	0	62	32	0	35	32	1.58
13123587--13123621	18	1.9	18	94	0	61	65	2	0	31	1.07
13125609--13125842	117	2.0	117	91	1	380	34	18	11	35	1.87
13127680--13127709	13	2.3	13	100	0	60	46	0	13	40	1.43
13130288--13130316	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
13130339--13130389	5	10.4	5	95	4	95	41	0	0	58	0.98
13130550--13130576	9	3.0	9	100	0	54	33	0	22	44	1.53
13131669--13131725	15	3.9	15	83	2	80	35	1	12	50	1.50
13131666--13131723	30	2.0	28	90	6	89	32	1	12	53	1.48
13132097--13132162	23	3.0	23	80	6	91	15	19	24	40	1.90
13134658--13134700	9	4.8	9	88	0	68	9	13	23	53	1.69
13138221--13138252	15	2.1	15	94	0	55	71	0	9	18	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13142061--13142139	26	3.1	26	70	17	67	69	0	3	26	1.05
13142097--13142130	16	2.2	16	89	5	52	70	0	0	29	0.87
13142689--13142729	22	1.9	22	85	5	57	56	4	0	39	1.21
13143032--13143089	24	2.4	25	77	13	68	43	0	0	56	0.99
13174916--13174947	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
13176537--13177372	418	2.0	418	99	0	1636	34	21	6	37	1.79
13178206--13178245	21	1.9	21	89	0	62	20	15	7	57	1.61
13184086--13184110	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
13185906--13185960	2	27.5	2	100	0	110	0	49	0	50	1.00
13191343--13191381	15	2.6	15	79	0	51	30	33	20	15	1.94
13191480--13191525	22	2.1	22	91	0	74	28	13	23	34	1.92
13191659--13191978	58	5.6	58	74	8	260	28	23	22	25	1.99
13191658--13191997	87	4.0	87	71	4	267	28	23	22	25	1.99
13191609--13192030	29	14.3	29	71	8	235	29	23	22	24	1.99
13196488--13196521	11	3.1	11	86	0	50	79	0	17	2	0.86
13197016--13197048	13	2.3	15	90	10	52	48	6	0	45	1.27
13198590--13198628	21	1.9	20	84	5	51	38	2	0	58	1.12
13204424--13204475	26	2.0	26	82	14	63	36	1	9	51	1.46
13206625--13206669	20	2.2	20	84	4	54	51	8	15	24	1.72
13206726--13206772	20	2.3	21	88	3	69	59	4	14	21	1.52
13208836--13208933	50	2.0	50	91	2	162	30	15	22	31	1.95
13210045--13210113	20	3.5	20	81	0	75	49	5	17	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13210023--13210132	40	2.7	41	75	12	111	48	6	20	25	1.73
13210026--13210131	20	5.3	19	75	6	68	48	5	20	25	1.72
13210896--13210934	21	1.9	21	94	5	71	51	10	12	25	1.71
13210896--13210952	20	2.8	20	84	10	71	50	10	12	26	1.72
13220446--13220518	6	11.5	6	76	11	65	78	4	5	12	1.07
13220446--13220504	19	3.0	19	85	9	66	79	5	1	13	0.97
13220446--13220501	13	4.2	13	78	13	51	80	5	1	12	0.96
13222021--13222064	19	2.4	19	80	3	54	70	2	6	20	1.21
13222561--13222603	13	3.2	13	86	3	59	72	0	25	2	0.97
13229964--13230139	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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