genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33065501--33065694	54	3.6	52	78	7	165	31	8	22	37	1.85
33065608--33065667	27	2.2	27	87	0	84	31	8	23	36	1.84
33065646--33065829	27	6.8	27	87	0	251	42	7	20	30	1.78
33065647--33065829	54	3.4	54	89	0	285	42	7	19	30	1.78
33065647--33065854	81	2.6	81	85	0	236	40	7	19	32	1.80
33069692--33069723	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
33069969--33070317	50	6.9	50	74	6	292	30	26	17	25	1.97
33069926--33070317	151	2.6	151	90	0	606	30	26	17	25	1.97
33076783--33076874	42	2.2	42	98	0	175	34	20	13	31	1.91
33077890--33077958	27	2.6	28	82	13	83	26	23	20	30	1.98
33077902--33077966	27	2.4	27	84	5	87	23	24	16	35	1.95
33078108--33078266	54	2.9	54	77	8	155	31	12	18	37	1.88
33077998--33078233	27	8.7	27	77	5	145	32	10	18	38	1.85
33078120--33078273	27	5.7	26	73	12	89	31	12	18	36	1.89
33078255--33078570	27	11.7	25	82	8	260	38	8	23	30	1.84
33078265--33078556	54	5.4	54	84	3	381	38	7	23	30	1.82
33078265--33078570	81	3.8	80	85	5	375	38	7	23	29	1.83
33080688--33080788	41	2.4	43	77	6	109	29	24	16	28	1.97
33080780--33080936	45	3.5	45	86	0	161	35	28	14	21	1.93
33083422--33083492	33	2.1	36	89	7	112	54	2	9	32	1.48
33094150--33094210	30	2.0	30	83	0	77	40	1	24	32	1.65
33094920--33095067	67	2.2	66	82	8	165	31	17	28	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33094944--33095127	67	2.8	64	77	10	187	28	16	29	24	1.97
33098278--33098492	40	5.4	40	98	0	412	28	29	20	21	1.98
33106854--33106948	40	2.3	40	96	1	172	30	29	20	20	1.97
33114950--33115021	36	2.1	34	84	10	92	52	8	18	20	1.70
33116485--33116541	20	2.8	19	85	15	71	35	17	5	42	1.72
33116713--33116788	23	3.3	23	79	3	91	31	17	25	26	1.97
33116712--33116797	45	1.9	45	85	4	120	32	17	24	25	1.97
33119079--33119178	41	2.4	42	84	3	121	32	26	19	23	1.97
33119488--33119538	21	2.5	21	81	6	52	43	21	0	35	1.53
33120808--33120883	24	3.2	24	94	0	125	32	2	40	23	1.69
33122286--33122396	27	4.2	26	86	5	132	17	23	22	36	1.94
33126731--33126903	93	1.9	93	91	0	283	27	29	21	21	1.98
33126724--33126899	46	3.8	46	77	7	185	28	28	21	21	1.98
33126776--33126918	46	3.1	45	73	11	128	29	28	20	21	1.98
33132723--33132765	23	1.9	23	85	4	61	6	11	18	62	1.50
33136946--33137031	20	4.3	20	75	16	72	46	2	18	32	1.62
33138247--33138375	43	3.0	44	84	4	165	27	12	27	32	1.93
33141870--33142085	46	4.6	46	80	7	213	24	30	17	27	1.97
33141870--33142085	94	2.3	92	82	8	251	24	30	17	27	1.97
33143687--33143722	12	3.1	12	92	4	56	13	0	36	50	1.43
33153470--33154369	451	2.0	451	94	1	1563	30	20	14	34	1.93
33162464--33162522	17	3.4	18	75	11	70	28	13	8	49	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33187165--33187229	27	2.4	27	92	0	103	21	26	13	38	1.91
33187319--33187463	31	4.7	31	79	5	150	28	27	16	27	1.97
33187469--33187571	33	3.2	32	84	4	127	27	23	13	35	1.92
33195214--33195391	27	6.6	27	84	5	180	29	28	15	26	1.96
33195235--33195390	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
33200934--33200987	20	2.7	20	91	0	90	16	31	29	22	1.96
33202814--33202875	31	2.0	32	87	3	90	22	22	19	35	1.96
33208725--33208867	40	3.6	40	87	0	169	26	29	23	20	1.99
33210126--33210160	10	3.4	10	88	4	52	0	20	0	80	0.72
33221477--33221540	32	2.0	32	100	0	128	37	21	15	25	1.93
33221891--33221929	20	2.0	20	89	0	60	41	10	10	38	1.73
33225797--33225847	17	3.0	16	78	13	57	70	1	3	23	1.14
33232363--33232535	43	4.0	43	78	10	183	23	16	27	32	1.96
33237486--33237530	21	2.1	21	100	0	90	44	17	4	33	1.69
33254101--33254160	28	2.1	28	82	11	70	28	31	13	26	1.94
33261239--33261308	25	2.8	25	84	0	86	32	18	24	24	1.97
33263898--33263959	24	2.6	22	75	10	52	32	4	16	46	1.68
33264003--33264047	19	2.3	20	84	3	56	24	37	0	37	1.56
33275336--33275396	30	2.1	29	93	3	104	26	14	22	36	1.93
33281071--33281248	27	6.6	27	79	3	160	28	29	16	25	1.97
33281092--33281247	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
33304158--33304197	19	2.1	19	95	0	71	35	10	12	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33309432--33309492	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
33310304--33310451	40	3.7	40	87	1	179	33	27	15	23	1.95
33325452--33325559	39	2.8	39	91	2	164	28	31	18	21	1.97
33327478--33327517	20	2.0	20	85	5	53	32	7	0	60	1.25
33330667--33330695	15	2.0	15	93	6	51	20	13	6	58	1.58
33333533--33333723	55	3.5	54	83	6	226	22	24	17	36	1.95
33333512--33333729	54	4.0	54	83	4	251	22	24	15	38	1.93
33333708--33333829	47	2.6	47	93	0	208	27	23	13	36	1.92
33341039--33341230	40	4.8	40	88	1	269	26	28	23	21	1.99
33349079--33349255	40	4.4	40	86	4	216	25	28	22	23	1.99
33353972--33354108	73	1.9	73	86	3	195	27	24	23	24	2.00
33361515--33361670	42	3.6	43	77	13	176	25	16	24	34	1.95
33373386--33373529	39	3.7	39	90	0	234	28	28	22	20	1.99
33376328--33376505	27	6.6	27	79	3	160	28	29	16	25	1.97
33376349--33376504	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
33381489--33381692	27	7.5	26	85	5	194	26	15	28	28	1.96
33381489--33381692	54	3.8	53	82	3	219	26	15	28	28	1.96
33381489--33381692	109	1.9	108	85	3	284	26	15	28	28	1.96
33389015--33389192	27	6.6	27	79	3	160	28	29	16	25	1.97
33389036--33389191	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
33391609--33391648	17	2.3	18	91	4	64	25	5	7	62	1.42
33392270--33392434	43	3.9	42	79	12	167	21	16	27	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33406983--33407240	40	6.5	40	90	2	378	24	22	27	24	2.00
33413656--33413876	40	5.6	40	87	3	295	22	21	26	28	1.99
33425590--33425783	40	4.8	40	96	0	352	25	28	24	21	1.99
33432307--33432364	27	2.1	27	84	6	73	25	0	1	72	0.94
33434910--33434988	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
33435107--33435378	47	5.7	47	92	2	420	28	30	8	31	1.87
33435107--33435357	96	2.6	96	93	1	416	28	30	8	32	1.87
33435107--33435378	143	1.9	141	90	3	429	28	30	8	31	1.87
33439027--33439236	40	5.2	40	87	2	262	26	27	22	23	2.00
33439027--33439236	80	2.6	80	88	3	298	26	27	22	23	2.00
33439544--33439622	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
33439604--33439706	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
33441569--33441647	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
33441765--33441986	47	4.7	47	90	1	322	28	30	8	32	1.87
33473335--33473586	48	5.2	48	78	4	231	24	30	17	26	1.97
33473335--33473582	96	2.6	95	80	5	268	25	30	17	27	1.97
33477913--33478036	46	2.7	46	86	8	146	29	29	20	20	1.98
33478468--33478527	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
33484735--33484908	27	6.4	27	79	4	152	25	16	28	28	1.97
33484735--33484890	82	1.9	81	82	3	197	25	17	29	27	1.97
33484731--33484908	82	2.2	81	78	3	187	26	16	28	28	1.97
33492726--33492902	27	6.5	27	79	3	158	25	16	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33492726--33492881	82	1.9	81	82	3	197	25	17	29	27	1.97
33492722--33492902	82	2.2	81	79	2	193	25	17	28	28	1.97
33496301--33496630	48	6.9	48	73	6	240	25	28	18	27	1.98
33514494--33514575	42	2.0	42	85	0	110	35	21	14	28	1.93
33530780--33530834	22	2.7	21	80	8	69	27	3	5	63	1.33
33530788--33530904	19	5.9	19	71	17	78	35	2	1	59	1.21
33530916--33531048	18	7.6	18	71	9	105	44	9	1	45	1.44
33530916--33531043	53	2.5	51	88	5	186	45	9	1	43	1.45
33530916--33531048	51	2.6	52	89	4	198	44	9	1	45	1.44
33538011--33538089	37	2.1	37	86	4	106	26	29	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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